src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  22
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 /**
  26  * A data model class for binding from Uniprot XML via uniprot_mapping.xml
  27  */
  28 public class UniprotFeature
  29 {
  30   private String type;
  31
  32   private String description = null;
  33
  34   private String original = null;
  35
  36   private Vector<String> variation = null;
  37
  38   private String status;
  39
  40   private int begin;
  41
  42   private int end;
  43
  44   public String getType()
  45   {
  46     return type;
  47   }
  48
  49   public void setType(String t)
  50   {
  51     this.type = t;
  52   }
  53
  54   public String getDescription()
  55   {
  56     return description;
  57   }
  58
  59   public void setDescription(String d)
  60   {
  61     this.description = d;
  62   }
  63
  64   public String getStatus()
  65   {
  66     return status;
  67   }
  68
  69   public void setStatus(String s)
  70   {
  71     this.status = s;
  72   }
  73
  74   public int getBegin()
  75   {
  76     return begin;
  77   }
  78
  79   public void setBegin(int b)
  80   {
  81     this.begin = b;
  82   }
  83
  84   public int getEnd()
  85   {
  86     return end;
  87   }
  88
  89   public void setEnd(int e)
  90   {
  91     this.end = e;
  92   }
  93
  94   public int getPosition()
  95   {
  96     return begin;
  97   }
  98
  99   public void setPosition(int p)
 100   {
 101     this.begin = p;
 102     this.end = p;
 103   }
 104
 105   public String getOriginal()
 106   {
 107     return original;
 108   }
 109
 110   public void setOriginal(String original)
 111   {
 112     this.original = original;
 113   }
 114
 115   public Vector<String> getVariation()
 116   {
 117     return variation;
 118   }
 119
 120   public void setVariation(Vector<String> variant)
 121   {
 122     this.variation = variant;
 123   }
 124 }