src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 public class SequenceFeature {\r
  22     int begin;\r
  23     int end;\r
  24     String type;\r
  25     String description;\r
  26     String status;\r
  27 \r
  28     public SequenceFeature() {\r
  29     }\r
  30 \r
  31     public SequenceFeature(String type, int start, int end, String description,\r
  32         String status) {\r
  33         this.type = type;\r
  34         this.begin = start;\r
  35         this.end = end;\r
  36         this.description = description;\r
  37         this.status = status;\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public int getStart() {\r
  41         return begin;\r
  42     }\r
  43 \r
  44     public int getEnd() {\r
  45         return end;\r
  46     }\r
  47 \r
  48     public String getType() {\r
  49         return type;\r
  50     }\r
  51 \r
  52     public String getDescription() {\r
  53         return description;\r
  54     }\r
  55 \r
  56     public String getStatus() {\r
  57         return status;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     /*\r
  61           <xs:enumeration value="active site" />\r
  62     <xs:enumeration value="binding site" />\r
  63     <xs:enumeration value="calcium-binding region" />\r
  64     <xs:enumeration value="chain" />\r
  65     <xs:enumeration value="cross-link" />\r
  66     <xs:enumeration value="disulfide bond" />\r
  67     <xs:enumeration value="DNA-binding region" />\r
  68     <xs:enumeration value="domain" />\r
  69     <xs:enumeration value="glycosylation site" />\r
  70     <xs:enumeration value="helix" />\r
  71     <xs:enumeration value="initiator methionine" />\r
  72     <xs:enumeration value="lipid moiety-binding region" />\r
  73     <xs:enumeration value="metal ion-binding site" />\r
  74     <xs:enumeration value="modified residue" />\r
  75     <xs:enumeration value="mutagenesis site" />\r
  76     <xs:enumeration value="non-consecutive residues" />\r
  77     <xs:enumeration value="non-terminal residue" />\r
  78     <xs:enumeration value="nucleotide phosphate-binding region" />\r
  79     <xs:enumeration value="peptide" />\r
  80     <xs:enumeration value="propeptide" />\r
  81     <xs:enumeration value="repeat" />\r
  82     <xs:enumeration value="selenocysteine" />\r
  83     <xs:enumeration value="sequence conflict" />\r
  84     <xs:enumeration value="sequence variant" />\r
  85     <xs:enumeration value="signal peptide" />\r
  86     <xs:enumeration value="similar" />\r
  87     <xs:enumeration value="site" />\r
  88     <xs:enumeration value="splice variant" />\r
  89     <xs:enumeration value="strand" />\r
  90     <xs:enumeration value="thioether bond" />\r
  91     <xs:enumeration value="thiolester bond" />\r
  92     <xs:enumeration value="transit peptide" />\r
  93     <xs:enumeration value="transmembrane region" />\r
  94     <xs:enumeration value="turn" />\r
  95     <xs:enumeration value="unsure residue" />\r
  96     <xs:enumeration value="zinc finger region" />\r
  97     */\r
  98 }\r