src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class SequenceFeature {\r
  25   int begin;\r
  26   int end;\r
  27   String type;\r
  28   String description;\r
  29   String status;\r
  30 \r
  31   public SequenceFeature()\r
  32   {\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public SequenceFeature(String type, int start, int end, String description, String status)\r
  36   {\r
  37     this.type = type;\r
  38     this.begin = start;\r
  39     this.end = end;\r
  40     this.description = description;\r
  41     this.status = status;\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public int getStart() {\r
  45     return begin;\r
  46   }\r
  47   public int getEnd() {\r
  48     return end;\r
  49   }\r
  50   public String getType() {\r
  51     return type;\r
  52   }\r
  53   public String getDescription() {\r
  54     return description;\r
  55   }\r
  56   public String getStatus()\r
  57   {return status;}\r
  58 \r
  59 \r
  60 /*\r
  61       <xs:enumeration value="active site" />\r
  62 <xs:enumeration value="binding site" />\r
  63 <xs:enumeration value="calcium-binding region" />\r
  64 <xs:enumeration value="chain" />\r
  65 <xs:enumeration value="cross-link" />\r
  66 <xs:enumeration value="disulfide bond" />\r
  67 <xs:enumeration value="DNA-binding region" />\r
  68 <xs:enumeration value="domain" />\r
  69 <xs:enumeration value="glycosylation site" />\r
  70 <xs:enumeration value="helix" />\r
  71 <xs:enumeration value="initiator methionine" />\r
  72 <xs:enumeration value="lipid moiety-binding region" />\r
  73 <xs:enumeration value="metal ion-binding site" />\r
  74 <xs:enumeration value="modified residue" />\r
  75 <xs:enumeration value="mutagenesis site" />\r
  76 <xs:enumeration value="non-consecutive residues" />\r
  77 <xs:enumeration value="non-terminal residue" />\r
  78 <xs:enumeration value="nucleotide phosphate-binding region" />\r
  79 <xs:enumeration value="peptide" />\r
  80 <xs:enumeration value="propeptide" />\r
  81 <xs:enumeration value="repeat" />\r
  82 <xs:enumeration value="selenocysteine" />\r
  83 <xs:enumeration value="sequence conflict" />\r
  84 <xs:enumeration value="sequence variant" />\r
  85 <xs:enumeration value="signal peptide" />\r
  86 <xs:enumeration value="similar" />\r
  87 <xs:enumeration value="site" />\r
  88 <xs:enumeration value="splice variant" />\r
  89 <xs:enumeration value="strand" />\r
  90 <xs:enumeration value="thioether bond" />\r
  91 <xs:enumeration value="thiolester bond" />\r
  92 <xs:enumeration value="transit peptide" />\r
  93 <xs:enumeration value="transmembrane region" />\r
  94 <xs:enumeration value="turn" />\r
  95 <xs:enumeration value="unsure residue" />\r
  96 <xs:enumeration value="zinc finger region" />\r
  97 */\r
  98 \r
  99 }\r
 100 \r