src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.DBRefEntryI;
  24
  25 import java.util.List;
  26 import java.util.Vector;
  27
  28 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  29
  30 /**
  31  * Methods for manipulating a sequence, its metadata and related annotation in
  32  * an alignment or dataset.
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public interface SequenceI extends ASequenceI
  38 {
  39   /**
  40    * Set the display name for the sequence
  41    *
  42    * @param name
  43    */
  44   public void setName(String name);
  45
  46   /**
  47    * Get the display name
  48    */
  49   public String getName();
  50
  51   /**
  52    * Set start position of first non-gapped symbol in sequence
  53    *
  54    * @param start
  55    *          new start position
  56    */
  57   public void setStart(int start);
  58
  59   /**
  60    * get start position of first non-gapped residue in sequence
  61    *
  62    * @return
  63    */
  64   public int getStart();
  65
  66   /**
  67    * get the displayed id of the sequence
  68    *
  69    * @return true means the id will be returned in the form
  70    *         DisplayName/Start-End
  71    */
  72   public String getDisplayId(boolean jvsuffix);
  73
  74   /**
  75    * set end position for last residue in sequence
  76    *
  77    * @param end
  78    */
  79   public void setEnd(int end);
  80
  81   /**
  82    * get end position for last residue in sequence getEnd()>getStart() unless
  83    * sequence only consists of gap characters
  84    *
  85    * @return
  86    */
  87   public int getEnd();
  88
  89   /**
  90    * @return length of sequence including gaps
  91    *
  92    */
  93   public int getLength();
  94
  95   /**
  96    * Replace the sequence with the given string
  97    *
  98    * @param sequence
  99    *          new sequence string
 100    */
 101   public void setSequence(String sequence);
 102
 103   /**
 104    * @return sequence as string
 105    */
 106   public String getSequenceAsString();
 107
 108   /**
 109    * get a range on the sequence as a string
 110    *
 111    * @param start
 112    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 113    * @param end
 114    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 115    *
 116    * @return String containing all gap and symbols in specified range
 117    */
 118   public String getSequenceAsString(int start, int end);
 119
 120   /**
 121    * Get the sequence as a character array
 122    *
 123    * @return seqeunce and any gaps
 124    */
 125   public char[] getSequence();
 126
 127   /**
 128    * get stretch of sequence characters in an array
 129    *
 130    * @param start
 131    *          absolute index into getSequence()
 132    * @param end
 133    *          exclusive index of last position in segment to be returned.
 134    *
 135    * @return char[max(0,end-start)];
 136    */
 137   public char[] getSequence(int start, int end);
 138
 139   /**
 140    * create a new sequence object with a subsequence of this one but sharing the
 141    * same dataset sequence
 142    *
 143    * @param start
 144    *          int index for start position (base 0, inclusive)
 145    * @param end
 146    *          int index for end position (base 0, exclusive)
 147    *
 148    * @return SequenceI
 149    * @note implementations may use getSequence to get the sequence data
 150    */
 151   public SequenceI getSubSequence(int start, int end);
 152
 153   /**
 154    * get the i'th character in this sequence's local reference frame (ie from
 155    * 0-number of characters lying from start-end)
 156    *
 157    * @param i
 158    *          index
 159    * @return character or ' '
 160    */
 161   public char getCharAt(int i);
 162
 163   /**
 164    * DOCUMENT ME!
 165    *
 166    * @param desc
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    */
 169   public void setDescription(String desc);
 170
 171   /**
 172    * DOCUMENT ME!
 173    *
 174    * @return DOCUMENT ME!
 175    */
 176   public String getDescription();
 177
 178   /**
 179    * Return the alignment column for a sequence position
 180    *
 181    * @param pos
 182    *          lying from start to end
 183    *
 184    * @return aligned column for residue (0 if residue is upstream from
 185    *         alignment, -1 if residue is downstream from alignment) note.
 186    *         Sequence object returns sequence.getEnd() for positions upstream
 187    *         currently. TODO: change sequence for
 188    *         assert(findIndex(seq.getEnd()+1)==-1) and fix incremental bugs
 189    *
 190    */
 191   public int findIndex(int pos);
 192
 193   /**
 194    * Returns the sequence position for an alignment position
 195    *
 196    * @param i
 197    *          column index in alignment (from 0..<length)
 198    *
 199    * @return residue number for residue (left of and) nearest ith column
 200    */
 201   public int findPosition(int i);
 202
 203   /**
 204    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 205    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 206    *
 207    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 208    *         residues in SequenceI object
 209    */
 210   public int[] gapMap();
 211
 212   /**
 213    * Returns an int array where indices correspond to each position in sequence
 214    * char array and the element value gives the result of findPosition for that
 215    * index in the sequence.
 216    *
 217    * @return int[SequenceI.getLength()]
 218    */
 219   public int[] findPositionMap();
 220
 221   /**
 222    * Delete a range of aligned sequence columns, creating a new dataset sequence
 223    * if necessary and adjusting start and end positions accordingly.
 224    *
 225    * @param i
 226    *          first column in range to delete (inclusive)
 227    * @param j
 228    *          last column in range to delete (exclusive)
 229    */
 230   public void deleteChars(int i, int j);
 231
 232   /**
 233    * DOCUMENT ME!
 234    *
 235    * @param i
 236    *          DOCUMENT ME!
 237    * @param c
 238    *          DOCUMENT ME!
 239    */
 240   public void insertCharAt(int i, char c);
 241
 242   /**
 243    * DOCUMENT ME!
 244    *
 245    * @param position
 246    *          DOCUMENT ME!
 247    * @param ch
 248    *          DOCUMENT ME!
 249    */
 250   public void insertCharAt(int position, int count, char ch);
 251
 252   /**
 253    * Gets array holding sequence features associated with this sequence. The
 254    * array may be held by the sequence's dataset sequence if that is defined.
 255    *
 256    * @return hard reference to array
 257    */
 258   public SequenceFeature[] getSequenceFeatures();
 259
 260   /**
 261    * Replaces the array of sequence features associated with this sequence with
 262    * a new array reference. If this sequence has a dataset sequence, then this
 263    * method will update the dataset sequence's feature array
 264    *
 265    * @param features
 266    *          New array of sequence features
 267    */
 268   public void setSequenceFeatures(SequenceFeature[] features);
 269
 270   /**
 271    * DOCUMENT ME!
 272    *
 273    * @param id
 274    *          DOCUMENT ME!
 275    */
 276   public void setPDBId(Vector<PDBEntry> ids);
 277
 278   /**
 279    * Returns a list
 280    *
 281    * @return DOCUMENT ME!
 282    */
 283   public Vector<PDBEntry> getAllPDBEntries();
 284
 285   /**
 286    * add entry to the vector of PDBIds, if it isn't in the list already
 287    *
 288    * @param entry
 289    */
 290   public void addPDBId(PDBEntry entry);
 291
 292   /**
 293    * update the list of PDBEntrys to include any DBRefEntrys citing structural
 294    * databases
 295    *
 296    * @return true if PDBEntry list was modified
 297    */
 298   public boolean updatePDBIds();
 299
 300   public String getVamsasId();
 301
 302   public void setVamsasId(String id);
 303
 304   public void setDBRefs(DBRefEntry[] dbs);
 305
 306   public DBRefEntry[] getDBRefs();
 307
 308   /**
 309    * add the given entry to the list of DBRefs for this sequence, or replace a
 310    * similar one if entry contains a map object and the existing one doesnt.
 311    *
 312    * @param entry
 313    */
 314   public void addDBRef(DBRefEntry entry);
 315
 316   public void addSequenceFeature(SequenceFeature sf);
 317
 318   public void deleteFeature(SequenceFeature sf);
 319
 320   public void setDatasetSequence(SequenceI seq);
 321
 322   public SequenceI getDatasetSequence();
 323
 324   /**
 325    * Returns a new array containing this sequence's annotations, or null.
 326    */
 327   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation();
 328
 329   /**
 330    * Returns true if this sequence has the given annotation (by object
 331    * identity).
 332    */
 333   public boolean hasAnnotation(AlignmentAnnotation ann);
 334
 335   /**
 336    * Add the given annotation, if not already added, and set its sequence ref to
 337    * be this sequence. Does nothing if this sequence's annotations already
 338    * include this annotation (by identical object reference).
 339    */
 340   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 341
 342   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 343
 344   /**
 345    * Derive a sequence (using this one's dataset or as the dataset)
 346    *
 347    * @return duplicate sequence with valid dataset sequence
 348    */
 349   public SequenceI deriveSequence();
 350
 351   /**
 352    * set the array of associated AlignmentAnnotation for this sequenceI
 353    *
 354    * @param revealed
 355    */
 356   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotation);
 357
 358   /**
 359    * Get one or more alignment annotations with a particular label.
 360    *
 361    * @param label
 362    *          string which each returned annotation must have as a label.
 363    * @return null or array of annotations.
 364    */
 365   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label);
 366
 367   /**
 368    * Returns a (possibly empty) list of any annotations that match on given
 369    * calcId (source) and label (type). Null values do not match.
 370    *
 371    * @param calcId
 372    * @param label
 373    */
 374   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
 375           String label);
 376
 377   /**
 378    * create a new dataset sequence (if necessary) for this sequence and sets
 379    * this sequence to refer to it. This call will move any features or
 380    * references on the sequence onto the dataset. It will also make a duplicate
 381    * of existing annotation rows for the dataset sequence, rather than relocate
 382    * them in order to preserve external references (since 2.8.2).
 383    *
 384    * @return dataset sequence for this sequence
 385    */
 386   public SequenceI createDatasetSequence();
 387
 388   /**
 389    * Transfer any database references or annotation from entry under a sequence
 390    * mapping. <br/>
 391    * <strong>Note: DOES NOT transfer sequence associated alignment annotation
 392    * </strong><br/>
 393    *
 394    * @param entry
 395    * @param mp
 396    *          null or mapping from entry's numbering to local start/end
 397    */
 398   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp);
 399
 400   /**
 401    * @param index
 402    *          The sequence index in the MSA
 403    */
 404   public void setIndex(int index);
 405
 406   /**
 407    * @return The index of the sequence in the alignment
 408    */
 409   public int getIndex();
 410
 411   /**
 412    * @return The RNA of the sequence in the alignment
 413    */
 414
 415   public RNA getRNA();
 416
 417   /**
 418    * @param rna
 419    *          The RNA.
 420    */
 421   public void setRNA(RNA rna);
 422
 423   /**
 424    *
 425    * @return list of insertions (gap characters) in sequence
 426    */
 427   public List<int[]> getInsertions();
 428
 429   /**
 430    * Given a pdbId String, return the equivalent PDBEntry if available in the
 431    * given sequence
 432    *
 433    * @param pdbId
 434    * @return
 435    */
 436   public PDBEntry getPDBEntry(String pdbId);
 437
 438   /**
 439    * Set the distinct source database, and accession number from which a
 440    * sequence and its start-end data were derived from. This is very important
 441    * for SIFTS mappings and must be set prior to performing SIFTS mapping.
 442    *
 443    * @param dbRef
 444    *          the source dbRef for the sequence
 445    */
 446   public void setSourceDBRef(DBRefEntryI dbRef);
 447
 448   /**
 449    * Get the distinct source database, and accession number from which a
 450    * sequence and its start-end data were derived from.
 451    *
 452    * @return
 453    */
 454   public DBRefEntryI getSourceDBRef();
 455 }