src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * DOCUMENT ME!\r
  23  *\r
  24  * @author $author$\r
  25  * @version $Revision$\r
  26  */\r
  27 public class SequenceFeature\r
  28 {\r
  29     public int position;\r
  30     public int begin;\r
  31     public int end;\r
  32     public String type;\r
  33     public String description;\r
  34     public String status;\r
  35 \r
  36     // Feature group can be set from a features file\r
  37     // as a group of features between STARTGROUP and ENDGROUP markers\r
  38     public String featureGroup;\r
  39 \r
  40     public SequenceFeature()\r
  41     {}\r
  42 \r
  43     public SequenceFeature(String type,\r
  44                            String desc,\r
  45                            String status,\r
  46                            int begin, int end,\r
  47                            String featureGroup)\r
  48     {\r
  49       this.type = type;\r
  50       this.description = desc;\r
  51       this.status = status;\r
  52       this.position = begin;\r
  53       this.begin = begin;\r
  54       this.end = end;\r
  55       this.featureGroup = featureGroup;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     public boolean equals(SequenceFeature sf)\r
  59     {\r
  60       if(begin != sf.begin\r
  61       || end != sf.end)\r
  62      return false;\r
  63 \r
  64 \r
  65       if(!(type+description+status).equals\r
  66          (sf.type+sf.description+sf.status))\r
  67         return false;\r
  68 \r
  69       return true;\r
  70     }\r
  71 \r
  72 \r
  73     public int getPosition()\r
  74     {\r
  75       return position;\r
  76     }\r
  77 \r
  78     public void setPosition(int pos)\r
  79     {\r
  80       position = pos;\r
  81       begin = pos;\r
  82       end = pos;\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * DOCUMENT ME!\r
  88      *\r
  89      * @return DOCUMENT ME!\r
  90      */\r
  91     public int getBegin()\r
  92     {\r
  93         return begin;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     public void setBegin(int start)\r
  97     {\r
  98       this.begin = start;\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * DOCUMENT ME!\r
 103      *\r
 104      * @return DOCUMENT ME!\r
 105      */\r
 106     public int getEnd()\r
 107     {\r
 108         return end;\r
 109     }\r
 110 \r
 111     public void setEnd(int end)\r
 112     {\r
 113       this.end = end;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * DOCUMENT ME!\r
 118      *\r
 119      * @return DOCUMENT ME!\r
 120      */\r
 121     public String getType()\r
 122     {\r
 123         return type;\r
 124     }\r
 125 \r
 126     public void setType(String type)\r
 127     {\r
 128       this.type = type;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     /**\r
 132      * DOCUMENT ME!\r
 133      *\r
 134      * @return DOCUMENT ME!\r
 135      */\r
 136     public String getDescription()\r
 137     {\r
 138         return description;\r
 139     }\r
 140 \r
 141     public void setDescription(String desc)\r
 142     {\r
 143       description = desc;\r
 144     }\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * DOCUMENT ME!\r
 148      *\r
 149      * @return DOCUMENT ME!\r
 150      */\r
 151     public String getStatus()\r
 152     {\r
 153         return status;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     public void setStatus(String status)\r
 157     {\r
 158       this.status = status;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     public String getFeatureGroup()\r
 162     {\r
 163       return featureGroup;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     public void setFeatureGroup(String featureGroup)\r
 167     {\r
 168       this.featureGroup = featureGroup;\r
 169     }\r
 170 \r
 171 \r
 172 }\r