src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class Sequence implements SequenceI\r
  33 {\r
  34     SequenceI datasetSequence;\r
  35     String name;\r
  36     String sequence;\r
  37     String description;\r
  38     int start;\r
  39     int end;\r
  40     Color color = Color.white;\r
  41     Vector pdbIds;\r
  42     String vamsasId;\r
  43     Vector dbrefs;\r
  44 \r
  45     /** This annotation is displayed below the alignment but the\r
  46      * positions are tied to the residues of this sequence */\r
  47     Vector annotation;\r
  48 \r
  49     /** DOCUMENT ME!! */\r
  50     public SequenceFeature [] sequenceFeatures;\r
  51 \r
  52     /** This array holds hidden sequences\r
  53      * of which this sequence is the representitive member of a group\r
  54      */\r
  55     SequenceGroup hiddenSequences;\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * Creates a new Sequence object.\r
  59      *\r
  60      * @param name DOCUMENT ME!\r
  61      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  62      * @param start DOCUMENT ME!\r
  63      * @param end DOCUMENT ME!\r
  64      */\r
  65     public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  66     {\r
  67       this.name = name;\r
  68       this.sequence = sequence;\r
  69       this.start = start;\r
  70       this.end = end;\r
  71 \r
  72       parseId();\r
  73 \r
  74       checkValidRange();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     com.stevesoft.pat.Regex limitrx = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
  78                         "[/][0-9]{1,}[-][0-9]{1,}$");\r
  79     com.stevesoft.pat.Regex endrx = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
  80                         "[0-9]{1,}$");\r
  81 \r
  82     void parseId()\r
  83     {\r
  84         // Does sequence have the /start-end signiature?\r
  85          if(limitrx.search(name))\r
  86          {\r
  87             name = limitrx.left();\r
  88             endrx.search(limitrx.stringMatched());\r
  89             setStart( Integer.parseInt( limitrx.stringMatched().substring(1,endrx.matchedFrom()-1 )));\r
  90             setEnd(   Integer.parseInt( endrx.stringMatched() ));\r
  91          }\r
  92     }\r
  93 \r
  94     void checkValidRange()\r
  95     {\r
  96       if (end < 1)\r
  97       {\r
  98         int endRes = 0;\r
  99         char ch;\r
 100         for (int j = 0; j < sequence.length(); j++)\r
 101         {\r
 102           ch = sequence.charAt(j);\r
 103           if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 104           {\r
 105             endRes++;\r
 106           }\r
 107         }\r
 108         if (endRes > 0)\r
 109         {\r
 110           endRes += start - 1;\r
 111         }\r
 112 \r
 113         this.end = endRes;\r
 114       }\r
 115 \r
 116     }\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Creates a new Sequence object.\r
 120      *\r
 121      * @param name DOCUMENT ME!\r
 122      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
 123      */\r
 124     public Sequence(String name, String sequence)\r
 125     {\r
 126         this(name, sequence, 1, -1);\r
 127     }\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Creates a new Sequence object.\r
 131      *\r
 132      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 133      */\r
 134     public Sequence(SequenceI seq)\r
 135     {\r
 136         this(seq.getName(), seq.getSequence(), seq.getStart(), seq.getEnd());\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      *\r
 142      * @param v DOCUMENT ME!\r
 143      */\r
 144     public void setSequenceFeatures(SequenceFeature [] features)\r
 145     {\r
 146         sequenceFeatures = features;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     public synchronized void addSequenceFeature(SequenceFeature sf)\r
 150     {\r
 151       if(sequenceFeatures==null)\r
 152       {\r
 153         sequenceFeatures = new SequenceFeature[0];\r
 154       }\r
 155 \r
 156       for(int i=0; i<sequenceFeatures.length; i++)\r
 157       {\r
 158         if(sequenceFeatures[i].equals(sf))\r
 159         {\r
 160           return;\r
 161         }\r
 162       }\r
 163 \r
 164       SequenceFeature [] temp = new SequenceFeature[sequenceFeatures.length+1];\r
 165       System.arraycopy(sequenceFeatures, 0, temp, 0, sequenceFeatures.length);\r
 166       temp[sequenceFeatures.length] = sf;\r
 167 \r
 168       sequenceFeatures = temp;\r
 169     }\r
 170 \r
 171 \r
 172     /**\r
 173      * DOCUMENT ME!\r
 174      *\r
 175      * @return DOCUMENT ME!\r
 176      */\r
 177     public SequenceFeature [] getSequenceFeatures()\r
 178     {\r
 179         return sequenceFeatures;\r
 180     }\r
 181 \r
 182     public void addPDBId(PDBEntry entry)\r
 183     {\r
 184       if(pdbIds == null)\r
 185         pdbIds = new Vector();\r
 186 \r
 187       pdbIds.addElement(entry);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * DOCUMENT ME!\r
 192      *\r
 193      * @param id DOCUMENT ME!\r
 194      */\r
 195     public void setPDBId(Vector id)\r
 196     {\r
 197         pdbIds = id;\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      *\r
 203      * @return DOCUMENT ME!\r
 204      */\r
 205     public Vector getPDBId()\r
 206     {\r
 207         return pdbIds;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * DOCUMENT ME!\r
 212      *\r
 213      * @return DOCUMENT ME!\r
 214      */\r
 215     public String getDisplayId(boolean jvsuffix)\r
 216     {\r
 217       StringBuffer result = new StringBuffer(name);\r
 218       if (jvsuffix)\r
 219       {\r
 220         result.append("/" + start + "-" + end);\r
 221       }\r
 222 \r
 223       return result.toString();\r
 224     }\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * DOCUMENT ME!\r
 228      *\r
 229      * @param name DOCUMENT ME!\r
 230      */\r
 231     public void setName(String name)\r
 232     {\r
 233       this.name = name;\r
 234       this.parseId();\r
 235     }\r
 236 \r
 237     /**\r
 238      * DOCUMENT ME!\r
 239      *\r
 240      * @return DOCUMENT ME!\r
 241      */\r
 242     public String getName()\r
 243     {\r
 244        return this.name;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     /**\r
 248      * DOCUMENT ME!\r
 249      *\r
 250      * @param start DOCUMENT ME!\r
 251      */\r
 252     public void setStart(int start)\r
 253     {\r
 254         this.start = start;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     /**\r
 258      * DOCUMENT ME!\r
 259      *\r
 260      * @return DOCUMENT ME!\r
 261      */\r
 262     public int getStart()\r
 263     {\r
 264         return this.start;\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * DOCUMENT ME!\r
 269      *\r
 270      * @param end DOCUMENT ME!\r
 271      */\r
 272     public void setEnd(int end)\r
 273     {\r
 274         this.end = end;\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      *\r
 280      * @return DOCUMENT ME!\r
 281      */\r
 282     public int getEnd()\r
 283     {\r
 284         return this.end;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     /**\r
 288      * DOCUMENT ME!\r
 289      *\r
 290      * @return DOCUMENT ME!\r
 291      */\r
 292     public int getLength()\r
 293     {\r
 294         return this.sequence.length();\r
 295     }\r
 296 \r
 297     /**\r
 298      * DOCUMENT ME!\r
 299      *\r
 300      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 301      */\r
 302     public void setSequence(String seq)\r
 303     {\r
 304         this.sequence = seq;\r
 305         checkValidRange();\r
 306     }\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * DOCUMENT ME!\r
 310      *\r
 311      * @return DOCUMENT ME!\r
 312      */\r
 313     public String getSequence()\r
 314     {\r
 315         return this.sequence;\r
 316     }\r
 317 \r
 318     /**\r
 319      * DOCUMENT ME!\r
 320      *\r
 321      * @param start DOCUMENT ME!\r
 322      * @param end DOCUMENT ME!\r
 323      *\r
 324      * @return DOCUMENT ME!\r
 325      */\r
 326     public String getSequence(int start, int end)\r
 327     {\r
 328         // JBPNote - left to user to pad the result here (TODO:Decide on this policy)\r
 329         if (start >= sequence.length())\r
 330         {\r
 331             return "";\r
 332         }\r
 333 \r
 334         if (end >= sequence.length())\r
 335         {\r
 336             end = sequence.length();\r
 337         }\r
 338 \r
 339         return this.sequence.substring(start, end);\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      * DOCUMENT ME!\r
 344      *\r
 345      * @param i DOCUMENT ME!\r
 346      *\r
 347      * @return DOCUMENT ME!\r
 348      */\r
 349     public char getCharAt(int i)\r
 350     {\r
 351         if (i < sequence.length())\r
 352         {\r
 353             return sequence.charAt(i);\r
 354         }\r
 355         else\r
 356         {\r
 357             return ' ';\r
 358         }\r
 359     }\r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * DOCUMENT ME!\r
 363      *\r
 364      * @param desc DOCUMENT ME!\r
 365      */\r
 366     public void setDescription(String desc)\r
 367     {\r
 368         this.description = desc;\r
 369     }\r
 370 \r
 371     /**\r
 372      * DOCUMENT ME!\r
 373      *\r
 374      * @return DOCUMENT ME!\r
 375      */\r
 376     public String getDescription()\r
 377     {\r
 378         return this.description;\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * DOCUMENT ME!\r
 383      *\r
 384      * @param pos DOCUMENT ME!\r
 385      *\r
 386      * @return DOCUMENT ME!\r
 387      */\r
 388     public int findIndex(int pos)\r
 389     {\r
 390         // returns the alignment position for a residue\r
 391         int j = start;\r
 392         int i = 0;\r
 393 \r
 394         while ((i < sequence.length()) && (j <= end) && (j <= pos))\r
 395         {\r
 396             if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.charAt(i)))\r
 397             {\r
 398                 j++;\r
 399             }\r
 400 \r
 401             i++;\r
 402         }\r
 403 \r
 404         if ((j == end) && (j < pos))\r
 405         {\r
 406             return end + 1;\r
 407         }\r
 408         else\r
 409         {\r
 410             return i;\r
 411         }\r
 412     }\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * DOCUMENT ME!\r
 416      *\r
 417      * @param i DOCUMENT ME!\r
 418      *\r
 419      * @return DOCUMENT ME!\r
 420      */\r
 421     public int findPosition(int i)\r
 422     {\r
 423         // Returns the sequence position for an alignment position\r
 424         int j = 0;\r
 425         int pos = start;\r
 426 \r
 427         while ((j < i) && (j < sequence.length()))\r
 428         {\r
 429             if (!jalview.util.Comparison.isGap((sequence.charAt(j))))\r
 430             {\r
 431                 pos++;\r
 432             }\r
 433 \r
 434             j++;\r
 435         }\r
 436 \r
 437         return pos;\r
 438     }\r
 439 \r
 440     /**\r
 441      * DOCUMENT ME!\r
 442      *\r
 443      * @return DOCUMENT ME!\r
 444      */\r
 445     public int[] gapMap()\r
 446     {\r
 447         // Returns an int array giving the position of each residue in the sequence in the alignment\r
 448         String seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps("-. ", sequence);\r
 449         int[] map = new int[seq.length()];\r
 450         int j = 0;\r
 451         int p = 0;\r
 452 \r
 453         while (j < sequence.length())\r
 454         {\r
 455             if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.charAt(j)))\r
 456             {\r
 457                 map[p++] = j;\r
 458             }\r
 459 \r
 460             j++;\r
 461         }\r
 462 \r
 463         return map;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     /**\r
 467      * DOCUMENT ME!\r
 468      *\r
 469      * @param i DOCUMENT ME!\r
 470      */\r
 471     public void deleteCharAt(int i)\r
 472     {\r
 473         if (i >= sequence.length())\r
 474         {\r
 475             return;\r
 476         }\r
 477 \r
 478         sequence = sequence.substring(0, i) + sequence.substring(i + 1);\r
 479     }\r
 480 \r
 481     /**\r
 482      * DOCUMENT ME!\r
 483      *\r
 484      * @param i DOCUMENT ME!\r
 485      * @param j DOCUMENT ME!\r
 486      */\r
 487     public void deleteChars(int i, int j)\r
 488     {\r
 489         if (i >= sequence.length())\r
 490         {\r
 491             return;\r
 492         }\r
 493 \r
 494         if (j >= sequence.length())\r
 495         {\r
 496             sequence = sequence.substring(0, i);\r
 497         }\r
 498         else\r
 499         {\r
 500             sequence = sequence.substring(0, i) + sequence.substring(j);\r
 501         }\r
 502     }\r
 503 \r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * DOCUMENT ME!\r
 507      *\r
 508      * @param i DOCUMENT ME!\r
 509      * @param c DOCUMENT ME!\r
 510      * @param chop DOCUMENT ME!\r
 511      */\r
 512     public void insertCharAt(int i, char c)\r
 513     {\r
 514         String tmp = new String(sequence);\r
 515 \r
 516         if (i < sequence.length())\r
 517         {\r
 518             sequence = tmp.substring(0, i) + String.valueOf(c) +\r
 519                 tmp.substring(i);\r
 520         }\r
 521         else\r
 522         {\r
 523             // JBPNote : padding char at end of sequence. We'll not get away with this when we insert residues, I bet!\r
 524             char[] ch = new char[(1 + i) - sequence.length()];\r
 525 \r
 526             for (int j = 0, k = ch.length; j < k; j++)\r
 527                 ch[j] = c;\r
 528 \r
 529             sequence = tmp + String.valueOf(ch);\r
 530         }\r
 531     }\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * DOCUMENT ME!\r
 535      *\r
 536      * @param c DOCUMENT ME!\r
 537      */\r
 538     public void setColor(Color c)\r
 539     {\r
 540         this.color = c;\r
 541     }\r
 542 \r
 543     /**\r
 544      * DOCUMENT ME!\r
 545      *\r
 546      * @return DOCUMENT ME!\r
 547      */\r
 548     public Color getColor()\r
 549     {\r
 550         return color;\r
 551     }\r
 552 \r
 553     public String getVamsasId()\r
 554     {\r
 555       return vamsasId;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     public void setVamsasId(String id)\r
 559     {\r
 560       vamsasId = id;\r
 561     }\r
 562 \r
 563     public void setDBRef(Vector dbref)\r
 564     {\r
 565       dbrefs = dbref;\r
 566     }\r
 567     public Vector getDBRef()\r
 568     {\r
 569       return dbrefs;\r
 570     }\r
 571 \r
 572     public void addDBRef(DBRefEntry entry)\r
 573     {\r
 574       if(dbrefs == null)\r
 575         dbrefs = new Vector();\r
 576 \r
 577       dbrefs.addElement(entry);\r
 578     }\r
 579 \r
 580     public void setDatasetSequence(SequenceI seq)\r
 581     {\r
 582       datasetSequence = seq;\r
 583     }\r
 584 \r
 585     public SequenceI getDatasetSequence()\r
 586     {\r
 587       return datasetSequence;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     public AlignmentAnnotation [] getAnnotation()\r
 591     {\r
 592       if(annotation==null)\r
 593         return null;\r
 594 \r
 595       AlignmentAnnotation [] ret = new AlignmentAnnotation[annotation.size()];\r
 596       for(int r = 0; r<ret.length; r++)\r
 597         ret[r] = (AlignmentAnnotation)annotation.elementAt(r);\r
 598 \r
 599       return ret;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation)\r
 603     {\r
 604       if(this.annotation==null)\r
 605         this.annotation = new Vector();\r
 606 \r
 607       this.annotation.addElement( annotation );\r
 608     }\r
 609 \r
 610     public SequenceGroup getHiddenSequences()\r
 611     {\r
 612       return hiddenSequences;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     public void addHiddenSequence(SequenceI seq)\r
 616     {\r
 617       if(hiddenSequences==null)\r
 618       {\r
 619         hiddenSequences = new SequenceGroup();\r
 620       }\r
 621       hiddenSequences.addSequence(seq, false);\r
 622     }\r
 623 \r
 624     public void showHiddenSequence(SequenceI seq)\r
 625     {\r
 626       hiddenSequences.deleteSequence(seq, false);\r
 627       if (hiddenSequences.getSize(false) < 1)\r
 628       {\r
 629         hiddenSequences = null;\r
 630       }\r
 631     }\r
 632 \r
 633     public void changeCase(boolean toUpper, int start, int end)\r
 634     {\r
 635       StringBuffer newSeq = new StringBuffer();\r
 636 \r
 637       if(end>sequence.length())\r
 638         end = sequence.length();\r
 639 \r
 640       if (start > 0)\r
 641       {\r
 642         newSeq.append(sequence.substring(0, start));\r
 643       }\r
 644 \r
 645       if (toUpper)\r
 646         newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());\r
 647       else\r
 648         newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());\r
 649 \r
 650       if (end < sequence.length())\r
 651         newSeq.append(sequence.substring(end));\r
 652 \r
 653       sequence = newSeq.toString();\r
 654     }\r
 655 \r
 656     public void toggleCase(int start, int end)\r
 657     {\r
 658       StringBuffer newSeq = new StringBuffer();\r
 659 \r
 660      if(end>sequence.length())\r
 661        end = sequence.length();\r
 662 \r
 663      if (start > 0)\r
 664      {\r
 665        newSeq.append(sequence.substring(0, start));\r
 666      }\r
 667 \r
 668      char nextChar;\r
 669      for(int c=start; c<end; c++)\r
 670      {\r
 671        nextChar = sequence.charAt(c);\r
 672        if(Character.isLetter(nextChar))\r
 673        {\r
 674          if(Character.isUpperCase(nextChar))\r
 675            nextChar = Character.toLowerCase(nextChar);\r
 676          else\r
 677            nextChar = Character.toUpperCase(nextChar);\r
 678        }\r
 679 \r
 680 \r
 681        newSeq.append(nextChar);\r
 682      }\r
 683 \r
 684      if (end < sequence.length())\r
 685        newSeq.append(sequence.substring(end));\r
 686 \r
 687      sequence = newSeq.toString();\r
 688     }\r
 689 \r
 690 }\r