src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenome.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
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   6 public class EnsemblGenome extends EnsemblSeqProxy
   7 {
   8   /*
   9    * fetch transcript features on genomic sequence (to identify the transcript
  10    * regions) and cds, exon and variation features (to retain)
  11    */
  12   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  13       EnsemblFeatureType.transcript, EnsemblFeatureType.exon,
  14       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.variation };
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  16   public EnsemblGenome()
  17   {
  18     super();
  19   }
  20
  21   @Override
  22   public String getDbName()
  23   {
  24     return "ENSEMBL (Genome)";
  25   }
  26
  27   @Override
  28   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  29   {
  30     return EnsemblSeqType.GENOMIC;
  31   }
  32
  33   @Override
  34   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  35   {
  36     return FEATURES_TO_FETCH;
  37   }
  38
  39   /**
  40    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type of
  41    * transcript in the Sequence Ontology). Transcript features are only
  42    * retrieved in order to identify the transcript sequence range, and are
  43    * redundant information on the transcript sequence itself.
  44    */
  45   @Override
  46   protected boolean retainFeature(String type)
  47   {
  48     return !SequenceOntology.getInstance().isA(type,
  49             SequenceOntology.TRANSCRIPT);
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Answers true if the sequence feature type is 'transcript' (or a subtype of
  54    * transcript in the Sequence Ontology), and the ID of the feature is the
  55    * transcript we are retrieving
  56    */
  57   @Override
  58   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  59   {
  60     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  61             SequenceOntology.TRANSCRIPT))
  62     {
  63       String parentFeature = (String) sf.getValue("ID");
  64       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  65       {
  66         return true;
  67       }
  68     }
  69     return false;
  70   }
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  72 }