src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCds.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
   5
   6 public class EnsemblCds extends EnsemblSeqProxy
   7 {
   8   /*
   9    * fetch cds features on genomic sequence (to identify the CDS regions)
  10    * and exon and variation features (to retain for display)
  11    */
  12   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  13       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.exon,
  14       EnsemblFeatureType.variation };
  15
  16   /**
  17    * Constructor
  18    */
  19   public EnsemblCds()
  20   {
  21     super();
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public String getDbName()
  26   {
  27     return "ENSEMBL (CDS)";
  28   }
  29
  30   @Override
  31   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  32   {
  33     return EnsemblSeqType.CDS;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  38   {
  39     return FEATURES_TO_FETCH;
  40   }
  41
  42   /**
  43    * Answers true unless the feature type is 'CDS' (or a sub-type of CDS in the
  44    * Sequence Ontology). CDS features are only retrieved in order to identify
  45    * the cds sequence range, and are redundant information on the cds sequence
  46    * itself.
  47    */
  48   @Override
  49   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  50   {
  51     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  52             SequenceOntology.CDS))
  53     {
  54       return false;
  55     }
  56     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  57   }
  58
  59   /**
  60    * Answers true if the sequence feature type is 'CDS' (or a subtype of CDS in
  61    * the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript we
  62    * are retrieving
  63    */
  64   @Override
  65   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  66   {
  67     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  68             SequenceOntology.CDS))
  69     {
  70       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  71       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  72       {
  73         return true;
  74       }
  75     }
  76     return false;
  77   }
  78
  79 }