src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * DOCUMENT ME!\r
  23  *\r
  24  * @author $author$\r
  25  * @version $Revision$\r
  26  */\r
  27 public class SequenceFeature\r
  28 {\r
  29     int begin;\r
  30     int end;\r
  31     String type;\r
  32     String description;\r
  33     String status;\r
  34 \r
  35     /**\r
  36      * Creates a new SequenceFeature object.\r
  37      */\r
  38     public SequenceFeature()\r
  39     {\r
  40     }\r
  41 \r
  42     /**\r
  43      * Creates a new SequenceFeature object.\r
  44      *\r
  45      * @param type DOCUMENT ME!\r
  46      * @param start DOCUMENT ME!\r
  47      * @param end DOCUMENT ME!\r
  48      * @param description DOCUMENT ME!\r
  49      * @param status DOCUMENT ME!\r
  50      */\r
  51     public SequenceFeature(String type, int start, int end, String description,\r
  52         String status)\r
  53     {\r
  54         this.type = type;\r
  55         this.begin = start;\r
  56         this.end = end;\r
  57         this.description = description;\r
  58         this.status = status;\r
  59     }\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * DOCUMENT ME!\r
  63      *\r
  64      * @return DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public int getStart()\r
  67     {\r
  68         return begin;\r
  69     }\r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * DOCUMENT ME!\r
  73      *\r
  74      * @return DOCUMENT ME!\r
  75      */\r
  76     public int getEnd()\r
  77     {\r
  78         return end;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * DOCUMENT ME!\r
  83      *\r
  84      * @return DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public String getType()\r
  87     {\r
  88         return type;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @return DOCUMENT ME!\r
  95      */\r
  96     public String getDescription()\r
  97     {\r
  98         return description;\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * DOCUMENT ME!\r
 103      *\r
 104      * @return DOCUMENT ME!\r
 105      */\r
 106     public String getStatus()\r
 107     {\r
 108         return status;\r
 109     }\r
 110 \r
 111     /*\r
 112           <xs:enumeration value="active site" />\r
 113          <xs:enumeration value="binding site" />\r
 114          <xs:enumeration value="calcium-binding region" />\r
 115          <xs:enumeration value="chain" />\r
 116          <xs:enumeration value="cross-link" />\r
 117          <xs:enumeration value="disulfide bond" />\r
 118          <xs:enumeration value="DNA-binding region" />\r
 119          <xs:enumeration value="domain" />\r
 120          <xs:enumeration value="glycosylation site" />\r
 121          <xs:enumeration value="helix" />\r
 122          <xs:enumeration value="initiator methionine" />\r
 123          <xs:enumeration value="lipid moiety-binding region" />\r
 124          <xs:enumeration value="metal ion-binding site" />\r
 125          <xs:enumeration value="modified residue" />\r
 126          <xs:enumeration value="mutagenesis site" />\r
 127          <xs:enumeration value="non-consecutive residues" />\r
 128          <xs:enumeration value="non-terminal residue" />\r
 129          <xs:enumeration value="nucleotide phosphate-binding region" />\r
 130          <xs:enumeration value="peptide" />\r
 131          <xs:enumeration value="propeptide" />\r
 132          <xs:enumeration value="repeat" />\r
 133          <xs:enumeration value="selenocysteine" />\r
 134          <xs:enumeration value="sequence conflict" />\r
 135          <xs:enumeration value="sequence variant" />\r
 136          <xs:enumeration value="signal peptide" />\r
 137          <xs:enumeration value="similar" />\r
 138          <xs:enumeration value="site" />\r
 139          <xs:enumeration value="splice variant" />\r
 140          <xs:enumeration value="strand" />\r
 141          <xs:enumeration value="thioether bond" />\r
 142          <xs:enumeration value="thiolester bond" />\r
 143          <xs:enumeration value="transit peptide" />\r
 144          <xs:enumeration value="transmembrane region" />\r
 145          <xs:enumeration value="turn" />\r
 146          <xs:enumeration value="unsure residue" />\r
 147          <xs:enumeration value="zinc finger region" />\r
 148      */\r
 149 }\r