src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import java.io.*;\r
  30 import java.awt.image.*;\r
  31 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  32 import javax.imageio.*;\r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 \r
  37 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  38 {\r
  39 \r
  40   AlignViewport     av;\r
  41   OverviewPanel overviewPanel;\r
  42   SeqPanel   seqPanel;\r
  43   IdPanel    idPanel;\r
  44   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  45   public AlignFrame alignFrame;\r
  46   ScalePanel scalePanel;\r
  47   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  48   AnnotationLabels alabels;\r
  49 \r
  50   // this value is set false when selection area being dragged\r
  51   boolean fastPaint = true;\r
  52 \r
  53   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  54   {\r
  55     alignFrame = af;\r
  56     this.av         = av;\r
  57     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  58     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  59 \r
  60     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  61 \r
  62     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  63     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  64     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  65 \r
  66     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  67     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  68 \r
  69     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  70     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  71     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  72     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  73 \r
  74     fontChanged();\r
  75 \r
  76     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  77     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78 \r
  79     setScrollValues(0, 0);\r
  80 \r
  81     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  82     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  83 \r
  84    setFocusable(true);\r
  85    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  86    {\r
  87      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  88      {\r
  89        switch(evt.getKeyCode())\r
  90        {\r
  91          case  27: // escape key\r
  92            av.setSelectionGroup(null);\r
  93            repaint();\r
  94            break;\r
  95 \r
  96         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  97           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  98           break;\r
  99         case KeyEvent.VK_UP:\r
 100           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 101           break;\r
 102        }\r
 103      }\r
 104    });\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void fontChanged()\r
 108   {\r
 109     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 110     // to prevent drawing old image\r
 111     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 112 \r
 113     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 114     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 115 \r
 116     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 117     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 118     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 119     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 120     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 121     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 122     repaint();\r
 123   }\r
 124 \r
 125 \r
 126   Dimension calculateIdWidth()\r
 127   {\r
 128     Graphics g = this.getGraphics();\r
 129     if(g==null)\r
 130     {\r
 131       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 132       f.addNotify();\r
 133       g = f.getGraphics();\r
 134     }\r
 135 \r
 136     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 137     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 138 \r
 139        int i   = 0;\r
 140        int idWidth = 0;\r
 141        String id;\r
 142        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 143        {\r
 144          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 145          if(av.getShowFullId())\r
 146            id   = s.getDisplayId();\r
 147          else\r
 148            id = s.getName();\r
 149 \r
 150          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 151            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 152          i++;\r
 153        }\r
 154 \r
 155        // Also check annotation label widths\r
 156        i=0;\r
 157        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 158        {\r
 159          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 160          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 161          {\r
 162            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 163            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 164              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 165            i++;\r
 166          }\r
 167        }\r
 168 \r
 169        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 170   }\r
 171 \r
 172 \r
 173  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 174  {\r
 175    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 176 \r
 177    // do we need to scroll the panel?\r
 178    if(results!=null)\r
 179     {\r
 180       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 181       int start = seq.findIndex( results[1] )-1;\r
 182       int end = seq.findIndex( results[2] )-1;\r
 183       if( av.getStartRes() > start\r
 184           || av.getEndRes() < end\r
 185           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 186           || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 187         setScrollValues(start, results[0]);\r
 188     }\r
 189 \r
 190  }\r
 191 \r
 192 \r
 193  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 194  {\r
 195    return overviewPanel;\r
 196  }\r
 197 \r
 198  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 199  {\r
 200    overviewPanel = op;\r
 201  }\r
 202 \r
 203 \r
 204   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 205   {\r
 206     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 207     annotationScroller.setVisible(b);\r
 208   }\r
 209 \r
 210 \r
 211   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 212   {\r
 213     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 214     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 215     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 216 \r
 217     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 218     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 219     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 220     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 221 \r
 222     repaint();\r
 223 \r
 224   }\r
 225 \r
 226 \r
 227   public void setColourScheme()\r
 228   {\r
 229     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 230 \r
 231     if(av.getConservationSelected())\r
 232     {\r
 233 \r
 234        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 235        Conservation c = new Conservation("All",\r
 236                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 237                             al.getWidth() );\r
 238 \r
 239        c.calculate();\r
 240        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 241        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 242 \r
 243        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 244 \r
 245     }\r
 246 \r
 247     repaint();\r
 248   }\r
 249 \r
 250 \r
 251   int hextent = 0;\r
 252   int vextent = 0;\r
 253 \r
 254   // return value is true if the scroll is valid\r
 255   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 256   {\r
 257     if(up)\r
 258     {\r
 259       if(vscroll.getValue()<1)\r
 260         return false;\r
 261       fastPaint  = false;\r
 262       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 263     }\r
 264     else\r
 265     {\r
 266      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 267        return false;\r
 268       fastPaint  = false;\r
 269       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 270     }\r
 271     fastPaint = true;\r
 272     return true;\r
 273   }\r
 274 \r
 275   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 276   {\r
 277 \r
 278     if (right)\r
 279     {\r
 280       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 281         return false;\r
 282       fastPaint = false;\r
 283       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 284     }\r
 285     else\r
 286     {\r
 287       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 288         return false;\r
 289       fastPaint = false;\r
 290       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 291     }\r
 292     fastPaint = true;\r
 293     return true;\r
 294   }\r
 295 \r
 296 \r
 297   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 298   {\r
 299     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 300 \r
 301     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 302     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 303 \r
 304     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 305       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 306     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 307       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 308 \r
 309     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 310       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 311 \r
 312     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 313       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 314 \r
 315     if(y<0)\r
 316       y = 0;\r
 317 \r
 318     if(x<0)\r
 319       x=0;\r
 320 \r
 321     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 322     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 323 \r
 324 \r
 325 \r
 326   }\r
 327 \r
 328 \r
 329   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 330   {\r
 331     int oldX = av.getStartRes();\r
 332     int oldY = av.getStartSeq();\r
 333 \r
 334     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 335     {\r
 336       int x = hscroll.getValue();\r
 337       av.setStartRes(x);\r
 338       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 339     }\r
 340 \r
 341     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 342     {\r
 343       int offy = vscroll.getValue();\r
 344       if (av.getWrapAlignment())\r
 345       {\r
 346         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 347         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 348         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 349       }\r
 350       else\r
 351       {\r
 352         av.setStartSeq(offy);\r
 353         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 354       }\r
 355     }\r
 356 \r
 357     if(overviewPanel!=null)\r
 358       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 359 \r
 360     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 361       repaint();\r
 362     else\r
 363     {\r
 364       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 365       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 366                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 367 \r
 368       scalePanel.repaint();\r
 369       if (av.getShowAnnotation())\r
 370         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 371     }\r
 372 \r
 373   }\r
 374 \r
 375 \r
 376   public void paintComponent(Graphics g)\r
 377   {\r
 378     invalidate();\r
 379     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 380     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 381     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 382     validate();\r
 383 \r
 384     if (av.getWrapAlignment())\r
 385     {\r
 386       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 387       vscroll.setMaximum(max);\r
 388       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 389       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 390     }\r
 391     else\r
 392     {\r
 393       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 394     }\r
 395 \r
 396 \r
 397 \r
 398   }\r
 399 \r
 400   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 401   {\r
 402     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 403 \r
 404     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 405     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 406 \r
 407     if (av.getWrapAlignment())\r
 408       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 409     else\r
 410       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 411   }\r
 412 \r
 413   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 414   {\r
 415 \r
 416       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 417       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 418       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 419 \r
 420       pg.setColor(Color.white);\r
 421       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 422       pg.setFont(av.getFont());\r
 423 \r
 424       ////////////////////////////////////\r
 425       /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 426       int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 427 \r
 428       int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) - 1;\r
 429 \r
 430       int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes + 1;\r
 431 \r
 432       /////////////////////////////\r
 433       /// Only print these sequences and residues on this page\r
 434       int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 435       startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 436       endRes = startRes + totalRes - 1;\r
 437       if (endRes > av.getAlignment().getWidth()-1)\r
 438         endRes = av.getAlignment().getWidth()-1;\r
 439 \r
 440       startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 441       endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 442       if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 443         endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 444 \r
 445       int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 446 \r
 447       if (av.showAnnotation)\r
 448         pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 449 \r
 450       pagesHigh /= pheight;\r
 451 \r
 452       if (pi >= pagesWide * pagesHigh)\r
 453         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 454 \r
 455         //draw Scale\r
 456       pg.translate(idWidth, 0);\r
 457       scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 458       pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 459       ////////////////\r
 460       // Draw the ids\r
 461       Color currentColor = null;\r
 462       Color currentTextColor = null;\r
 463       for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 464       {\r
 465         if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
 466             av.getSelectionGroup().sequences.\r
 467             contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 468         {\r
 469           currentColor = Color.gray;\r
 470           currentTextColor = Color.black;\r
 471         }\r
 472         else\r
 473         {\r
 474           currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 475           currentTextColor = Color.black;\r
 476         }\r
 477 \r
 478         pg.setColor(currentColor);\r
 479         pg.fillRect(0,\r
 480                     jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i,\r
 481             av.getCharHeight()),\r
 482                     idWidth,\r
 483                     av.getCharHeight());\r
 484 \r
 485         pg.setColor(currentTextColor);\r
 486 \r
 487         String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 488         if (av.getShowFullId())\r
 489           string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 490 \r
 491         pg.drawString(string, 0, jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 492                       (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() -\r
 493                       (av.getCharHeight() / 5));\r
 494       }\r
 495 \r
 496       // draw main sequence panel\r
 497       pg.translate(idWidth, 0);\r
 498       seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 499                                    startRes, startSeq, 0);\r
 500 \r
 501 \r
 502       if (av.showAnnotation && endSeq == av.alignment.getHeight())\r
 503       {\r
 504         pg.translate( -idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 505         alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg);\r
 506         pg.translate(idWidth, 0);\r
 507         annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 508       }\r
 509 \r
 510       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 511 \r
 512   }\r
 513 \r
 514 \r
 515   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 516   {\r
 517       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 518 \r
 519       int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth - idWidth);\r
 520       int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) *\r
 521           ( (av.alignment.getWidth()\r
 522              / resWidth) + 1) * av.charHeight;\r
 523 \r
 524 \r
 525       pg.setColor(Color.white);\r
 526       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 527       pg.setFont(av.getFont());\r
 528 \r
 529       ////////////////\r
 530       // Draw the ids\r
 531       pg.setColor(Color.black);\r
 532 \r
 533       pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 534 \r
 535       pg.setClip(0,pi*pheight,pwidth, pheight);\r
 536 \r
 537       int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 538       do\r
 539       {\r
 540         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 541         {\r
 542           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 543           String string = s.getName();\r
 544           if (av.getShowFullId())\r
 545             string = s.getDisplayId();\r
 546 \r
 547           pg.drawString(string, 0,\r
 548                         AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) +\r
 549                         ypos +\r
 550                         av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 551 \r
 552         }\r
 553 \r
 554         ypos += (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 555 \r
 556       }\r
 557       while (ypos < totalHeight);\r
 558 \r
 559       pg.translate(idWidth, 0);\r
 560 \r
 561       seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 562 \r
 563       if (pi * pheight < totalHeight)\r
 564         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 565       else\r
 566         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 567 \r
 568 \r
 569 \r
 570   }\r
 571 \r
 572 \r
 573   public void makeEPS()\r
 574   {\r
 575     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 576     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 577 \r
 578     if (!av.getWrapAlignment())\r
 579     {\r
 580       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 581       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 582     }\r
 583     if(av.getShowAnnotation())\r
 584    {\r
 585      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 586    }\r
 587 \r
 588     try\r
 589     {\r
 590       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 591           "LAST_DIRECTORY"),\r
 592               new String[]{"eps"},\r
 593               new String[]{"Encapsulated Postscript"},\r
 594               "Encapsulated Postscript");\r
 595       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 596       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 597       chooser.setToolTipText("Save");\r
 598 \r
 599       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 600       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 601         return;\r
 602 \r
 603       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 604       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 605       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 606 \r
 607         if (av.getWrapAlignment())\r
 608           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 609         else\r
 610           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 611 \r
 612 \r
 613         pg.flush();\r
 614         pg.close();\r
 615     }\r
 616     catch (Exception ex)\r
 617     {\r
 618       ex.printStackTrace();\r
 619     }\r
 620   }\r
 621 \r
 622   public void makePNG()\r
 623   {\r
 624       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 625       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 626 \r
 627       if (!av.getWrapAlignment())\r
 628       {\r
 629         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 630         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 631       }\r
 632 \r
 633       if(av.getShowAnnotation())\r
 634       {\r
 635         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 636       }\r
 637 \r
 638 \r
 639 \r
 640     try\r
 641     {\r
 642       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 643           "LAST_DIRECTORY"),\r
 644               new String[]{"png"},\r
 645               new String[]{"Portable network graphics"},\r
 646               "Portable network graphics");\r
 647       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 648       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 649       chooser.setToolTipText("Save");\r
 650 \r
 651       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 652       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 653         return;\r
 654 \r
 655       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 656       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 657 \r
 658       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 659       Graphics2D png = (Graphics2D)bi.getGraphics();\r
 660 \r
 661       png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 662 \r
 663         if (av.getWrapAlignment())\r
 664           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 665         else\r
 666           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 667 \r
 668         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 669         out.close();\r
 670     }\r
 671     catch (Exception ex)\r
 672     {\r
 673       ex.printStackTrace();\r
 674     }\r
 675   }\r
 676 \r
 677 }\r
 678 \r
 679 class Preview extends JFrame\r
 680 {\r
 681 \r
 682   public Preview(Image image)\r
 683   {\r
 684     setResizable(true);\r
 685     setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 686     setVisible(true);\r
 687     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 688     getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 689     validate();\r
 690     repaint();\r
 691   }\r
 692 }\r
 693 \r
 694 class PreviewPanel extends JPanel\r
 695 {\r
 696   Image image;\r
 697   public PreviewPanel(Image image)\r
 698   {\r
 699     this.image = image;\r
 700   }\r
 701   public void paintComponent(Graphics g)\r
 702   {\r
 703     if(image!=null)\r
 704       g.drawImage(image,0,0,this);\r
 705     else\r
 706       System.out.println("DEBUG:image is null");\r
 707   }\r
 708 }\r
 709 \r
 710 \r
 711 \r
 712 \r