src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * DOCUMENT ME!\r
  23  *\r
  24  * @author $author$\r
  25  * @version $Revision$\r
  26  */\r
  27 public class SequenceFeature\r
  28 {\r
  29     int position;\r
  30     int begin;\r
  31     int end;\r
  32     String type;\r
  33     String description;\r
  34     String status;\r
  35 \r
  36     public SequenceFeature()\r
  37     {}\r
  38 \r
  39     public SequenceFeature(String type, String desc, String status, int begin, int end)\r
  40     {\r
  41       this.type = type;\r
  42       this.description = desc;\r
  43       this.status = status;\r
  44       this.position = begin;\r
  45       this.begin = begin;\r
  46       this.end = end;\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public int getPosition()\r
  50     {\r
  51       return position;\r
  52     }\r
  53 \r
  54     public void setPosition(int pos)\r
  55     {\r
  56       position = pos;\r
  57       begin = pos;\r
  58       end = pos;\r
  59     }\r
  60 \r
  61 \r
  62     /**\r
  63      * DOCUMENT ME!\r
  64      *\r
  65      * @return DOCUMENT ME!\r
  66      */\r
  67     public int getBegin()\r
  68     {\r
  69         return begin;\r
  70     }\r
  71 \r
  72     public void setBegin(int start)\r
  73     {\r
  74       this.begin = start;\r
  75     }\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * DOCUMENT ME!\r
  79      *\r
  80      * @return DOCUMENT ME!\r
  81      */\r
  82     public int getEnd()\r
  83     {\r
  84         return end;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     public void setEnd(int end)\r
  88     {\r
  89       this.end = end;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     /**\r
  93      * DOCUMENT ME!\r
  94      *\r
  95      * @return DOCUMENT ME!\r
  96      */\r
  97     public String getType()\r
  98     {\r
  99         return type;\r
 100     }\r
 101 \r
 102     public void setType(String type)\r
 103     {\r
 104       this.type = type;\r
 105     }\r
 106 \r
 107     /**\r
 108      * DOCUMENT ME!\r
 109      *\r
 110      * @return DOCUMENT ME!\r
 111      */\r
 112     public String getDescription()\r
 113     {\r
 114         return description;\r
 115     }\r
 116 \r
 117     public void setDescription(String desc)\r
 118     {\r
 119       description = desc;\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @return DOCUMENT ME!\r
 126      */\r
 127     public String getStatus()\r
 128     {\r
 129         return status;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     public void setStatus(String status)\r
 133     {\r
 134       this.status = status;\r
 135     }\r
 136 \r
 137 }\r