src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 /**
  28  * Data model for an entry returned from a Uniprot query
  29  *
  30  * @see uniprot_mapping.xml
  31  */
  32 public class UniprotEntry
  33 {
  34
  35   UniprotSequence sequence;
  36
  37   Vector<String> name;
  38
  39   Vector<String> accession;
  40
  41   Vector<UniprotFeature> feature;
  42
  43   Vector<PDBEntry> dbrefs;
  44
  45   UniprotProteinName protName;
  46
  47   public void setAccession(Vector<String> items)
  48   {
  49     accession = items;
  50   }
  51
  52   public void setFeature(Vector<UniprotFeature> items)
  53   {
  54     feature = items;
  55   }
  56
  57   public Vector<UniprotFeature> getFeature()
  58   {
  59     return feature;
  60   }
  61
  62   public Vector<String> getAccession()
  63   {
  64     return accession;
  65   }
  66
  67   public void setProtein(UniprotProteinName names)
  68   {
  69     protName = names;
  70   }
  71
  72   public UniprotProteinName getProtein()
  73   {
  74     return protName;
  75   }
  76
  77   public void setName(Vector<String> na)
  78   {
  79     name = na;
  80   }
  81
  82   public Vector<String> getName()
  83   {
  84     return name;
  85   }
  86
  87   public UniprotSequence getUniprotSequence()
  88   {
  89     return sequence;
  90   }
  91
  92   public void setUniprotSequence(UniprotSequence seq)
  93   {
  94     sequence = seq;
  95   }
  96
  97   public Vector<PDBEntry> getDbReference()
  98   {
  99     return dbrefs;
 100   }
 101
 102   public void setDbReference(Vector<PDBEntry> dbref)
 103   {
 104     this.dbrefs = dbref;
 105   }
 106
 107 }