src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  31   {\r
  32     alignFrame = af;\r
  33     this.av         = av;\r
  34     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  35     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  36 \r
  37     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  38 \r
  39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  40     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  41     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  42 \r
  43     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  44     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  45 \r
  46     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  47     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  48     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  49     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  50 \r
  51     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  52     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  53     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  54     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  55 \r
  56     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  57     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  58 \r
  59 \r
  60     if(seqPanel.seqCanvas.getWidth()==0)\r
  61     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  62      {\r
  63        public void run()\r
  64        {\r
  65          setScrollValues(0,0);\r
  66          Dimension d = calculateIdWidth();\r
  67          d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  68          idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  69          RefreshPanels();\r
  70        }\r
  71     });\r
  72 \r
  73 \r
  74     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  75     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  76 \r
  77     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  78    {\r
  79      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  80      {\r
  81           RefreshPanels();\r
  82      }\r
  83    });\r
  84 \r
  85    setFocusable(true);\r
  86    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  87    {\r
  88      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  89      {\r
  90        switch(evt.getKeyCode())\r
  91        {\r
  92          case  27: // escape key\r
  93            av.setSelectionGroup(null);\r
  94            RefreshPanels();\r
  95            break;\r
  96          case KeyEvent.VK_X:\r
  97            if(evt.isControlDown())\r
  98            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  99            break;\r
 100          case KeyEvent.VK_C:\r
 101          if(evt.isControlDown())\r
 102            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 103            break;\r
 104          case KeyEvent.VK_V:\r
 105           if(evt.isControlDown())\r
 106            alignFrame.paste(true);\r
 107            break;\r
 108          case KeyEvent.VK_A:\r
 109          if(evt.isControlDown())\r
 110            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 111            break;\r
 112         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 113           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 114           break;\r
 115         case KeyEvent.VK_UP:\r
 116           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 117           break;\r
 118         case KeyEvent.VK_F:\r
 119          if(evt.isControlDown())\r
 120           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 121           break;\r
 122        }\r
 123      }\r
 124    });\r
 125   }\r
 126 \r
 127   Dimension calculateIdWidth()\r
 128   {\r
 129     Graphics g = this.getGraphics();\r
 130     if(g==null)\r
 131     {\r
 132       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 133       f.addNotify();\r
 134       g = f.getGraphics();\r
 135     }\r
 136 \r
 137     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 138     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 139 \r
 140        int i   = 0;\r
 141        int idWidth = 0;\r
 142        String id;\r
 143        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 144        {\r
 145          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 146          if(av.getShowFullId())\r
 147            id   = s.getDisplayId();\r
 148          else\r
 149            id = s.getName();\r
 150 \r
 151          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 152            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 153          i++;\r
 154        }\r
 155 \r
 156        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 157   }\r
 158 \r
 159 \r
 160  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 161  {\r
 162    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 163 \r
 164    // do we need to scroll the panel?\r
 165    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 166                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 167                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 168                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 169        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 170 \r
 171 \r
 172  }\r
 173 \r
 174 \r
 175  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 176  {\r
 177    return overviewPanel;\r
 178  }\r
 179 \r
 180  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 181  {\r
 182    overviewPanel = op;\r
 183  }\r
 184 \r
 185 \r
 186   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 187   {\r
 188     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 189     annotationScroller.setVisible(b);\r
 190     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 191      {\r
 192        public void run()\r
 193        {\r
 194          RefreshPanels();\r
 195        }\r
 196     });\r
 197 \r
 198   }\r
 199 \r
 200 \r
 201   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 202   {\r
 203     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 204     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 205     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 206 \r
 207     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 208     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 209     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 210     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 211 \r
 212     RefreshPanels();\r
 213 \r
 214   }\r
 215 \r
 216 \r
 217   public void setColourScheme()\r
 218   {\r
 219     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 220 \r
 221     if(av.getConservationSelected())\r
 222     {\r
 223 \r
 224        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 225        Conservation c = new Conservation("All",\r
 226                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 227                             al.getWidth() );\r
 228 \r
 229        c.calculate();\r
 230        c.verdict(false, 100);\r
 231        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 232 \r
 233        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 234 \r
 235     }\r
 236 \r
 237     RefreshPanels();\r
 238   }\r
 239 \r
 240 \r
 241   public void RefreshPanels()\r
 242   {\r
 243     requestFocus();\r
 244     invalidate();\r
 245 \r
 246     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 247     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 248     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 249 \r
 250     if (av.getWrapAlignment())\r
 251     {\r
 252       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 253           (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 254       vscroll.setValues(0, 1, 0, max);\r
 255     }\r
 256     else\r
 257     {\r
 258       if (overviewPanel != null)\r
 259         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 260       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 261     }\r
 262 \r
 263     validate();\r
 264     repaint();\r
 265   }\r
 266 \r
 267   int hextent = 0;\r
 268   int vextent = 0;\r
 269 \r
 270   // return value is true if the scroll is valid\r
 271   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 272   {\r
 273     if(up)\r
 274     {\r
 275       if(vscroll.getValue()<1)\r
 276         return false;\r
 277       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 278     }\r
 279     else\r
 280     {\r
 281      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 282        return false;\r
 283       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 284     }\r
 285     return true;\r
 286   }\r
 287 \r
 288   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 289   {\r
 290     if(right)\r
 291    {\r
 292      if(hscroll.getValue()<1)\r
 293        return false;\r
 294      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 295    }\r
 296    else\r
 297    {\r
 298     if(hextent+hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 299       return false;\r
 300      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 301    }\r
 302 \r
 303    return true;\r
 304  }\r
 305 \r
 306 \r
 307   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 308   {\r
 309     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 310     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 311 \r
 312     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 313       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 314     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 315       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 316 \r
 317     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 318       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 319 \r
 320     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 321       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 322 \r
 323     if(y<0)\r
 324       y = 0;\r
 325 \r
 326     if(x<0)\r
 327       x=0;\r
 328 \r
 329     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 330     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 331 \r
 332   }\r
 333 \r
 334 \r
 335   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 336   {\r
 337     int oldX = av.getStartRes();\r
 338     int oldY = av.getStartSeq();\r
 339 \r
 340     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 341     {\r
 342       int x = hscroll.getValue();\r
 343       av.setStartRes(x);\r
 344       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 345     }\r
 346 \r
 347     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 348     {\r
 349       int offy = vscroll.getValue();\r
 350       if (av.getWrapAlignment())\r
 351       {\r
 352         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 353       }\r
 354       else\r
 355       {\r
 356         av.setStartSeq(offy);\r
 357         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 358       }\r
 359     }\r
 360 \r
 361 \r
 362     if(overviewPanel!=null)\r
 363       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 364 \r
 365     if(av.getWrapAlignment())\r
 366       repaint();\r
 367     else\r
 368     {\r
 369       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 370                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 371       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 372       scalePanel.repaint();\r
 373       if (av.getShowAnnotation())\r
 374         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 375     }\r
 376 \r
 377   }\r
 378 \r
 379   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 380   {\r
 381     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 382 \r
 383     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 384     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 385 \r
 386     if (av.getWrapAlignment())\r
 387       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 388     else\r
 389       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 390   }\r
 391 \r
 392   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 393   {\r
 394 \r
 395     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 396 \r
 397 \r
 398     pg.setColor(Color.white);\r
 399     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 400     pg.setFont( av.getFont() );\r
 401 \r
 402     ////////////////////////////////////\r
 403     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 404     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 405     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 406     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 407     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 408 \r
 409     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 410      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 411 \r
 412     /////////////////////////////\r
 413     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 414     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 415     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 416     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 417     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 418       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 419 \r
 420      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 421      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 422      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 423        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 424 \r
 425 \r
 426     ////////////////\r
 427     //draw Scale\r
 428     pg.translate(idWidth,0);\r
 429     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 430 \r
 431     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 432     ////////////////\r
 433     // Draw the ids\r
 434     Color currentColor=null;\r
 435     Color currentTextColor=null;\r
 436     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 437     {\r
 438       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 439       {\r
 440         currentColor = Color.gray;\r
 441         currentTextColor = Color.black;\r
 442       }\r
 443       else\r
 444       {\r
 445         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 446         currentTextColor = Color.black;\r
 447       }\r
 448 \r
 449       pg.setColor(currentColor);\r
 450       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 451                               idWidth,\r
 452                               av.getCharHeight());\r
 453 \r
 454       pg.setColor(currentTextColor);\r
 455 \r
 456       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 457       if(av.getShowFullId())\r
 458         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 459 \r
 460       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 461                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 462     }\r
 463 \r
 464     // draw main sequence panel\r
 465     pg.translate(idWidth,0);\r
 466     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 467 \r
 468 \r
 469     if(av.getShowAnnotation())\r
 470       {\r
 471         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 472         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 473         pg.translate(idWidth,0);\r
 474         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 475       }\r
 476 \r
 477     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 478   }\r
 479 \r
 480 \r
 481   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 482   {\r
 483 \r
 484     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 485 \r
 486     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 487       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 488 \r
 489 \r
 490     pg.setColor(Color.white);\r
 491     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 492     pg.setFont( av.getFont() );\r
 493 \r
 494     ////////////////////////////////////\r
 495     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 496     AlignmentI da = av.alignment;\r
 497     int endy   = da.getHeight();\r
 498     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 499     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 500 \r
 501     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 502     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 503 \r
 504     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 505      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 506 \r
 507     ////////////////\r
 508     // Draw the ids\r
 509     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 510 \r
 511     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 512     pg.setColor(Color.black);\r
 513     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 514         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 515         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 516     {\r
 517       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 518       {\r
 519         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 520         String string = s.getName();\r
 521         if (av.getShowFullId())\r
 522           string = s.getDisplayId();\r
 523 \r
 524         pg.drawString(string, 0,\r
 525                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 526                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 527       }\r
 528     }\r
 529 \r
 530     // draw main sequence panel\r
 531     pg.translate(idWidth,0);\r
 532     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 533 \r
 534 \r
 535     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 536 \r
 537   }\r
 538 \r
 539 \r
 540   public void makeEPS()\r
 541   {\r
 542     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 543     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 544 \r
 545     if (!av.getWrapAlignment())\r
 546     {\r
 547       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 548       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 549     }\r
 550     if(av.getShowAnnotation())\r
 551    {\r
 552      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 553    }\r
 554 \r
 555     try\r
 556     {\r
 557       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 558           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 559       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 560       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 561       chooser.setToolTipText("Save");\r
 562 \r
 563       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 564       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 565         return;\r
 566 \r
 567       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 568       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 569       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 570 \r
 571         if (av.getWrapAlignment())\r
 572           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 573         else\r
 574           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 575 \r
 576 \r
 577         pg.flush();\r
 578         pg.close();\r
 579     }\r
 580     catch (Exception ex)\r
 581     {\r
 582       ex.printStackTrace();\r
 583     }\r
 584   }\r
 585 \r
 586   public void makePNG()\r
 587   {\r
 588       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 589       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 590 \r
 591       if (!av.getWrapAlignment())\r
 592       {\r
 593         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 594         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 595       }\r
 596 \r
 597       if(av.getShowAnnotation())\r
 598       {\r
 599         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 600       }\r
 601 \r
 602 \r
 603 System.out.println(width +" "+height);\r
 604 \r
 605     try\r
 606     {\r
 607       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 608           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 609       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 610       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 611       chooser.setToolTipText("Save");\r
 612 \r
 613       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 614       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 615         return;\r
 616 \r
 617       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 618       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 619 \r
 620       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 621       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 622 \r
 623 \r
 624         if (av.getWrapAlignment())\r
 625           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 626         else\r
 627           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 628 \r
 629         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 630         out.close();\r
 631     }\r
 632     catch (Exception ex)\r
 633     {\r
 634       ex.printStackTrace();\r
 635     }\r
 636   }\r
 637 \r
 638 }\r
 639 \r
 640 \r
 641 \r
 642 \r