src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * DOCUMENT ME!\r
  23  *\r
  24  * @author $author$\r
  25  * @version $Revision$\r
  26  */\r
  27 public class SequenceFeature\r
  28 {\r
  29     int position;\r
  30     int begin;\r
  31     int end;\r
  32     String type;\r
  33     String description;\r
  34     String status;\r
  35 \r
  36     // Feature group can be set from a features file\r
  37     // as a group of features between STARTGROUP and ENDGROUP markers\r
  38     String featureGroup;\r
  39 \r
  40     public SequenceFeature()\r
  41     {}\r
  42 \r
  43     public SequenceFeature(String type, String desc, String status, int begin, int end)\r
  44     {\r
  45       this.type = type;\r
  46       this.description = desc;\r
  47       this.status = status;\r
  48       this.position = begin;\r
  49       this.begin = begin;\r
  50       this.end = end;\r
  51     }\r
  52 \r
  53     public int getPosition()\r
  54     {\r
  55       return position;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     public void setPosition(int pos)\r
  59     {\r
  60       position = pos;\r
  61       begin = pos;\r
  62       end = pos;\r
  63     }\r
  64 \r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * DOCUMENT ME!\r
  68      *\r
  69      * @return DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public int getBegin()\r
  72     {\r
  73         return begin;\r
  74     }\r
  75 \r
  76     public void setBegin(int start)\r
  77     {\r
  78       this.begin = start;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * DOCUMENT ME!\r
  83      *\r
  84      * @return DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public int getEnd()\r
  87     {\r
  88         return end;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     public void setEnd(int end)\r
  92     {\r
  93       this.end = end;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     /**\r
  97      * DOCUMENT ME!\r
  98      *\r
  99      * @return DOCUMENT ME!\r
 100      */\r
 101     public String getType()\r
 102     {\r
 103         return type;\r
 104     }\r
 105 \r
 106     public void setType(String type)\r
 107     {\r
 108       this.type = type;\r
 109     }\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * DOCUMENT ME!\r
 113      *\r
 114      * @return DOCUMENT ME!\r
 115      */\r
 116     public String getDescription()\r
 117     {\r
 118         return description;\r
 119     }\r
 120 \r
 121     public void setDescription(String desc)\r
 122     {\r
 123       description = desc;\r
 124     }\r
 125 \r
 126     /**\r
 127      * DOCUMENT ME!\r
 128      *\r
 129      * @return DOCUMENT ME!\r
 130      */\r
 131     public String getStatus()\r
 132     {\r
 133         return status;\r
 134     }\r
 135 \r
 136     public void setStatus(String status)\r
 137     {\r
 138       this.status = status;\r
 139     }\r
 140 \r
 141     public String getFeatureGroup()\r
 142     {\r
 143       return featureGroup;\r
 144     }\r
 145 \r
 146     public void setFeatureGroup(String featureGroup)\r
 147     {\r
 148       this.featureGroup = featureGroup;\r
 149     }\r
 150 \r
 151 \r
 152 }\r