src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.FileReader;
   6 import java.io.Reader;
   7 import java.util.Vector;
   8
   9 import org.exolab.castor.mapping.Mapping;
  10 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  11
  12 public class EmblFile {
  13     Vector entries;
  14     Vector errors;
  15     /**
  16      * @return the entries
  17      */
  18     public Vector getEntries() {
  19         return entries;
  20     }
  21     /**
  22      * @param entries the entries to set
  23      */
  24     public void setEntries(Vector entries) {
  25         this.entries = entries;
  26     }
  27     /**
  28      * @return the errors
  29      */
  30     public Vector getErrors() {
  31         return errors;
  32     }
  33     /**
  34      * @param errors the errors to set
  35      */
  36     public void setErrors(Vector errors) {
  37         this.errors = errors;
  38     }
  39     /**
  40      * Parse an EmblXML file into an EmblFile object
  41      * @param file
  42      * @return parsed EmblXML or null if exceptions were raised
  43      */
  44     public static EmblFile getEmblFile(File file)
  45     {
  46         if (file==null)
  47             return null;
  48         try {
  49             return EmblFile.getEmblFile(new FileReader(file));
  50         }
  51         catch (Exception e) {
  52             System.err.println("Exception whilst reading EMBLfile from "+file);
  53             e.printStackTrace(System.err);
  54         }
  55         return null;
  56     }
  57     public static EmblFile getEmblFile(Reader file) {
  58         EmblFile record = new EmblFile();
  59         try
  60         {
  61           // 1. Load the mapping information from the file
  62           Mapping map = new Mapping(record.getClass().getClassLoader());
  63           java.net.URL url = record.getClass().getResource("/embl_mapping.xml");
  64           map.loadMapping(url);
  65
  66           // 2. Unmarshal the data
  67           Unmarshaller unmar = new Unmarshaller(record);
  68           try {
  69               // uncomment to DEBUG EMBLFile reading
  70             if (((String)jalview.bin.Cache.getDefault(jalview.bin.Cache.CASTORLOGLEVEL, "debug")).equalsIgnoreCase("DEBUG")
  71                     ) unmar.setDebug(jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled());
  72           } catch (Exception e) {};
  73           unmar.setIgnoreExtraElements(true);
  74           unmar.setMapping(map);
  75
  76           record = (EmblFile) unmar.unmarshal(file);
  77         }
  78         catch (Exception e)
  79         {
  80           e.printStackTrace(System.err);
  81           record=null;
  82         }
  83
  84
  85         return record;
  86       }
  87     public static void main(String args[]) {
  88         EmblFile myfile = EmblFile.getEmblFile(new File("C:\\Documents and Settings\\JimP\\workspace-3.2\\Jalview Release\\schemas\\embleRecordV1.1.xml"));
  89         if (myfile!=null && myfile.entries!=null && myfile.entries.size()>0)
  90             System.out.println(myfile.entries.size()+" Records read.");
  91         }
  92 }