src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.image.*;\r
  10 \r
  11 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   int activeRow =-1;\r
  16 \r
  17   ArrayList activeRes;\r
  18   static String HELIX ="Helix";\r
  19   static String SHEET ="Sheet";\r
  20   static String LABEL ="Label";\r
  21   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  22   static String COLOUR="Colour";\r
  23   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  24   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  25 \r
  26 \r
  27   BufferedImage image;\r
  28   Graphics2D gg;\r
  29   FontMetrics fm;\r
  30   int imgWidth=0;\r
  31 \r
  32   boolean fastPaint = false;\r
  33 \r
  34   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  35 \r
  36 \r
  37 \r
  38   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  39   {\r
  40     this.ap = ap;\r
  41     av = ap.av;\r
  42     this.setLayout(null);\r
  43     addMouseListener(this);\r
  44     addMouseMotionListener(this);\r
  45     adjustPanelHeight();\r
  46 \r
  47 \r
  48     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener( this );\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  52   {\r
  53     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void adjustPanelHeight()\r
  57   {\r
  58     // setHeight of panels\r
  59     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  60     int height = 0;\r
  61     if(aa!=null)\r
  62     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  63     {\r
  64       if(!aa[i].visible)\r
  65         continue;\r
  66 \r
  67       aa[i].height = 0;\r
  68 \r
  69       if(aa[i].hasText)\r
  70         aa[i].height += av.charHeight;\r
  71       if (aa[i].hasIcons)\r
  72         aa[i].height += 16;\r
  73 \r
  74       if (aa[i].isGraph)\r
  75         aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
  76 \r
  77       if(aa[i].height==0)\r
  78         aa[i].height = 20;\r
  79       height += aa[i].height;\r
  80     }\r
  81   else height=20;\r
  82     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
  83 \r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void addEditableColumn(int i)\r
  87   {\r
  88     if(activeRow==-1)\r
  89     {\r
  90       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  91       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  92         if(aa[j].editable)\r
  93         {\r
  94           activeRow = j;\r
  95           break;\r
  96         }\r
  97     }\r
  98 \r
  99     if(activeRes==null)\r
 100     {\r
 101       activeRes = new ArrayList();\r
 102       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 103       return;\r
 104     }\r
 105 \r
 106     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 107 \r
 108   }\r
 109 \r
 110 \r
 111   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 112   {\r
 113 \r
 114     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 115     Annotation [] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 116 \r
 117     if(evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 118     {\r
 119       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 120       {\r
 121         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 122         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 123       }\r
 124     }\r
 125     else if(evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 126     {\r
 127       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ", "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );\r
 128       if(label==null)\r
 129         label = "";\r
 130 \r
 131       if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 132        aa[activeRow].hasText = true;\r
 133 \r
 134       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 135       {\r
 136         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 137         if(anot[index]==null)\r
 138           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ',0);\r
 139         anot[index].displayCharacter = label;\r
 140       }\r
 141     }\r
 142     else if(evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 143     {\r
 144      Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Choose foreground colour", Color.black);\r
 145      for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 146      {\r
 147        int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 148        if (anot[index] == null)\r
 149          anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 150        anot[index].colour = col;\r
 151      }\r
 152     }\r
 153     else // HELIX OR SHEET\r
 154     {\r
 155     char type = 0;\r
 156     String symbol = "\u03B1";\r
 157     if(evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 158        type = 'H';\r
 159     else if(evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 160     {\r
 161       type = 'E';\r
 162       symbol = "\u03B2";\r
 163     }\r
 164 \r
 165     if(!aa[activeRow].hasIcons)\r
 166       aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 167 \r
 168 \r
 169     String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?", symbol );\r
 170     if(label==null)\r
 171        label="";\r
 172 \r
 173     if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 174        aa[activeRow].hasText = true;\r
 175 \r
 176     for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 177     {\r
 178       int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 179       if (anot[index] == null)\r
 180       {\r
 181         anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 182       }\r
 183 \r
 184         anot[ index ].secondaryStructure = type;\r
 185         anot[ index ].displayCharacter = label;\r
 186     }\r
 187     }\r
 188 \r
 189     adjustPanelHeight();\r
 190     activeRes = null;\r
 191     repaint();\r
 192     return;\r
 193 \r
 194 \r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 198   {\r
 199     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 200     {\r
 201       if(activeRes==null)\r
 202         return;\r
 203 \r
 204       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 205       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 206       item.addActionListener(this);\r
 207       pop.add(item);\r
 208       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 209       item.addActionListener(this);\r
 210       pop.add(item);\r
 211       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 212       item.addActionListener(this);\r
 213       pop.add(item);\r
 214       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 215       item.addActionListener(this);\r
 216       pop.add(item);\r
 217       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 218       item.addActionListener(this);\r
 219       pop.add(item);\r
 220       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 221       return;\r
 222     }\r
 223 \r
 224 \r
 225     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 226     if(aa==null)\r
 227       return;\r
 228 \r
 229     int height = 0;\r
 230     activeRow = -1;\r
 231     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 232     {\r
 233       height+= aa[i].height;\r
 234 \r
 235       if(evt.getY()<height)\r
 236       {\r
 237         if(!aa[i].editable)\r
 238         {\r
 239           activeRes = null;\r
 240           continue;\r
 241         }\r
 242 \r
 243         activeRow = i;\r
 244         break;\r
 245       }\r
 246     }\r
 247 \r
 248 \r
 249     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 250 \r
 251     if(evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 252       addEditableColumn(res);\r
 253 \r
 254     else if(evt.isShiftDown())\r
 255     {\r
 256 \r
 257       if(activeRes==null)\r
 258         activeRes=new ArrayList();\r
 259       else\r
 260       {\r
 261           int start =  Integer.parseInt( activeRes.get( activeRes.size()-1 ).toString() );\r
 262           int end = res;\r
 263           if(end<start)\r
 264           {\r
 265             int temp = end;\r
 266             end = start;\r
 267             start = temp;\r
 268           }\r
 269           for(int n=start; n<=end; n++)\r
 270             addEditableColumn(n);\r
 271 \r
 272       }\r
 273     }\r
 274     else\r
 275     {\r
 276         activeRes = new ArrayList();\r
 277         activeRes.add( String.valueOf(res) );\r
 278     }\r
 279 \r
 280     repaint();\r
 281 \r
 282   }\r
 283   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 284   {  }\r
 285   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 286   {  }\r
 287   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 288   {  }\r
 289   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 290   {  }\r
 291   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 292   {\r
 293     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 294     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 295     if(aa==null)\r
 296       return;\r
 297 \r
 298     int row = -1;\r
 299     int height=0;\r
 300     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 301     {\r
 302 \r
 303       if( aa[i].visible )\r
 304         height += aa[i].height;\r
 305 \r
 306       if(evt.getY()<height)\r
 307       {\r
 308         row = i;\r
 309         break;\r
 310       }\r
 311     }\r
 312 \r
 313     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 314     if(row>-1 && res<aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res]!=null)\r
 315     {\r
 316       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 317       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " + (res + 1) +\r
 318                                            "  " +\r
 319                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 320       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 321     }\r
 322 \r
 323 \r
 324   }\r
 325   public void mouseClicked(MouseEvent evt) {}\r
 326 \r
 327 \r
 328   public void paintComponent(Graphics g)\r
 329   {\r
 330     g.setColor(Color.white);\r
 331     g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 332 \r
 333     if(fastPaint)\r
 334     {\r
 335       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 336       fastPaint = false;\r
 337       return;\r
 338     }\r
 339 \r
 340     imgWidth = (av.endRes-av.startRes+1) *av.charWidth;\r
 341 \r
 342     image = new BufferedImage(imgWidth,\r
 343                                 ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 344                                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 345       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 346       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 347                           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 348       fm = gg.getFontMetrics();\r
 349       gg.setFont(av.getFont());\r
 350 \r
 351     drawComponent( gg, av.startRes, av.endRes+1);\r
 352     g.drawImage( image, 0, 0, this);\r
 353 \r
 354   }\r
 355 \r
 356   public void fastPaint(int horizontal)\r
 357 {\r
 358   if( horizontal == 0\r
 359      || av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null\r
 360      || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1\r
 361     )\r
 362   {\r
 363     repaint();\r
 364     return;\r
 365   }\r
 366 \r
 367   gg.copyArea( 0,0, imgWidth, getHeight(), -horizontal*av.charWidth, 0 );\r
 368   int sr=av.startRes, er=av.endRes+1, transX=0;\r
 369 \r
 370   if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 371   {\r
 372     transX =  (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
 373     sr = er - horizontal ;\r
 374   }\r
 375   else if(horizontal<0)\r
 376   {\r
 377     er = sr-horizontal;\r
 378   }\r
 379 \r
 380 \r
 381   gg.translate(transX, 0);\r
 382 \r
 383   drawComponent(gg, sr, er);\r
 384 \r
 385   gg.translate( -transX, 0 );\r
 386 \r
 387   fastPaint = true;\r
 388   repaint();\r
 389 }\r
 390 \r
 391 \r
 392   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 393   {\r
 394     g.setColor(Color.white);\r
 395     g.fillRect(0,0,(endRes-startRes) *av.charWidth, getHeight());\r
 396     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 397     {\r
 398       g.setColor(Color.white);\r
 399       g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 400       g.setColor(Color.black);\r
 401       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 402       return;\r
 403     }\r
 404 \r
 405     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 406 \r
 407     int j, x=0, y=0;\r
 408     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 409     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 410     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 411     boolean validRes = false;\r
 412     //\u03B2 \u03B1\r
 413 \r
 414     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 415     {\r
 416       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 417       if(!row.visible)\r
 418         continue;\r
 419 \r
 420       if(row.isGraph)\r
 421       {\r
 422         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 423         y += row.height;\r
 424         if(row.hasText)\r
 425           y -= av.charHeight;\r
 426       }\r
 427       if(row.hasText)\r
 428         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 429       else\r
 430         iconOffset = 0;\r
 431 \r
 432       for(j=startRes; j<endRes; j++)\r
 433       {\r
 434         validRes = row.annotations[j]==null?false:true;\r
 435 \r
 436        x = (j-startRes)*av.charWidth;\r
 437 \r
 438 \r
 439        if(activeRow==i)\r
 440        {\r
 441 \r
 442          g.setColor(Color.red);\r
 443 \r
 444          if(activeRes!=null)\r
 445            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 446            {\r
 447              int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString()) ;\r
 448              if (v == j)\r
 449                g.fillRect( (j-startRes) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 450            }\r
 451        }\r
 452 \r
 453 \r
 454 \r
 455        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 456        {\r
 457          int charOffset = (av.charWidth -\r
 458                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 459                                          charAt(0))) / 2;\r
 460          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 461           if(j==0)\r
 462           {\r
 463             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 464                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 465               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 466                            y + iconOffset + 2);\r
 467           }\r
 468          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 469                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 470                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 471                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 472 \r
 473         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 474 \r
 475         if(!row.hasIcons)\r
 476             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 477                          y + iconOffset + 2);\r
 478        }\r
 479 \r
 480        if(row.hasIcons)\r
 481        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 482        {\r
 483          switch (lastSS[i])\r
 484          {\r
 485            case 'H':\r
 486              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 487              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 488              break;\r
 489            case 'E':\r
 490              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 491              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 492              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 493                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 494              break;\r
 495            case 'C':\r
 496              break;\r
 497            default :\r
 498              g.setColor(Color.gray);\r
 499              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 500              break;\r
 501          }\r
 502 \r
 503          if(validRes)\r
 504            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 505           else\r
 506             lastSS[i] = ' ';\r
 507          lastSSX[i] = x;\r
 508        }\r
 509 \r
 510        if (validRes && row.isGraph)\r
 511        {\r
 512          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 513          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*GRAPH_HEIGHT);\r
 514 \r
 515          if(row.windowLength>1)\r
 516          {\r
 517            int total =0;\r
 518            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 519            {\r
 520              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 521                continue;\r
 522 \r
 523              total += row.annotations[i2].value;\r
 524            }\r
 525 \r
 526            total/=row.windowLength;\r
 527            height = (int)( (total / row.graphMax) *GRAPH_HEIGHT);\r
 528 \r
 529          }\r
 530          g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 531          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 532        }\r
 533 \r
 534 \r
 535       }\r
 536 \r
 537       x+=av.charWidth;\r
 538 \r
 539       if(row.hasIcons)\r
 540       switch (lastSS[i])\r
 541       {\r
 542         case 'H':\r
 543           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 544           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 545           break;\r
 546         case 'E':\r
 547           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 548           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 549           g.fillPolygon(new int[]\r
 550                         {x - 4, x - 4, x}\r
 551                         , new int[]\r
 552                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 553                         , 3);\r
 554           break;\r
 555         case 'C':\r
 556           break;\r
 557         default:\r
 558           g.setColor(Color.gray);\r
 559           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 560           break;\r
 561 \r
 562       }\r
 563 \r
 564        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 565          y+=av.charHeight;\r
 566        if(!row.isGraph)\r
 567           y+=aa[i].height;\r
 568     }\r
 569   }\r
 570 \r
 571   // used by overview window\r
 572   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 573   {\r
 574     g.setColor(Color.white);\r
 575     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 576     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 577     int x = 0;\r
 578     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 579     {\r
 580       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 581       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT );\r
 582       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 583       x+=av.charWidth;\r
 584     }\r
 585   }\r
 586 }\r