src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import java.awt.Color;\r
   4 \r
   5 public class SequenceNode extends BinaryNode {\r
   6 \r
   7   public float dist;\r
   8   public int count;\r
   9   public float height;\r
  10   public float ycount;\r
  11   public Color color = Color.black;\r
  12   public boolean dummy = false;\r
  13   public SequenceNode() {\r
  14     super();\r
  15   }\r
  16 \r
  17   public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist,String name) {\r
  18     super(val,parent,name);\r
  19     this.dist = dist;\r
  20   }\r
  21   public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name, float dist, int bootstrap, boolean dummy) {\r
  22     super(val,parent,name);\r
  23     this.dist = dist;\r
  24     this.bootstrap = bootstrap;\r
  25     this.dummy = dummy;\r
  26   }\r
  27 \r
  28 \r
  29   /**\r
  30    * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
  31    */\r
  32 \r
  33   public boolean isDummy() {\r
  34     return dummy;\r
  35   }\r
  36   public boolean setDummy(boolean newstate) {\r
  37     boolean oldstate = dummy;\r
  38     dummy = newstate;\r
  39     return oldstate;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   /**\r
  43    * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
  44    * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
  45    */\r
  46 \r
  47   public SequenceNode AscendTree() {\r
  48     SequenceNode c = this;\r
  49     do {\r
  50       c = (SequenceNode) c.parent();\r
  51     } while (c!=null && c.dummy);\r
  52     return c;\r
  53   }\r
  54 }\r