src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 \r
   8 public class SequenceGroup{\r
   9     String groupName;\r
  10     boolean isSelected;\r
  11     boolean displayBoxes;\r
  12     boolean displayText;\r
  13     boolean colourText;\r
  14     boolean display;\r
  15     Conservation conserve;\r
  16     Vector   aaFrequency;\r
  17     boolean     aaFrequencyValid = false;\r
  18     public Vector sequences = new Vector();\r
  19     int         width = -1;\r
  20     public ColourSchemeI cs;\r
  21 \r
  22 \r
  23   public SequenceGroup() {\r
  24     groupName = "Group";\r
  25     this.isSelected = false;\r
  26     this.displayBoxes = true;\r
  27     this.displayText = true;\r
  28     this.colourText = false;\r
  29     this.display = true;\r
  30     cs = new ZappoColourScheme();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public SequenceGroup( String groupName, ColourSchemeI scheme, boolean isSelected,\r
  34                         boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  35                         boolean colourText,\r
  36                         boolean display) {\r
  37 \r
  38     this.groupName = groupName;\r
  39     this.isSelected = isSelected;\r
  40     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  41     this.displayText = displayText;\r
  42     this.colourText = colourText;\r
  43     this.display = display;\r
  44     this.cs = scheme;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public String getName()\r
  48   {\r
  49     return groupName;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void setName(String name)\r
  53   {\r
  54     groupName = name;\r
  55   }\r
  56   public Conservation getConservation() {\r
  57      return conserve;\r
  58   }\r
  59   public void setConservation(Conservation c)\r
  60   { conserve = c; }\r
  61 \r
  62   public void addSequence(SequenceI s) {\r
  63     sequences.addElement(s);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void deleteSequence(SequenceI s) {\r
  67     sequences.removeElement(s);\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void setColourText(boolean state) {\r
  71     colourText = state;\r
  72   }\r
  73   public boolean getColourText() {\r
  74     return colourText;\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public void setDisplayText(boolean state) {\r
  78     displayText = state;\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public boolean getDisplayText() {\r
  82     return displayText;\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public void setDisplayBoxes(boolean state) {\r
  86     displayBoxes = state;\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public boolean getDisplayBoxes() {\r
  90     return displayBoxes;\r
  91   }\r
  92 \r
  93     public int getSize() {\r
  94         return sequences.size();\r
  95     }\r
  96     public SequenceI  getSequenceAt(int i) {\r
  97         return (SequenceI)sequences.elementAt(i);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     public Vector getAAFrequency() {\r
 101         if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false) {\r
 102             aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences,0,getWidth());\r
 103             aaFrequencyValid = true;\r
 104         }\r
 105         return aaFrequency;\r
 106     }\r
 107 \r
 108     public int getWidth()\r
 109     {\r
 110         // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 111         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 112         {\r
 113           SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 114           if (seq.getLength() > width)\r
 115             width = seq.getLength();\r
 116         }\r
 117         return width;\r
 118     }\r
 119 }\r
 120 \r
 121 \r