src/jalview/ext/ensembl/EnsemblProtein.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6
   7 public class EnsemblProtein extends EnsemblSeqProxy
   8 {
   9
  10   public EnsemblProtein()
  11   {
  12     super();
  13   }
  14
  15   @Override
  16   public String getDbName()
  17   {
  18     return "ENSEMBL (Protein)";
  19   }
  20
  21   @Override
  22   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  23   {
  24     return EnsemblSeqType.PROTEIN;
  25   }
  26
  27   /**
  28    * Returns false, as this fetcher does not retrieve DNA sequences.
  29    */
  30   @Override
  31   public boolean isDnaCoding()
  32   {
  33     return false;
  34   }
  35
  36   /**
  37    * Test query is to the protein translation of transcript ENST00000288602
  38    */
  39   @Override
  40   public String getTestQuery()
  41   {
  42     return "ENSP00000288602";
  43   }
  44
  45   /**
  46    * Overrides base class method to do nothing - genomic features are not
  47    * applicable to the protein product sequence
  48    */
  49   @Override
  50   protected void addFeaturesAndProduct(String accId, AlignmentI alignment,
  51           SequenceI genomicSequence)
  52   {
  53   }
  54
  55   @Override
  56   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  57   {
  58     // not applicable - can't fetch genomic features for a protein sequence
  59     return null;
  60   }
  61
  62   @Override
  63   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  64   {
  65     // not applicable - protein sequence is not a 'subset' of genomic sequence
  66     return false;
  67   }
  68
  69 }