src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.image.*;\r
  10 \r
  11 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   int activeRow =-1;\r
  16 \r
  17   ArrayList activeRes;\r
  18   static String HELIX ="Helix";\r
  19   static String SHEET ="Sheet";\r
  20   static String LABEL ="Label";\r
  21   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  22   static String COLOUR="Colour";\r
  23   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  24   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  25 \r
  26 \r
  27   BufferedImage image;\r
  28   Graphics2D gg;\r
  29   FontMetrics fm;\r
  30   int imgWidth=0;\r
  31 \r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  36   {\r
  37     this.ap = ap;\r
  38     av = ap.av;\r
  39     this.setLayout(null);\r
  40     addMouseListener(this);\r
  41     addMouseMotionListener(this);\r
  42     adjustPanelHeight();\r
  43 \r
  44 \r
  45     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener( this );\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  49   {\r
  50     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void adjustPanelHeight()\r
  54   {\r
  55     // setHeight of panels\r
  56     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  57     int height = 0;\r
  58     if(aa!=null)\r
  59     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  60     {\r
  61       if(!aa[i].visible)\r
  62         continue;\r
  63 \r
  64       aa[i].height = 0;\r
  65 \r
  66       if(aa[i].hasText)\r
  67         aa[i].height += av.charHeight;\r
  68       if (aa[i].hasIcons)\r
  69         aa[i].height += 16;\r
  70 \r
  71       if (aa[i].isGraph)\r
  72         aa[i].height += 50;\r
  73 \r
  74       if(aa[i].height==0)\r
  75         aa[i].height = 20;\r
  76       height += aa[i].height;\r
  77     }\r
  78   else height=20;\r
  79     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
  80 \r
  81   }\r
  82 \r
  83   public void addEditableColumn(int i)\r
  84   {\r
  85     if(activeRow==-1)\r
  86     {\r
  87       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  88       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  89         if(aa[j].editable)\r
  90         {\r
  91           activeRow = j;\r
  92           break;\r
  93         }\r
  94     }\r
  95 \r
  96     if(activeRes==null)\r
  97     {\r
  98       activeRes = new ArrayList();\r
  99       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 100       return;\r
 101     }\r
 102 \r
 103     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 104 \r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 109   {\r
 110 \r
 111     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 112     Annotation [] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 113 \r
 114     if(evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 115     {\r
 116       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 117       {\r
 118         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 119         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 120       }\r
 121     }\r
 122     else if(evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 123     {\r
 124       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ", "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );\r
 125       if(label==null)\r
 126         label = "";\r
 127 \r
 128       if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 129        aa[activeRow].hasText = true;\r
 130 \r
 131       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 132       {\r
 133         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 134         if(anot[index]==null)\r
 135           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ',0);\r
 136         anot[index].displayCharacter = label;\r
 137       }\r
 138     }\r
 139     else if(evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 140     {\r
 141      Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Choose foreground colour", Color.black);\r
 142      for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 143      {\r
 144        int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 145        if (anot[index] == null)\r
 146          anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 147        anot[index].colour = col;\r
 148      }\r
 149     }\r
 150     else // HELIX OR SHEET\r
 151     {\r
 152     char type = 0;\r
 153     String symbol = "\u03B1";\r
 154     if(evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 155        type = 'H';\r
 156     else if(evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 157     {\r
 158       type = 'E';\r
 159       symbol = "\u03B2";\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if(!aa[activeRow].hasIcons)\r
 163       aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 164 \r
 165 \r
 166     String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?", symbol );\r
 167     if(label==null)\r
 168        label="";\r
 169 \r
 170     if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 171        aa[activeRow].hasText = true;\r
 172 \r
 173     for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 174     {\r
 175       int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 176       if (anot[index] == null)\r
 177       {\r
 178         anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 179       }\r
 180 \r
 181         anot[ index ].secondaryStructure = type;\r
 182         anot[ index ].displayCharacter = label;\r
 183     }\r
 184     }\r
 185 \r
 186     adjustPanelHeight();\r
 187     activeRes = null;\r
 188     repaint();\r
 189     return;\r
 190 \r
 191 \r
 192   }\r
 193 \r
 194   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 195   {\r
 196     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 197     {\r
 198       if(activeRes==null)\r
 199         return;\r
 200 \r
 201       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 202       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 203       item.addActionListener(this);\r
 204       pop.add(item);\r
 205       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 206       item.addActionListener(this);\r
 207       pop.add(item);\r
 208       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 209       item.addActionListener(this);\r
 210       pop.add(item);\r
 211       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 212       item.addActionListener(this);\r
 213       pop.add(item);\r
 214       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 215       item.addActionListener(this);\r
 216       pop.add(item);\r
 217       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 218       return;\r
 219     }\r
 220 \r
 221 \r
 222     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 223     if(aa==null)\r
 224       return;\r
 225 \r
 226     int height = 0;\r
 227     activeRow = -1;\r
 228     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 229     {\r
 230       height+= aa[i].height;\r
 231 \r
 232       if(evt.getY()<height)\r
 233       {\r
 234         if(!aa[i].editable)\r
 235         {\r
 236           activeRes = null;\r
 237           continue;\r
 238         }\r
 239 \r
 240         activeRow = i;\r
 241         break;\r
 242       }\r
 243     }\r
 244 \r
 245 \r
 246     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 247 \r
 248     if(evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 249       addEditableColumn(res);\r
 250 \r
 251     else if(evt.isShiftDown())\r
 252     {\r
 253 \r
 254       if(activeRes==null)\r
 255         activeRes=new ArrayList();\r
 256       else\r
 257       {\r
 258           int start =  Integer.parseInt( activeRes.get( activeRes.size()-1 ).toString() );\r
 259           int end = res;\r
 260           if(end<start)\r
 261           {\r
 262             int temp = end;\r
 263             end = start;\r
 264             start = temp;\r
 265           }\r
 266           for(int n=start; n<=end; n++)\r
 267             addEditableColumn(n);\r
 268 \r
 269       }\r
 270     }\r
 271     else\r
 272     {\r
 273         activeRes = new ArrayList();\r
 274         activeRes.add( String.valueOf(res) );\r
 275     }\r
 276 \r
 277     repaint();\r
 278 \r
 279   }\r
 280   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 281   {  }\r
 282   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 283   {  }\r
 284   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 285   {  }\r
 286   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 287   {  }\r
 288   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 289   {\r
 290     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 291     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 292     if(aa==null)\r
 293       return;\r
 294 \r
 295     int row = -1;\r
 296     int height=0;\r
 297     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 298     {\r
 299 \r
 300       if( aa[i].visible )\r
 301         height += aa[i].height;\r
 302 \r
 303       if(evt.getY()<height)\r
 304       {\r
 305         row = i;\r
 306         break;\r
 307       }\r
 308     }\r
 309 \r
 310     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 311     if(row>-1 && aa[row].annotations[res]!=null)\r
 312       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 313 \r
 314   }\r
 315   public void mouseClicked(MouseEvent evt) {}\r
 316 \r
 317 \r
 318   public void paintComponent(Graphics g)\r
 319   {\r
 320     g.setColor(Color.white);\r
 321     g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 322 \r
 323     imgWidth = (av.endRes-av.startRes+1) *av.charWidth;\r
 324 \r
 325     image = new BufferedImage(imgWidth,\r
 326                                 ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 327                                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 328       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 329       gg.setColor(Color.white);\r
 330       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, getHeight());\r
 331       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 332                           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 333       fm = gg.getFontMetrics();\r
 334       gg.setFont(av.getFont());\r
 335 \r
 336 \r
 337     drawComponent( gg, av.startRes, av.endRes+1);\r
 338     g.drawImage( image, 0, 0, this);\r
 339   }\r
 340 \r
 341   public void fastPaint(int horizontal)\r
 342 {\r
 343   if(image==null || horizontal ==0)\r
 344   {\r
 345     repaint();\r
 346     return;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   gg.copyArea( 0,0, imgWidth, getHeight(), -horizontal*av.charWidth, 0 );\r
 350   int sr=av.startRes, er=av.endRes+1, transX=0;\r
 351 \r
 352   if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 353   {\r
 354     transX =  (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
 355     sr = er - horizontal ;\r
 356   }\r
 357   else if(horizontal<0)\r
 358   {\r
 359     er = sr-horizontal;\r
 360   }\r
 361 \r
 362 \r
 363   gg.translate(transX, 0);\r
 364 \r
 365   drawComponent(gg, sr, er);\r
 366 \r
 367   gg.translate( -transX, 0 );\r
 368 \r
 369   getGraphics().drawImage(image, 0, 0, this);\r
 370 }\r
 371 \r
 372 \r
 373   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 374   {\r
 375     g.setColor(Color.white);\r
 376     g.fillRect(0,0,(endRes-startRes) *av.charWidth, getHeight());\r
 377     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 378     {\r
 379       g.setColor(Color.black);\r
 380       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 381       return;\r
 382     }\r
 383 \r
 384     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 385 \r
 386     int j, x=0, y=0;\r
 387     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 388     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 389     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 390     boolean validRes = false;\r
 391     //\u03B2 \u03B1\r
 392     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 393     {\r
 394       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 395       if(!row.visible)\r
 396         continue;\r
 397 \r
 398       if(row.isGraph)\r
 399       {\r
 400         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 401         y += row.height;\r
 402         if(row.hasText)\r
 403           y -= av.charHeight;\r
 404       }\r
 405       if(row.hasText)\r
 406         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 407       else\r
 408         iconOffset = 0;\r
 409 \r
 410       for(j=startRes; j<endRes; j++)\r
 411       {\r
 412         validRes = row.annotations[j]==null?false:true;\r
 413 \r
 414        x = (j-startRes)*av.charWidth;\r
 415 \r
 416 \r
 417        if(activeRow==i)\r
 418        {\r
 419 \r
 420          g.setColor(Color.red);\r
 421 \r
 422          if(activeRes!=null)\r
 423            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 424            {\r
 425              int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString()) ;\r
 426              if (v == j)\r
 427                g.fillRect( (j-startRes) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 428            }\r
 429        }\r
 430 \r
 431 \r
 432 \r
 433        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 434        {\r
 435          int charOffset = (av.charWidth -\r
 436                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 437                                          charAt(0))) / 2;\r
 438          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 439           if(j==0)\r
 440           {\r
 441             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 442                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 443               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 444                            y + iconOffset + 2);\r
 445           }\r
 446          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 447                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 448                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 449                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 450 \r
 451         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 452 \r
 453         if(!row.hasIcons)\r
 454             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 455                          y + iconOffset + 2);\r
 456        }\r
 457 \r
 458        if(row.hasIcons)\r
 459        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 460        {\r
 461          switch (lastSS[i])\r
 462          {\r
 463            case 'H':\r
 464              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 465              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 466              break;\r
 467            case 'E':\r
 468              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 469              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 470              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 471                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 472              break;\r
 473            case 'C':\r
 474              break;\r
 475            default :\r
 476              g.setColor(Color.gray);\r
 477              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 478              break;\r
 479          }\r
 480 \r
 481          if(validRes)\r
 482            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 483           else\r
 484             lastSS[i] = ' ';\r
 485          lastSSX[i] = x;\r
 486        }\r
 487 \r
 488        if (validRes && row.isGraph)\r
 489        {\r
 490          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 491          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*50);\r
 492 \r
 493          if(row.windowLength>1)\r
 494          {\r
 495            int total =0;\r
 496            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 497            {\r
 498              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 499                continue;\r
 500 \r
 501              total += row.annotations[i2].value;\r
 502            }\r
 503 \r
 504            total/=row.windowLength;\r
 505            height = (int)( (total / row.graphMax) *50);\r
 506 \r
 507          }\r
 508 \r
 509          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 510        }\r
 511 \r
 512 \r
 513       }\r
 514 \r
 515       x+=av.charWidth;\r
 516 \r
 517       if(row.hasIcons)\r
 518       switch (lastSS[i])\r
 519       {\r
 520         case 'H':\r
 521           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 522           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 523           break;\r
 524         case 'E':\r
 525           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 526           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 527           g.fillPolygon(new int[]\r
 528                         {x - 4, x - 4, x}\r
 529                         , new int[]\r
 530                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 531                         , 3);\r
 532           break;\r
 533         case 'C':\r
 534           break;\r
 535         default:\r
 536           g.setColor(Color.gray);\r
 537           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 538           break;\r
 539 \r
 540       }\r
 541 \r
 542        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 543          y+=av.charHeight;\r
 544        if(!row.isGraph)\r
 545           y+=aa[i].height;\r
 546     }\r
 547   }\r
 548 \r
 549   // used by overview window\r
 550   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 551   {\r
 552     g.setColor(Color.white);\r
 553     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 554     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 555     int x = 0;\r
 556     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 557     {\r
 558       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 559       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * 50);\r
 560       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 561       x+=av.charWidth;\r
 562     }\r
 563   }\r
 564 }\r