src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenome.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
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   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
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   5 public class EnsemblGenome extends EnsemblSeqProxy
   6 {
   7   /*
   8    * fetch transcript features on genomic sequence (to identify the transcript
   9    * regions) and cds, exon and variation features (to retain)
  10    */
  11   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  12       EnsemblFeatureType.transcript, EnsemblFeatureType.exon,
  13       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.variation };
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  15   public EnsemblGenome()
  16   {
  17     super();
  18   }
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  20   @Override
  21   public String getDbName()
  22   {
  23     return "ENSEMBL (Genomic)";
  24   }
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  26   @Override
  27   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  28   {
  29     return EnsemblSeqType.GENOMIC;
  30   }
  31
  32   @Override
  33   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  34   {
  35     return FEATURES_TO_FETCH;
  36   }
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  38   /**
  39    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type of
  40    * transcript in the Sequence Ontology), or has a parent other than the given
  41    * accession id. Transcript features are only retrieved in order to identify
  42    * the transcript sequence range, and are redundant information on the
  43    * transcript sequence itself.
  44    */
  45   @Override
  46   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  47   {
  48     if (isTranscript(sf.getType()))
  49     {
  50       return false;
  51     }
  52     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  53   }
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  55   /**
  56    * Answers true if the sequence feature type is 'transcript' (or a subtype of
  57    * transcript in the Sequence Ontology), and the ID of the feature is the
  58    * transcript we are retrieving
  59    */
  60   @Override
  61   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  62   {
  63     if (isTranscript(sf.getType()))
  64     {
  65       String id = (String) sf.getValue(ID);
  66       if (("transcript:" + accId).equals(id))
  67       {
  68         return true;
  69       }
  70     }
  71     return false;
  72   }
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  74 }