src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  22
  23 /**
  24  * A data model class for binding from Uniprot XML via uniprot_mapping.xml
  25  */
  26 public class UniprotFeature
  27 {
  28   private String type;
  29
  30   private String description = null;
  31
  32   private String original = null;
  33
  34   private String variation = null;
  35
  36   private String status;
  37
  38   private int begin;
  39
  40   private int end;
  41
  42   public String getType()
  43   {
  44     return type;
  45   }
  46
  47   public void setType(String t)
  48   {
  49     this.type = t;
  50   }
  51
  52   public String getDescription()
  53   {
  54     if (description == null && variation == null && original == null)
  55     {
  56       return null;
  57     }
  58     return (description == null ? "" : description)
  59             + (variation != null
  60                     ? (description != null ? " " : "") + "Variation: '"
  61                             + variation + "'"
  62                     : "")
  63             + (original != null
  64                     ? ((description != null || variation != null) ? " "
  65                             : "") + "Original: '" + original + "'"
  66                     : "");
  67   }
  68
  69   public void setDescription(String d)
  70   {
  71     this.description = d;
  72   }
  73
  74   public String getStatus()
  75   {
  76     return status;
  77   }
  78
  79   public void setStatus(String s)
  80   {
  81     this.status = s;
  82   }
  83
  84   public int getBegin()
  85   {
  86     return begin;
  87   }
  88
  89   public void setBegin(int b)
  90   {
  91     this.begin = b;
  92   }
  93
  94   public int getEnd()
  95   {
  96     return end;
  97   }
  98
  99   public void setEnd(int e)
 100   {
 101     this.end = e;
 102   }
 103
 104   public int getPosition()
 105   {
 106     return begin;
 107   }
 108
 109   public void setPosition(int p)
 110   {
 111     this.begin = p;
 112     this.end = p;
 113   }
 114
 115   public String getOriginal()
 116   {
 117     return original;
 118   }
 119
 120   public void setOriginal(String original)
 121   {
 122     this.original = original;
 123   }
 124
 125   public String getVariation()
 126   {
 127     return variation;
 128   }
 129
 130   public void setVariation(String variant)
 131   {
 132     this.variation = variant;
 133   }
 134 }