src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  55     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  56     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  57     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  58 \r
  59     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  60     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  61 \r
  62 \r
  63     if(seqPanel.seqCanvas.getWidth()==0)\r
  64     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  65      {\r
  66        public void run()\r
  67        {\r
  68          setScrollValues(0,0);\r
  69          Dimension d = calculateIdWidth();\r
  70          d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  71          idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  72          RefreshPanels();\r
  73        }\r
  74     });\r
  75 \r
  76 \r
  77     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  78     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  79 \r
  80     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  81    {\r
  82      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  83      {\r
  84           RefreshPanels();\r
  85      }\r
  86    });\r
  87 \r
  88    setFocusable(true);\r
  89    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  90    {\r
  91      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  92      {\r
  93        switch(evt.getKeyCode())\r
  94        {\r
  95          case  27: // escape key\r
  96            av.setSelectionGroup(null);\r
  97            RefreshPanels();\r
  98            break;\r
  99          case KeyEvent.VK_X:\r
 100            if(evt.isControlDown())\r
 101            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 102            break;\r
 103          case KeyEvent.VK_C:\r
 104          if(evt.isControlDown())\r
 105            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 106            break;\r
 107          case KeyEvent.VK_V:\r
 108           if(evt.isControlDown())\r
 109            alignFrame.paste(true);\r
 110            break;\r
 111          case KeyEvent.VK_A:\r
 112          if(evt.isControlDown())\r
 113            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 114            break;\r
 115         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 116           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 117           break;\r
 118         case KeyEvent.VK_UP:\r
 119           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 120           break;\r
 121         case KeyEvent.VK_F:\r
 122          if(evt.isControlDown())\r
 123           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 124           break;\r
 125        }\r
 126      }\r
 127    });\r
 128   }\r
 129 \r
 130   Dimension calculateIdWidth()\r
 131   {\r
 132     Graphics g = this.getGraphics();\r
 133     if(g==null)\r
 134     {\r
 135       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 136       f.addNotify();\r
 137       g = f.getGraphics();\r
 138     }\r
 139 \r
 140     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 141     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 142 \r
 143        int i   = 0;\r
 144        int idWidth = 0;\r
 145        String id;\r
 146        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 147        {\r
 148          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 149          if(av.getShowFullId())\r
 150            id   = s.getDisplayId();\r
 151          else\r
 152            id = s.getName();\r
 153 \r
 154          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 155            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 156          i++;\r
 157        }\r
 158 \r
 159        // Also check annotation label widths\r
 160        i=0;\r
 161        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 162        {\r
 163          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 164          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 165          {\r
 166            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 167            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 168              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 169            i++;\r
 170          }\r
 171        }\r
 172 \r
 173        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 174   }\r
 175 \r
 176 \r
 177  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 178  {\r
 179    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 180 \r
 181    // do we need to scroll the panel?\r
 182    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 183                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 184                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 185                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 186        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 187 \r
 188 \r
 189  }\r
 190 \r
 191 \r
 192  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 193  {\r
 194    return overviewPanel;\r
 195  }\r
 196 \r
 197  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 198  {\r
 199    overviewPanel = op;\r
 200  }\r
 201 \r
 202 \r
 203   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 204   {\r
 205     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 206     annotationScroller.setVisible(b);\r
 207     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 208      {\r
 209        public void run()\r
 210        {\r
 211          RefreshPanels();\r
 212        }\r
 213     });\r
 214 \r
 215   }\r
 216 \r
 217 \r
 218   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 219   {\r
 220     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 221     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 222     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 223 \r
 224     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 225     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 226     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 227     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 228 \r
 229     RefreshPanels();\r
 230 \r
 231   }\r
 232 \r
 233 \r
 234   public void setColourScheme()\r
 235   {\r
 236     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 237 \r
 238     if(av.getConservationSelected())\r
 239     {\r
 240 \r
 241        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 242        Conservation c = new Conservation("All",\r
 243                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 244                             al.getWidth() );\r
 245 \r
 246        c.calculate();\r
 247        c.verdict(false, 100);\r
 248        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 249 \r
 250        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 251 \r
 252     }\r
 253 \r
 254     RefreshPanels();\r
 255   }\r
 256 \r
 257 \r
 258   public void RefreshPanels()\r
 259   {\r
 260     requestFocus();\r
 261     invalidate();\r
 262 \r
 263     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 264     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 265     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 266 \r
 267     if (av.getWrapAlignment())\r
 268     {\r
 269       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 270           (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 271       vscroll.setValues(0, 1, 0, max);\r
 272     }\r
 273     else\r
 274     {\r
 275       if (overviewPanel != null)\r
 276         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 277       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 278     }\r
 279 \r
 280     validate();\r
 281     repaint();\r
 282   }\r
 283 \r
 284   int hextent = 0;\r
 285   int vextent = 0;\r
 286 \r
 287   // return value is true if the scroll is valid\r
 288   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 289   {\r
 290     if(up)\r
 291     {\r
 292       if(vscroll.getValue()<1)\r
 293         return false;\r
 294       fastPaint  = false;\r
 295       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 296     }\r
 297     else\r
 298     {\r
 299      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 300        return false;\r
 301       fastPaint  = false;\r
 302       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 303     }\r
 304     fastPaint = true;\r
 305     return true;\r
 306   }\r
 307 \r
 308   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 309   {\r
 310 \r
 311     if (right)\r
 312     {\r
 313       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 314         return false;\r
 315       fastPaint = false;\r
 316       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 317     }\r
 318     else\r
 319     {\r
 320       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 321         return false;\r
 322       fastPaint = false;\r
 323       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 324     }\r
 325     fastPaint = true;\r
 326     return true;\r
 327   }\r
 328 \r
 329 \r
 330   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 331   {\r
 332     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 333     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 334 \r
 335     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 336       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 337     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 338       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 339 \r
 340     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 341       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 342 \r
 343     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 344       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 345 \r
 346     if(y<0)\r
 347       y = 0;\r
 348 \r
 349     if(x<0)\r
 350       x=0;\r
 351 \r
 352     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 353     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 354 \r
 355   }\r
 356 \r
 357 \r
 358   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 359   {\r
 360     int oldX = av.getStartRes();\r
 361     int oldY = av.getStartSeq();\r
 362 \r
 363     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 364     {\r
 365       int x = hscroll.getValue();\r
 366       av.setStartRes(x);\r
 367       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 368     }\r
 369 \r
 370     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 371     {\r
 372       int offy = vscroll.getValue();\r
 373       if (av.getWrapAlignment())\r
 374       {\r
 375         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 376       }\r
 377       else\r
 378       {\r
 379         av.setStartSeq(offy);\r
 380         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 381       }\r
 382     }\r
 383 \r
 384 \r
 385     if(overviewPanel!=null)\r
 386       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 387 \r
 388     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 389       repaint();\r
 390     else\r
 391     {\r
 392       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 393                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 394       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 395       scalePanel.repaint();\r
 396       if (av.getShowAnnotation())\r
 397         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 398     }\r
 399 \r
 400   }\r
 401 \r
 402   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 403   {\r
 404     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 405 \r
 406     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 407     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 408 \r
 409     if (av.getWrapAlignment())\r
 410       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 411     else\r
 412       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 413   }\r
 414 \r
 415   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 416   {\r
 417 \r
 418     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 419 \r
 420 \r
 421     pg.setColor(Color.white);\r
 422     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 423     pg.setFont( av.getFont() );\r
 424 \r
 425     ////////////////////////////////////\r
 426     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 427     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 428     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 429     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 430     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 431 \r
 432     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 433      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 434 \r
 435     /////////////////////////////\r
 436     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 437     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 438     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 439     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 440     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 441       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 442 \r
 443      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 444      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 445      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 446        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 447 \r
 448 \r
 449     ////////////////\r
 450     //draw Scale\r
 451     pg.translate(idWidth,0);\r
 452     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 453 \r
 454     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 455     ////////////////\r
 456     // Draw the ids\r
 457     Color currentColor=null;\r
 458     Color currentTextColor=null;\r
 459     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 460     {\r
 461       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 462       {\r
 463         currentColor = Color.gray;\r
 464         currentTextColor = Color.black;\r
 465       }\r
 466       else\r
 467       {\r
 468         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 469         currentTextColor = Color.black;\r
 470       }\r
 471 \r
 472       pg.setColor(currentColor);\r
 473       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 474                               idWidth,\r
 475                               av.getCharHeight());\r
 476 \r
 477       pg.setColor(currentTextColor);\r
 478 \r
 479       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 480       if(av.getShowFullId())\r
 481         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 482 \r
 483       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 484                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 485     }\r
 486 \r
 487     // draw main sequence panel\r
 488     pg.translate(idWidth,0);\r
 489     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 490 \r
 491 \r
 492     if(av.getShowAnnotation())\r
 493       {\r
 494         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 495         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 496         pg.translate(idWidth,0);\r
 497         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 498       }\r
 499 \r
 500     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 501   }\r
 502 \r
 503 \r
 504   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 505   {\r
 506 \r
 507     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 508 \r
 509     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 510       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 511 \r
 512 \r
 513     pg.setColor(Color.white);\r
 514     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 515     pg.setFont( av.getFont() );\r
 516 \r
 517     ////////////////////////////////////\r
 518     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 519     AlignmentI da = av.alignment;\r
 520     int endy   = da.getHeight();\r
 521     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 522     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 523 \r
 524     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 525     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 526 \r
 527     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 528      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 529 \r
 530     ////////////////\r
 531     // Draw the ids\r
 532     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 533 \r
 534     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 535     pg.setColor(Color.black);\r
 536     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 537         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 538         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 539     {\r
 540       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 541       {\r
 542         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 543         String string = s.getName();\r
 544         if (av.getShowFullId())\r
 545           string = s.getDisplayId();\r
 546 \r
 547         pg.drawString(string, 0,\r
 548                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 549                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 550       }\r
 551     }\r
 552 \r
 553     // draw main sequence panel\r
 554     pg.translate(idWidth,0);\r
 555     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 556 \r
 557 \r
 558     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 559 \r
 560   }\r
 561 \r
 562 \r
 563   public void makeEPS()\r
 564   {\r
 565     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 566     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 567 \r
 568     if (!av.getWrapAlignment())\r
 569     {\r
 570       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 571       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 572     }\r
 573     if(av.getShowAnnotation())\r
 574    {\r
 575      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 576    }\r
 577 \r
 578     try\r
 579     {\r
 580       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 581           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 582       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 583       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 584       chooser.setToolTipText("Save");\r
 585 \r
 586       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 587       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 588         return;\r
 589 \r
 590       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 591       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 592       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 593 \r
 594         if (av.getWrapAlignment())\r
 595           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 596         else\r
 597           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 598 \r
 599 \r
 600         pg.flush();\r
 601         pg.close();\r
 602     }\r
 603     catch (Exception ex)\r
 604     {\r
 605       ex.printStackTrace();\r
 606     }\r
 607   }\r
 608 \r
 609   public void makePNG()\r
 610   {\r
 611       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 612       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 613 \r
 614       if (!av.getWrapAlignment())\r
 615       {\r
 616         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 617         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 618       }\r
 619 \r
 620       if(av.getShowAnnotation())\r
 621       {\r
 622         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 623       }\r
 624 \r
 625 \r
 626 System.out.println(width +" "+height);\r
 627 \r
 628     try\r
 629     {\r
 630       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 631           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 632       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 633       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 634       chooser.setToolTipText("Save");\r
 635 \r
 636       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 637       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 638         return;\r
 639 \r
 640       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 641       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 642 \r
 643       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 644       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 645 \r
 646 \r
 647         if (av.getWrapAlignment())\r
 648           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 649         else\r
 650           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 651 \r
 652         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 653         out.close();\r
 654     }\r
 655     catch (Exception ex)\r
 656     {\r
 657       ex.printStackTrace();\r
 658     }\r
 659   }\r
 660 \r
 661 }\r
 662 \r
 663 \r
 664 \r
 665 \r