src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenome.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
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   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
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   5 public class EnsemblGenome extends EnsemblSeqProxy
   6 {
   7   /*
   8    * fetch transcript features on genomic sequence (to identify the transcript
   9    * regions) and cds, exon and variation features (to retain)
  10    */
  11   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  12       EnsemblFeatureType.transcript, EnsemblFeatureType.exon,
  13       EnsemblFeatureType.cds /*, EnsemblFeatureType.variation */};
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  15   public EnsemblGenome()
  16   {
  17     super();
  18   }
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  20   @Override
  21   public String getDbName()
  22   {
  23     return "ENSEMBL (Genome)";
  24   }
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  26   @Override
  27   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  28   {
  29     return EnsemblSeqType.GENOMIC;
  30   }
  31
  32   @Override
  33   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  34   {
  35     return FEATURES_TO_FETCH;
  36   }
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  38   /**
  39    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type of
  40    * transcript in the Sequence Ontology). Transcript features are only
  41    * retrieved in order to identify the transcript sequence range, and are
  42    * redundant information on the transcript sequence itself.
  43    */
  44   @Override
  45   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  46   {
  47     if (isTranscript(sf.getType()))
  48     {
  49       return false;
  50     }
  51     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Answers true if the sequence feature type is 'transcript' (or a subtype of
  56    * transcript in the Sequence Ontology), and the ID of the feature is the
  57    * transcript we are retrieving
  58    */
  59   @Override
  60   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  61   {
  62     if (isTranscript(sf.getType()))
  63     {
  64       String id = (String) sf.getValue(ID);
  65       if (("transcript:" + accId).equals(id))
  66       {
  67         return true;
  68       }
  69     }
  70     return false;
  71   }
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  73 }