src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 import javax.swing.*;\r
  15 \r
  16 \r
  17 \r
  18 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  19 {\r
  20 \r
  21   AlignViewport     av;\r
  22   OverviewPanel overviewPanel;\r
  23   SeqPanel   seqPanel;\r
  24   IdPanel    idPanel;\r
  25   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  26   public AlignFrame alignFrame;\r
  27   ScalePanel scalePanel;\r
  28   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  29   AnnotationLabels alabels;\r
  30 \r
  31   // this value is set false when selection area being dragged\r
  32   boolean fastPaint = true;\r
  33 \r
  34   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  35   {\r
  36     alignFrame = af;\r
  37     this.av         = av;\r
  38     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  39     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  40 \r
  41     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  42 \r
  43     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  45     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  46 \r
  47     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  48     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  49 \r
  50     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  52     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  53     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  54 \r
  55     fontChanged();\r
  56 \r
  57     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  58     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  59 \r
  60     setScrollValues(0, 0);\r
  61 \r
  62     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  63     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  64 \r
  65    setFocusable(true);\r
  66    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  67    {\r
  68      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  69      {\r
  70        switch(evt.getKeyCode())\r
  71        {\r
  72          case  27: // escape key\r
  73            av.setSelectionGroup(null);\r
  74            repaint();\r
  75            break;\r
  76 \r
  77         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  78           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  79           break;\r
  80         case KeyEvent.VK_UP:\r
  81           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  82           break;\r
  83        }\r
  84      }\r
  85    });\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void fontChanged()\r
  89   {\r
  90     // set idCanvas bufferedImage to null\r
  91     // to prevent drawing old image\r
  92     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  93 \r
  94     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
  95     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
  96 \r
  97     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
  98     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  99     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 100     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 101     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 102     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 103     repaint();\r
 104   }\r
 105 \r
 106 \r
 107   Dimension calculateIdWidth()\r
 108   {\r
 109     Graphics g = this.getGraphics();\r
 110     if(g==null)\r
 111     {\r
 112       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 113       f.addNotify();\r
 114       g = f.getGraphics();\r
 115     }\r
 116 \r
 117     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 118     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 119 \r
 120        int i   = 0;\r
 121        int idWidth = 0;\r
 122        String id;\r
 123        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 124        {\r
 125          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 126          if(av.getShowFullId())\r
 127            id   = s.getDisplayId();\r
 128          else\r
 129            id = s.getName();\r
 130 \r
 131          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 132            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 133          i++;\r
 134        }\r
 135 \r
 136        // Also check annotation label widths\r
 137        i=0;\r
 138        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 139        {\r
 140          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 141          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 142          {\r
 143            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 144            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 145              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 146            i++;\r
 147          }\r
 148        }\r
 149 \r
 150        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 151   }\r
 152 \r
 153 \r
 154  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 155  {\r
 156    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 157 \r
 158    // do we need to scroll the panel?\r
 159    if(results!=null)\r
 160     {\r
 161       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 162       int start = seq.findIndex( results[1] )-1;\r
 163       int end = seq.findIndex( results[2] )-1;\r
 164       if( av.getStartRes() > start\r
 165           || av.getEndRes() < end\r
 166           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 167           || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 168         setScrollValues(start, results[0]);\r
 169     }\r
 170 \r
 171  }\r
 172 \r
 173 \r
 174  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 175  {\r
 176    return overviewPanel;\r
 177  }\r
 178 \r
 179  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 180  {\r
 181    overviewPanel = op;\r
 182  }\r
 183 \r
 184 \r
 185   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 186   {\r
 187     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 188     annotationScroller.setVisible(b);\r
 189   }\r
 190 \r
 191 \r
 192   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 193   {\r
 194     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 195     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 196     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 197 \r
 198     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 199     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 200     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 201     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 202 \r
 203     repaint();\r
 204 \r
 205   }\r
 206 \r
 207 \r
 208   public void setColourScheme()\r
 209   {\r
 210     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 211 \r
 212     if(av.getConservationSelected())\r
 213     {\r
 214 \r
 215        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 216        Conservation c = new Conservation("All",\r
 217                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 218                             al.getWidth() );\r
 219 \r
 220        c.calculate();\r
 221        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 222        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 223 \r
 224        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 225 \r
 226     }\r
 227 \r
 228     repaint();\r
 229   }\r
 230 \r
 231 \r
 232   int hextent = 0;\r
 233   int vextent = 0;\r
 234 \r
 235   // return value is true if the scroll is valid\r
 236   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 237   {\r
 238     if(up)\r
 239     {\r
 240       if(vscroll.getValue()<1)\r
 241         return false;\r
 242       fastPaint  = false;\r
 243       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 244     }\r
 245     else\r
 246     {\r
 247      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 248        return false;\r
 249       fastPaint  = false;\r
 250       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 251     }\r
 252     fastPaint = true;\r
 253     return true;\r
 254   }\r
 255 \r
 256   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 257   {\r
 258 \r
 259     if (right)\r
 260     {\r
 261       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 262         return false;\r
 263       fastPaint = false;\r
 264       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 265     }\r
 266     else\r
 267     {\r
 268       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 269         return false;\r
 270       fastPaint = false;\r
 271       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 272     }\r
 273     fastPaint = true;\r
 274     return true;\r
 275   }\r
 276 \r
 277 \r
 278   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 279   {\r
 280     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 281 \r
 282     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 283     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 284 \r
 285     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 286       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 287     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 288       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 289 \r
 290     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 291       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 292 \r
 293     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 294       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 295 \r
 296     if(y<0)\r
 297       y = 0;\r
 298 \r
 299     if(x<0)\r
 300       x=0;\r
 301 \r
 302     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 303     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 304 \r
 305 \r
 306 \r
 307   }\r
 308 \r
 309 \r
 310   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 311   {\r
 312     int oldX = av.getStartRes();\r
 313     int oldY = av.getStartSeq();\r
 314 \r
 315     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 316     {\r
 317       int x = hscroll.getValue();\r
 318       av.setStartRes(x);\r
 319       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 320     }\r
 321 \r
 322     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 323     {\r
 324       int offy = vscroll.getValue();\r
 325       if (av.getWrapAlignment())\r
 326       {\r
 327         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 328         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 329         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 330       }\r
 331       else\r
 332       {\r
 333         av.setStartSeq(offy);\r
 334         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 335       }\r
 336     }\r
 337 \r
 338     if(overviewPanel!=null)\r
 339       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 340 \r
 341     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 342       repaint();\r
 343     else\r
 344     {\r
 345       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 346       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 347                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 348 \r
 349       scalePanel.repaint();\r
 350       if (av.getShowAnnotation())\r
 351         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 352     }\r
 353 \r
 354   }\r
 355 \r
 356 \r
 357   public void paintComponent(Graphics g)\r
 358   {\r
 359     invalidate();\r
 360     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 361     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 362     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 363     validate();\r
 364 \r
 365     if (av.getWrapAlignment())\r
 366     {\r
 367       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 368       vscroll.setMaximum(max);\r
 369       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 370       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 371     }\r
 372     else\r
 373     {\r
 374       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 375     }\r
 376 \r
 377 \r
 378 \r
 379   }\r
 380 \r
 381   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 382   {\r
 383     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 384 \r
 385     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 386     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 387 \r
 388     if (av.getWrapAlignment())\r
 389       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 390     else\r
 391       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 392   }\r
 393 \r
 394   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 395   {\r
 396 \r
 397       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 398       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 399       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 400 \r
 401       pg.setColor(Color.white);\r
 402       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 403       pg.setFont(av.getFont());\r
 404 \r
 405       ////////////////////////////////////\r
 406       /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 407       int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 408 \r
 409       int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) - 1;\r
 410 \r
 411       int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes + 1;\r
 412 \r
 413       /////////////////////////////\r
 414       /// Only print these sequences and residues on this page\r
 415       int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 416       startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 417       endRes = startRes + totalRes - 1;\r
 418       if (endRes > av.getAlignment().getWidth()-1)\r
 419         endRes = av.getAlignment().getWidth()-1;\r
 420 \r
 421       startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 422       endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 423       if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 424         endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 425 \r
 426       int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 427 \r
 428       if (av.showAnnotation)\r
 429         pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 430 \r
 431       pagesHigh /= pheight;\r
 432 \r
 433       if (pi >= pagesWide * pagesHigh)\r
 434         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 435 \r
 436         //draw Scale\r
 437       pg.translate(idWidth, 0);\r
 438       scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 439       pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 440       ////////////////\r
 441       // Draw the ids\r
 442       Color currentColor = null;\r
 443       Color currentTextColor = null;\r
 444       for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 445       {\r
 446         if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
 447             av.getSelectionGroup().sequences.\r
 448             contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 449         {\r
 450           currentColor = Color.gray;\r
 451           currentTextColor = Color.black;\r
 452         }\r
 453         else\r
 454         {\r
 455           currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 456           currentTextColor = Color.black;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         pg.setColor(currentColor);\r
 460         pg.fillRect(0,\r
 461                     jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i,\r
 462             av.getCharHeight()),\r
 463                     idWidth,\r
 464                     av.getCharHeight());\r
 465 \r
 466         pg.setColor(currentTextColor);\r
 467 \r
 468         String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 469         if (av.getShowFullId())\r
 470           string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 471 \r
 472         pg.drawString(string, 0, jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 473                       (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() -\r
 474                       (av.getCharHeight() / 5));\r
 475       }\r
 476 \r
 477       // draw main sequence panel\r
 478       pg.translate(idWidth, 0);\r
 479       seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 480                                    startRes, startSeq, 0);\r
 481 \r
 482 \r
 483       if (av.showAnnotation && endSeq == av.alignment.getHeight())\r
 484       {\r
 485         pg.translate( -idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 486         alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg);\r
 487         pg.translate(idWidth, 0);\r
 488         annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 489       }\r
 490 \r
 491       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 492 \r
 493   }\r
 494 \r
 495 \r
 496   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 497   {\r
 498       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 499 \r
 500       int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth - idWidth);\r
 501       int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) *\r
 502           ( (av.alignment.getWidth()\r
 503              / resWidth) + 1) * av.charHeight;\r
 504 \r
 505 \r
 506       pg.setColor(Color.white);\r
 507       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 508       pg.setFont(av.getFont());\r
 509 \r
 510       ////////////////\r
 511       // Draw the ids\r
 512       pg.setColor(Color.black);\r
 513 \r
 514       pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 515 \r
 516       pg.setClip(0,pi*pheight,pwidth, pheight);\r
 517 \r
 518       int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 519       do\r
 520       {\r
 521         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 522         {\r
 523           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 524           String string = s.getName();\r
 525           if (av.getShowFullId())\r
 526             string = s.getDisplayId();\r
 527 \r
 528           pg.drawString(string, 0,\r
 529                         AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) +\r
 530                         ypos +\r
 531                         av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 532 \r
 533         }\r
 534 \r
 535         ypos += (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 536 \r
 537       }\r
 538       while (ypos < totalHeight);\r
 539 \r
 540       pg.translate(idWidth, 0);\r
 541 \r
 542       seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 543 \r
 544       if (pi * pheight < totalHeight)\r
 545         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 546       else\r
 547         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 548 \r
 549 \r
 550 \r
 551   }\r
 552 \r
 553 \r
 554   public void makeEPS()\r
 555   {\r
 556     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 557     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 558 \r
 559     if (!av.getWrapAlignment())\r
 560     {\r
 561       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 562       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 563     }\r
 564     if(av.getShowAnnotation())\r
 565    {\r
 566      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 567    }\r
 568 \r
 569     try\r
 570     {\r
 571       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 572           "LAST_DIRECTORY"),\r
 573               new String[]{"eps"},\r
 574               new String[]{"Encapsulated Postscript"},\r
 575               "Encapsulated Postscript");\r
 576       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 577       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 578       chooser.setToolTipText("Save");\r
 579 \r
 580       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 581       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 582         return;\r
 583 \r
 584       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 585       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 586       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 587 \r
 588         if (av.getWrapAlignment())\r
 589           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 590         else\r
 591           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 592 \r
 593 \r
 594         pg.flush();\r
 595         pg.close();\r
 596     }\r
 597     catch (Exception ex)\r
 598     {\r
 599       ex.printStackTrace();\r
 600     }\r
 601   }\r
 602 \r
 603   public void makePNG()\r
 604   {\r
 605       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 606       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 607 \r
 608       if (!av.getWrapAlignment())\r
 609       {\r
 610         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 611         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 612       }\r
 613 \r
 614       if(av.getShowAnnotation())\r
 615       {\r
 616         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 617       }\r
 618 \r
 619 \r
 620 \r
 621     try\r
 622     {\r
 623       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 624           "LAST_DIRECTORY"),\r
 625               new String[]{"png"},\r
 626               new String[]{"Portable network graphics"},\r
 627               "Portable network graphics");\r
 628       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 629       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 630       chooser.setToolTipText("Save");\r
 631 \r
 632       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 633       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 634         return;\r
 635 \r
 636       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 637       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 638 \r
 639       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 640       Graphics2D png = (Graphics2D)bi.getGraphics();\r
 641 \r
 642       png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 643 \r
 644         if (av.getWrapAlignment())\r
 645           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 646         else\r
 647           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 648 \r
 649         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 650         out.close();\r
 651     }\r
 652     catch (Exception ex)\r
 653     {\r
 654       ex.printStackTrace();\r
 655     }\r
 656   }\r
 657 \r
 658 }\r
 659 \r
 660 class Preview extends JFrame\r
 661 {\r
 662 \r
 663   public Preview(Image image)\r
 664   {\r
 665     setResizable(true);\r
 666     setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 667     setVisible(true);\r
 668     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 669     getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 670     validate();\r
 671     repaint();\r
 672   }\r
 673 }\r
 674 \r
 675 class PreviewPanel extends JPanel\r
 676 {\r
 677   Image image;\r
 678   public PreviewPanel(Image image)\r
 679   {\r
 680     this.image = image;\r
 681   }\r
 682   public void paintComponent(Graphics g)\r
 683   {\r
 684     if(image!=null)\r
 685       g.drawImage(image,0,0,this);\r
 686     else\r
 687       System.out.println("DEBUG:image is null");\r
 688   }\r
 689 }\r
 690 \r
 691 \r
 692 \r
 693 \r