src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.analysis.NJTree;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureColourI;
  29 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  30 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.commands.CommandI;
  34 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  35 import jalview.datamodel.Alignment;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.SearchResults;
  40 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  41 import jalview.datamodel.Sequence;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.renderer.ResidueShader;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  46 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  47 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  48 import jalview.structure.CommandListener;
  49 import jalview.structure.SelectionSource;
  50 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  51 import jalview.structure.VamsasSource;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  54 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  55
  56 import java.awt.Container;
  57 import java.awt.Dimension;
  58 import java.awt.Font;
  59 import java.awt.Rectangle;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.Hashtable;
  62 import java.util.List;
  63 import java.util.Vector;
  64
  65 import javax.swing.JInternalFrame;
  66
  67 /**
  68  * DOCUMENT ME!
  69  *
  70  * @author $author$
  71  * @version $Revision: 1.141 $
  72  */
  73 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  74         SelectionSource, CommandListener
  75 {
  76   Font font;
  77
  78   NJTree currentTree = null;
  79
  80   boolean cursorMode = false;
  81
  82   boolean antiAlias = false;
  83
  84   private Rectangle explodedGeometry;
  85
  86   String viewName;
  87
  88   /*
  89    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  90    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  91    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  92    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  93    * view is created.
  94    */
  95   private boolean gatherViewsHere = false;
  96
  97   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  98
  99   /**
 100    * Creates a new AlignViewport object.
 101    *
 102    * @param al
 103    *          alignment to view
 104    */
 105   public AlignViewport(AlignmentI al)
 106   {
 107     setAlignment(al);
 108     init();
 109   }
 110
 111   /**
 112    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 113    *
 114    * @param al
 115    * @param seqsetid
 116    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 117    */
 118   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 119   {
 120     this(al, seqsetid, null);
 121   }
 122
 123   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 124   {
 125     sequenceSetID = seqsetid;
 126     viewId = viewid;
 127     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 128     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 129     {
 130       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 131               + sequenceSetID);
 132     }
 133     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 134     {
 135       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 136     }
 137     setAlignment(al);
 138     init();
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 143    *
 144    * @param al
 145    *          AlignmentI
 146    * @param hiddenColumns
 147    *          ColumnSelection
 148    */
 149   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns)
 150   {
 151     setAlignment(al);
 152     if (hiddenColumns != null)
 153     {
 154       colSel = hiddenColumns;
 155     }
 156     init();
 157   }
 158
 159   /**
 160    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 161    *
 162    * @param al
 163    * @param hiddenColumns
 164    * @param seqsetid
 165    *          (may be null)
 166    */
 167   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
 168           String seqsetid)
 169   {
 170     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 171   }
 172
 173   /**
 174    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 175    *
 176    * @param al
 177    * @param hiddenColumns
 178    * @param seqsetid
 179    *          (may be null)
 180    * @param viewid
 181    *          (may be null)
 182    */
 183   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
 184           String seqsetid, String viewid)
 185   {
 186     sequenceSetID = seqsetid;
 187     viewId = viewid;
 188     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 189     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 190     {
 191       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 192               + sequenceSetID);
 193     }
 194     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 195     {
 196       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 197     }
 198     setAlignment(al);
 199     if (hiddenColumns != null)
 200     {
 201       colSel = hiddenColumns;
 202     }
 203     init();
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Apply any settings saved in user preferences
 208    */
 209   private void applyViewProperties()
 210   {
 211     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 212
 213     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 214     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 215
 216     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 217     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 218     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 219
 220     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 221     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 222     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 223     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 224     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 225     viewStyle.setShowUnconserved(Cache
 226             .getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 227     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 228     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 229     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder.valueOf(Cache.getDefault(
 230             Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 231             SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 232     showAutocalculatedAbove = Cache.getDefault(
 233             Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 234     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(Cache.getDefault(
 235             Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 236   }
 237
 238   void init()
 239   {
 240     this.startRes = 0;
 241     this.endRes = alignment.getWidth() - 1;
 242     this.startSeq = 0;
 243     this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;
 244     applyViewProperties();
 245
 246     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 247     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 248     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 249
 250     int style = 0;
 251
 252     if (fontStyle.equals("bold"))
 253     {
 254       style = 1;
 255     }
 256     else if (fontStyle.equals("italic"))
 257     {
 258       style = 2;
 259     }
 260
 261     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 262
 263     alignment
 264             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 265
 266     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 267     // as Blosum and Clustal require this to be done
 268     if (hconsensus == null && !isDataset)
 269     {
 270       if (!alignment.isNucleotide())
 271       {
 272         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 273         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 274         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 275                 false);
 276       }
 277       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 278               true);
 279       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 280       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 281               false);
 282       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 283       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 284     }
 285     initAutoAnnotation();
 286     String colourProperty = alignment.isNucleotide() ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 287             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 288     String propertyValue = Cache.getProperty(colourProperty);
 289     if (propertyValue == null)
 290     {
 291       // fall back on this property for backwards compatibility
 292       propertyValue = Cache.getProperty(Preferences.DEFAULT_COLOUR);
 293     }
 294     if (propertyValue != null)
 295     {
 296       ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 297               alignment, propertyValue);
 298       globalColourScheme = new ResidueShader(colourScheme);
 299
 300       if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 301       {
 302         globalColourScheme = new ResidueShader(
 303                 UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 304         globalColourScheme.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 305       }
 306
 307       if (globalColourScheme != null)
 308       {
 309         globalColourScheme.setConsensus(hconsensus);
 310       }
 311     }
 312   }
 313
 314   /**
 315    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 316    * row.
 317    *
 318    * @return consensus sequence as a new sequence object
 319    */
 320   public SequenceI getConsensusSeq()
 321   {
 322     if (consensus == null)
 323     {
 324       updateConsensus(null);
 325     }
 326     if (consensus == null)
 327     {
 328       return null;
 329     }
 330     StringBuffer seqs = new StringBuffer();
 331     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 332     {
 333       if (consensus.annotations[i] != null)
 334       {
 335         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 336         {
 337           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 338         }
 339         else
 340         {
 341           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 342         }
 343       }
 344     }
 345
 346     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 347     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 348             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 349     return sq;
 350   }
 351
 352   boolean validCharWidth;
 353
 354   /**
 355    * update view settings with the given font. You may need to call
 356    * alignPanel.fontChanged to update the layout geometry
 357    *
 358    * @param setGrid
 359    *          when true, charWidth/height is set according to font mentrics
 360    */
 361   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 362   {
 363     font = f;
 364
 365     Container c = new Container();
 366
 367     java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 368     int w = viewStyle.getCharWidth(), ww = fm.charWidth('M'), h = viewStyle
 369             .getCharHeight();
 370     if (setGrid)
 371     {
 372       setCharHeight(fm.getHeight());
 373       setCharWidth(ww);
 374     }
 375     viewStyle.setFontName(font.getName());
 376     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 377     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 378
 379     validCharWidth = true;
 380   }
 381
 382   @Override
 383   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 384   {
 385     super.setViewStyle(settingsForView);
 386     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 387             viewStyle.getFontSize()), false);
 388
 389   }
 390
 391   /**
 392    * DOCUMENT ME!
 393    *
 394    * @return DOCUMENT ME!
 395    */
 396   public Font getFont()
 397   {
 398     return font;
 399   }
 400
 401   /**
 402    * DOCUMENT ME!
 403    *
 404    * @param align
 405    *          DOCUMENT ME!
 406    */
 407   @Override
 408   public void setAlignment(AlignmentI align)
 409   {
 410     replaceMappings(align);
 411     super.setAlignment(align);
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 416    * viewport
 417    *
 418    * @param align
 419    */
 420   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 421   {
 422
 423     /*
 424      * Deregister current mappings (if any)
 425      */
 426     deregisterMappings();
 427
 428     /*
 429      * Register new mappings (if any)
 430      */
 431     if (align != null)
 432     {
 433       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 434               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 435       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 436     }
 437
 438     /*
 439      * replace mappings on our alignment
 440      */
 441     if (alignment != null && align != null)
 442     {
 443       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 444     }
 445   }
 446
 447   protected void deregisterMappings()
 448   {
 449     AlignmentI al = getAlignment();
 450     if (al != null)
 451     {
 452       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 453       if (mappings != null)
 454       {
 455         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 456                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 457         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 458         {
 459           if (noReferencesTo(acf))
 460           {
 461             ssm.deregisterMapping(acf);
 462           }
 463         }
 464       }
 465     }
 466   }
 467
 468   /**
 469    * DOCUMENT ME!
 470    *
 471    * @return DOCUMENT ME!
 472    */
 473   @Override
 474   public char getGapCharacter()
 475   {
 476     return getAlignment().getGapCharacter();
 477   }
 478
 479   /**
 480    * DOCUMENT ME!
 481    *
 482    * @param gap
 483    *          DOCUMENT ME!
 484    */
 485   public void setGapCharacter(char gap)
 486   {
 487     if (getAlignment() != null)
 488     {
 489       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 490     }
 491   }
 492
 493   /**
 494    * DOCUMENT ME!
 495    *
 496    * @param tree
 497    *          DOCUMENT ME!
 498    */
 499   public void setCurrentTree(NJTree tree)
 500   {
 501     currentTree = tree;
 502   }
 503
 504   /**
 505    * DOCUMENT ME!
 506    *
 507    * @return DOCUMENT ME!
 508    */
 509   public NJTree getCurrentTree()
 510   {
 511     return currentTree;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * returns the visible column regions of the alignment
 516    *
 517    * @param selectedRegionOnly
 518    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 519    *          area
 520    * @return
 521    */
 522   public int[] getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 523   {
 524     int[] viscontigs = null;
 525     int start = 0, end = 0;
 526     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 527     {
 528       start = selectionGroup.getStartRes();
 529       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 530     }
 531     else
 532     {
 533       end = alignment.getWidth();
 534     }
 535     viscontigs = colSel.getVisibleContigs(start, end);
 536     return viscontigs;
 537   }
 538
 539   /**
 540    * get hash of undo and redo list for the alignment
 541    *
 542    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 543    */
 544   public long[] getUndoRedoHash()
 545   {
 546     // TODO: JAL-1126
 547     if (historyList == null || redoList == null)
 548     {
 549       return new long[] { -1, -1 };
 550     }
 551     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 552   }
 553
 554   /**
 555    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 556    * the undo and redo list.
 557    *
 558    * @param undoredo
 559    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 560    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 561    *         the stored hashcode array differs in size
 562    */
 563   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 564   {
 565     if (undoredo == null)
 566     {
 567       return true;
 568     }
 569     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 570     if (cstate.length != undoredo.length)
 571     {
 572       return true;
 573     }
 574
 575     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 576     {
 577       if (cstate[i] != undoredo[i])
 578       {
 579         return true;
 580       }
 581     }
 582     return false;
 583   }
 584
 585   public boolean followSelection = true;
 586
 587   /**
 588    * @return true if view selection should always follow the selections
 589    *         broadcast by other selection sources
 590    */
 591   public boolean getFollowSelection()
 592   {
 593     return followSelection;
 594   }
 595
 596   /**
 597    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 598    */
 599   @Override
 600   public void sendSelection()
 601   {
 602     jalview.structure.StructureSelectionManager
 603             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance).sendSelection(
 604                     new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 605                     new ColumnSelection(getColumnSelection()), this);
 606   }
 607
 608   /**
 609    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 610    * components currently handling the given viewport.
 611    *
 612    * @param av
 613    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 614    *         reference
 615    */
 616   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 617   {
 618     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(this
 619             .getSequenceSetId());
 620     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 621     {
 622       if (aps[p].av == this)
 623       {
 624         return aps[p];
 625       }
 626     }
 627     return null;
 628   }
 629
 630   public boolean getSortByTree()
 631   {
 632     return sortByTree;
 633   }
 634
 635   public void setSortByTree(boolean sort)
 636   {
 637     sortByTree = sort;
 638   }
 639
 640   /**
 641    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 642    */
 643   @Override
 644   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 645   {
 646     return StructureSelectionManager
 647             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 648   }
 649
 650   /**
 651    *
 652    * @param pdbEntries
 653    * @return an array of SequenceI arrays, one for each PDBEntry, listing which
 654    *         sequences in the alignment hold a reference to it
 655    */
 656   public SequenceI[][] collateForPDB(PDBEntry[] pdbEntries)
 657   {
 658     List<SequenceI[]> seqvectors = new ArrayList<SequenceI[]>();
 659     for (PDBEntry pdb : pdbEntries)
 660     {
 661       List<SequenceI> choosenSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 662       for (SequenceI sq : alignment.getSequences())
 663       {
 664         Vector<PDBEntry> pdbRefEntries = sq.getDatasetSequence()
 665                 .getAllPDBEntries();
 666         if (pdbRefEntries == null)
 667         {
 668           continue;
 669         }
 670         for (PDBEntry pdbRefEntry : pdbRefEntries)
 671         {
 672           if (pdbRefEntry.getId().equals(pdb.getId()))
 673           {
 674             if (pdbRefEntry.getChainCode() != null
 675                     && pdb.getChainCode() != null)
 676             {
 677               if (pdbRefEntry.getChainCode().equalsIgnoreCase(
 678                       pdb.getChainCode())
 679                       && !choosenSeqs.contains(sq))
 680               {
 681                 choosenSeqs.add(sq);
 682                 continue;
 683               }
 684             }
 685             else
 686             {
 687               if (!choosenSeqs.contains(sq))
 688               {
 689                 choosenSeqs.add(sq);
 690                 continue;
 691               }
 692             }
 693
 694           }
 695         }
 696       }
 697       seqvectors
 698               .add(choosenSeqs.toArray(new SequenceI[choosenSeqs.size()]));
 699     }
 700     return seqvectors.toArray(new SequenceI[seqvectors.size()][]);
 701   }
 702
 703   @Override
 704   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 705   {
 706     return normaliseSequenceLogo;
 707   }
 708
 709   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 710   {
 711     normaliseSequenceLogo = state;
 712   }
 713
 714   /**
 715    *
 716    * @return true if alignment characters should be displayed
 717    */
 718   @Override
 719   public boolean isValidCharWidth()
 720   {
 721     return validCharWidth;
 722   }
 723
 724   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<String, AutoCalcSetting>();
 725
 726   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 727   {
 728     return calcIdParams.get(calcId);
 729   }
 730
 731   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 732           boolean needsUpdate)
 733   {
 734     calcIdParams.put(calcId, settings);
 735     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 736     // restarted after load
 737     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 738     if (needsUpdate)
 739     {
 740       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 741     }
 742   }
 743
 744   /**
 745    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 746    * broadcast to here.
 747    *
 748    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 749    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 750    * and then for each edit in turn:
 751    * <ul>
 752    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 753    * <li>apply the mapped edit</li>
 754    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source sequences</li>
 755    * </ul>
 756    *
 757    * @param command
 758    * @param undo
 759    * @param ssm
 760    */
 761   @Override
 762   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 763           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 764   {
 765     /*
 766      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 767      * with direct calls not via SSM.
 768      */
 769     if (source instanceof AlignViewportI
 770             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 771     {
 772       // ok to continue;
 773     }
 774     else
 775     {
 776       return;
 777     }
 778
 779     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 780             getGapCharacter());
 781     if (mappedCommand != null)
 782     {
 783       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 784       mappedCommand.doCommand(views);
 785       getAlignPanel().alignmentChanged();
 786     }
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 791    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 792    * and protein linked.
 793    *
 794    * @param toAdd
 795    * @param title
 796    */
 797   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 798   {
 799     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 800
 801     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 802     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 803     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 804
 805     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 806     // this comment:
 807     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 808
 809     /*
 810      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 811      * mappings operate on dataset sequences
 812      */
 813     toAdd.setDataset(null);
 814
 815     /*
 816      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 817      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 818      */
 819     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 820
 821     /*
 822      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 823      * offer to open a split frame with linked alignments
 824      */
 825     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 826     {
 827       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 828       {
 829         if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
 830         {
 831           return;
 832         }
 833       }
 834     }
 835
 836     /*
 837      * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
 838      */
 839     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 840     // provenance) should share the same dataset sequence
 841
 842     AlignmentI al = getAlignment();
 843     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 844     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 845     {
 846       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 847       /*
 848        * experimental!
 849        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 850        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 851        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 852        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 853        */
 854       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 855       {
 856         al.addSequence(seq);
 857       }
 858     }
 859
 860     setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 861     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 862   }
 863
 864   /**
 865    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 866    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 867    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 868    * declined the offer.
 869    *
 870    * @param al
 871    * @param title
 872    */
 873   protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 874   {
 875     String[] options = new String[] {
 876         MessageManager.getString("action.no"),
 877         MessageManager.getString("label.split_window"),
 878         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 879     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 880             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 881     int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
 882             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 883             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 884             options, options[0]);
 885
 886     if (response != 1 && response != 2)
 887     {
 888       return false;
 889     }
 890     final boolean openSplitPane = (response == 1);
 891     final boolean openInNewWindow = (response == 2);
 892
 893     /*
 894      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 895      * in a new split pane.
 896      */
 897     AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
 898             : getAlignment();
 899     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 900     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 901
 902     /*
 903      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 904      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 905      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 906      * is a pre-requisite for building mappings.
 907      */
 908     al.setDataset(null);
 909     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 910
 911     /*
 912      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 913      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 914      */
 915     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 916             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 917     newAlignFrame.setTitle(title);
 918     newAlignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 919             "label.successfully_loaded_file", new Object[] { title }));
 920
 921     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 922     // we will need to add parameters to the stack.
 923     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 924     // {
 925     // alignFrame.setFileName(file, format);
 926     // }
 927
 928     if (openInNewWindow)
 929     {
 930       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 931               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 932     }
 933
 934     try
 935     {
 936       newAlignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 937               "SHOW_FULLSCREEN", false));
 938     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 939     {
 940     }
 941
 942     if (openSplitPane)
 943     {
 944       al.alignAs(thisAlignment);
 945       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 946     }
 947
 948     return true;
 949   }
 950
 951   /**
 952    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 953    * alignments.
 954    *
 955    * @param newAlignFrame
 956    *          containing a new alignment to be shown
 957    * @param complement
 958    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 959    * @return the protein alignment in the split frame
 960    */
 961   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 962           AlignmentI complement)
 963   {
 964     /*
 965      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 966      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 967      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 968      */
 969     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement,
 970             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 971     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 972
 973     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 974     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 975             : newAlignFrame;
 976     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 977     cdnaFrame.setVisible(true);
 978     proteinFrame.setVisible(true);
 979     String linkedTitle = MessageManager
 980             .getString("label.linked_view_title");
 981
 982     /*
 983      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 984      */
 985     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 986     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 987
 988     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 989   }
 990
 991   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 992   {
 993     return annotationColumnSelectionState;
 994   }
 995
 996   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 997           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 998   {
 999     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
1000   }
1001
1002   @Override
1003   public void setIdWidth(int i)
1004   {
1005     super.setIdWidth(i);
1006     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
1007     if (ap != null)
1008     {
1009       // modify GUI elements to reflect geometry change
1010       Dimension idw = getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas()
1011               .getPreferredSize();
1012       idw.width = i;
1013       getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
1014     }
1015   }
1016
1017   public Rectangle getExplodedGeometry()
1018   {
1019     return explodedGeometry;
1020   }
1021
1022   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
1023   {
1024     this.explodedGeometry = explodedPosition;
1025   }
1026
1027   public boolean isGatherViewsHere()
1028   {
1029     return gatherViewsHere;
1030   }
1031
1032   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
1033   {
1034     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
1035   }
1036
1037   /**
1038    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
1039    * complementary alignment to match this one.
1040    */
1041   public void scrollComplementaryAlignment()
1042   {
1043     /*
1044      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
1045      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
1046      * is found, the result will be empty.
1047      */
1048     SearchResultsI sr = new SearchResults();
1049     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
1050     if (!sr.isEmpty())
1051     {
1052       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
1053       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
1054               .getAlignPanel();
1055       complementPanel.setDontScrollComplement(true);
1056       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
1057     }
1058   }
1059
1060   /**
1061    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
1062    *
1063    * @param acf
1064    * @return
1065    */
1066   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
1067   {
1068     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1069     if (frames == null)
1070     {
1071       return true;
1072     }
1073     for (AlignFrame af : frames)
1074     {
1075       if (!af.isClosed())
1076       {
1077         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1078         {
1079           AlignmentI al = ap.getAlignment();
1080           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
1081           {
1082             return false;
1083           }
1084         }
1085       }
1086     }
1087     return true;
1088   }
1089
1090   /**
1091    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1092    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1093    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1094    * way using the Feature Settings dialogue.
1095    *
1096    * @param featureSettings
1097    */
1098   @Override
1099   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1100   {
1101     if (featureSettings == null)
1102     {
1103       return;
1104     }
1105
1106     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1107             .getFeatureRenderer();
1108     fr.findAllFeatures(true);
1109     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1110     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1111     displayed.clear();
1112     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1113
1114     /*
1115      * set feature colour if specified by feature settings
1116      * set visibility of all features
1117      */
1118     for (String type : renderOrder)
1119     {
1120       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1121               .getFeatureColour(type);
1122       if (preferredColour != null)
1123       {
1124         fr.setColour(type, preferredColour);
1125       }
1126       if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1127       {
1128         displayed.setVisible(type);
1129       }
1130     }
1131
1132     /*
1133      * set visibility of feature groups
1134      */
1135     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1136     {
1137       fr.setGroupVisibility(group, featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1138     }
1139
1140     /*
1141      * order the features
1142      */
1143     if (featureSettings.optimiseOrder())
1144     {
1145       // TODO not supported (yet?)
1146     }
1147     else
1148     {
1149       fr.orderFeatures(featureSettings);
1150     }
1151     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1152   }
1153
1154 }