src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  22
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 /**
  26  * A data model class for binding from Uniprot XML via uniprot_mapping.xml
  27  */
  28 public class UniprotFeature
  29 {
  30   private String type;
  31
  32   private String description = null;
  33
  34   private String original = null;
  35
  36   private Vector<String> variation = null;
  37
  38   private String status;
  39
  40   private int begin;
  41
  42   private int end;
  43
  44   public String getType()
  45   {
  46     return type;
  47   }
  48
  49   public void setType(String t)
  50   {
  51     this.type = t;
  52   }
  53
  54   public String getDescription()
  55   {
  56     if (description == null && variation == null && original == null)
  57     {
  58       return null;
  59     }
  60     StringBuilder sb = new StringBuilder();
  61     if (description != null)
  62     {
  63       sb.append(description);
  64     }
  65     if (variation != null && variation.size() > 0)
  66     {
  67       int i = 0;
  68       for (String var : variation)
  69       {
  70         if (i++ > 0)
  71         {
  72           sb.append(",");
  73         }
  74         if (sb.length() > 0)
  75         {
  76           sb.append(" ");
  77         }
  78         sb.append("Variation: '" + var + "'");
  79       }
  80     }
  81     if (original != null)
  82     {
  83       if (sb.length() > 0)
  84       {
  85         sb.append(" ");
  86       }
  87       sb.append("Original: '" + original + "'");
  88     }
  89     return sb.toString();
  90   }
  91
  92   public void setDescription(String d)
  93   {
  94     this.description = d;
  95   }
  96
  97   public String getStatus()
  98   {
  99     return status;
 100   }
 101
 102   public void setStatus(String s)
 103   {
 104     this.status = s;
 105   }
 106
 107   public int getBegin()
 108   {
 109     return begin;
 110   }
 111
 112   public void setBegin(int b)
 113   {
 114     this.begin = b;
 115   }
 116
 117   public int getEnd()
 118   {
 119     return end;
 120   }
 121
 122   public void setEnd(int e)
 123   {
 124     this.end = e;
 125   }
 126
 127   public int getPosition()
 128   {
 129     return begin;
 130   }
 131
 132   public void setPosition(int p)
 133   {
 134     this.begin = p;
 135     this.end = p;
 136   }
 137
 138   public String getOriginal()
 139   {
 140     return original;
 141   }
 142
 143   public void setOriginal(String original)
 144   {
 145     this.original = original;
 146   }
 147
 148   public Vector<String> getVariation()
 149   {
 150     return variation;
 151   }
 152
 153   public void setVariation(Vector<String> variant)
 154   {
 155     this.variation = variant;
 156   }
 157 }