src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  28 import jalview.datamodel.Mapping;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.util.DBRefUtils;
  33 import jalview.util.DnaUtils;
  34 import jalview.util.MapList;
  35 import jalview.util.MappingUtils;
  36 import jalview.util.StringUtils;
  37
  38 import java.text.ParseException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43 import java.util.Map.Entry;
  44 import java.util.Vector;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 /**
  48  * Data model for one entry returned from an EMBL query, as marshalled by a
  49  * Castor binding file
  50  *
  51  * For example:
  52  * http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=J03321
  53  * &format=emblxml
  54  *
  55  * @see embl_mapping.xml
  56  */
  57 public class EmblEntry
  58 {
  59   private static final Pattern SPACE_PATTERN = Pattern.compile(" ");
  60
  61   String accession;
  62
  63   String entryVersion;
  64
  65   String sequenceVersion;
  66
  67   String dataClass;
  68
  69   String moleculeType;
  70
  71   String topology;
  72
  73   String sequenceLength;
  74
  75   String taxonomicDivision;
  76
  77   String description;
  78
  79   String firstPublicDate;
  80
  81   String firstPublicRelease;
  82
  83   String lastUpdatedDate;
  84
  85   String lastUpdatedRelease;
  86
  87   Vector<String> keywords;
  88
  89   Vector<DBRefEntry> dbRefs;
  90
  91   Vector<EmblFeature> features;
  92
  93   EmblSequence sequence;
  94
  95   /**
  96    * @return the accession
  97    */
  98   public String getAccession()
  99   {
 100     return accession;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * @param accession
 105    *          the accession to set
 106    */
 107   public void setAccession(String accession)
 108   {
 109     this.accession = accession;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * @return the dbRefs
 114    */
 115   public Vector<DBRefEntry> getDbRefs()
 116   {
 117     return dbRefs;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * @param dbRefs
 122    *          the dbRefs to set
 123    */
 124   public void setDbRefs(Vector<DBRefEntry> dbRefs)
 125   {
 126     this.dbRefs = dbRefs;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * @return the features
 131    */
 132   public Vector<EmblFeature> getFeatures()
 133   {
 134     return features;
 135   }
 136
 137   /**
 138    * @param features
 139    *          the features to set
 140    */
 141   public void setFeatures(Vector<EmblFeature> features)
 142   {
 143     this.features = features;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @return the keywords
 148    */
 149   public Vector<String> getKeywords()
 150   {
 151     return keywords;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * @param keywords
 156    *          the keywords to set
 157    */
 158   public void setKeywords(Vector<String> keywords)
 159   {
 160     this.keywords = keywords;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * @return the sequence
 165    */
 166   public EmblSequence getSequence()
 167   {
 168     return sequence;
 169   }
 170
 171   /**
 172    * @param sequence
 173    *          the sequence to set
 174    */
 175   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 176   {
 177     this.sequence = sequence;
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Recover annotated sequences from EMBL file
 182    *
 183    * @param sourceDb
 184    * @param peptides
 185    *          a list of protein products found so far (to add to)
 186    * @return dna dataset sequence with DBRefs and features
 187    */
 188   public SequenceI getSequence(String sourceDb, List<SequenceI> peptides)
 189   {
 190     SequenceI dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession,
 191             sequence.getSequence());
 192     dna.setDescription(description);
 193     DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb,
 194             getSequenceVersion(), accession);
 195     dna.addDBRef(retrievedref);
 196     // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 197     // dbref
 198     retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[] { 1, dna.getLength() },
 199             new int[] { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 200
 201     /*
 202      * transform EMBL Database refs to canonical form
 203      */
 204     if (dbRefs != null)
 205     {
 206       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 207       {
 208         dbref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(dbref.getSource()));
 209         dna.addDBRef(dbref);
 210       }
 211     }
 212
 213     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
 214     try
 215     {
 216       for (EmblFeature feature : features)
 217       {
 218         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 219         {
 220           parseCodingFeature(feature, sourceDb, dna, peptides, matcher);
 221         }
 222       }
 223     } catch (Exception e)
 224     {
 225       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 226       System.err
 227               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 228       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 229       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 230       e.printStackTrace(System.err);
 231     }
 232
 233     return dna;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Extracts coding region and product from a CDS feature and properly decorate
 238    * it with annotations.
 239    *
 240    * @param feature
 241    *          coding feature
 242    * @param sourceDb
 243    *          source database for the EMBLXML
 244    * @param dna
 245    *          parent dna sequence for this record
 246    * @param peptides
 247    *          list of protein product sequences for Embl entry
 248    * @param matcher
 249    *          helper to match xrefs in already retrieved sequences
 250    */
 251   void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 252           SequenceI dna, List<SequenceI> peptides, SequenceIdMatcher matcher)
 253   {
 254     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 255
 256     int[] exon = getCdsRanges(feature);
 257
 258     String prseq = null;
 259     String prname = "";
 260     String prid = null;
 261     Map<String, String> vals = new Hashtable<String, String>();
 262
 263     /*
 264      * codon_start 1/2/3 in EMBL corresponds to phase 0/1/2 in CDS
 265      * (phase is required for CDS features in GFF3 format)
 266      */
 267     int codonStart = 1;
 268
 269     /*
 270      * parse qualifiers, saving protein translation, protein id,
 271      * codon start position, product (name), and 'other values'
 272      */
 273     if (feature.getQualifiers() != null)
 274     {
 275       for (Qualifier q : feature.getQualifiers())
 276       {
 277         String qname = q.getName();
 278         if (qname.equals("translation"))
 279         {
 280           // remove all spaces (precompiled String.replaceAll(" ", ""))
 281           prseq = SPACE_PATTERN.matcher(q.getValues()[0]).replaceAll("");
 282         }
 283         else if (qname.equals("protein_id"))
 284         {
 285           prid = q.getValues()[0];
 286         }
 287         else if (qname.equals("codon_start"))
 288         {
 289           try
 290           {
 291             codonStart = Integer.parseInt(q.getValues()[0]);
 292           } catch (NumberFormatException e)
 293           {
 294             System.err.println("Invalid codon_start in XML for "
 295                     + accession + ": " + e.getMessage());
 296           }
 297         }
 298         else if (qname.equals("product"))
 299         {
 300           // sometimes name is returned e.g. for V00488
 301           prname = q.getValues()[0];
 302         }
 303         else
 304         {
 305           // throw anything else into the additional properties hash
 306           String[] qvals = q.getValues();
 307           if (qvals != null)
 308           {
 309             String commaSeparated = StringUtils.arrayToSeparatorList(qvals,
 310                     ",");
 311             vals.put(qname, commaSeparated);
 312           }
 313         }
 314       }
 315     }
 316
 317     DBRefEntry protEMBLCDS = null;
 318     exon = MappingUtils.removeStartPositions(codonStart - 1, exon);
 319     boolean noProteinDbref = true;
 320
 321     SequenceI product = null;
 322     Mapping map = null;
 323     if (prseq != null && prname != null && prid != null)
 324     {
 325       /*
 326        * look for product in peptides list, if not found, add it
 327        */
 328       product = matcher.findIdMatch(prid);
 329       if (product == null)
 330       {
 331         product = new Sequence(prid, prseq, 1, prseq.length());
 332         product.setDescription(((prname.length() == 0) ? "Protein Product from "
 333                 + sourceDb
 334                 : prname));
 335         peptides.add(product);
 336         matcher.add(product);
 337       }
 338
 339       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 340       // sequence
 341       if (exon == null || exon.length == 0)
 342       {
 343         System.err
 344                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 345                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 346         if (prseq.length() * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 347         {
 348           System.err
 349                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 350           // this might occur for CDS sequences where no features are
 351           // marked.
 352           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 353               dna.getEnd() };
 354           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 355                   3, 1);
 356         }
 357         if ((prseq.length() + 1) * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 358         {
 359           System.err
 360                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 361           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 362               dna.getEnd() - 3 };
 363           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 364                   3, 1);
 365         }
 366       }
 367       else
 368       {
 369         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 370         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 371
 372         if (isEmblCdna)
 373         {
 374           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 375           // map
 376           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 377           // sequence if it exists and set its map
 378           // make a new feature annotating the coding contig
 379         }
 380         else
 381         {
 382           // final product length truncation check
 383           // TODO should from range include stop codon even if not in protein
 384           // in order to include stop codon in CDS sequence (as done for
 385           // Ensembl)?
 386           int[] cdsRanges = adjustForProteinLength(prseq.length(), exon);
 387           map = new Mapping(product, cdsRanges, new int[] { 1,
 388               prseq.length() }, 3, 1);
 389           // reconstruct the EMBLCDS entry
 390           // TODO: this is only necessary when there codon annotation is
 391           // complete (I think JBPNote)
 392           DBRefEntry pcdnaref = new DBRefEntry();
 393           pcdnaref.setAccessionId(prid);
 394           pcdnaref.setSource(DBRefSource.EMBLCDS);
 395           pcdnaref.setVersion(getSequenceVersion()); // same as parent EMBL
 396                                                      // version.
 397           MapList mp = new MapList(new int[] { 1, prseq.length() },
 398                   new int[] { 1 + (codonStart - 1),
 399                       (codonStart - 1) + 3 * prseq.length() }, 1, 3);
 400           pcdnaref.setMap(new Mapping(mp));
 401           if (product != null)
 402           {
 403             product.addDBRef(pcdnaref);
 404             protEMBLCDS = new DBRefEntry(pcdnaref);
 405             protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 406             product.addDBRef(protEMBLCDS);
 407           }
 408         }
 409       }
 410       // add cds feature to dna seq - this may include the stop codon
 411       for (int xint = 0; exon != null && xint < exon.length; xint += 2)
 412       {
 413         SequenceFeature sf = makeCdsFeature(exon, xint, prname, prid, vals,
 414                 codonStart);
 415         sf.setType(feature.getName()); // "CDS"
 416         sf.setEnaLocation(feature.getLocation());
 417         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 418         dna.addSequenceFeature(sf);
 419       }
 420     }
 421
 422     /*
 423      * add dbRefs to sequence, and mappings for Uniprot xrefs
 424      */
 425     if (feature.dbRefs != null)
 426     {
 427       boolean mappingUsed = false;
 428       for (DBRefEntry ref : feature.dbRefs)
 429       {
 430         /*
 431          * ensure UniProtKB/Swiss-Prot converted to UNIPROT
 432          */
 433         ref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(ref.getSource()));
 434         if (ref.getSource().equals(DBRefSource.UNIPROT))
 435         {
 436           String proteinSeqName = DBRefSource.UNIPROT + "|"
 437                   + ref.getAccessionId();
 438           if (map != null && map.getTo() != null)
 439           {
 440             if (mappingUsed)
 441             {
 442               /*
 443                * two or more Uniprot xrefs for the same CDS -
 444                * each needs a distinct Mapping (as to a different sequence)
 445                */
 446               map = new Mapping(map);
 447             }
 448             mappingUsed = true;
 449
 450             /*
 451              * try to locate the protein mapped to (possibly by a
 452              * previous CDS feature)
 453              */
 454             SequenceI proteinSeq = matcher.findIdMatch(proteinSeqName);
 455             if (proteinSeq == null)
 456             {
 457               proteinSeq = new Sequence(proteinSeqName,
 458                       product.getSequenceAsString());
 459               matcher.add(proteinSeq);
 460               peptides.add(proteinSeq);
 461             }
 462             map.setTo(proteinSeq);
 463             map.getTo().addDBRef(
 464                     new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 465                             .getAccessionId()));
 466             ref.setMap(map);
 467           }
 468           noProteinDbref = false;
 469         }
 470         if (product != null)
 471         {
 472           DBRefEntry pref = new DBRefEntry(ref.getSource(),
 473                   ref.getVersion(), ref.getAccessionId());
 474           pref.setMap(null); // reference is direct
 475           product.addDBRef(pref);
 476           // Add converse mapping reference
 477           if (map != null)
 478           {
 479             Mapping pmap = new Mapping(dna, map.getMap().getInverse());
 480             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getSequenceVersion(),
 481                     this.getAccession());
 482             pref.setMap(pmap);
 483             if (map.getTo() != null)
 484             {
 485               map.getTo().addDBRef(pref);
 486             }
 487           }
 488         }
 489         dna.addDBRef(ref);
 490       }
 491       if (noProteinDbref && product != null)
 492       {
 493         // add protein coding reference to dna sequence so xref matches
 494         if (protEMBLCDS == null)
 495         {
 496           protEMBLCDS = new DBRefEntry();
 497           protEMBLCDS.setAccessionId(prid);
 498           protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 499           protEMBLCDS.setVersion(getSequenceVersion());
 500           protEMBLCDS
 501                   .setMap(new Mapping(product, map.getMap().getInverse()));
 502         }
 503         product.addDBRef(protEMBLCDS);
 504
 505         // Add converse mapping reference
 506         if (map != null)
 507         {
 508           Mapping pmap = new Mapping(product, protEMBLCDS.getMap().getMap()
 509                   .getInverse());
 510           DBRefEntry ncMap = new DBRefEntry(protEMBLCDS);
 511           ncMap.setMap(pmap);
 512           if (map.getTo() != null)
 513           {
 514             dna.addDBRef(ncMap);
 515           }
 516         }
 517       }
 518     }
 519   }
 520
 521   /**
 522    * Helper method to construct a SequenceFeature for one cds range
 523    *
 524    * @param exons
 525    *          array of cds [start, end, ...] positions
 526    * @param exonStartIndex
 527    *          offset into the exons array
 528    * @param proteinName
 529    * @param proteinAccessionId
 530    * @param vals
 531    *          map of 'miscellaneous values' for feature
 532    * @param codonStart
 533    *          codon start position for CDS (1/2/3, normally 1)
 534    * @return
 535    */
 536   protected SequenceFeature makeCdsFeature(int[] exons, int exonStartIndex,
 537           String proteinName, String proteinAccessionId,
 538           Map<String, String> vals, int codonStart)
 539   {
 540     int exonNumber = exonStartIndex / 2 + 1;
 541     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 542     sf.setBegin(Math.min(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 543     sf.setEnd(Math.max(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 544     sf.setDescription(String.format("Exon %d for protein '%s' EMBLCDS:%s",
 545             exonNumber, proteinName, proteinAccessionId));
 546     sf.setPhase(String.valueOf(codonStart - 1));
 547     sf.setStrand(exons[exonStartIndex] <= exons[exonStartIndex + 1] ? "+"
 548             : "-");
 549     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, exonNumber);
 550     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, proteinName);
 551     if (!vals.isEmpty())
 552     {
 553       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 554       boolean first = true;
 555       for (Entry<String, String> val : vals.entrySet())
 556       {
 557         if (!first)
 558         {
 559           sb.append(";");
 560         }
 561         sb.append(val.getKey()).append("=").append(val.getValue());
 562         first = false;
 563         sf.setValue(val.getKey(), val.getValue());
 564       }
 565       sf.setAttributes(sb.toString());
 566     }
 567     return sf;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Returns the CDS positions as a single array of [start, end, start, end...]
 572    * positions. If on the reverse strand, these will be in descending order.
 573    *
 574    * @param feature
 575    * @return
 576    */
 577   protected int[] getCdsRanges(EmblFeature feature)
 578   {
 579     if (feature.location == null)
 580     {
 581       return new int[] {};
 582     }
 583
 584     try
 585     {
 586       List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation(feature.location);
 587       return listToArray(ranges);
 588     } catch (ParseException e)
 589     {
 590       Cache.log.warn(String.format(
 591               "Not parsing inexact CDS location %s in ENA %s",
 592               feature.location, this.accession));
 593       return new int[] {};
 594     }
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Converts a list of [start, end] ranges to a single array of [start, end,
 599    * start, end ...]
 600    *
 601    * @param ranges
 602    * @return
 603    */
 604   int[] listToArray(List<int[]> ranges)
 605   {
 606     int[] result = new int[ranges.size() * 2];
 607     int i = 0;
 608     for (int[] range : ranges)
 609     {
 610       result[i++] = range[0];
 611       result[i++] = range[1];
 612     }
 613     return result;
 614   }
 615
 616   /**
 617    * truncate the last exon interval to the prlength'th codon
 618    *
 619    * @param prlength
 620    * @param exon
 621    * @return new exon
 622    */
 623   static int[] adjustForProteinLength(int prlength, int[] exon)
 624   {
 625     if (prlength <= 0 || exon == null)
 626     {
 627       return exon;
 628     }
 629     int desiredCdsLength = prlength * 3;
 630     int exonLength = MappingUtils.getLength(Arrays.asList(exon));
 631
 632     /*
 633      * assuming here exon might include stop codon in addition to protein codons
 634      */
 635     if (desiredCdsLength == exonLength
 636             || desiredCdsLength == exonLength - 3)
 637     {
 638       return exon;
 639     }
 640
 641     int origxon[];
 642     int sxpos = -1;
 643     int endxon = 0;
 644     origxon = new int[exon.length];
 645     System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 646     int cdspos = 0;
 647     for (int x = 0; x < exon.length; x += 2)
 648     {
 649       cdspos += Math.abs(exon[x + 1] - exon[x]) + 1;
 650       if (desiredCdsLength <= cdspos)
 651       {
 652         // advanced beyond last codon.
 653         sxpos = x;
 654         if (desiredCdsLength != cdspos)
 655         {
 656           // System.err
 657           // .println("Truncating final exon interval on region by "
 658           // + (cdspos - cdslength));
 659         }
 660
 661         /*
 662          * shrink the final exon - reduce end position if forward
 663          * strand, increase it if reverse
 664          */
 665         if (exon[x + 1] >= exon[x])
 666         {
 667           endxon = exon[x + 1] - cdspos + desiredCdsLength;
 668         }
 669         else
 670         {
 671           endxon = exon[x + 1] + cdspos - desiredCdsLength;
 672         }
 673         break;
 674       }
 675     }
 676
 677     if (sxpos != -1)
 678     {
 679       // and trim the exon interval set if necessary
 680       int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 681       System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 682       nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 683                                 // set
 684       exon = nxon;
 685     }
 686     return exon;
 687   }
 688
 689   public String getSequenceVersion()
 690   {
 691     return sequenceVersion;
 692   }
 693
 694   public void setSequenceVersion(String sequenceVersion)
 695   {
 696     this.sequenceVersion = sequenceVersion;
 697   }
 698
 699   public String getSequenceLength()
 700   {
 701     return sequenceLength;
 702   }
 703
 704   public void setSequenceLength(String sequenceLength)
 705   {
 706     this.sequenceLength = sequenceLength;
 707   }
 708
 709   public String getEntryVersion()
 710   {
 711     return entryVersion;
 712   }
 713
 714   public void setEntryVersion(String entryVersion)
 715   {
 716     this.entryVersion = entryVersion;
 717   }
 718
 719   public String getMoleculeType()
 720   {
 721     return moleculeType;
 722   }
 723
 724   public void setMoleculeType(String moleculeType)
 725   {
 726     this.moleculeType = moleculeType;
 727   }
 728
 729   public String getTopology()
 730   {
 731     return topology;
 732   }
 733
 734   public void setTopology(String topology)
 735   {
 736     this.topology = topology;
 737   }
 738
 739   public String getTaxonomicDivision()
 740   {
 741     return taxonomicDivision;
 742   }
 743
 744   public void setTaxonomicDivision(String taxonomicDivision)
 745   {
 746     this.taxonomicDivision = taxonomicDivision;
 747   }
 748
 749   public String getDescription()
 750   {
 751     return description;
 752   }
 753
 754   public void setDescription(String description)
 755   {
 756     this.description = description;
 757   }
 758
 759   public String getFirstPublicDate()
 760   {
 761     return firstPublicDate;
 762   }
 763
 764   public void setFirstPublicDate(String firstPublicDate)
 765   {
 766     this.firstPublicDate = firstPublicDate;
 767   }
 768
 769   public String getFirstPublicRelease()
 770   {
 771     return firstPublicRelease;
 772   }
 773
 774   public void setFirstPublicRelease(String firstPublicRelease)
 775   {
 776     this.firstPublicRelease = firstPublicRelease;
 777   }
 778
 779   public String getLastUpdatedDate()
 780   {
 781     return lastUpdatedDate;
 782   }
 783
 784   public void setLastUpdatedDate(String lastUpdatedDate)
 785   {
 786     this.lastUpdatedDate = lastUpdatedDate;
 787   }
 788
 789   public String getLastUpdatedRelease()
 790   {
 791     return lastUpdatedRelease;
 792   }
 793
 794   public void setLastUpdatedRelease(String lastUpdatedRelease)
 795   {
 796     this.lastUpdatedRelease = lastUpdatedRelease;
 797   }
 798
 799   public String getDataClass()
 800   {
 801     return dataClass;
 802   }
 803
 804   public void setDataClass(String dataClass)
 805   {
 806     this.dataClass = dataClass;
 807   }
 808 }