src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25 \r
  26   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  27   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  28   boolean conservationColourSelected = false;\r
  29   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  30 \r
  31   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  32 \r
  33   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  34 \r
  35   int             charHeight;\r
  36   int             charWidth;\r
  37   int             chunkWidth;\r
  38   int             chunkHeight;\r
  39 \r
  40   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  41   AlignmentI      alignment;\r
  42 \r
  43   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  44 \r
  45   String visibleConsensus;\r
  46 \r
  47   int threshold;\r
  48   int increment;\r
  49 \r
  50   NJTree currentTree = null;\r
  51 \r
  52 \r
  53   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  54                        boolean showText,\r
  55                        boolean showBoxes,\r
  56                        boolean wrapAlignment) {\r
  57     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,\r
  58          showText,\r
  59          showBoxes,\r
  60          wrapAlignment);\r
  61 \r
  62     setAlignment(da);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  66                        int startSeq, int endSeq,\r
  67                        boolean showText,\r
  68                        boolean showBoxes,\r
  69                        boolean wrapAlignment) {\r
  70 \r
  71     this.startRes = startRes;\r
  72     this.endRes   = endRes;\r
  73     this.startSeq = startSeq;\r
  74     this.endSeq   = endSeq;\r
  75     this.showText      = showText;\r
  76     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  77     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  78 \r
  79     setFont( font );\r
  80  }\r
  81 \r
  82  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  83  {\r
  84    showSequenceFeatures = b;\r
  85  }\r
  86 \r
  87   public String getVisibleConsensus()\r
  88   {\r
  89     return visibleConsensus;\r
  90   }\r
  91 \r
  92   Vector consensus = new Vector();\r
  93   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
  94   {\r
  95     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
  96     {\r
  97       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
  98       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
  99       Hashtable hash = null;\r
 100       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 101       {\r
 102         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 103         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 104       }\r
 105       visibleConsensus = sb.toString();\r
 106     }\r
 107 \r
 108 \r
 109     return consensus;\r
 110   }\r
 111 \r
 112   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 113   {\r
 114     return selectionGroup;\r
 115   }\r
 116 \r
 117   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 118   {\r
 119     selectionGroup = sg;\r
 120   }\r
 121 \r
 122 \r
 123  public boolean getConservationSelected()\r
 124  {\r
 125    return conservationColourSelected;\r
 126  }\r
 127 \r
 128  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 129  {\r
 130    conservationColourSelected = b;\r
 131  }\r
 132 \r
 133  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 134  {\r
 135    return abovePIDThreshold;\r
 136  }\r
 137 \r
 138  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 139  {\r
 140    abovePIDThreshold = b;\r
 141  }\r
 142 \r
 143   public int getStartRes() {\r
 144     return startRes;\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public int getEndRes() {\r
 148     return endRes;\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public int getStartSeq() {\r
 152     return startSeq;\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 156   {\r
 157      globalColourScheme = cs;\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 161   {\r
 162     return globalColourScheme;\r
 163   }\r
 164 \r
 165 \r
 166   public void setStartRes(int res) {\r
 167     this.startRes = res;\r
 168   }\r
 169   public void setStartSeq(int seq) {\r
 170     this.startSeq = seq;\r
 171   }\r
 172   public void setEndRes(int res) {\r
 173     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 174       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 175        res = alignment.getWidth() -1;\r
 176     }\r
 177     if (res < 0) {\r
 178       res = 0;\r
 179     }\r
 180     this.endRes = res;\r
 181   }\r
 182   public void setEndSeq(int seq) {\r
 183     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 184       seq = alignment.getHeight();\r
 185     }\r
 186     if (seq < 0) {\r
 187       seq = 0;\r
 188     }\r
 189     this.endSeq = seq;\r
 190   }\r
 191   public int getEndSeq() {\r
 192     return endSeq;\r
 193   }\r
 194 \r
 195   public void setFont(Font f) {\r
 196     font = f;\r
 197     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 198     temp.addNotify();\r
 199     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 200     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 201     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 202   }\r
 203 \r
 204   public Font getFont() {\r
 205     return font;\r
 206   }\r
 207   public void setCharWidth(int w) {\r
 208     this.charWidth = w;\r
 209   }\r
 210   public int getCharWidth() {\r
 211     return charWidth;\r
 212   }\r
 213   public void setCharHeight(int h) {\r
 214     this.charHeight = h;\r
 215   }\r
 216   public int getCharHeight() {\r
 217     return charHeight;\r
 218   }\r
 219   public void setChunkWidth(int w) {\r
 220     this.chunkWidth = w;\r
 221   }\r
 222   public int getChunkWidth() {\r
 223     return chunkWidth;\r
 224   }\r
 225   public void setChunkHeight(int h) {\r
 226     this.chunkHeight = h;\r
 227   }\r
 228   public int getChunkHeight() {\r
 229     return chunkHeight;\r
 230   }\r
 231   public AlignmentI getAlignment() {\r
 232     return alignment;\r
 233   }\r
 234   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 235     this.alignment = align;\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 239     wrapAlignment = state;\r
 240   }\r
 241   public void setShowText(boolean state) {\r
 242     showText = state;\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 246     renderGaps = state;\r
 247     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 248     {\r
 249       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 250       sr.renderGaps(state);\r
 251     }\r
 252   }\r
 253 \r
 254 \r
 255   public boolean getColourText()\r
 256   {\r
 257     return showColourText;\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void setColourText(boolean state)\r
 261   {\r
 262     showColourText = state;\r
 263   }\r
 264 \r
 265   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 266     showBoxes = state;\r
 267   }\r
 268 \r
 269   public boolean getWrapAlignment() {\r
 270       return wrapAlignment;\r
 271   }\r
 272   public boolean getShowText() {\r
 273     return showText;\r
 274   }\r
 275   public boolean getShowBoxes() {\r
 276     return showBoxes;\r
 277   }\r
 278 \r
 279   public char getGapCharacter() {\r
 280     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 281   }\r
 282   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 283     if (getAlignment() != null) {\r
 284       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 285     }\r
 286   }\r
 287   public void setThreshold(int thresh) {\r
 288     threshold = thresh;\r
 289   }\r
 290   public int getThreshold() {\r
 291     return threshold;\r
 292   }\r
 293   public void setIncrement(int inc) {\r
 294     increment = inc;\r
 295   }\r
 296   public int getIncrement() {\r
 297     return increment;\r
 298   }\r
 299   public int getIndex(int y) {\r
 300     int y1     = 0;\r
 301     int starty = getStartSeq();\r
 302     int endy   = getEndSeq();\r
 303 \r
 304     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 305       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 306         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 307 \r
 308         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 309           return i;\r
 310         }\r
 311         y1  = y2;\r
 312       } else {\r
 313         return -1;\r
 314       }\r
 315     }\r
 316     return -1;\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 320     return colSel;\r
 321   }\r
 322 \r
 323   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 324     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 325   }\r
 326   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 327       currentTree = tree;\r
 328   }\r
 329   public NJTree getCurrentTree() {\r
 330     return currentTree;\r
 331   }\r
 332 \r
 333     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 334         this.renderer = rend;\r
 335     }\r
 336 \r
 337     public RendererI getRenderer() {\r
 338         return renderer;\r
 339     }\r
 340 \r
 341   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 342   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 343 \r
 344   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 345   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 346 \r
 347   public boolean getShowFullId()\r
 348   {\r
 349     return showFullId;\r
 350   }\r
 351 \r
 352   public void setShowFullId(boolean b)\r
 353   {\r
 354     showFullId = b;\r
 355   }\r
 356 }\r