src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import javax.imageio.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.awt.image.*;\r
  27 import java.awt.print.*;\r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  31 import jalview.analysis.*;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.jbgui.*;\r
  34 import jalview.schemes.*;\r
  35 \r
  36 public class AlignmentPanel\r
  37     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  38 {\r
  39   AlignViewport av;\r
  40   OverviewPanel overviewPanel;\r
  41   SeqPanel seqPanel;\r
  42   IdPanel idPanel;\r
  43   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  44   public AlignFrame alignFrame;\r
  45   ScalePanel scalePanel;\r
  46   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  47   AnnotationLabels alabels;\r
  48 \r
  49   // this value is set false when selection area being dragged\r
  50   boolean fastPaint = true;\r
  51   int hextent = 0;\r
  52   int vextent = 0;\r
  53 \r
  54   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  55   {\r
  56     alignFrame = af;\r
  57     this.av = av;\r
  58     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  59     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  60 \r
  61     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  62 \r
  63     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  64     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  65     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  66 \r
  67     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  68     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  69 \r
  70     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  71                                                  getPreferredSize());\r
  72     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  73     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  74     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  75 \r
  76     fontChanged();\r
  77 \r
  78     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  79     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     setScrollValues(0, 0);\r
  82 \r
  83     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  84     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  85 \r
  86     setFocusable(true);\r
  87     addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  88     {\r
  89       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  90       {\r
  91         switch (evt.getKeyCode())\r
  92         {\r
  93           case 27: // escape key\r
  94             av.setSelectionGroup(null);\r
  95             repaint();\r
  96 \r
  97             break;\r
  98 \r
  99           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 100             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 101 \r
 102             break;\r
 103 \r
 104           case KeyEvent.VK_UP:\r
 105             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 106 \r
 107             break;\r
 108         }\r
 109       }\r
 110     });\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void fontChanged()\r
 114   {\r
 115     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 116     // to prevent drawing old image\r
 117     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 118 \r
 119     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 120         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 121     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 122         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 123 \r
 124     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 125     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 126 \r
 127     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 128     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 129     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 130     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 131     repaint();\r
 132   }\r
 133 \r
 134   Dimension calculateIdWidth()\r
 135   {\r
 136     Graphics g = this.getGraphics();\r
 137 \r
 138     if (g == null)\r
 139     {\r
 140       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 141       f.addNotify();\r
 142       g = f.getGraphics();\r
 143     }\r
 144 \r
 145     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 146     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 147 \r
 148     int i = 0;\r
 149     int idWidth = 0;\r
 150     String id;\r
 151 \r
 152     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 153     {\r
 154       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 155 \r
 156       if (av.getShowFullId())\r
 157       {\r
 158         id = s.getDisplayId();\r
 159       }\r
 160       else\r
 161       {\r
 162         id = s.getName();\r
 163       }\r
 164 \r
 165       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 166       {\r
 167         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 168       }\r
 169 \r
 170       i++;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     // Also check annotation label widths\r
 174     i = 0;\r
 175 \r
 176     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 177     {\r
 178       fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 179 \r
 180       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 181       {\r
 182         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 183 \r
 184         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 185         {\r
 186           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 187         }\r
 188 \r
 189         i++;\r
 190       }\r
 191     }\r
 192 \r
 193     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 194   }\r
 195 \r
 196   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 197   {\r
 198     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 199 \r
 200     // do we need to scroll the panel?\r
 201     if (results != null)\r
 202     {\r
 203       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 204       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 205       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 206 \r
 207       if ( (av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 208           ( (av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 209            (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 210       {\r
 211         setScrollValues(start, results[0]);\r
 212       }\r
 213     }\r
 214   }\r
 215 \r
 216   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 217   {\r
 218     return overviewPanel;\r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 222   {\r
 223     overviewPanel = op;\r
 224   }\r
 225 \r
 226   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 227   {\r
 228     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 229     annotationScroller.setVisible(b);\r
 230   }\r
 231 \r
 232   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 233   {\r
 234     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 235     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 236     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 237 \r
 238     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 239     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 240     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 241     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 242 \r
 243     repaint();\r
 244   }\r
 245 \r
 246   public void setColourScheme()\r
 247   {\r
 248     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 249 \r
 250     if (av.getConservationSelected())\r
 251     {\r
 252       Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 253       Conservation c = new Conservation("All",\r
 254                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 255                                         al.getSequences(), 0,\r
 256                                         al.getWidth());\r
 257 \r
 258       c.calculate();\r
 259       c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 260 \r
 261       ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 262 \r
 263       av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 264     }\r
 265 \r
 266     repaint();\r
 267   }\r
 268 \r
 269   // return value is true if the scroll is valid\r
 270   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 271   {\r
 272     if (up)\r
 273     {\r
 274       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 275       {\r
 276         return false;\r
 277       }\r
 278 \r
 279       fastPaint = false;\r
 280       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 281     }\r
 282     else\r
 283     {\r
 284       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 285       {\r
 286         return false;\r
 287       }\r
 288 \r
 289       fastPaint = false;\r
 290       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 291     }\r
 292 \r
 293     fastPaint = true;\r
 294 \r
 295     return true;\r
 296   }\r
 297 \r
 298   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 299   {\r
 300     if (right)\r
 301     {\r
 302       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 303       {\r
 304         return false;\r
 305       }\r
 306 \r
 307       fastPaint = false;\r
 308       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 309     }\r
 310     else\r
 311     {\r
 312       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 313       {\r
 314         return false;\r
 315       }\r
 316 \r
 317       fastPaint = false;\r
 318       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 319     }\r
 320 \r
 321     fastPaint = true;\r
 322 \r
 323     return true;\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 327   {\r
 328     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 329                  1);\r
 330 \r
 331     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 332     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 333 \r
 334     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 335     {\r
 336       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 337     }\r
 338 \r
 339     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 340     {\r
 341       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 342     }\r
 343 \r
 344     if ( (hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 345     {\r
 346       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if ( (vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 350     {\r
 351       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     if (y < 0)\r
 355     {\r
 356       y = 0;\r
 357     }\r
 358 \r
 359     if (x < 0)\r
 360     {\r
 361       x = 0;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 365     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 366   }\r
 367 \r
 368   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 369   {\r
 370     int oldX = av.getStartRes();\r
 371     int oldY = av.getStartSeq();\r
 372 \r
 373     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 374     {\r
 375       int x = hscroll.getValue();\r
 376       av.setStartRes(x);\r
 377       av.setEndRes( (x +\r
 378                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 379     }\r
 380 \r
 381     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 382     {\r
 383       int offy = vscroll.getValue();\r
 384 \r
 385       if (av.getWrapAlignment())\r
 386       {\r
 387         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 388             seqCanvas.getWidth());\r
 389         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 390         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 391       }\r
 392       else\r
 393       {\r
 394         av.setStartSeq(offy);\r
 395         av.setEndSeq(offy +\r
 396                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 397       }\r
 398     }\r
 399 \r
 400     if (overviewPanel != null)\r
 401     {\r
 402       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 403     }\r
 404 \r
 405     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 406     {\r
 407       repaint();\r
 408     }\r
 409     else\r
 410     {\r
 411       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 412       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 413                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 414 \r
 415       scalePanel.repaint();\r
 416 \r
 417       if (av.getShowAnnotation())\r
 418       {\r
 419         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 420       }\r
 421     }\r
 422   }\r
 423 \r
 424   public void paintComponent(Graphics g)\r
 425   {\r
 426     invalidate();\r
 427 \r
 428     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 429     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 430     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 431     validate();\r
 432 \r
 433     if (av.getWrapAlignment())\r
 434     {\r
 435       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 436           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 437       vscroll.setMaximum(max);\r
 438       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 439       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 440     }\r
 441     else\r
 442     {\r
 443       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 444     }\r
 445   }\r
 446 \r
 447   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 448       throws PrinterException\r
 449   {\r
 450     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 451 \r
 452     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 453     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 454 \r
 455     if (av.getWrapAlignment())\r
 456     {\r
 457       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 458     }\r
 459     else\r
 460     {\r
 461       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 462     }\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 466       throws PrinterException\r
 467   {\r
 468     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 469     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 470     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 471 \r
 472     pg.setColor(Color.white);\r
 473     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 474     pg.setFont(av.getFont());\r
 475 \r
 476     ////////////////////////////////////\r
 477     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 478     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 479 \r
 480     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 481         1;\r
 482 \r
 483     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 484 \r
 485     /////////////////////////////\r
 486     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 487     int startRes;\r
 488 \r
 489     /////////////////////////////\r
 490     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 491     int endRes;\r
 492 \r
 493     /////////////////////////////\r
 494     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 495     int startSeq;\r
 496 \r
 497     /////////////////////////////\r
 498     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 499     int endSeq;\r
 500     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 501     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 502 \r
 503     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 504     {\r
 505       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 506     }\r
 507 \r
 508     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 509     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 510 \r
 511     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 512     {\r
 513       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 514     }\r
 515 \r
 516     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 517 \r
 518     if (av.showAnnotation)\r
 519     {\r
 520       pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 521     }\r
 522 \r
 523     pagesHigh /= pheight;\r
 524 \r
 525     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 526     {\r
 527       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 528     }\r
 529 \r
 530     //draw Scale\r
 531     pg.translate(idWidth, 0);\r
 532     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 533     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 534 \r
 535     ////////////////\r
 536     // Draw the ids\r
 537     Color currentColor = null;\r
 538     Color currentTextColor = null;\r
 539 \r
 540     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 541     {\r
 542       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 543           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 544               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 545       {\r
 546         currentColor = Color.gray;\r
 547         currentTextColor = Color.black;\r
 548       }\r
 549       else\r
 550       {\r
 551         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 552         currentTextColor = Color.black;\r
 553       }\r
 554 \r
 555       pg.setColor(currentColor);\r
 556       pg.fillRect(0,\r
 557                   jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i,\r
 558           av.getCharHeight()), idWidth, av.getCharHeight());\r
 559 \r
 560       pg.setColor(currentTextColor);\r
 561 \r
 562       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 563 \r
 564       if (av.getShowFullId())\r
 565       {\r
 566         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 567       }\r
 568 \r
 569       pg.drawString(string, 0,\r
 570                     (jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i,\r
 571           av.getCharHeight()) + av.getCharHeight()) -\r
 572                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 573     }\r
 574 \r
 575     // draw main sequence panel\r
 576     pg.translate(idWidth, 0);\r
 577     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 578                                  startRes, startSeq, 0);\r
 579 \r
 580     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 581     {\r
 582       pg.translate( -idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 583       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg);\r
 584       pg.translate(idWidth, 0);\r
 585       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 586                                     1);\r
 587     }\r
 588 \r
 589     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 590   }\r
 591 \r
 592   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 593                                    int pi)\r
 594       throws PrinterException\r
 595   {\r
 596     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 597 \r
 598     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 599         idWidth);\r
 600     int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) *\r
 601         ( (av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 602          1) * av.charHeight;\r
 603 \r
 604     pg.setColor(Color.white);\r
 605     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 606     pg.setFont(av.getFont());\r
 607 \r
 608     ////////////////\r
 609     // Draw the ids\r
 610     pg.setColor(Color.black);\r
 611 \r
 612     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 613 \r
 614     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 615 \r
 616     int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 617 \r
 618     do\r
 619     {\r
 620       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 621       {\r
 622         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 623         String string = s.getName();\r
 624 \r
 625         if (av.getShowFullId())\r
 626         {\r
 627           string = s.getDisplayId();\r
 628         }\r
 629 \r
 630         pg.drawString(string, 0,\r
 631                       (AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 632                        av.charHeight) - (av.charHeight / 5));\r
 633       }\r
 634 \r
 635       ypos += ( (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 636     }\r
 637     while (ypos < totalHeight);\r
 638 \r
 639     pg.translate(idWidth, 0);\r
 640 \r
 641     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 642 \r
 643     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 644     {\r
 645       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 646     }\r
 647     else\r
 648     {\r
 649       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 650     }\r
 651   }\r
 652 \r
 653   public void makeEPS()\r
 654   {\r
 655     int height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 656         av.chunkHeight;\r
 657     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 658 \r
 659     if (!av.getWrapAlignment())\r
 660     {\r
 661       height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 662       width = idPanel.getWidth() +\r
 663           (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 664     }\r
 665 \r
 666     if (av.getShowAnnotation())\r
 667     {\r
 668       height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 669     }\r
 670 \r
 671     try\r
 672     {\r
 673       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 674           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 675               "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 676           {"eps"},\r
 677           new String[]\r
 678           {"Encapsulated Postscript"},\r
 679           "Encapsulated Postscript");\r
 680       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 681       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 682       chooser.setToolTipText("Save");\r
 683 \r
 684       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 685 \r
 686       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 687       {\r
 688         return;\r
 689       }\r
 690 \r
 691       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 692                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 693 \r
 694       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 695       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 696                                            height);\r
 697 \r
 698       if (av.getWrapAlignment())\r
 699       {\r
 700         printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 701       }\r
 702       else\r
 703       {\r
 704         printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 705       }\r
 706 \r
 707       pg.flush();\r
 708       pg.close();\r
 709     }\r
 710     catch (Exception ex)\r
 711     {\r
 712       ex.printStackTrace();\r
 713     }\r
 714   }\r
 715 \r
 716   public void makePNG()\r
 717   {\r
 718     int height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 719         av.chunkHeight;\r
 720     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 721 \r
 722     if (!av.getWrapAlignment())\r
 723     {\r
 724       height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 725       width = idPanel.getWidth() +\r
 726           (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 727     }\r
 728 \r
 729     if (av.getShowAnnotation())\r
 730     {\r
 731       height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 732     }\r
 733 \r
 734     try\r
 735     {\r
 736       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 737           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 738               "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 739           {"png"},\r
 740           new String[]\r
 741           {"Portable network graphics"},\r
 742           "Portable network graphics");\r
 743       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 744       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 745       chooser.setToolTipText("Save");\r
 746 \r
 747       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 748 \r
 749       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 750       {\r
 751         return;\r
 752       }\r
 753 \r
 754       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 755                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 756 \r
 757       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 758 \r
 759       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 760                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 761       Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 762 \r
 763       png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 764                            RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 765 \r
 766       if (av.getWrapAlignment())\r
 767       {\r
 768         printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 769       }\r
 770       else\r
 771       {\r
 772         printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 773       }\r
 774 \r
 775       ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 776       out.close();\r
 777     }\r
 778     catch (Exception ex)\r
 779     {\r
 780       ex.printStackTrace();\r
 781     }\r
 782   }\r
 783 }\r
 784 \r
 785 class Preview\r
 786     extends JFrame\r
 787 {\r
 788   public Preview(Image image)\r
 789   {\r
 790     setResizable(true);\r
 791     setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 792     setVisible(true);\r
 793     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 794     getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 795     validate();\r
 796     repaint();\r
 797   }\r
 798 }\r
 799 \r
 800 class PreviewPanel\r
 801     extends JPanel\r
 802 {\r
 803   Image image;\r
 804 \r
 805   public PreviewPanel(Image image)\r
 806   {\r
 807     this.image = image;\r
 808   }\r
 809 \r
 810   public void paintComponent(Graphics g)\r
 811   {\r
 812     if (image != null)\r
 813     {\r
 814       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 815     }\r
 816     else\r
 817     {\r
 818       System.out.println("DEBUG:image is null");\r
 819     }\r
 820   }\r
 821 }\r