src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener\r
  38 {\r
  39     static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  40     static String HIDE = "Hide This Row";\r
  41     static String DELETE = "Delete This Row";\r
  42     static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  43     static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  44     boolean active = false;\r
  45     Image image;\r
  46     AlignmentPanel ap;\r
  47     AlignViewport av;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49     int oldY;\r
  50     int mouseX;\r
  51     int selectedRow = 0;\r
  52     int scrollOffset = 0;\r
  53     Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);\r
  54 \r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Creates a new AnnotationLabels object.\r
  58      *\r
  59      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  60      */\r
  61     public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  62     {\r
  63         this.ap = ap;\r
  64         av = ap.av;\r
  65 \r
  66         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  67         Image temp = null;\r
  68 \r
  69         if (url != null)\r
  70         {\r
  71             temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  72         }\r
  73 \r
  74         try\r
  75         {\r
  76             MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  77             mt.addImage(temp, 0);\r
  78             mt.waitForID(0);\r
  79         }\r
  80         catch (Exception ex)\r
  81         {\r
  82         }\r
  83 \r
  84         BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
  85                 temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  86         Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  87         g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  88         g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  89         image = (Image) bi;\r
  90 \r
  91         addMouseListener(this);\r
  92         addMouseMotionListener(this);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  96     {\r
  97       this.av = av;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * DOCUMENT ME!\r
 102      *\r
 103      * @param y DOCUMENT ME!\r
 104      */\r
 105     public void setScrollOffset(int y)\r
 106     {\r
 107         scrollOffset = y;\r
 108         repaint();\r
 109     }\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * DOCUMENT ME!\r
 113      *\r
 114      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 115      */\r
 116     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 117     {\r
 118         int dif = 0;\r
 119         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 120 \r
 121         if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 122         {\r
 123             String label = JOptionPane.showInputDialog(this,\r
 124                     "Label for annotation");\r
 125 \r
 126             if (label == null)\r
 127             {\r
 128                 label = "";\r
 129             }\r
 130 \r
 131             AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(label,\r
 132                     "New description",\r
 133                     new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]);\r
 134 \r
 135             ap.av.alignment.addAnnotation(newAnnotation);\r
 136             ap.av.alignment.setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);\r
 137             dif = aa[aa.length - 1].height;\r
 138         }\r
 139         else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 140         {\r
 141             aa[selectedRow].visible = false;\r
 142 \r
 143             if (aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
 144             {\r
 145                 ap.av.showConservation = false;\r
 146             }\r
 147 \r
 148             if (aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
 149             {\r
 150                 ap.av.showQuality = false;\r
 151             }\r
 152 \r
 153             if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 154             {\r
 155                 ap.av.showIdentity = false;\r
 156             }\r
 157 \r
 158             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 159         }\r
 160         else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 161         {\r
 162             ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 163             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 164         }\r
 165         else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 166         {\r
 167             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 168             {\r
 169                 if (!aa[i].visible)\r
 170                 {\r
 171                     dif += aa[i].height;\r
 172                     aa[i].visible = true;\r
 173                 }\r
 174             }\r
 175         }\r
 176         else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 177         {\r
 178             CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 179             Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 180                 ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,\r
 181                 100);\r
 182             cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 183         }\r
 184 \r
 185 \r
 186         ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 187         ap.annotationScroller.validate();\r
 188         ap.repaint();\r
 189     }\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * DOCUMENT ME!\r
 193      *\r
 194      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 195      */\r
 196     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 197     {\r
 198         oldY = evt.getY();\r
 199     }\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * DOCUMENT ME!\r
 203      *\r
 204      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 205      */\r
 206     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 207     {\r
 208         active = false;\r
 209         repaint();\r
 210     }\r
 211 \r
 212     /**\r
 213      * DOCUMENT ME!\r
 214      *\r
 215      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 216      */\r
 217     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 218     {\r
 219         active = true;\r
 220         repaint();\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * DOCUMENT ME!\r
 225      *\r
 226      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 227      */\r
 228     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 229     {\r
 230         active = false;\r
 231         repaint();\r
 232     }\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * DOCUMENT ME!\r
 236      *\r
 237      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 238      */\r
 239     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 240     {\r
 241         active = true;\r
 242 \r
 243         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 244         int dif = evt.getY() - oldY;\r
 245 \r
 246         dif /= ap.av.charHeight;\r
 247         dif *= ap.av.charHeight;\r
 248 \r
 249         if ((d.height - dif) > 20)\r
 250         {\r
 251             ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 252                     d.height - dif));\r
 253             d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 254             ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 255                     d.width, d.height - dif));\r
 256             ap.repaint();\r
 257         }\r
 258 \r
 259         ap.addNotify();\r
 260     }\r
 261 \r
 262     /**\r
 263      * DOCUMENT ME!\r
 264      *\r
 265      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 266      */\r
 267     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 268     {\r
 269     }\r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * DOCUMENT ME!\r
 273      *\r
 274      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 275      */\r
 276     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 277     {\r
 278         int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 279         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 280 \r
 281         if ((aa == null) || (aa.length == 0))\r
 282         {\r
 283             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 284             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 285             item.addActionListener(this);\r
 286             pop.add(item);\r
 287             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 288 \r
 289             return;\r
 290         }\r
 291 \r
 292         int height = 0;\r
 293 \r
 294         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 295         {\r
 296             if (!aa[i].visible)\r
 297             {\r
 298                 continue;\r
 299             }\r
 300 \r
 301             height += aa[i].height;\r
 302 \r
 303             if (y < height)\r
 304             {\r
 305                 selectedRow = i;\r
 306 \r
 307                 break;\r
 308             }\r
 309         }\r
 310 \r
 311         JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 312         JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 313         item.addActionListener(this);\r
 314         pop.add(item);\r
 315         item = new JMenuItem(HIDE);\r
 316         item.addActionListener(this);\r
 317         pop.add(item);\r
 318         item = new JMenuItem(DELETE);\r
 319         item.addActionListener(this);\r
 320         pop.add(item);\r
 321         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 322         item.addActionListener(this);\r
 323         pop.add(item);\r
 324         item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 325         item.addActionListener(this);\r
 326         pop.add(item);\r
 327 \r
 328         if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 329         {\r
 330           pop.addSeparator();\r
 331           final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(\r
 332               "Ignore Gaps In Consensus",\r
 333               ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 334           cbmi.addActionListener(new ActionListener()\r
 335               {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 336                {\r
 337                  ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 338                  ap.repaint();\r
 339                }\r
 340               });\r
 341           pop.add(cbmi);\r
 342 \r
 343         }\r
 344 \r
 345         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 346     }\r
 347 \r
 348     /**\r
 349      * DOCUMENT ME!\r
 350      *\r
 351      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 352      */\r
 353     public void paintComponent(Graphics g)\r
 354     {\r
 355 \r
 356         int width = getWidth();\r
 357         if(width==0)\r
 358          width = ap.calculateIdWidth().width + 4;\r
 359 \r
 360        Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;\r
 361        if(av.antiAlias)\r
 362         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 363             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 364 \r
 365        drawComponent(g2, width);\r
 366 \r
 367     }\r
 368 \r
 369     /**\r
 370      * DOCUMENT ME!\r
 371      *\r
 372      * @param g DOCUMENT ME!\r
 373      */\r
 374     public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 375     {\r
 376         if(av.getFont().getSize()<10)\r
 377           g.setFont(new Font("Arial", Font.PLAIN, av.getFont().getSize()-1));\r
 378         else\r
 379           g.setFont(font);\r
 380 \r
 381         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 382         g.setColor(Color.white);\r
 383         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 384 \r
 385         g.translate(0, scrollOffset);\r
 386         g.setColor(Color.black);\r
 387 \r
 388         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 389         int fontHeight = g.getFont().getSize();\r
 390         int y = fontHeight;\r
 391         int x = 0;\r
 392         int graphExtras = 0;\r
 393 \r
 394 \r
 395 \r
 396         if (aa != null)\r
 397         {\r
 398             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 399             {\r
 400                 if (!aa[i].visible)\r
 401                 {\r
 402                     continue;\r
 403                 }\r
 404 \r
 405                 x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 406 \r
 407                 if (aa[i].graph>0)\r
 408                 {\r
 409                     graphExtras = y;\r
 410 \r
 411                     y += (aa[i].height / 3);\r
 412 \r
 413                     if(aa[i].graphGroup<0)\r
 414                         graphExtras = y + fontHeight;\r
 415                 }\r
 416 \r
 417                 if(aa[i].graphGroup>-1)\r
 418                 {\r
 419                   int groupSize = 0;\r
 420                   for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 421                   {\r
 422                     if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)\r
 423                       groupSize++;\r
 424                   }\r
 425 \r
 426                   if(groupSize * (fontHeight+8) < aa[i].height)\r
 427                     graphExtras += (aa[i].height -( groupSize * (fontHeight+8)) )/2;\r
 428 \r
 429                  for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 430                  {\r
 431                    if(aa[gg].graphGroup==aa[i].graphGroup)\r
 432                    {\r
 433                      x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;\r
 434                      g.drawString(aa[gg].label, x, graphExtras );\r
 435                      if(aa[gg].annotations[0]!=null)\r
 436                        g.setColor(aa[gg].annotations[0].colour);\r
 437 \r
 438                      g.drawLine( x, graphExtras+3,\r
 439                                  x+fm.stringWidth(aa[gg].label),\r
 440                                  graphExtras+3);\r
 441 \r
 442                      g.setColor(Color.black);\r
 443                      graphExtras += fontHeight+8;\r
 444                    }\r
 445                  }\r
 446                 }\r
 447                 else\r
 448                   g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 449 \r
 450                 if (aa[i].graph>0)\r
 451                 {\r
 452                   if (aa[i].graphLines != null)\r
 453                   {\r
 454                     for (int gl = 0; gl < aa[i].graphLines.size(); gl++)\r
 455                     {\r
 456                        x = width - fm.stringWidth(aa[i].getGraphLine(gl).label) - 3;\r
 457                       g.drawString(aa[i].getGraphLine(gl).label, x, graphExtras);\r
 458                       g.setColor(aa[i].getGraphLine(gl).colour);\r
 459                       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;\r
 460                       g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 461                           BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
 462                           BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 463                           new float[]\r
 464                           {5f, 3f}, 0f));\r
 465 \r
 466                       graphExtras += 3;\r
 467 \r
 468                       g.drawLine(x, graphExtras,\r
 469                                  x+fm.stringWidth(aa[i].label),\r
 470                                  graphExtras);\r
 471                       g2.setStroke(new BasicStroke());\r
 472                     }\r
 473                   }\r
 474                     y += ((2 * aa[i].height) / 3);\r
 475                 }\r
 476                 else\r
 477                 {\r
 478                     y += aa[i].height;\r
 479                 }\r
 480             }\r
 481         }\r
 482 \r
 483         if (active)\r
 484         {\r
 485             if (image != null)\r
 486             {\r
 487                 g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);\r
 488             }\r
 489         }\r
 490 \r
 491         if ((aa == null) || (aa.length < 1))\r
 492         {\r
 493             g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 494             g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 495         }\r
 496     }\r
 497 }\r