src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class AnnotationExporter\r
  32     extends JPanel\r
  33 {\r
  34   JInternalFrame frame;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   boolean features = true;\r
  37   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  38   Vector sequenceGroups;\r
  39 \r
  40   public AnnotationExporter()\r
  41   {\r
  42     try\r
  43     {\r
  44       jbInit();\r
  45     }\r
  46     catch (Exception ex)\r
  47     {\r
  48       ex.printStackTrace();\r
  49     }\r
  50 \r
  51     frame = new JInternalFrame();\r
  52     frame.setContentPane(this);\r
  53     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  54     Desktop.addInternalFrame(frame,\r
  55                              "",\r
  56                              260, 125);\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  60   {\r
  61     this.ap = ap;\r
  62     features = true;\r
  63     frame.setTitle("Export Features");\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  67                                 AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  68                                 Vector sequenceGroups)\r
  69   {\r
  70     this.ap = ap;\r
  71     features = false;\r
  72     GFFFormat.setVisible(false);\r
  73     this.annotations = annotations;\r
  74     this.sequenceGroups = sequenceGroups;\r
  75     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  76   }\r
  77 \r
  78   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  79   {\r
  80     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  81         jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  82 \r
  83     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  84     chooser.setDialogTitle(\r
  85         features ? "Save Features to File" : "Save Annotation to File");\r
  86     chooser.setToolTipText("Save");\r
  87 \r
  88     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
  89 \r
  90     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  91     {\r
  92       String text = "No features found on alignment";\r
  93       if (features)\r
  94       {\r
  95         if (GFFFormat.isSelected())\r
  96         {\r
  97           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
  98               ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
  99               ap.av.featuresDisplayed);\r
 100         }\r
 101         else\r
 102         {\r
 103           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 104               ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 105               ap.av.featuresDisplayed);\r
 106         }\r
 107       }\r
 108       else\r
 109       {\r
 110         text = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 111             annotations,\r
 112             sequenceGroups);\r
 113       }\r
 114 \r
 115       try\r
 116       {\r
 117         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 118             new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 119 \r
 120         out.print(text);\r
 121         out.close();\r
 122       }\r
 123       catch (Exception ex)\r
 124       {\r
 125         ex.printStackTrace();\r
 126       }\r
 127     }\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 131   {\r
 132     String text = "No features found on alignment";\r
 133     if (features)\r
 134     {\r
 135       if (GFFFormat.isSelected())\r
 136       {\r
 137         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 138             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 139             ap.av.featuresDisplayed);\r
 140       }\r
 141       else\r
 142       {\r
 143         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 144             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 145             ap.av.featuresDisplayed);\r
 146       }\r
 147     }\r
 148     else if (!features)\r
 149     {\r
 150       text = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 151           annotations,\r
 152           sequenceGroups);\r
 153     }\r
 154 \r
 155     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 156     cap.setText(text);\r
 157     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 158                              (features ? "Features for - " :\r
 159                               "Annotations for - ")\r
 160                              + ap.alignFrame.getTitle(),\r
 161                              600,\r
 162                              500);\r
 163 \r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 167   {\r
 168     try\r
 169     {\r
 170       frame.setClosed(true);\r
 171     }\r
 172     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 173     {}\r
 174   }\r
 175 \r
 176   private void jbInit()\r
 177       throws Exception\r
 178   {\r
 179     this.setLayout(flowLayout1);\r
 180     toFile.setText("to File");\r
 181     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 182     {\r
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 184       {\r
 185         toFile_actionPerformed(e);\r
 186       }\r
 187     });\r
 188     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 189     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 190     {\r
 191       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 192       {\r
 193         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 194       }\r
 195     });\r
 196     close.setText("Close");\r
 197     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 198     {\r
 199       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 200       {\r
 201         close_actionPerformed(e);\r
 202       }\r
 203     });\r
 204     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 205     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 206     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 207     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 208     GFFFormat.setText("GFF");\r
 209     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 210     jLabel1.setText("Format: ");\r
 211     this.setBackground(Color.white);\r
 212     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 213     jPanel3.setOpaque(false);\r
 214     jPanel1.setOpaque(false);\r
 215     jPanel1.add(toFile);\r
 216     jPanel1.add(toTextbox);\r
 217     jPanel1.add(close);\r
 218     jPanel3.add(jLabel1);\r
 219     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 220     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 221     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 222     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 223     this.add(jPanel3, null);\r
 224     this.add(jPanel1, null);\r
 225   }\r
 226 \r
 227   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 228   JButton toFile = new JButton();\r
 229   JButton toTextbox = new JButton();\r
 230   JButton close = new JButton();\r
 231   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 232   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 233   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 234   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 235   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 236   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 237 \r
 238 }\r