src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import java.awt.Dimension;\r
  31 \r
  32 public class AnnotationColourChooser\r
  33     extends JPanel\r
  34 {\r
  35   JInternalFrame frame;\r
  36   AlignViewport av;\r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   ColourSchemeI oldcs;\r
  39   Hashtable oldgroupColours;\r
  40   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  41   boolean adjusting = false;\r
  42 \r
  43   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  46     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  47     {\r
  48       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  49       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  50       SequenceGroup sg;\r
  51       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  52       {\r
  53         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  54         if (sg.cs != null)\r
  55         {\r
  56           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  57         }\r
  58       }\r
  59     }\r
  60     this.av = av;\r
  61     this.ap = ap;\r
  62     frame = new JInternalFrame();\r
  63     frame.setContentPane(this);\r
  64     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  65     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  66 \r
  67 \r
  68     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  69     {\r
  70       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (!adjusting)\r
  73         {\r
  74           thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  75           valueChanged();\r
  76         }\r
  77       }\r
  78     });\r
  79     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  80         {\r
  81           public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  82           {\r
  83             ap.paintAlignment(true);\r
  84           }\r
  85         });\r
  86 \r
  87     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  88     {\r
  89       return;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  93     {\r
  94       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  95       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  96       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  97     }\r
  98     else\r
  99     {\r
 100       minColour.setBackground(Color.orange);\r
 101       maxColour.setBackground(Color.red);\r
 102     }\r
 103 \r
 104     adjusting = true;\r
 105     Vector list = new Vector();\r
 106     int index = 1;\r
 107     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 108     {\r
 109       String label = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 110       if (!list.contains(label))\r
 111         list.addElement(label);\r
 112       else\r
 113         list.addElement(label+"_"+(index++));\r
 114     }\r
 115 \r
 116     annotations = new JComboBox(list);\r
 117 \r
 118     threshold.addItem("No Threshold");\r
 119     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 120     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 121 \r
 122     try\r
 123     {\r
 124       jbInit();\r
 125     }\r
 126     catch (Exception ex)\r
 127     {}\r
 128 \r
 129     adjusting = false;\r
 130 \r
 131     changeColour();\r
 132 \r
 133   }\r
 134 \r
 135   public AnnotationColourChooser()\r
 136   {\r
 137     try\r
 138     {\r
 139       jbInit();\r
 140     }\r
 141     catch (Exception ex)\r
 142     {\r
 143       ex.printStackTrace();\r
 144     }\r
 145   }\r
 146 \r
 147   private void jbInit()\r
 148       throws Exception\r
 149   {\r
 150     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 151     minColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 152     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 153     minColour.setToolTipText("Minimum Colour");\r
 154     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 155     {\r
 156       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 157       {\r
 158         if (minColour.isEnabled())\r
 159         {\r
 160           minColour_actionPerformed();\r
 161         }\r
 162       }\r
 163     });\r
 164     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 165     maxColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 166     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 167     maxColour.setToolTipText("Maximum Colour");\r
 168     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 169     {\r
 170       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 171       {\r
 172         if (maxColour.isEnabled())\r
 173         {\r
 174           maxColour_actionPerformed();\r
 175         }\r
 176       }\r
 177     });\r
 178     ok.setOpaque(false);\r
 179     ok.setText("OK");\r
 180     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 181     {\r
 182       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 183       {\r
 184         ok_actionPerformed(e);\r
 185       }\r
 186     });\r
 187     cancel.setOpaque(false);\r
 188     cancel.setText("Cancel");\r
 189     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 190     {\r
 191       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 192       {\r
 193         cancel_actionPerformed(e);\r
 194       }\r
 195     });\r
 196     this.setLayout(borderLayout1);\r
 197     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 198     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 199     {\r
 200       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 201       {\r
 202         annotations_actionPerformed(e);\r
 203       }\r
 204     });\r
 205     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 206     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 207     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 208     {\r
 209       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 210       {\r
 211         threshold_actionPerformed(e);\r
 212       }\r
 213     });\r
 214     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 215     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 216     {\r
 217       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 218       {\r
 219         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 220       }\r
 221     });\r
 222     slider.setPaintLabels(false);\r
 223     slider.setPaintTicks(true);\r
 224     slider.setBackground(Color.white);\r
 225     slider.setEnabled(false);\r
 226     slider.setOpaque(false);\r
 227     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));\r
 228     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 229     thresholdValue.setColumns(7);\r
 230     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 231     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 232     currentColours.setOpaque(false);\r
 233     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 234     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 235     {\r
 236       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 237       {\r
 238         currentColours_actionPerformed(e);\r
 239       }\r
 240     });\r
 241     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);\r
 242     thresholdIsMin.setText("Threshold is Min/Max");\r
 243     thresholdIsMin.addActionListener(new ActionListener()\r
 244     {\r
 245       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 246       {\r
 247         thresholdIsMin_actionPerformed(actionEvent);\r
 248       }\r
 249     });\r
 250     jPanel1.add(ok);\r
 251     jPanel1.add(cancel);\r
 252     jPanel2.add(annotations);\r
 253     jPanel2.add(currentColours);\r
 254     jPanel2.add(minColour);\r
 255     jPanel2.add(maxColour);\r
 256     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 257     jPanel3.add(threshold);\r
 258     jPanel3.add(slider);\r
 259     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 260     jPanel3.add(thresholdIsMin);\r
 261     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 262     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 263   }\r
 264 \r
 265   JComboBox annotations;\r
 266   JPanel minColour = new JPanel();\r
 267   JPanel maxColour = new JPanel();\r
 268   JButton ok = new JButton();\r
 269   JButton cancel = new JButton();\r
 270   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 271   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 272   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 273   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 274   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 275   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 276   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 277   JSlider slider = new JSlider();\r
 278   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 279   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 280   JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();\r
 281 \r
 282   public void minColour_actionPerformed()\r
 283   {\r
 284     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 285                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 286                                          minColour.getBackground());\r
 287     if (col != null)\r
 288     {\r
 289       minColour.setBackground(col);\r
 290     }\r
 291     minColour.repaint();\r
 292     changeColour();\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void maxColour_actionPerformed()\r
 296   {\r
 297     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 298                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 299                                          maxColour.getBackground());\r
 300     if (col != null)\r
 301     {\r
 302       maxColour.setBackground(col);\r
 303     }\r
 304     maxColour.repaint();\r
 305     changeColour();\r
 306   }\r
 307 \r
 308   void changeColour()\r
 309   {\r
 310     // Check if combobox is still adjusting\r
 311     if (adjusting)\r
 312     {\r
 313       return;\r
 314     }\r
 315 \r
 316 \r
 317     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[annotations.getSelectedIndex()];\r
 318 \r
 319     int aboveThreshold = -1;\r
 320     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 321     {\r
 322       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 323     }\r
 324     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 325     {\r
 326       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 327     }\r
 328 \r
 329     slider.setEnabled(true);\r
 330     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 331 \r
 332     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 333     {\r
 334       slider.setEnabled(false);\r
 335       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 336       thresholdValue.setText("");\r
 337     }\r
 338     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 339              currentAnnotation.threshold == null)\r
 340     {\r
 341       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 342                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 343                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 344                                       "Threshold",\r
 345                                       Color.black));\r
 346     }\r
 347 \r
 348     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 349     {\r
 350       adjusting = true;\r
 351       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 352           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 353 \r
 354       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 355       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 356       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 357       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 358       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 359       slider.setEnabled(true);\r
 360       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 361       adjusting = false;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 365     if (currentColours.isSelected())\r
 366     {\r
 367       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 368           currentAnnotation,\r
 369           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 370     }\r
 371     else\r
 372     {\r
 373       acg =\r
 374           new AnnotationColourGradient(\r
 375               currentAnnotation,\r
 376               minColour.getBackground(),\r
 377               maxColour.getBackground(),\r
 378               aboveThreshold);\r
 379     }\r
 380 \r
 381     if(currentAnnotation.graphMin==0f&& currentAnnotation.graphMax==0f)\r
 382     {\r
 383       acg.predefinedColours = true;\r
 384     }\r
 385 \r
 386     acg.thresholdIsMinMax = thresholdIsMin.isSelected();\r
 387 \r
 388     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 389 \r
 390     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 391     {\r
 392       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 393       SequenceGroup sg;\r
 394       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 395       {\r
 396         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 397 \r
 398         if (sg.cs == null)\r
 399         {\r
 400           continue;\r
 401         }\r
 402 \r
 403         if (currentColours.isSelected())\r
 404         {\r
 405           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 406               currentAnnotation,\r
 407               sg.cs, aboveThreshold);\r
 408         }\r
 409         else\r
 410         {\r
 411           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 412               currentAnnotation,\r
 413               minColour.getBackground(),\r
 414               maxColour.getBackground(),\r
 415               aboveThreshold);\r
 416         }\r
 417 \r
 418       }\r
 419     }\r
 420 \r
 421     ap.paintAlignment(false);\r
 422   }\r
 423 \r
 424   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 425   {\r
 426     changeColour();\r
 427     try\r
 428     {\r
 429       frame.setClosed(true);\r
 430     }\r
 431     catch (Exception ex)\r
 432     {}\r
 433   }\r
 434 \r
 435   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 436   {\r
 437     reset();\r
 438     try\r
 439     {\r
 440       frame.setClosed(true);\r
 441     }\r
 442     catch (Exception ex)\r
 443     {}\r
 444   }\r
 445 \r
 446   void reset()\r
 447   {\r
 448     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 449     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 450     {\r
 451       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 452       SequenceGroup sg;\r
 453       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 454       {\r
 455         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 456         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);\r
 457       }\r
 458     }\r
 459   }\r
 460 \r
 461   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 462   {\r
 463     changeColour();\r
 464   }\r
 465 \r
 466   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 467   {\r
 468     changeColour();\r
 469   }\r
 470 \r
 471   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 472   {\r
 473     changeColour();\r
 474   }\r
 475 \r
 476   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 477   {\r
 478     try\r
 479     {\r
 480       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 481       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 482     }\r
 483     catch (NumberFormatException ex)\r
 484     {}\r
 485   }\r
 486 \r
 487   public void valueChanged()\r
 488   {\r
 489     if (currentColours.isSelected()\r
 490         && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 491     {\r
 492       changeColour();\r
 493     }\r
 494 \r
 495     currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 496     ap.paintAlignment(false);\r
 497   }\r
 498 \r
 499   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 500   {\r
 501     if (currentColours.isSelected())\r
 502     {\r
 503       reset();\r
 504     }\r
 505 \r
 506     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 507     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 508 \r
 509     changeColour();\r
 510   }\r
 511 \r
 512   public void thresholdIsMin_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 513   {\r
 514     changeColour();\r
 515   }\r
 516 \r
 517 }\r