src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.SearchResults;
  39 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  40 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  41 import jalview.datamodel.SequenceI;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  45 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  46 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  47 import jalview.structure.SelectionSource;
  48 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  49 import jalview.structure.VamsasSource;
  50 import jalview.util.ColorUtils;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  53 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  54
  55 import java.awt.Container;
  56 import java.awt.Dimension;
  57 import java.awt.Font;
  58 import java.awt.FontMetrics;
  59 import java.awt.Rectangle;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.Hashtable;
  62 import java.util.Iterator;
  63 import java.util.List;
  64
  65 import javax.swing.JInternalFrame;
  66
  67 /**
  68  * DOCUMENT ME!
  69  *
  70  * @author $author$
  71  * @version $Revision: 1.141 $
  72  */
  73 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  74         implements SelectionSource
  75 {
  76
  77   public final static int NO_SPLIT = 0;
  78
  79   public final static int SPLIT_FRAME = 1;
  80
  81   public final static int NEW_WINDOW = 2;
  82
  83
  84   Font font;
  85
  86   boolean cursorMode = false;
  87
  88   boolean antiAlias = false;
  89
  90   private Rectangle explodedGeometry = null;
  91
  92   private String viewName = null;
  93
  94   /*
  95    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  96    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  97    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  98    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  99    * view is created.
 100    */
 101   private boolean gatherViewsHere = false;
 102
 103   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
 104
 105   /**
 106    * Creates a new AlignViewport object.
 107    *
 108    * @param al
 109    *          alignment to view
 110    */
 111   public AlignViewport(AlignmentI al)
 112   {
 113     super(al);
 114     init();
 115   }
 116
 117   /**
 118    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 119    *
 120    * @param al
 121    * @param seqsetid
 122    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 123    */
 124   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 125   {
 126     this(al, seqsetid, null);
 127   }
 128
 129   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 130   {
 131     super(al);
 132     sequenceSetID = seqsetid;
 133     viewId = viewid;
 134     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 135     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 136     {
 137       Cache.log.debug(
 138               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 139     }
 140     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 141     {
 142       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 143     }
 144     init();
 145
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 150    *
 151    * @param al
 152    *          AlignmentI
 153    * @param hiddenColumns
 154    *          ColumnSelection
 155    */
 156   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 157   {
 158     super(al);
 159     if (hiddenColumns != null)
 160     {
 161       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 162     }
 163     init();
 164   }
 165
 166   /**
 167    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 168    *
 169    * @param al
 170    * @param hiddenColumns
 171    * @param seqsetid
 172    *          (may be null)
 173 f   */
 174   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 175           String seqsetid)
 176   {
 177     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 178   }
 179
 180   /**
 181    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 182    *
 183    * @param al
 184    * @param hiddenColumns
 185    * @param seqsetid
 186    *          (may be null)
 187    * @param viewid
 188    *          (may be null)
 189    */
 190   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 191           String seqsetid, String viewid)
 192   {
 193     super(al);
 194     sequenceSetID = seqsetid;
 195     viewId = viewid;
 196     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 197     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 198     {
 199       Cache.log.debug(
 200               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 201     }
 202     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 203     {
 204       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 205     }
 206
 207     if (hiddenColumns != null)
 208     {
 209       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 210     }
 211     init();
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Apply any settings saved in user preferences
 216    */
 217   private void applyViewProperties()
 218   {
 219     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true);
 220
 221     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 222     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 223
 224     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 225     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 226     autoCalculateConsensusAndConservation = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 227
 228     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 229     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 230     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 231     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 232     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 233     viewStyle.setShowUnconserved(
 234             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 235     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 236     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 237     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 238             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 239                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 240     showAutocalculatedAbove = Cache
 241             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 242     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 243             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 244   }
 245
 246   void init()
 247   {
 248     applyViewProperties();
 249
 250     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 251     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 252     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 253
 254     int style = 0;
 255
 256     if (fontStyle.equals("bold"))
 257     {
 258       style = 1;
 259     }
 260     else if (fontStyle.equals("italic"))
 261     {
 262       style = 2;
 263     }
 264
 265     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 266
 267     alignment
 268             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 269
 270     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 271     // as Blosum and Clustal require this to be done
 272     if (hconsensus == null && !isDataset)
 273     {
 274       if (!alignment.isNucleotide())
 275       {
 276         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 277         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 278         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 279                 false);
 280       }
 281       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 282               true);
 283       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 284       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 285               false);
 286       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 287       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 288
 289       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 290     }
 291     initAutoAnnotation();
 292     String colourProperty = alignment.isNucleotide()
 293             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 294             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 295     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 296     if (schemeName == null)
 297     {
 298       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 299       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 300               ResidueColourScheme.NONE);
 301     }
 302     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty
 303             .getColourScheme(this, alignment, schemeName);
 304     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 305
 306     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 307     {
 308       residueShading = new ResidueShader(
 309               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 310       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 311     }
 312
 313     if (residueShading != null)
 314     {
 315       residueShading.setConsensus(hconsensus);
 316     }
 317     setColourAppliesToAllGroups(true);
 318   }
 319
 320   boolean validCharWidth;
 321
 322   /**
 323    * {@inheritDoc}
 324    */
 325   @Override
 326   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 327   {
 328     font = f;
 329
 330     Container c = new Container();
 331
 332     if (setGrid)
 333     {
 334       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 335       int ww = fm.charWidth('M');
 336       setCharHeight(fm.getHeight());
 337       setCharWidth(ww);
 338     }
 339     viewStyle.setFontName(font.getName());
 340     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 341     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 342
 343     validCharWidth = true;
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 348   {
 349     super.setViewStyle(settingsForView);
 350     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 351             viewStyle.getFontSize()), false);
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @return DOCUMENT ME!
 358    */
 359   public Font getFont()
 360   {
 361     return font;
 362   }
 363
 364   /**
 365    * DOCUMENT ME!
 366    *
 367    * @param align
 368    *          DOCUMENT ME!
 369    */
 370   @Override
 371   public void setAlignment(AlignmentI align)
 372   {
 373     replaceMappings(align);
 374     super.setAlignment(align);
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 379    * viewport
 380    *
 381    * @param align
 382    */
 383   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 384   {
 385
 386     /*
 387      * Deregister current mappings (if any)
 388      */
 389     deregisterMappings();
 390
 391     /*
 392      * Register new mappings (if any)
 393      */
 394     if (align != null)
 395     {
 396       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 397               .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
 398       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 399     }
 400
 401     /*
 402      * replace mappings on our alignment
 403      */
 404     if (alignment != null && align != null)
 405     {
 406       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 407     }
 408   }
 409
 410   protected void deregisterMappings()
 411   {
 412     AlignmentI al = getAlignment();
 413     if (al != null)
 414     {
 415       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 416       if (mappings != null)
 417       {
 418         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 419                 .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
 420         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 421         {
 422           if (noReferencesTo(acf))
 423           {
 424             ssm.deregisterMapping(acf);
 425           }
 426         }
 427       }
 428     }
 429   }
 430
 431   /**
 432    * DOCUMENT ME!
 433    *
 434    * @return DOCUMENT ME!
 435    */
 436   @Override
 437   public char getGapCharacter()
 438   {
 439     return getAlignment().getGapCharacter();
 440   }
 441
 442   /**
 443    * DOCUMENT ME!
 444    *
 445    * @param gap
 446    *          DOCUMENT ME!
 447    */
 448   public void setGapCharacter(char gap)
 449   {
 450     if (getAlignment() != null)
 451     {
 452       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 453     }
 454   }
 455
 456   /**
 457    * returns the visible column regions of the alignment
 458    *
 459    * @param selectedRegionOnly
 460    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 461    *          area
 462    * @return
 463    */
 464   public Iterator<int[]> getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 465   {
 466     int start = 0;
 467     int end = 0;
 468     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 469     {
 470       start = selectionGroup.getStartRes();
 471       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 472     }
 473     else
 474     {
 475       end = alignment.getWidth();
 476     }
 477     return (alignment.getHiddenColumns().getVisContigsIterator(start, end,
 478             false));
 479   }
 480
 481   /**
 482    * get hash of undo and redo list for the alignment
 483    *
 484    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 485    */
 486   public long[] getUndoRedoHash()
 487   {
 488     // TODO: JAL-1126
 489     if (historyList == null || redoList == null)
 490     {
 491       return new long[] { -1, -1 };
 492     }
 493     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 494   }
 495
 496   /**
 497    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 498    * the undo and redo list.
 499    *
 500    * @param undoredo
 501    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 502    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 503    *         the stored hashcode array differs in size
 504    */
 505   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 506   {
 507     if (undoredo == null)
 508     {
 509       return true;
 510     }
 511     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 512     if (cstate.length != undoredo.length)
 513     {
 514       return true;
 515     }
 516
 517     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 518     {
 519       if (cstate[i] != undoredo[i])
 520       {
 521         return true;
 522       }
 523     }
 524     return false;
 525   }
 526
 527   public boolean followSelection = true;
 528
 529   /**
 530    * @return true if view selection should always follow the selections
 531    *         broadcast by other selection sources
 532    */
 533   public boolean getFollowSelection()
 534   {
 535     return followSelection;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 540    */
 541   @Override
 542   public void sendSelection()
 543   {
 544     jalview.structure.StructureSelectionManager
 545             .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance())
 546             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 547                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 548                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 549                     this);
 550   }
 551
 552   /**
 553    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 554    * components currently handling the given viewport.
 555    *
 556    * @param av
 557    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 558    *         reference
 559    */
 560   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 561   {
 562     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 563             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 564     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 565     {
 566       if (aps[p].av == this)
 567       {
 568         return aps[p];
 569       }
 570     }
 571     return null;
 572   }
 573
 574   public boolean getSortByTree()
 575   {
 576     return sortByTree;
 577   }
 578
 579   public void setSortByTree(boolean sort)
 580   {
 581     sortByTree = sort;
 582   }
 583
 584   /**
 585    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 586    */
 587   @Override
 588   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 589   {
 590     return StructureSelectionManager
 591             .getStructureSelectionManager(Desktop.getInstance());
 592   }
 593
 594   @Override
 595   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 596   {
 597     return normaliseSequenceLogo;
 598   }
 599
 600   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 601   {
 602     normaliseSequenceLogo = state;
 603   }
 604
 605   /**
 606    *
 607    * @return true if alignment characters should be displayed
 608    */
 609   @Override
 610   public boolean isValidCharWidth()
 611   {
 612     return validCharWidth;
 613   }
 614
 615   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 616
 617   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 618   {
 619     return calcIdParams.get(calcId);
 620   }
 621
 622   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 623           boolean needsUpdate)
 624   {
 625     calcIdParams.put(calcId, settings);
 626     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 627     // restarted after load
 628     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 629     if (needsUpdate)
 630     {
 631       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 632     }
 633   }
 634
 635   /**
 636    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 637    * broadcast to here.
 638    *
 639    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 640    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 641    * and then for each edit in turn:
 642    * <ul>
 643    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 644    * <li>apply the mapped edit</li>
 645    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 646    * sequences</li>
 647    * </ul>
 648    *
 649    * @param command
 650    * @param undo
 651    * @param ssm
 652    */
 653   @Override
 654   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 655           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 656   {
 657     /*
 658      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 659      * with direct calls not via SSM.
 660      */
 661     if (source instanceof AlignViewportI
 662             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 663     {
 664       // ok to continue;
 665     }
 666     else
 667     {
 668       return;
 669     }
 670
 671     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 672             getGapCharacter());
 673     if (mappedCommand != null)
 674     {
 675       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 676       mappedCommand.doCommand(views);
 677       getAlignPanel().alignmentChanged();
 678     }
 679   }
 680
 681   /**
 682    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 683    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 684    * and protein linked.
 685    *
 686    * @param toAdd
 687    * @param title
 688    */
 689   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 690   {
 691     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 692
 693     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 694     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 695     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 696
 697     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 698     // this comment:
 699     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 700
 701     /*
 702      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 703      * mappings operate on dataset sequences
 704      */
 705     toAdd.setDataset(null);
 706
 707     /*
 708      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 709      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 710      */
 711     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 712
 713     /*
 714      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 715      * offer to open a split frame with linked alignments
 716      */
 717     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 718     {
 719       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 720       {
 721         openLinkedAlignment(toAdd, title);
 722         return;
 723       }
 724     }
 725     addDataToAlignment(toAdd);
 726   }
 727
 728   /**
 729    * adds sequences to this alignment
 730    *
 731    * @param toAdd
 732    */
 733   void addDataToAlignment(AlignmentI toAdd)
 734   {
 735     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 736     // provenance) should share the same dataset sequence
 737
 738     AlignmentI al = getAlignment();
 739     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 740     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 741     {
 742       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 743       /*
 744        * experimental!
 745        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 746        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 747        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 748        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 749        */
 750       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 751       {
 752         al.addSequence(seq);
 753       }
 754     }
 755
 756     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight() - 1); // BH 2019.04.18
 757     notifyAlignment();
 758
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 763    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 764    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 765    * declined the offer.
 766    *
 767    * @param al
 768    * @param title
 769    */
 770   protected void openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 771   {
 772     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 773         MessageManager.getString("label.split_window"),
 774         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 775     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 776             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 777     final AlignViewport us = this;
 778
 779     /*
 780      * options No, Split Window, New Window correspond to
 781      * dialog responses 0, 1, 2 (even though JOptionPane shows them
 782      * in reverse order)
 783      */
 784     JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(Desktop.getDesktopPane())
 785             .setResponseHandler(NO_SPLIT, new Runnable()
 786             {
 787               @Override
 788               public void run()
 789               {
 790                   addDataToAlignment(al);
 791               }
 792             }).setResponseHandler(SPLIT_FRAME, new Runnable()
 793             {
 794               @Override
 795               public void run()
 796               {
 797                 openLinkedAlignmentAs(getAlignPanel().alignFrame,
 798                         new Alignment(getAlignment()), al, title,
 799                         SPLIT_FRAME);
 800 //                us.openLinkedAlignmentAs(al, title, true);
 801               }
 802             }).setResponseHandler(NEW_WINDOW, new Runnable()
 803             {
 804               @Override
 805               public void run()
 806               {
 807                 openLinkedAlignmentAs(null, getAlignment(), al, title,
 808                         NEW_WINDOW);
 809               }
 810             });
 811       dialog.showDialog(question,
 812             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 813             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 814             options, options[0]);
 815   }
 816   /**
 817    * Open a split frame or a new window
 818    *
 819    * @param al
 820    * @param title
 821    * @param mode
 822    *          SPLIT_FRAME or NEW_WINDOW
 823    */
 824   public static void openLinkedAlignmentAs(AlignFrame thisFrame,
 825           AlignmentI thisAlignment, AlignmentI al, String title, int mode)
 826   {
 827     /*
 828      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 829      * in a new split pane.
 830      */
 831     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 832     AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 833     /*
 834      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 835      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 836      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 837      * is a pre-requisite for building mappings.
 838      */
 839     al.setDataset(null);
 840     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 841
 842     /*
 843      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 844      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 845      */
 846     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 847             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 848     newAlignFrame.setTitle(title);
 849     newAlignFrame.setStatus(MessageManager
 850             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 851             { title }));
 852
 853     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 854     // we will need to add parameters to the stack.
 855     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 856     // {
 857     // alignFrame.setFileName(file, format);
 858     // }
 859
 860     if (mode == NEW_WINDOW)
 861     {
 862       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 863               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 864     }
 865
 866     try
 867     {
 868       newAlignFrame.setMaximum(
 869               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 870     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 871     {
 872     }
 873
 874     if (mode == SPLIT_FRAME)
 875     {
 876       al.alignAs(thisAlignment);
 877       openSplitFrame(thisFrame, newAlignFrame, thisAlignment);
 878     }
 879   }
 880
 881   /**
 882    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 883    * alignments.
 884    *
 885    * @param newAlignFrame
 886    *          containing a new alignment to be shown
 887    * @param complement
 888    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 889    * @return the protein alignment in the split frame
 890    */
 891   static protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame thisFrame,
 892           AlignFrame newAlignFrame, AlignmentI complement)
 893   {
 894     /*
 895      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 896      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 897      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 898      */
 899     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 900             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 901     copyMe.setTitle(thisFrame.getTitle());
 902
 903
 904     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 905     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 906             : newAlignFrame;
 907     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 908     cdnaFrame.setVisible(true);
 909     proteinFrame.setVisible(true);
 910     String linkedTitle = MessageManager
 911             .getString("label.linked_view_title");
 912
 913     /*
 914      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 915      */
 916     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 917     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 918
 919     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 920   }
 921
 922   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 923   {
 924     return annotationColumnSelectionState;
 925   }
 926
 927   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 928           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 929   {
 930     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 931   }
 932
 933   @Override
 934   public void setIdWidth(int i)
 935   {
 936     super.setIdWidth(i);
 937     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 938     if (ap != null)
 939     {
 940       // modify GUI elements to reflect geometry change
 941       Dimension idw = ap.getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 942       idw.width = i;
 943       ap.getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 944     }
 945   }
 946
 947   public Rectangle getExplodedGeometry()
 948   {
 949     return explodedGeometry;
 950   }
 951
 952   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 953   {
 954     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 955   }
 956
 957   public boolean isGatherViewsHere()
 958   {
 959     return gatherViewsHere;
 960   }
 961
 962   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 963   {
 964     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 965   }
 966
 967   /**
 968    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 969    * complementary alignment to match this one.
 970    */
 971   public void scrollComplementaryAlignment()
 972   {
 973     /*
 974      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 975      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 976      * is found, the result will be empty.
 977      */
 978     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 979     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 980     if (!sr.isEmpty())
 981     {
 982       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 983       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 984               .getAlignPanel();
 985       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 986       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
 987       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 988     }
 989   }
 990
 991   /**
 992    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
 993    *
 994    * @param acf
 995    * @return
 996    */
 997   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
 998   {
 999     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1000     if (frames == null)
1001     {
1002       return true;
1003     }
1004     for (AlignFrame af : frames)
1005     {
1006       if (!af.isClosed())
1007       {
1008         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1009         {
1010           AlignmentI al = ap.getAlignment();
1011           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
1012           {
1013             return false;
1014           }
1015         }
1016       }
1017     }
1018     return true;
1019   }
1020
1021   /**
1022    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1023    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1024    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1025    * way using the Feature Settings dialogue.
1026    *
1027    * @param featureSettings
1028    */
1029   @Override
1030   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1031   {
1032     transferFeaturesStyles(featureSettings, false);
1033   }
1034
1035   /**
1036    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known features.
1037    * This supports an 'initial configuration' of feature colouring based on a
1038    * preset or user favourite. This may then be modified in the usual way using
1039    * the Feature Settings dialogue.
1040    *
1041    * @param featureSettings
1042    */
1043   @Override
1044   public void mergeFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1045   {
1046     transferFeaturesStyles(featureSettings, true);
1047   }
1048
1049   /**
1050    * when mergeOnly is set, then group and feature visibility or feature colours
1051    * are not modified for features and groups already known to the feature
1052    * renderer. Feature ordering is always adjusted, and transparency is always set
1053    * regardless.
1054    *
1055    * @param featureSettings
1056    * @param mergeOnly
1057    */
1058   private void transferFeaturesStyles(FeatureSettingsModelI featureSettings,
1059           boolean mergeOnly)
1060   {
1061     if (featureSettings == null)
1062     {
1063       return;
1064     }
1065
1066     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1067             .getFeatureRenderer();
1068     List<String> origRenderOrder = new ArrayList(),
1069             origGroups = new ArrayList();
1070     // preserve original render order - allows differentiation between user configured colours and autogenerated ones
1071     origRenderOrder.addAll(fr.getRenderOrder());
1072     origGroups.addAll(fr.getFeatureGroups());
1073
1074     fr.findAllFeatures(true);
1075     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1076     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1077     if (!mergeOnly)
1078     {
1079       // only clear displayed features if we are mergeing
1080       displayed.clear();
1081     }
1082     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1083     //
1084     // JAL-3330 - JBP - yes we do - calling applyFeatureStyle to a view where
1085     // feature visibility has already been configured is not very friendly
1086     /*
1087      * set feature colour if specified by feature settings
1088      * set visibility of all features
1089      */
1090     for (String type : renderOrder)
1091     {
1092       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1093               .getFeatureColour(type);
1094       FeatureColourI origColour = fr.getFeatureStyle(type);
1095       if (!mergeOnly || (!origRenderOrder.contains(type)
1096               || origColour == null
1097               || (!origColour.isGraduatedColour()
1098                       && origColour.getColour() != null
1099                       && origColour.getColour().equals(
1100                               ColorUtils.createColourFromName(type)))))
1101       {
1102         // if we are merging, only update if there wasn't already a colour defined for
1103         // this type
1104         if (preferredColour != null)
1105         {
1106           fr.setColour(type, preferredColour);
1107         }
1108         if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1109         {
1110           displayed.setVisible(type);
1111         }
1112       }
1113     }
1114
1115     /*
1116      * set visibility of feature groups
1117      */
1118     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1119     {
1120       if (!mergeOnly || !origGroups.contains(group))
1121       {
1122         // when merging, display groups only if the aren't already marked as not visible
1123         fr.setGroupVisibility(group,
1124                 featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1125       }
1126     }
1127
1128     /*
1129      * order the features
1130      */
1131     if (featureSettings.optimiseOrder())
1132     {
1133       // TODO not supported (yet?)
1134     }
1135     else
1136     {
1137       fr.orderFeatures(featureSettings);
1138     }
1139     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1140   }
1141
1142   public String getViewName()
1143   {
1144     return viewName;
1145   }
1146
1147   public void setViewName(String viewName)
1148   {
1149     this.viewName = viewName;
1150   }
1151
1152 }