src/jalview/datamodel/StructureViewerModel.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 /**
  10  * A data bean to hold stored data about a structure viewer.
  11  */
  12 public class StructureViewerModel
  13 {
  14   private int x;
  15
  16   private int y;
  17
  18   private int width;
  19
  20   private int height;
  21
  22   private boolean alignWithPanel;
  23
  24   private boolean colourWithAlignPanel;
  25
  26   private boolean colourByViewer;
  27
  28   private String stateData = "";
  29
  30   private String viewId;
  31
  32   // CHIMERA or JMOL (for projects from Jalview 2.9 on)
  33   private String type;
  34
  35   private Map<File, StructureData> fileData = new HashMap<File, StructureData>();
  36
  37   public class StructureData
  38   {
  39     private String filePath;
  40
  41     private String pdbId;
  42
  43     private List<SequenceI> seqList;
  44
  45     // TODO and possibly a list of chains?
  46
  47     /**
  48      * Constructor given structure file path and id.
  49      *
  50      * @param pdbFile
  51      * @param id
  52      */
  53     public StructureData(String pdbFile, String id)
  54     {
  55       this.filePath = pdbFile;
  56       this.pdbId = id;
  57       this.seqList = new ArrayList<SequenceI>();
  58     }
  59
  60     public String getFilePath()
  61     {
  62       return filePath;
  63     }
  64
  65     protected void setFilePath(String filePath)
  66     {
  67       this.filePath = filePath;
  68     }
  69
  70     public String getPdbId()
  71     {
  72       return pdbId;
  73     }
  74
  75     protected void setPdbId(String pdbId)
  76     {
  77       this.pdbId = pdbId;
  78     }
  79
  80     public List<SequenceI> getSeqList()
  81     {
  82       return seqList;
  83     }
  84
  85     protected void setSeqList(List<SequenceI> seqList)
  86     {
  87       this.seqList = seqList;
  88     }
  89   }
  90
  91   public StructureViewerModel(int x, int y, int width, int height,
  92           boolean alignWithPanel, boolean colourWithAlignPanel,
  93           boolean colourByViewer, String viewId, String type)
  94   {
  95     this.x = x;
  96     this.y = y;
  97     this.width = width;
  98     this.height = height;
  99     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
 100     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
 101     this.colourByViewer = colourByViewer;
 102     this.viewId = viewId;
 103     this.type = type;
 104   }
 105
 106   public int getX()
 107   {
 108     return x;
 109   }
 110
 111   protected void setX(int x)
 112   {
 113     this.x = x;
 114   }
 115
 116   public int getY()
 117   {
 118     return y;
 119   }
 120
 121   protected void setY(int y)
 122   {
 123     this.y = y;
 124   }
 125
 126   public int getWidth()
 127   {
 128     return width;
 129   }
 130
 131   protected void setWidth(int width)
 132   {
 133     this.width = width;
 134   }
 135
 136   public int getHeight()
 137   {
 138     return height;
 139   }
 140
 141   public void setHeight(int height)
 142   {
 143     this.height = height;
 144   }
 145
 146   public boolean isAlignWithPanel()
 147   {
 148     return alignWithPanel;
 149   }
 150
 151   public void setAlignWithPanel(boolean alignWithPanel)
 152   {
 153     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
 154   }
 155
 156   public boolean isColourWithAlignPanel()
 157   {
 158     return colourWithAlignPanel;
 159   }
 160
 161   public void setColourWithAlignPanel(boolean colourWithAlignPanel)
 162   {
 163     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
 164   }
 165
 166   public boolean isColourByViewer()
 167   {
 168     return colourByViewer;
 169   }
 170
 171   public void setColourByViewer(boolean colourByViewer)
 172   {
 173     this.colourByViewer = colourByViewer;
 174   }
 175
 176   public String getStateData()
 177   {
 178     return stateData;
 179   }
 180
 181   public void setStateData(String stateData)
 182   {
 183     this.stateData = stateData;
 184   }
 185
 186   public Map<File, StructureData> getFileData()
 187   {
 188     return fileData;
 189   }
 190
 191   protected void setFileData(Map<File, StructureData> fileData)
 192   {
 193     this.fileData = fileData;
 194   }
 195
 196   public String getViewId()
 197   {
 198     return this.viewId;
 199   }
 200
 201   public String getType()
 202   {
 203     return this.type;
 204   }
 205 }