src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.util.*;\r
   4 import jalview.jbgui.*;\r
   5 import jalview.schemes.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceFeature {\r
   9   int start;\r
  10   int end;\r
  11   String type;\r
  12   String description;\r
  13   Color color;\r
  14   Sequence sequence;\r
  15   String id;\r
  16   double score;\r
  17   int strand;\r
  18   double pvalue;\r
  19   double pid;\r
  20 \r
  21   public SequenceFeature() {\r
  22   }\r
  23 \r
  24   public SequenceFeature(Sequence sequence,String type, int start, int end, String description) {\r
  25     this.sequence = sequence;\r
  26     this.type = type;\r
  27     this.start = start;\r
  28     this.end = end;\r
  29     this.description = description;\r
  30 \r
  31     setColor();\r
  32   }\r
  33 \r
  34 \r
  35   public String toGFFString() {\r
  36       String gff = id + "\t" + type + "\tfeature\t" + start + "\t" + end + "\t" + score + "\t" + strand + "\t.";\r
  37       return gff;\r
  38   }\r
  39   public double getScore() {\r
  40       return score;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void setScore(double score) {\r
  44       this.score = score;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public String getId() {\r
  48       return this.id;\r
  49   }\r
  50   public void setId(String id) {\r
  51       this.id = id;\r
  52   }\r
  53   public void setSequence(Sequence seq) {\r
  54     this.sequence = seq;\r
  55   }\r
  56   public void setStart(int start) {\r
  57       this.start = start;\r
  58   }\r
  59   public void setEnd(int end) {\r
  60       this.end = end;\r
  61   }\r
  62   public int getStrand() {\r
  63       return strand;\r
  64   }\r
  65   public void setStrand(int strand) {\r
  66       this.strand = strand;\r
  67   }\r
  68   public int getStart() {\r
  69     return start;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public int getEnd() {\r
  73     return end;\r
  74   }\r
  75 \r
  76   public String getType() {\r
  77     return type;\r
  78   }\r
  79 \r
  80   public String getDescription() {\r
  81     return description;\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public double getPValue() {\r
  85       return pvalue;\r
  86   }\r
  87   public void setPValue(double value) {\r
  88       this.pvalue = value;\r
  89   }\r
  90   public double getPercentId() {\r
  91       return pid;\r
  92   }\r
  93   public void setPercentId(double pid) {\r
  94       this.pid = pid;\r
  95   }\r
  96   public Color getColor() {\r
  97     return color;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void setColor() {\r
 101     if (type.equals("CHAIN")) {\r
 102       color = Color.white;\r
 103     } else if (type.equals("DOMAIN")) {\r
 104       color = Color.white;\r
 105     } else if (type.equals("TRANSMEM")) {\r
 106       color = Color.red.darker();\r
 107     } else if (type.equals("SIGNAL")) {\r
 108       color = Color.cyan;\r
 109     } else if (type.equals("HELIX")) {\r
 110       color = Color.magenta;\r
 111     } else if (type.equals("TURN")) {\r
 112       color = Color.cyan;\r
 113     } else if (type.equals("SHEET")) {\r
 114       color = Color.yellow;\r
 115     } else if (type.equals("STRAND")) {\r
 116       color = Color.yellow;\r
 117     } else if (type.equals("CARBOHYD")) {\r
 118       color = Color.pink;\r
 119     } else if (type.equals("ACT_SITE")) {\r
 120       color = Color.red;\r
 121     } else if (type.equals("TRANSIT")) {\r
 122       color = Color.orange;\r
 123     } else if (type.equals("VARIANT")) {\r
 124       color = Color.orange.darker();\r
 125     } else if (type.equals("BINDING")) {\r
 126       color = Color.blue;\r
 127     } else if (type.equals("DISULFID")) {\r
 128       color = Color.yellow.darker();\r
 129     } else if (type.equals("NP_BIND")) {\r
 130       color = Color.red;\r
 131     } else if (type.indexOf("BIND") > 0) {\r
 132       color = Color.red;\r
 133     } else {\r
 134       color = Color.lightGray;\r
 135     }\r
 136   }\r
 137   public String print() {\r
 138     String tmp = new Format("%15s").form(type);\r
 139     tmp = tmp +  new Format("%6d").form(start);\r
 140     tmp = tmp +  new Format("%6d").form(end);\r
 141     tmp = tmp +  " " + description;\r
 142     return tmp;\r
 143   }\r
 144   public void draw(Graphics g, int fstart, int fend, int x1, int y1, int width, int height) {\r
 145     g.setColor(new Color((float)(Math.random()),(float)(Math.random()),(float)(Math.random())));\r
 146 \r
 147     //    int xstart = sequence.findIndex(start);\r
 148     //int xend = sequence.findIndex(end);\r
 149     int xstart = start;\r
 150     int xend = end;\r
 151     long tstart = System.currentTimeMillis();\r
 152     if (!(xend < fstart && xstart > fend)) {\r
 153 \r
 154       if (xstart > fstart) {\r
 155         x1 = x1 + (xstart-fstart)*width;\r
 156         fstart = xstart;\r
 157       }\r
 158 \r
 159       if (xend < fend) {\r
 160         fend = xend;\r
 161       }\r
 162 \r
 163       for (int i = fstart; i <= fend; i++) {\r
 164         String s = sequence.sequence.substring(i,i+1);\r
 165         if (!(s.equals(".") || s.equals("-") || s.equals(" "))) {\r
 166           g.fillRect(x1+(i-fstart)*width,y1,width,height);\r
 167         } else {\r
 168           g.drawString("-",x1+(i-fstart)*width,y1+height);\r
 169         }\r
 170       }\r
 171 \r
 172     }\r
 173     long tend = System.currentTimeMillis();\r
 174     System.out.println("Time = " + (tend-tstart) + "ms");\r
 175 \r
 176   }\r
 177 \r
 178   public static void main(String[] args) {\r
 179       SequenceFeature sf = new SequenceFeature();\r
 180 \r
 181       System.out.println("Feature " + sf);\r
 182   }\r
 183   public static int CHAIN = 0;\r
 184   public static int DOMAIN = 1;\r
 185   public static int TRANSMEM = 2;\r
 186   public static int SIGNAL = 3;\r
 187   public static int HELIX = 4;\r
 188   public static int TURN = 5;\r
 189   public static int SHEET = 6;\r
 190   public static int CARBOHYD = 7;\r
 191   public static int ACT_SITE = 8;\r
 192   public static int TRANSIT = 9;\r
 193   public static int VARIANT = 10;\r
 194   public static int BINDING = 11;\r
 195 \r
 196 }\r
 197 \r