src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbgui.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 public interface SequenceI {\r
  28   public void        setName(String name);\r
  29   public String      getName();\r
  30 \r
  31   public void        setStart(int start);\r
  32   public int         getStart();\r
  33 \r
  34   public String      getDisplayId();\r
  35 \r
  36   public void        setEnd(int end);\r
  37   public int         getEnd();\r
  38 \r
  39   public int         getLength();\r
  40 \r
  41   public void        setSequence(String sequence);\r
  42   public String      getSequence();\r
  43   public String      getSequence(int start,int end);\r
  44   public char        getCharAt(int i);\r
  45 \r
  46   public void        setDescription(String desc);\r
  47   public String      getDescription();\r
  48 \r
  49   public int         findIndex(int pos);\r
  50   public int         findPosition(int i);\r
  51   public int[]         gapMap();\r
  52   public void       deleteChars(int i, int j);\r
  53   public void       deleteCharAt(int i);\r
  54   public void       insertCharAt(int i, char c);\r
  55   public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop);\r
  56 \r
  57   public void        setColor(Color c);\r
  58   public Color       getColor();\r
  59 \r
  60   public Vector     getSequenceFeatures();\r
  61   public void       setSequenceFeatures(Vector v);\r
  62 \r
  63   public void setPDBId(String id);\r
  64   public String getPDBId();\r
  65 \r
  66   }\r
  67 \r
  68 \r
  69 \r
  70 \r
  71 \r
  72 \r
  73 \r
  74 \r
  75 \r
  76 \r
  77 \r