src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenome.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
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   6 public class EnsemblGenome extends EnsemblSeqProxy
   7 {
   8   /*
   9    * fetch transcript features on genomic sequence (to identify the transcript
  10    * regions) and cds, exon and variation features (to retain)
  11    */
  12   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  13       EnsemblFeatureType.transcript, EnsemblFeatureType.exon,
  14       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.variation };
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  16   public EnsemblGenome()
  17   {
  18     super();
  19   }
  20
  21   @Override
  22   public String getDbName()
  23   {
  24     return "ENSEMBL (Genome)";
  25   }
  26
  27   @Override
  28   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  29   {
  30     return EnsemblSeqType.GENOMIC;
  31   }
  32
  33   @Override
  34   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  35   {
  36     return FEATURES_TO_FETCH;
  37   }
  38
  39   /**
  40    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type of
  41    * transcript in the Sequence Ontology). Transcript features are only
  42    * retrieved in order to identify the transcript sequence range, and are
  43    * redundant information on the transcript sequence itself.
  44    */
  45   @Override
  46   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  47   {
  48     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  49             SequenceOntology.TRANSCRIPT))
  50     {
  51       return false;
  52     }
  53     return super.retainFeature(sf, accessionId);
  54   }
  55
  56   /**
  57    * Answers true if the sequence feature type is 'transcript' (or a subtype of
  58    * transcript in the Sequence Ontology), and the ID of the feature is the
  59    * transcript we are retrieving
  60    */
  61   @Override
  62   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  63   {
  64     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  65             SequenceOntology.TRANSCRIPT))
  66     {
  67       String id = (String) sf.getValue(ID);
  68       if (("transcript:" + accId).equals(id))
  69       {
  70         return true;
  71       }
  72     }
  73     return false;
  74   }
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  76 }