src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceGroup\r
  10 {\r
  11   String groupName;\r
  12   Conservation conserve;\r
  13   Vector aaFrequency;\r
  14   boolean displayBoxes;\r
  15   boolean displayText;\r
  16   boolean colourText;\r
  17   boolean aaFrequencyValid = false;\r
  18   public Vector sequences = new Vector();\r
  19   int width = -1;\r
  20   public ColourSchemeI cs;\r
  21   int startRes = 0;\r
  22   int endRes = 0;\r
  23   Color outlineColour = Color.black;\r
  24 \r
  25   public SequenceGroup()\r
  26   {\r
  27     groupName = "Group";\r
  28     this.displayBoxes = true;\r
  29     this.displayText = true;\r
  30     this.colourText = false;\r
  31     cs = null;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  35                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  36                        boolean colourText,\r
  37                        int start,\r
  38                        int end)\r
  39   {\r
  40 \r
  41     this.groupName = groupName;\r
  42     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  43     this.displayText = displayText;\r
  44     this.colourText = colourText;\r
  45     this.cs = scheme;\r
  46     startRes = start;\r
  47     endRes = end;\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public String getName()\r
  51   {\r
  52     return groupName;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void setName(String name)\r
  56   {\r
  57     groupName = name;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public Conservation getConservation()\r
  61   {\r
  62     return conserve;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void setConservation(Conservation c)\r
  66   {\r
  67     conserve = c;\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void addSequence(SequenceI s)\r
  71   {\r
  72     if(!sequences.contains(s))\r
  73       sequences.addElement(s);\r
  74   }\r
  75 \r
  76   public void addOrRemove(SequenceI s)\r
  77   {\r
  78     if(sequences.contains(s))\r
  79       deleteSequence(s);\r
  80     else\r
  81       addSequence(s);\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
  85   {\r
  86     sequences.removeElement(s);\r
  87   }\r
  88 \r
  89 \r
  90   public int getStartRes()\r
  91   {\r
  92     return startRes;\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public int getEndRes()\r
  96   {\r
  97     return endRes;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void setStartRes(int i)\r
 101   {\r
 102     startRes = i;\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void setEndRes(int i)\r
 106   {\r
 107     endRes = i;\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public int getSize()\r
 111   {\r
 112     return sequences.size();\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 116   {\r
 117     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public void setColourText(boolean state)\r
 121   {\r
 122     colourText = state;\r
 123   }\r
 124 \r
 125   public boolean getColourText()\r
 126   {\r
 127     return colourText;\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void setDisplayText(boolean state)\r
 131   {\r
 132     displayText = state;\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public boolean getDisplayText()\r
 136   {\r
 137     return displayText;\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 141   {\r
 142     displayBoxes = state;\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public boolean getDisplayBoxes()\r
 146   {\r
 147     return displayBoxes;\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public Vector getAAFrequency()\r
 151   {\r
 152     if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false)\r
 153     {\r
 154       aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 155       aaFrequencyValid = true;\r
 156     }\r
 157     return aaFrequency;\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public int getWidth()\r
 161   {\r
 162     System.out.println("it is called");\r
 163     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 164     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 165     {\r
 166       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 167       if (seq.getLength() > width)\r
 168         width = seq.getLength();\r
 169     }\r
 170     return width;\r
 171   }\r
 172 \r
 173 \r
 174   public void setOutlineColour(Color c)\r
 175   {\r
 176     outlineColour = c;\r
 177   }\r
 178   public Color getOutlineColour()\r
 179   {\r
 180     return outlineColour;\r
 181   }\r
 182 }\r