src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 \r
  15 import gnu.jpdf.*;\r
  16 \r
  17 \r
  18 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  19 {\r
  20 \r
  21   AlignViewport     av;\r
  22   OverviewPanel overviewPanel;\r
  23   SeqPanel   seqPanel;\r
  24   IdPanel    idPanel;\r
  25   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  26   public AlignFrame alignFrame;\r
  27   ScalePanel scalePanel;\r
  28   ScorePanel scorePanel;\r
  29 \r
  30   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  31   {\r
  32     alignFrame = af;\r
  33     this.av         = av;\r
  34     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  35     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  36 \r
  37     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  38     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  39     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  40 \r
  41     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  42 \r
  43     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     IdwidthAdjuster iap = new IdwidthAdjuster(this);\r
  45     idSpaceFillerPanel1.add(iap, BorderLayout.CENTER);\r
  46 \r
  47     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(calculateIdWidth());\r
  48     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(calculateIdWidth());\r
  49 \r
  50     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  51     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  52     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  53     setScrollValues(0,0);\r
  54 \r
  55     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  56     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  57 \r
  58     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  59    {\r
  60      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  61      {\r
  62           RefreshPanels();\r
  63      }\r
  64    });\r
  65 \r
  66 \r
  67   // hscroll.setFocusable(false);\r
  68   // vscroll.setFocusable(false);\r
  69    setFocusable(true);\r
  70 \r
  71    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  72    {\r
  73      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  74      {\r
  75        switch(evt.getKeyCode())\r
  76        {\r
  77          case  27: // escape key\r
  78            av.setSelectionGroup(null);\r
  79            RefreshPanels();\r
  80            break;\r
  81          case KeyEvent.VK_X:\r
  82            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  83            break;\r
  84          case KeyEvent.VK_C:\r
  85            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  86            break;\r
  87          case KeyEvent.VK_V:\r
  88            alignFrame.paste(true);\r
  89            break;\r
  90          case KeyEvent.VK_A:\r
  91            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  92            break;\r
  93         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  94           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  95           break;\r
  96         case KeyEvent.VK_UP:\r
  97           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  98           break;\r
  99         case KeyEvent.VK_F:\r
 100           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 101           break;\r
 102        }\r
 103      }\r
 104    });\r
 105   }\r
 106 \r
 107   Dimension calculateIdWidth()\r
 108   {\r
 109     Graphics g = this.getGraphics();\r
 110     if(g==null)\r
 111     {\r
 112       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 113       f.addNotify();\r
 114       g = f.getGraphics();\r
 115     }\r
 116 \r
 117     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 118     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 119 \r
 120        int i   = 0;\r
 121        int idWidth = 0;\r
 122        String id;\r
 123        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 124        {\r
 125          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 126          if(av.getShowFullId())\r
 127            id   = s.getDisplayId();\r
 128          else\r
 129            id = s.getName();\r
 130 \r
 131          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 132            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 133          i++;\r
 134        }\r
 135 \r
 136        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 137   }\r
 138 \r
 139 \r
 140  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 141  {\r
 142    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 143 \r
 144    // do we need to scroll the panel?\r
 145    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 146                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 147                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 148                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 149        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 150 \r
 151 \r
 152  }\r
 153 \r
 154 \r
 155  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 156  {\r
 157    return overviewPanel;\r
 158  }\r
 159 \r
 160  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 161  {\r
 162    overviewPanel = op;\r
 163  }\r
 164 \r
 165 \r
 166   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 167   {\r
 168     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 169     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 170 \r
 171     RefreshPanels();\r
 172     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 173     RefreshPanels();\r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 177   {\r
 178     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 179     RefreshPanels();\r
 180   }\r
 181 \r
 182   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 183   {\r
 184     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 185     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 186     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 187 \r
 188     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 189 \r
 190  //   idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 191  //   idWidthAdjusterPanel.setVisible(!wrap);\r
 192 \r
 193     RefreshPanels();\r
 194 \r
 195   }\r
 196 \r
 197 \r
 198   public void setColourScheme()\r
 199   {\r
 200     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 201 \r
 202     if(av.getConservationSelected())\r
 203     {\r
 204 \r
 205        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 206        Conservation c = new Conservation("All",\r
 207                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 208                             al.getWidth() );\r
 209 \r
 210        c.calculate();\r
 211        c.verdict(false, 100);\r
 212        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 213 \r
 214        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 215 \r
 216     }\r
 217 \r
 218     RefreshPanels();\r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void RefreshPanels()\r
 222   {\r
 223               requestFocus();\r
 224               invalidate();\r
 225               idPanelHolder.setPreferredSize(idPanel.idCanvas.getPreferredSize());\r
 226               if(idPanel.idCanvas.getPreferredSize()!=null)\r
 227                 hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(idPanel.idCanvas.getPreferredSize().width, 12));\r
 228               idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 229                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 230               scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 231                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 232               if (av.getWrapAlignment())\r
 233               {\r
 234                 int max = av.alignment.getWidth() /\r
 235                     (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 236 \r
 237                 int h = (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 238                 vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / h;\r
 239                 vscroll.setValues(0, vextent, 0, max);\r
 240               }\r
 241               else\r
 242 \r
 243                 setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 244               av.getConsensus(true);\r
 245               if (overviewPanel != null)\r
 246                 overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 247 \r
 248           validate();\r
 249           repaint();\r
 250   }\r
 251   int hextent = 0;\r
 252   int vextent = 0;\r
 253 \r
 254 \r
 255   // return value is true if the scroll is valid\r
 256   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 257   {\r
 258     if(up)\r
 259     {\r
 260       if(vscroll.getValue()<1)\r
 261         return false;\r
 262       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 263     }\r
 264     else\r
 265     {\r
 266      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 267        return false;\r
 268       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 269     }\r
 270 \r
 271     return true;\r
 272   }\r
 273 \r
 274   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 275   {\r
 276     if(right)\r
 277    {\r
 278      if(hscroll.getValue()<1)\r
 279        return false;\r
 280      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 281    }\r
 282    else\r
 283    {\r
 284     if(hextent+hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 285       return false;\r
 286      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 287    }\r
 288 \r
 289    return true;\r
 290  }\r
 291 \r
 292 \r
 293   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 294   {\r
 295     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 296     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 297 \r
 298     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 299       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 300 \r
 301     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 302       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 303 \r
 304     if(y<0)\r
 305       y = 0;\r
 306 \r
 307     if(x<0)\r
 308       x=0;\r
 309 \r
 310     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 311     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 312 \r
 313 \r
 314     repaint();\r
 315 \r
 316   }\r
 317 \r
 318 \r
 319   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 320   {\r
 321 \r
 322     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 323     {\r
 324       int x = hscroll.getValue();\r
 325       av.setStartRes(x);\r
 326       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 327     }\r
 328 \r
 329     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 330     {\r
 331       int offy = vscroll.getValue();\r
 332       if (av.getWrapAlignment())\r
 333       {\r
 334         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 335       }\r
 336       else\r
 337       {\r
 338         av.setStartSeq(offy);\r
 339         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 340       }\r
 341     }\r
 342 \r
 343 \r
 344     if(overviewPanel!=null)\r
 345       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 346 \r
 347     repaint();\r
 348   }\r
 349 \r
 350   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 351   {\r
 352     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 353 \r
 354     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 355     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 356 \r
 357     if (av.getWrapAlignment())\r
 358       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 359     else\r
 360       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 364   {\r
 365 \r
 366     int idWidth = calculateIdWidth().width;\r
 367 \r
 368 \r
 369     pg.setColor(Color.white);\r
 370     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 371     pg.setFont( av.getFont() );\r
 372 \r
 373     ////////////////////////////////////\r
 374     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 375     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 376     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 377     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 378     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 379 \r
 380     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 381      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 382 \r
 383     /////////////////////////////\r
 384     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 385     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 386     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 387     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 388     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 389       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 390 \r
 391      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 392      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 393      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 394        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 395 \r
 396 \r
 397     ////////////////\r
 398     //draw Scale\r
 399     pg.translate(idWidth,0);\r
 400     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 401 \r
 402     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 403     ////////////////\r
 404     // Draw the ids\r
 405     Color currentColor=null;\r
 406     Color currentTextColor=null;\r
 407     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 408     {\r
 409       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 410       {\r
 411         currentColor = Color.gray;\r
 412         currentTextColor = Color.black;\r
 413       }\r
 414       else\r
 415       {\r
 416         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 417         currentTextColor = Color.black;\r
 418       }\r
 419 \r
 420       pg.setColor(currentColor);\r
 421       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 422                               idWidth,\r
 423                               av.getCharHeight());\r
 424 \r
 425       pg.setColor(currentTextColor);\r
 426 \r
 427       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 428       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 429                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 430     }\r
 431 \r
 432     // draw main sequence panel\r
 433     pg.translate(idWidth,0);\r
 434     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 435     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 436 \r
 437     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 438   }\r
 439 \r
 440 \r
 441   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 442   {\r
 443 \r
 444     int idWidth = calculateIdWidth().width;\r
 445 \r
 446     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 447       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 448 \r
 449 \r
 450     pg.setColor(Color.white);\r
 451     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 452     pg.setFont( av.getFont() );\r
 453 \r
 454     ////////////////////////////////////\r
 455     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 456     AlignmentI da = av.alignment;\r
 457     int endy   = da.getHeight();\r
 458     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 459     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 460 \r
 461     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 462     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 463 \r
 464     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 465      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 466 \r
 467     ////////////////\r
 468     // Draw the ids\r
 469     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 470 \r
 471     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 472     pg.setColor(Color.black);\r
 473     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 474         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 475         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 476     {\r
 477       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 478       {\r
 479         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 480         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 481                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 482                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 483       }\r
 484     }\r
 485 \r
 486     // draw main sequence panel\r
 487     pg.translate(idWidth,0);\r
 488     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 489 \r
 490 \r
 491     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 492 \r
 493   }\r
 494 \r
 495   public void makeJPG(int width, int height)\r
 496   {\r
 497     try\r
 498     {\r
 499 \r
 500       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 501                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 502       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
 503 \r
 504       try\r
 505       {\r
 506         if (av.getWrapAlignment())\r
 507           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 508         else\r
 509           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 510       }\r
 511       catch (Exception ex)\r
 512       {}\r
 513 \r
 514       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 515           "LAST_DIRECTORY"));\r
 516       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 517       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
 518       chooser.setToolTipText("Save");\r
 519 \r
 520       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 521       if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 522       {\r
 523 \r
 524         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 525         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
 526         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
 527         param.setQuality(1.0f, true);\r
 528 \r
 529         jie.encode(bi, param);\r
 530         out.close();\r
 531       }\r
 532 \r
 533     }\r
 534     catch (IOException ex)\r
 535     {\r
 536       System.out.println("ex Writing image ");\r
 537     }\r
 538   }\r
 539 \r
 540 }\r
 541 \r
 542 \r
 543 \r
 544 \r