src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.datamodel;
  19
  20 import jalview.analysis.AlignSeq;
  21
  22 import java.util.Enumeration;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  26
  27 /**
  28  *
  29  * Implements the SequenceI interface for a char[] based sequence object.
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public class Sequence implements SequenceI
  35 {
  36   SequenceI datasetSequence;
  37
  38   String name;
  39
  40   private char[] sequence;
  41
  42   String description;
  43
  44   int start;
  45
  46   int end;
  47
  48   Vector pdbIds;
  49
  50   String vamsasId;
  51
  52   DBRefEntry[] dbrefs;
  53
  54   RNA rna;
  55
  56   /**
  57    * This annotation is displayed below the alignment but the positions are tied
  58    * to the residues of this sequence
  59    */
  60   Vector annotation;
  61
  62   /**
  63    * The index of the sequence in a MSA
  64    */
  65   int index = -1;
  66
  67   /** array of sequence features - may not be null for a valid sequence object */
  68   public SequenceFeature[] sequenceFeatures;
  69
  70   /**
  71    * Creates a new Sequence object.
  72    *
  73    * @param name
  74    *          display name string
  75    * @param sequence
  76    *          string to form a possibly gapped sequence out of
  77    * @param start
  78    *          first position of non-gap residue in the sequence
  79    * @param end
  80    *          last position of ungapped residues (nearly always only used for
  81    *          display purposes)
  82    */
  83   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)
  84   {
  85     this.name = name;
  86     this.sequence = sequence.toCharArray();
  87     this.start = start;
  88     this.end = end;
  89     parseId();
  90     checkValidRange();
  91   }
  92
  93   public Sequence(String name, char[] sequence, int start, int end)
  94   {
  95     this.name = name;
  96     this.sequence = sequence;
  97     this.start = start;
  98     this.end = end;
  99     parseId();
 100     checkValidRange();
 101   }
 102
 103   com.stevesoft.pat.Regex limitrx = new com.stevesoft.pat.Regex(
 104           "[/][0-9]{1,}[-][0-9]{1,}$");
 105
 106   com.stevesoft.pat.Regex endrx = new com.stevesoft.pat.Regex("[0-9]{1,}$");
 107
 108   void parseId()
 109   {
 110     if (name == null)
 111     {
 112       System.err
 113               .println("POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR: null sequence name passed to constructor.");
 114       name = "";
 115     }
 116     // Does sequence have the /start-end signiature?
 117     if (limitrx.search(name))
 118     {
 119       name = limitrx.left();
 120       endrx.search(limitrx.stringMatched());
 121       setStart(Integer.parseInt(limitrx.stringMatched().substring(1,
 122               endrx.matchedFrom() - 1)));
 123       setEnd(Integer.parseInt(endrx.stringMatched()));
 124     }
 125   }
 126
 127   void checkValidRange()
 128   {
 129     // Note: JAL-774 : http://issues.jalview.org/browse/JAL-774?focusedCommentId=11239&page=com.atlassian.jira.plugin.system.issuetabpanels:comment-tabpanel#comment-11239
 130     {
 131       int endRes = 0;
 132       for (int j = 0; j < sequence.length; j++)
 133       {
 134         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 135         {
 136           endRes++;
 137         }
 138       }
 139       if (endRes > 0)
 140       {
 141         endRes += start - 1;
 142       }
 143
 144       if (end<endRes) {
 145         end = endRes;
 146       }
 147     }
 148
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Creates a new Sequence object.
 153    *
 154    * @param name
 155    *          DOCUMENT ME!
 156    * @param sequence
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    */
 159   public Sequence(String name, String sequence)
 160   {
 161     this(name, sequence, 1, -1);
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Creates a new Sequence object with new features, DBRefEntries,
 166    * AlignmentAnnotations, and PDBIds but inherits any existing dataset sequence
 167    * reference.
 168    *
 169    * @param seq
 170    *          DOCUMENT ME!
 171    */
 172   public Sequence(SequenceI seq)
 173   {
 174     this(seq, seq.getAnnotation());
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Create a new sequence object with new features, DBRefEntries, and PDBIds
 179    * but inherits any existing dataset sequence reference, and duplicate of any
 180    * annotation that is present in the given annotation array.
 181    *
 182    * @param seq
 183    *          the sequence to be copied
 184    * @param alAnnotation
 185    *          an array of annotation including some associated with seq
 186    */
 187   public Sequence(SequenceI seq, AlignmentAnnotation[] alAnnotation)
 188   {
 189     this(seq.getName(), seq.getSequence(), seq.getStart(), seq.getEnd());
 190     description = seq.getDescription();
 191     if (seq.getSequenceFeatures() != null)
 192     {
 193       SequenceFeature[] sf = seq.getSequenceFeatures();
 194       for (int i = 0; i < sf.length; i++)
 195       {
 196         addSequenceFeature(new SequenceFeature(sf[i]));
 197       }
 198     }
 199     setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());
 200     if (datasetSequence == null && seq.getDBRef() != null)
 201     {
 202       // only copy DBRefs if we really are a dataset sequence
 203       DBRefEntry[] dbr = seq.getDBRef();
 204       for (int i = 0; i < dbr.length; i++)
 205       {
 206         addDBRef(new DBRefEntry(dbr[i]));
 207       }
 208     }
 209     if (seq.getAnnotation() != null)
 210     {
 211       AlignmentAnnotation[] sqann = seq.getAnnotation();
 212       for (int i = 0; i < sqann.length; i++)
 213       {
 214         if (sqann[i] == null)
 215         {
 216           continue;
 217         }
 218         boolean found = (alAnnotation == null);
 219         if (!found)
 220         {
 221           for (int apos = 0; !found && apos < alAnnotation.length; apos++)
 222           {
 223             found = (alAnnotation[apos] == sqann[i]);
 224           }
 225         }
 226         if (found)
 227         {
 228           // only copy the given annotation
 229           AlignmentAnnotation newann = new AlignmentAnnotation(sqann[i]);
 230           addAlignmentAnnotation(newann);
 231         }
 232       }
 233     }
 234     if (seq.getPDBId() != null)
 235     {
 236       Vector ids = seq.getPDBId();
 237       Enumeration e = ids.elements();
 238       while (e.hasMoreElements())
 239       {
 240         this.addPDBId(new PDBEntry((PDBEntry) e.nextElement()));
 241       }
 242     }
 243   }
 244
 245   /**
 246    * DOCUMENT ME!
 247    *
 248    * @param v
 249    *          DOCUMENT ME!
 250    */
 251   public void setSequenceFeatures(SequenceFeature[] features)
 252   {
 253     sequenceFeatures = features;
 254   }
 255
 256   public synchronized void addSequenceFeature(SequenceFeature sf)
 257   {
 258     if (sequenceFeatures == null)
 259     {
 260       sequenceFeatures = new SequenceFeature[0];
 261     }
 262
 263     for (int i = 0; i < sequenceFeatures.length; i++)
 264     {
 265       if (sequenceFeatures[i].equals(sf))
 266       {
 267         return;
 268       }
 269     }
 270
 271     SequenceFeature[] temp = new SequenceFeature[sequenceFeatures.length + 1];
 272     System.arraycopy(sequenceFeatures, 0, temp, 0, sequenceFeatures.length);
 273     temp[sequenceFeatures.length] = sf;
 274
 275     sequenceFeatures = temp;
 276   }
 277
 278   public void deleteFeature(SequenceFeature sf)
 279   {
 280     if (sequenceFeatures == null)
 281     {
 282       return;
 283     }
 284
 285     int index = 0;
 286     for (index = 0; index < sequenceFeatures.length; index++)
 287     {
 288       if (sequenceFeatures[index].equals(sf))
 289       {
 290         break;
 291       }
 292     }
 293
 294     if (index == sequenceFeatures.length)
 295     {
 296       return;
 297     }
 298
 299     int sfLength = sequenceFeatures.length;
 300     if (sfLength < 2)
 301     {
 302       sequenceFeatures = null;
 303     }
 304     else
 305     {
 306       SequenceFeature[] temp = new SequenceFeature[sfLength - 1];
 307       System.arraycopy(sequenceFeatures, 0, temp, 0, index);
 308
 309       if (index < sfLength)
 310       {
 311         System.arraycopy(sequenceFeatures, index + 1, temp, index,
 312                 sequenceFeatures.length - index - 1);
 313       }
 314
 315       sequenceFeatures = temp;
 316     }
 317   }
 318
 319   /**
 320    * DOCUMENT ME!
 321    *
 322    * @return DOCUMENT ME!
 323    */
 324   public SequenceFeature[] getSequenceFeatures()
 325   {
 326     return sequenceFeatures;
 327   }
 328
 329   public void addPDBId(PDBEntry entry)
 330   {
 331     if (pdbIds == null)
 332     {
 333       pdbIds = new Vector();
 334     }
 335     if (!pdbIds.contains(entry))
 336     {
 337       pdbIds.addElement(entry);
 338     }
 339   }
 340
 341   /**
 342    * DOCUMENT ME!
 343    *
 344    * @param id
 345    *          DOCUMENT ME!
 346    */
 347   public void setPDBId(Vector id)
 348   {
 349     pdbIds = id;
 350   }
 351
 352   /**
 353    * DOCUMENT ME!
 354    *
 355    * @return DOCUMENT ME!
 356    */
 357   public Vector getPDBId()
 358   {
 359     return pdbIds;
 360   }
 361
 362   /**
 363    * DOCUMENT ME!
 364    *
 365    * @return DOCUMENT ME!
 366    */
 367   public String getDisplayId(boolean jvsuffix)
 368   {
 369     StringBuffer result = new StringBuffer(name);
 370     if (jvsuffix)
 371     {
 372       result.append("/" + start + "-" + end);
 373     }
 374
 375     return result.toString();
 376   }
 377
 378   /**
 379    * DOCUMENT ME!
 380    *
 381    * @param name
 382    *          DOCUMENT ME!
 383    */
 384   public void setName(String name)
 385   {
 386     this.name = name;
 387     this.parseId();
 388   }
 389
 390   /**
 391    * DOCUMENT ME!
 392    *
 393    * @return DOCUMENT ME!
 394    */
 395   public String getName()
 396   {
 397     return this.name;
 398   }
 399
 400   /**
 401    * DOCUMENT ME!
 402    *
 403    * @param start
 404    *          DOCUMENT ME!
 405    */
 406   public void setStart(int start)
 407   {
 408     this.start = start;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * DOCUMENT ME!
 413    *
 414    * @return DOCUMENT ME!
 415    */
 416   public int getStart()
 417   {
 418     return this.start;
 419   }
 420
 421   /**
 422    * DOCUMENT ME!
 423    *
 424    * @param end
 425    *          DOCUMENT ME!
 426    */
 427   public void setEnd(int end)
 428   {
 429     this.end = end;
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @return DOCUMENT ME!
 436    */
 437   public int getEnd()
 438   {
 439     return this.end;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * DOCUMENT ME!
 444    *
 445    * @return DOCUMENT ME!
 446    */
 447   public int getLength()
 448   {
 449     return this.sequence.length;
 450   }
 451
 452   /**
 453    * DOCUMENT ME!
 454    *
 455    * @param seq
 456    *          DOCUMENT ME!
 457    */
 458   public void setSequence(String seq)
 459   {
 460     this.sequence = seq.toCharArray();
 461     checkValidRange();
 462   }
 463
 464   public String getSequenceAsString()
 465   {
 466     return new String(sequence);
 467   }
 468
 469   public String getSequenceAsString(int start, int end)
 470   {
 471     return new String(getSequence(start, end));
 472   }
 473
 474   public char[] getSequence()
 475   {
 476     return sequence;
 477   }
 478
 479   /*
 480    * (non-Javadoc)
 481    *
 482    * @see jalview.datamodel.SequenceI#getSequence(int, int)
 483    */
 484   public char[] getSequence(int start, int end)
 485   {
 486     if (start < 0)
 487       start = 0;
 488     // JBPNote - left to user to pad the result here (TODO:Decide on this
 489     // policy)
 490     if (start >= sequence.length)
 491     {
 492       return new char[0];
 493     }
 494
 495     if (end >= sequence.length)
 496     {
 497       end = sequence.length;
 498     }
 499
 500     char[] reply = new char[end - start];
 501     System.arraycopy(sequence, start, reply, 0, end - start);
 502
 503     return reply;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * make a new Sequence object from start to end (including gaps) over this
 508    * seqeunce
 509    *
 510    * @param start
 511    *          int
 512    * @param end
 513    *          int
 514    * @return SequenceI
 515    */
 516   public SequenceI getSubSequence(int start, int end)
 517   {
 518     if (start < 0)
 519     {
 520       start = 0;
 521     }
 522     char[] seq = getSequence(start, end);
 523     if (seq.length == 0)
 524     {
 525       return null;
 526     }
 527     int nstart = findPosition(start);
 528     int nend = findPosition(end) - 1;
 529     // JBPNote - this is an incomplete copy.
 530     SequenceI nseq = new Sequence(this.getName(), seq, nstart, nend);
 531     nseq.setDescription(description);
 532     if (datasetSequence != null)
 533     {
 534       nseq.setDatasetSequence(datasetSequence);
 535     }
 536     else
 537     {
 538       nseq.setDatasetSequence(this);
 539     }
 540     return nseq;
 541   }
 542
 543   /**
 544    * DOCUMENT ME!
 545    *
 546    * @param i
 547    *          DOCUMENT ME!
 548    *
 549    * @return DOCUMENT ME!
 550    */
 551   public char getCharAt(int i)
 552   {
 553     if (i < sequence.length)
 554     {
 555       return sequence[i];
 556     }
 557     else
 558     {
 559       return ' ';
 560     }
 561   }
 562
 563   /**
 564    * DOCUMENT ME!
 565    *
 566    * @param desc
 567    *          DOCUMENT ME!
 568    */
 569   public void setDescription(String desc)
 570   {
 571     this.description = desc;
 572   }
 573
 574   /**
 575    * DOCUMENT ME!
 576    *
 577    * @return DOCUMENT ME!
 578    */
 579   public String getDescription()
 580   {
 581     return this.description;
 582   }
 583
 584
 585   /* (non-Javadoc)
 586    * @see jalview.datamodel.SequenceI#findIndex(int)
 587    */
 588   public int findIndex(int pos)
 589   {
 590     // returns the alignment position for a residue
 591     int j = start;
 592     int i = 0;
 593     // Rely on end being at least as long as the length of the sequence.
 594     while ((i < sequence.length) && (j <= end) && (j <= pos))
 595     {
 596       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[i]))
 597       {
 598         j++;
 599       }
 600
 601       i++;
 602     }
 603
 604     if ((j == end) && (j < pos))
 605     {
 606       return end + 1;
 607     }
 608     else
 609     {
 610       return i;
 611     }
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Returns the sequence position for an alignment position
 616    *
 617    * @param i
 618    *          column index in alignment (from 1)
 619    *
 620    * @return residue number for residue (left of and) nearest ith column
 621    */
 622   public int findPosition(int i)
 623   {
 624     int j = 0;
 625     int pos = start;
 626     int seqlen = sequence.length;
 627     while ((j < i) && (j < seqlen))
 628     {
 629       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 630       {
 631         pos++;
 632       }
 633
 634       j++;
 635     }
 636
 637     return pos;
 638   }
 639
 640   /**
 641    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 642    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 643    *
 644    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 645    *         residues in SequenceI object
 646    */
 647   public int[] gapMap()
 648   {
 649     String seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 650             jalview.util.Comparison.GapChars, new String(sequence));
 651     int[] map = new int[seq.length()];
 652     int j = 0;
 653     int p = 0;
 654
 655     while (j < sequence.length)
 656     {
 657       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 658       {
 659         map[p++] = j;
 660       }
 661
 662       j++;
 663     }
 664
 665     return map;
 666   }
 667
 668   /*
 669    * (non-Javadoc)
 670    *
 671    * @see jalview.datamodel.SequenceI#findPositionMap()
 672    */
 673   public int[] findPositionMap()
 674   {
 675     int map[] = new int[sequence.length];
 676     int j = 0;
 677     int pos = start;
 678     int seqlen = sequence.length;
 679     while ((j < seqlen))
 680     {
 681       map[j] = pos;
 682       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 683       {
 684         pos++;
 685       }
 686
 687       j++;
 688     }
 689     return map;
 690   }
 691
 692   /*
 693    * (non-Javadoc)
 694    *
 695    * @see jalview.datamodel.SequenceI#deleteChars(int, int)
 696    */
 697   public void deleteChars(int i, int j)
 698   {
 699     int newstart = start, newend = end;
 700     if (i >= sequence.length)
 701     {
 702       return;
 703     }
 704
 705     char[] tmp;
 706
 707     if (j >= sequence.length)
 708     {
 709       tmp = new char[i];
 710       System.arraycopy(sequence, 0, tmp, 0, i);
 711     }
 712     else
 713     {
 714       tmp = new char[sequence.length - j + i];
 715       System.arraycopy(sequence, 0, tmp, 0, i);
 716       System.arraycopy(sequence, j, tmp, i, sequence.length - j);
 717     }
 718     boolean createNewDs = false;
 719     for (int s = i; s < j; s++)
 720     {
 721       if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[sequence[s]] != 23)
 722       {
 723         if (createNewDs)
 724         {
 725           newend--;
 726         }
 727         else
 728         {
 729           int sindex = findIndex(start) - 1;
 730           if (sindex == s)
 731           {
 732             // delete characters including start of sequence
 733             newstart = findPosition(j);
 734             break; // don't need to search for any more residue characters.
 735           }
 736           else
 737           {
 738             // delete characters after start.
 739             int eindex = findIndex(end) - 1;
 740             if (eindex < j)
 741             {
 742               // delete characters at end of sequence
 743               newend = findPosition(i - 1);
 744               break; // don't need to search for any more residue characters.
 745             }
 746             else
 747             {
 748               createNewDs = true;
 749               newend--; // decrease end position by one for the deleted residue
 750               // and search further
 751             }
 752           }
 753         }
 754       }
 755     }
 756     // deletion occured in the middle of the sequence
 757     if (createNewDs && this.datasetSequence != null)
 758     {
 759       // construct a new sequence
 760       Sequence ds = new Sequence(datasetSequence);
 761       // TODO: remove any non-inheritable properties ?
 762       // TODO: create a sequence mapping (since there is a relation here ?)
 763       ds.deleteChars(i, j);
 764       datasetSequence = ds;
 765     }
 766     start = newstart;
 767     end = newend;
 768     sequence = tmp;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * DOCUMENT ME!
 773    *
 774    * @param i
 775    *          DOCUMENT ME!
 776    * @param c
 777    *          DOCUMENT ME!
 778    * @param chop
 779    *          DOCUMENT ME!
 780    */
 781   public void insertCharAt(int i, int length, char c)
 782   {
 783     char[] tmp = new char[sequence.length + length];
 784
 785     if (i >= sequence.length)
 786     {
 787       System.arraycopy(sequence, 0, tmp, 0, sequence.length);
 788       i = sequence.length;
 789     }
 790     else
 791     {
 792       System.arraycopy(sequence, 0, tmp, 0, i);
 793     }
 794
 795     int index = i;
 796     while (length > 0)
 797     {
 798       tmp[index++] = c;
 799       length--;
 800     }
 801
 802     if (i < sequence.length)
 803     {
 804       System.arraycopy(sequence, i, tmp, index, sequence.length - i);
 805     }
 806
 807     sequence = tmp;
 808   }
 809
 810   public void insertCharAt(int i, char c)
 811   {
 812     insertCharAt(i, 1, c);
 813   }
 814
 815   public String getVamsasId()
 816   {
 817     return vamsasId;
 818   }
 819
 820   public void setVamsasId(String id)
 821   {
 822     vamsasId = id;
 823   }
 824
 825   public void setDBRef(DBRefEntry[] dbref)
 826   {
 827     dbrefs = dbref;
 828   }
 829
 830   public DBRefEntry[] getDBRef()
 831   {
 832     if (dbrefs == null && datasetSequence != null
 833             && this != datasetSequence)
 834     {
 835       return datasetSequence.getDBRef();
 836     }
 837     return dbrefs;
 838   }
 839
 840   public void addDBRef(DBRefEntry entry)
 841   {
 842     if (dbrefs == null)
 843     {
 844       dbrefs = new DBRefEntry[0];
 845     }
 846
 847     int i, iSize = dbrefs.length;
 848
 849     for (i = 0; i < iSize; i++)
 850     {
 851       if (dbrefs[i].equalRef(entry))
 852       {
 853         if (entry.getMap() != null)
 854         {
 855           if (dbrefs[i].getMap() == null)
 856           {
 857             // overwrite with 'superior' entry that contains a mapping.
 858             dbrefs[i] = entry;
 859           }
 860         }
 861         return;
 862       }
 863     }
 864
 865     DBRefEntry[] temp = new DBRefEntry[iSize + 1];
 866     System.arraycopy(dbrefs, 0, temp, 0, iSize);
 867     temp[temp.length - 1] = entry;
 868
 869     dbrefs = temp;
 870   }
 871
 872   public void setDatasetSequence(SequenceI seq)
 873   {
 874     datasetSequence = seq;
 875   }
 876
 877   public SequenceI getDatasetSequence()
 878   {
 879     return datasetSequence;
 880   }
 881
 882   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation()
 883   {
 884     if (annotation == null)
 885     {
 886       return null;
 887     }
 888
 889     AlignmentAnnotation[] ret = new AlignmentAnnotation[annotation.size()];
 890     for (int r = 0; r < ret.length; r++)
 891     {
 892       ret[r] = (AlignmentAnnotation) annotation.elementAt(r);
 893     }
 894
 895     return ret;
 896   }
 897
 898   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation)
 899   {
 900     if (this.annotation == null)
 901     {
 902       this.annotation = new Vector();
 903     }
 904     if (!this.annotation.contains(annotation))
 905     {
 906       this.annotation.addElement(annotation);
 907     }
 908     annotation.setSequenceRef(this);
 909   }
 910
 911   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation)
 912   {
 913     if (this.annotation != null)
 914     {
 915       this.annotation.removeElement(annotation);
 916       if (this.annotation.size() == 0)
 917         this.annotation = null;
 918     }
 919   }
 920
 921   /**
 922    * test if this is a valid candidate for another sequence's dataset sequence.
 923    *
 924    */
 925   private boolean isValidDatasetSequence()
 926   {
 927     if (datasetSequence != null)
 928     {
 929       return false;
 930     }
 931     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 932     {
 933       if (jalview.util.Comparison.isGap(sequence[i]))
 934       {
 935         return false;
 936       }
 937     }
 938     return true;
 939   }
 940
 941   /*
 942    * (non-Javadoc)
 943    *
 944    * @see jalview.datamodel.SequenceI#deriveSequence()
 945    */
 946   public SequenceI deriveSequence()
 947   {
 948     SequenceI seq = new Sequence(this);
 949     if (datasetSequence != null)
 950     {
 951       // duplicate current sequence with same dataset
 952       seq.setDatasetSequence(datasetSequence);
 953     }
 954     else
 955     {
 956       if (isValidDatasetSequence())
 957       {
 958         // Use this as dataset sequence
 959         seq.setDatasetSequence(this);
 960       }
 961       else
 962       {
 963         // Create a new, valid dataset sequence
 964         SequenceI ds = seq;
 965         ds.setSequence(AlignSeq.extractGaps(
 966                 jalview.util.Comparison.GapChars, new String(sequence)));
 967         setDatasetSequence(ds);
 968         ds.setSequenceFeatures(getSequenceFeatures());
 969         seq = this; // and return this sequence as the derived sequence.
 970       }
 971     }
 972     return seq;
 973   }
 974
 975   /*
 976    * (non-Javadoc)
 977    *
 978    * @see jalview.datamodel.SequenceI#createDatasetSequence()
 979    */
 980   public SequenceI createDatasetSequence()
 981   {
 982     if (datasetSequence == null)
 983     {
 984       datasetSequence = new Sequence(getName(), AlignSeq.extractGaps(
 985               jalview.util.Comparison.GapChars, getSequenceAsString()),
 986               getStart(), getEnd());
 987       datasetSequence.setSequenceFeatures(getSequenceFeatures());
 988       datasetSequence.setDescription(getDescription());
 989       setSequenceFeatures(null);
 990       // move database references onto dataset sequence
 991       datasetSequence.setDBRef(getDBRef());
 992       setDBRef(null);
 993       datasetSequence.setPDBId(getPDBId());
 994       setPDBId(null);
 995       datasetSequence.updatePDBIds();
 996     }
 997     return datasetSequence;
 998   }
 999
1000   /*
1001    * (non-Javadoc)
1002    *
1003    * @see
1004    * jalview.datamodel.SequenceI#setAlignmentAnnotation(AlignmmentAnnotation[]
1005    * annotations)
1006    */
1007   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotations)
1008   {
1009     if (annotation != null)
1010     {
1011       annotation.removeAllElements();
1012     }
1013     if (annotations != null)
1014     {
1015       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
1016       {
1017         if (annotations[i] != null)
1018           addAlignmentAnnotation(annotations[i]);
1019       }
1020     }
1021   }
1022
1023   /*
1024    * (non-Javadoc)
1025    *
1026    * @see jalview.datamodel.SequenceI#getAnnotation(java.lang.String)
1027    */
1028   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label)
1029   {
1030     if (annotation == null || annotation.size() == 0)
1031     {
1032       return null;
1033     }
1034
1035     Vector subset = new Vector();
1036     Enumeration e = annotation.elements();
1037     while (e.hasMoreElements())
1038     {
1039       AlignmentAnnotation ann = (AlignmentAnnotation) e.nextElement();
1040       if (ann.label != null && ann.label.equals(label))
1041       {
1042         subset.addElement(ann);
1043       }
1044     }
1045     if (subset.size() == 0)
1046     {
1047       return null;
1048     }
1049     AlignmentAnnotation[] anns = new AlignmentAnnotation[subset.size()];
1050     int i = 0;
1051     e = subset.elements();
1052     while (e.hasMoreElements())
1053     {
1054       anns[i++] = (AlignmentAnnotation) e.nextElement();
1055     }
1056     subset.removeAllElements();
1057     return anns;
1058   }
1059
1060   public boolean updatePDBIds()
1061   {
1062     if (datasetSequence != null)
1063     {
1064       // TODO: could merge DBRefs
1065       return datasetSequence.updatePDBIds();
1066     }
1067     if (dbrefs == null || dbrefs.length == 0)
1068     {
1069       return false;
1070     }
1071     Vector newpdb = new Vector();
1072     for (int i = 0; i < dbrefs.length; i++)
1073     {
1074       if (DBRefSource.PDB.equals(dbrefs[i].getSource()))
1075       {
1076         PDBEntry pdbe = new PDBEntry();
1077         pdbe.setId(dbrefs[i].getAccessionId());
1078         if (pdbIds == null || pdbIds.size() == 0)
1079         {
1080           newpdb.addElement(pdbe);
1081         }
1082         else
1083         {
1084           Enumeration en = pdbIds.elements();
1085           boolean matched = false;
1086           while (!matched && en.hasMoreElements())
1087           {
1088             PDBEntry anentry = (PDBEntry) en.nextElement();
1089             if (anentry.getId().equals(pdbe.getId()))
1090             {
1091               matched = true;
1092             }
1093           }
1094           if (!matched)
1095           {
1096             newpdb.addElement(pdbe);
1097           }
1098         }
1099       }
1100     }
1101     if (newpdb.size() > 0)
1102     {
1103       Enumeration en = newpdb.elements();
1104       while (en.hasMoreElements())
1105       {
1106         addPDBId((PDBEntry) en.nextElement());
1107       }
1108       return true;
1109     }
1110     return false;
1111   }
1112
1113   /*
1114    * (non-Javadoc)
1115    *
1116    * @see
1117    * jalview.datamodel.SequenceI#transferAnnotation(jalview.datamodel.SequenceI,
1118    * jalview.datamodel.Mapping)
1119    */
1120   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp)
1121   {
1122     if (datasetSequence != null)
1123     {
1124       datasetSequence.transferAnnotation(entry, mp);
1125       return;
1126     }
1127     if (entry.getDatasetSequence() != null)
1128     {
1129       transferAnnotation(entry.getDatasetSequence(), mp);
1130       return;
1131     }
1132     // transfer any new features from entry onto sequence
1133     if (entry.getSequenceFeatures() != null)
1134     {
1135
1136       SequenceFeature[] sfs = entry.getSequenceFeatures();
1137       for (int si = 0; si < sfs.length; si++)
1138       {
1139         SequenceFeature sf[] = (mp != null) ? mp.locateFeature(sfs[si])
1140                 : new SequenceFeature[]
1141                 { new SequenceFeature(sfs[si]) };
1142         if (sf != null && sf.length > 0)
1143         {
1144           for (int sfi = 0; sfi < sf.length; sfi++)
1145           {
1146             addSequenceFeature(sf[sfi]);
1147           }
1148         }
1149       }
1150     }
1151
1152     // transfer PDB entries
1153     if (entry.getPDBId() != null)
1154     {
1155       Enumeration e = entry.getPDBId().elements();
1156       while (e.hasMoreElements())
1157       {
1158         PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
1159         addPDBId(pdb);
1160       }
1161     }
1162     // transfer database references
1163     DBRefEntry[] entryRefs = entry.getDBRef();
1164     if (entryRefs != null)
1165     {
1166       for (int r = 0; r < entryRefs.length; r++)
1167       {
1168         DBRefEntry newref = new DBRefEntry(entryRefs[r]);
1169         if (newref.getMap() != null && mp != null)
1170         {
1171           // remap ref using our local mapping
1172         }
1173         // we also assume all version string setting is done by dbSourceProxy
1174         /*
1175          * if (!newref.getSource().equalsIgnoreCase(dbSource)) {
1176          * newref.setSource(dbSource); }
1177          */
1178         addDBRef(newref);
1179       }
1180     }
1181   }
1182
1183   /**
1184    * @return The index (zero-based) on this sequence in the MSA.
1185    * It returns {@code -1} if this information is not available.
1186    */
1187   public int getIndex() { return index; }
1188
1189   /**
1190    * Defines the position of this sequence in the MSA.
1191    * Use the value {@code -1} if this information is undefined.
1192    *
1193    * @param The position for this sequence. This value is zero-based (zero for this first sequence)
1194    */
1195   public void setIndex(int value) { index = value; }
1196
1197   public void setRNA(RNA r){rna=r;}
1198
1199   public RNA getRNA() { return rna; }
1200
1201 }