src/jalview/fts/service/alphafold/AlphafoldRestClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.fts.service.alphafold;
  22
  23 import java.net.MalformedURLException;
  24 import java.net.URL;
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.Collection;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Map;
  29 import java.util.Objects;
  30
  31 import jalview.bin.Console;
  32 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  33 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.fts.api.FTSData;
  36 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  37 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  38 import jalview.util.DBRefUtils;
  39 import jalview.util.HttpUtils;
  40 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  41
  42 public class AlphafoldRestClient
  43 {
  44
  45   /**
  46    * turns a uniprot ID into a fake alphafold entry for the structure chooser -
  47    * fakes PDB fields in response
  48    *
  49    * @param UniprotID
  50    * @return null or an FTS Record (if alphafold thinks it has a structure)
  51    */
  52   public static List<FTSData> getFTSData(// Map<String, Object> pdbJsonDoc,
  53           FTSRestRequest request)
  54   {
  55     List<FTSData> records = new ArrayList<FTSData>();
  56     String primaryKey = null;
  57
  58     Object[] summaryRowData;
  59
  60     SequenceI associatedSequence;
  61
  62     Collection<FTSDataColumnI> diplayFields = request.getWantedFields();
  63     SequenceI associatedSeq = request.getAssociatedSequence();
  64
  65     for (DBRefEntry upref : DBRefUtils
  66             .selectRefs(associatedSeq.getPrimaryDBRefs(), new String[]
  67             { DBRefSource.UNIPROT }))
  68     {
  69       String alphaFoldId = "AF-" + upref.getAccessionId() + "-F1";
  70       try
  71       {
  72         String urls = EBIAlfaFold.getAlphaFoldCifDownloadUrl(alphaFoldId);
  73         URL url = new URL(urls);
  74         if (!HttpUtils.checkUrlAvailable(url, 50))
  75         {
  76           continue;
  77         }
  78       } catch (Exception mfe)
  79       {
  80         Console.debug("Exception accessing urls", mfe);
  81         continue;
  82       }
  83       int colCounter = 0;
  84       summaryRowData = new Object[(associatedSeq != null)
  85               ? diplayFields.size() + 1
  86               : diplayFields.size()];
  87       if (associatedSeq != null)
  88       {
  89         associatedSequence = associatedSeq;
  90         summaryRowData[0] = associatedSequence;
  91         colCounter = 1;
  92       }
  93
  94       for (FTSDataColumnI field : diplayFields)
  95       {
  96         String fieldData = "alphafold";// (pdbJsonDoc.get(field.getCode()) ==
  97                                        // null) ? ""
  98         // : pdbJsonDoc.get(field.getCode()).toString();
  99         if (field.isPrimaryKeyColumn())
 100         {
 101           primaryKey = alphaFoldId;
 102           summaryRowData[colCounter++] = alphaFoldId;
 103         }
 104         else if (fieldData == null || fieldData.isEmpty())
 105         {
 106           summaryRowData[colCounter++] = null;
 107         }
 108         else
 109         {
 110           try
 111           {
 112             summaryRowData[colCounter++] = (field.getDataType()
 113                     .getDataTypeClass() == Integer.class)
 114                             ? 1
 115                             : (field.getDataType()
 116                                     .getDataTypeClass() == Double.class)
 117                                             ? 1.3131313
 118                                             : "AlphaFold clarity";
 119           } catch (Exception e)
 120           {
 121             e.printStackTrace();
 122             System.out.println("offending value:" + fieldData);
 123           }
 124         }
 125       }
 126
 127       final String primaryKey1 = primaryKey;
 128
 129       final Object[] summaryRowData1 = summaryRowData;
 130       records.add(new FTSData()
 131       {
 132         @Override
 133         public Object[] getSummaryData()
 134         {
 135           return summaryRowData1;
 136         }
 137
 138         @Override
 139         public Object getPrimaryKey()
 140         {
 141           return primaryKey1;
 142         }
 143
 144         /**
 145          * Returns a string representation of this object;
 146          */
 147         @Override
 148         public String toString()
 149         {
 150           StringBuilder summaryFieldValues = new StringBuilder();
 151           for (Object summaryField : summaryRowData1)
 152           {
 153             summaryFieldValues.append(
 154                     summaryField == null ? " " : summaryField.toString())
 155                     .append("\t");
 156           }
 157           return summaryFieldValues.toString();
 158         }
 159
 160         /**
 161          * Returns hash code value for this object
 162          */
 163         @Override
 164         public int hashCode()
 165         {
 166           return Objects.hash(primaryKey1, this.toString());
 167         }
 168
 169         @Override
 170         public boolean equals(Object that)
 171         {
 172           return this.toString().equals(that.toString());
 173         }
 174       });
 175     }
 176     return records;
 177   }
 178 }