src/jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.net.MalformedURLException;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.util.Arrays;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.json.simple.JSONObject;
  33 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  34 import org.json.simple.parser.ParseException;
  35
  36 /**
  37  * A client for the Ensembl lookup REST endpoint, used to find the gene
  38  * identifier given a gene, transcript or protein identifier.
  39  *
  40  * @author gmcarstairs
  41  */
  42 public class EnsemblLookup extends EnsemblRestClient
  43 {
  44   /**
  45    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
  46    */
  47   public EnsemblLookup()
  48   {
  49     super();
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Constructor given the target domain to fetch data from
  54    *
  55    * @param
  56    */
  57   public EnsemblLookup(String d)
  58   {
  59     super(d);
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public String getDbName()
  64   {
  65     return "ENSEMBL";
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  70   {
  71     return null;
  72   }
  73
  74   @Override
  75   protected URL getUrl(List<String> ids) throws MalformedURLException
  76   {
  77     String identifier = ids.get(0);
  78     return getUrl(identifier, null);
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Gets the url for lookup of the given identifier, optionally with objectType
  83    * also specified in the request
  84    *
  85    * @param identifier
  86    * @param objectType
  87    * @return
  88    */
  89   protected URL getUrl(String identifier, String objectType)
  90   {
  91     String url = getDomain() + "/lookup/id/" + identifier
  92             + CONTENT_TYPE_JSON;
  93     if (objectType != null)
  94     {
  95       url += "&" + OBJECT_TYPE + "=" + objectType;
  96     }
  97
  98     try
  99     {
 100       return new URL(url);
 101     } catch (MalformedURLException e)
 102     {
 103       return null;
 104     }
 105   }
 106
 107   @Override
 108   protected boolean useGetRequest()
 109   {
 110     return true;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Returns the gene id related to the given identifier, which may be for a
 115    * gene, transcript or protein
 116    *
 117    * @param identifier
 118    * @return
 119    */
 120   public String getGeneId(String identifier)
 121   {
 122     return getGeneId(identifier, null);
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Returns the gene id related to the given identifier (which may be for a
 127    * gene, transcript or protein)
 128    *
 129    * @param identifier
 130    * @param objectType
 131    * @return
 132    */
 133   public String getGeneId(String identifier, String objectType)
 134   {
 135     List<String> ids = Arrays.asList(new String[] { identifier });
 136
 137     BufferedReader br = null;
 138     try
 139     {
 140       URL url = getUrl(identifier, objectType);
 141       if (url != null)
 142       {
 143         br = getHttpResponse(url, ids);
 144       }
 145       return br == null ? null : parseResponse(br);
 146     } catch (IOException e)
 147     {
 148       // ignore
 149       return null;
 150     } finally
 151     {
 152       if (br != null)
 153       {
 154         try
 155         {
 156           br.close();
 157         } catch (IOException e)
 158         {
 159           // ignore
 160         }
 161       }
 162     }
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Parses the JSON response and returns the gene identifier, or null if not
 167    * found. If the returned object_type is Gene, returns the id, if Transcript
 168    * returns the Parent. If it is Translation (peptide identifier), then the
 169    * Parent is the transcript identifier, so we redo the search with this value.
 170    *
 171    * @param br
 172    * @return
 173    * @throws IOException
 174    */
 175   protected String parseResponse(BufferedReader br) throws IOException
 176   {
 177     String geneId = null;
 178     JSONParser jp = new JSONParser();
 179     try
 180     {
 181       JSONObject val = (JSONObject) jp.parse(br);
 182       String type = val.get(OBJECT_TYPE).toString();
 183       if (OBJECT_TYPE_GENE.equalsIgnoreCase(type))
 184       {
 185         // got the gene - just returns its id
 186         geneId = val.get(ID).toString();
 187       }
 188       else if (OBJECT_TYPE_TRANSCRIPT.equalsIgnoreCase(type))
 189       {
 190         // got the transcript - return its (Gene) Parent
 191         geneId = val.get(PARENT).toString();
 192       }
 193       else if (OBJECT_TYPE_TRANSLATION.equalsIgnoreCase(type))
 194       {
 195         // got the protein - get its Parent, restricted to type Transcript
 196         String transcriptId = val.get(PARENT).toString();
 197         geneId = getGeneId(transcriptId, OBJECT_TYPE_TRANSCRIPT);
 198       }
 199     } catch (ParseException e)
 200     {
 201       // ignore
 202     }
 203     return geneId;
 204   }
 205
 206 }