src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.image.*;\r
  10 \r
  11 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   int activeRow =-1;\r
  16 \r
  17   ArrayList activeRes;\r
  18   static String HELIX ="Helix";\r
  19   static String SHEET ="Sheet";\r
  20   static String LABEL ="Label";\r
  21   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  22   static String COLOUR="Colour";\r
  23   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  24   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  25 \r
  26 \r
  27   BufferedImage image;\r
  28   Graphics2D gg;\r
  29   FontMetrics fm;\r
  30   int imgWidth=0;\r
  31 \r
  32   boolean fastPaint = false;\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     this.ap = ap;\r
  39     av = ap.av;\r
  40     this.setLayout(null);\r
  41     addMouseListener(this);\r
  42     addMouseMotionListener(this);\r
  43     adjustPanelHeight();\r
  44 \r
  45 \r
  46     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener( this );\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  50   {\r
  51     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void adjustPanelHeight()\r
  55   {\r
  56     // setHeight of panels\r
  57     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  58     int height = 0;\r
  59     if(aa!=null)\r
  60     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  61     {\r
  62       if(!aa[i].visible)\r
  63         continue;\r
  64 \r
  65       aa[i].height = 0;\r
  66 \r
  67       if(aa[i].hasText)\r
  68         aa[i].height += av.charHeight;\r
  69       if (aa[i].hasIcons)\r
  70         aa[i].height += 16;\r
  71 \r
  72       if (aa[i].isGraph)\r
  73         aa[i].height += 50;\r
  74 \r
  75       if(aa[i].height==0)\r
  76         aa[i].height = 20;\r
  77       height += aa[i].height;\r
  78     }\r
  79   else height=20;\r
  80     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
  81 \r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void addEditableColumn(int i)\r
  85   {\r
  86     if(activeRow==-1)\r
  87     {\r
  88       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  89       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  90         if(aa[j].editable)\r
  91         {\r
  92           activeRow = j;\r
  93           break;\r
  94         }\r
  95     }\r
  96 \r
  97     if(activeRes==null)\r
  98     {\r
  99       activeRes = new ArrayList();\r
 100       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 101       return;\r
 102     }\r
 103 \r
 104     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 105 \r
 106   }\r
 107 \r
 108 \r
 109   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 110   {\r
 111 \r
 112     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 113     Annotation [] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 114 \r
 115     if(evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 116     {\r
 117       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 118       {\r
 119         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 120         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 121       }\r
 122     }\r
 123     else if(evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 124     {\r
 125       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ", "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );\r
 126       if(label==null)\r
 127         label = "";\r
 128 \r
 129       if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 130        aa[activeRow].hasText = true;\r
 131 \r
 132       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 133       {\r
 134         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 135         if(anot[index]==null)\r
 136           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ',0);\r
 137         anot[index].displayCharacter = label;\r
 138       }\r
 139     }\r
 140     else if(evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 141     {\r
 142      Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Choose foreground colour", Color.black);\r
 143      for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 144      {\r
 145        int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 146        if (anot[index] == null)\r
 147          anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 148        anot[index].colour = col;\r
 149      }\r
 150     }\r
 151     else // HELIX OR SHEET\r
 152     {\r
 153     char type = 0;\r
 154     String symbol = "\u03B1";\r
 155     if(evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 156        type = 'H';\r
 157     else if(evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 158     {\r
 159       type = 'E';\r
 160       symbol = "\u03B2";\r
 161     }\r
 162 \r
 163     if(!aa[activeRow].hasIcons)\r
 164       aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 165 \r
 166 \r
 167     String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?", symbol );\r
 168     if(label==null)\r
 169        label="";\r
 170 \r
 171     if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 172        aa[activeRow].hasText = true;\r
 173 \r
 174     for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 175     {\r
 176       int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 177       if (anot[index] == null)\r
 178       {\r
 179         anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 180       }\r
 181 \r
 182         anot[ index ].secondaryStructure = type;\r
 183         anot[ index ].displayCharacter = label;\r
 184     }\r
 185     }\r
 186 \r
 187     adjustPanelHeight();\r
 188     activeRes = null;\r
 189     repaint();\r
 190     return;\r
 191 \r
 192 \r
 193   }\r
 194 \r
 195   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 196   {\r
 197     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 198     {\r
 199       if(activeRes==null)\r
 200         return;\r
 201 \r
 202       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 203       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 204       item.addActionListener(this);\r
 205       pop.add(item);\r
 206       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 207       item.addActionListener(this);\r
 208       pop.add(item);\r
 209       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 210       item.addActionListener(this);\r
 211       pop.add(item);\r
 212       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 213       item.addActionListener(this);\r
 214       pop.add(item);\r
 215       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 216       item.addActionListener(this);\r
 217       pop.add(item);\r
 218       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 219       return;\r
 220     }\r
 221 \r
 222 \r
 223     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 224     if(aa==null)\r
 225       return;\r
 226 \r
 227     int height = 0;\r
 228     activeRow = -1;\r
 229     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 230     {\r
 231       height+= aa[i].height;\r
 232 \r
 233       if(evt.getY()<height)\r
 234       {\r
 235         if(!aa[i].editable)\r
 236         {\r
 237           activeRes = null;\r
 238           continue;\r
 239         }\r
 240 \r
 241         activeRow = i;\r
 242         break;\r
 243       }\r
 244     }\r
 245 \r
 246 \r
 247     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 248 \r
 249     if(evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 250       addEditableColumn(res);\r
 251 \r
 252     else if(evt.isShiftDown())\r
 253     {\r
 254 \r
 255       if(activeRes==null)\r
 256         activeRes=new ArrayList();\r
 257       else\r
 258       {\r
 259           int start =  Integer.parseInt( activeRes.get( activeRes.size()-1 ).toString() );\r
 260           int end = res;\r
 261           if(end<start)\r
 262           {\r
 263             int temp = end;\r
 264             end = start;\r
 265             start = temp;\r
 266           }\r
 267           for(int n=start; n<=end; n++)\r
 268             addEditableColumn(n);\r
 269 \r
 270       }\r
 271     }\r
 272     else\r
 273     {\r
 274         activeRes = new ArrayList();\r
 275         activeRes.add( String.valueOf(res) );\r
 276     }\r
 277 \r
 278     repaint();\r
 279 \r
 280   }\r
 281   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 282   {  }\r
 283   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 284   {  }\r
 285   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 286   {  }\r
 287   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 288   {  }\r
 289   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 290   {\r
 291     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 292     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 293     if(aa==null)\r
 294       return;\r
 295 \r
 296     int row = -1;\r
 297     int height=0;\r
 298     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 299     {\r
 300 \r
 301       if( aa[i].visible )\r
 302         height += aa[i].height;\r
 303 \r
 304       if(evt.getY()<height)\r
 305       {\r
 306         row = i;\r
 307         break;\r
 308       }\r
 309     }\r
 310 \r
 311     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 312     if(row>-1 && res<aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res]!=null)\r
 313       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 314 \r
 315   }\r
 316   public void mouseClicked(MouseEvent evt) {}\r
 317 \r
 318 \r
 319   public void paintComponent(Graphics g)\r
 320   {\r
 321     g.setColor(Color.white);\r
 322     g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 323 \r
 324     if(fastPaint)\r
 325     {\r
 326       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 327       fastPaint = false;\r
 328       return;\r
 329     }\r
 330 \r
 331     imgWidth = (av.endRes-av.startRes+1) *av.charWidth;\r
 332 \r
 333     image = new BufferedImage(imgWidth,\r
 334                                 ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 335                                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 336       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 337       gg.setColor(Color.white);\r
 338       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, getHeight());\r
 339       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 340                           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 341       fm = gg.getFontMetrics();\r
 342       gg.setFont(av.getFont());\r
 343 \r
 344 \r
 345     drawComponent( gg, av.startRes, av.endRes+1);\r
 346     g.drawImage( image, 0, 0, this);\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public void fastPaint(int horizontal)\r
 350 {\r
 351   if(image==null || horizontal ==0)\r
 352   {\r
 353     repaint();\r
 354     return;\r
 355   }\r
 356 \r
 357   gg.copyArea( 0,0, imgWidth, getHeight(), -horizontal*av.charWidth, 0 );\r
 358   int sr=av.startRes, er=av.endRes+1, transX=0;\r
 359 \r
 360   if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 361   {\r
 362     transX =  (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
 363     sr = er - horizontal ;\r
 364   }\r
 365   else if(horizontal<0)\r
 366   {\r
 367     er = sr-horizontal;\r
 368   }\r
 369 \r
 370 \r
 371   gg.translate(transX, 0);\r
 372 \r
 373   drawComponent(gg, sr, er);\r
 374 \r
 375   gg.translate( -transX, 0 );\r
 376 \r
 377   fastPaint = true;\r
 378   repaint();\r
 379 }\r
 380 \r
 381 \r
 382   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 383   {\r
 384     g.setColor(Color.white);\r
 385     g.fillRect(0,0,(endRes-startRes) *av.charWidth, getHeight());\r
 386     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 387     {\r
 388       g.setColor(Color.black);\r
 389       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 390       return;\r
 391     }\r
 392 \r
 393     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 394 \r
 395     int j, x=0, y=0;\r
 396     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 397     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 398     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 399     boolean validRes = false;\r
 400     //\u03B2 \u03B1\r
 401     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 402     {\r
 403       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 404       if(!row.visible)\r
 405         continue;\r
 406 \r
 407       if(row.isGraph)\r
 408       {\r
 409         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 410         y += row.height;\r
 411         if(row.hasText)\r
 412           y -= av.charHeight;\r
 413       }\r
 414       if(row.hasText)\r
 415         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 416       else\r
 417         iconOffset = 0;\r
 418 \r
 419       for(j=startRes; j<endRes; j++)\r
 420       {\r
 421         validRes = row.annotations[j]==null?false:true;\r
 422 \r
 423        x = (j-startRes)*av.charWidth;\r
 424 \r
 425 \r
 426        if(activeRow==i)\r
 427        {\r
 428 \r
 429          g.setColor(Color.red);\r
 430 \r
 431          if(activeRes!=null)\r
 432            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 433            {\r
 434              int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString()) ;\r
 435              if (v == j)\r
 436                g.fillRect( (j-startRes) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 437            }\r
 438        }\r
 439 \r
 440 \r
 441 \r
 442        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 443        {\r
 444          int charOffset = (av.charWidth -\r
 445                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 446                                          charAt(0))) / 2;\r
 447          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 448           if(j==0)\r
 449           {\r
 450             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 451                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 452               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 453                            y + iconOffset + 2);\r
 454           }\r
 455          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 456                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 457                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 458                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 459 \r
 460         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 461 \r
 462         if(!row.hasIcons)\r
 463             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 464                          y + iconOffset + 2);\r
 465        }\r
 466 \r
 467        if(row.hasIcons)\r
 468        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 469        {\r
 470          switch (lastSS[i])\r
 471          {\r
 472            case 'H':\r
 473              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 474              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 475              break;\r
 476            case 'E':\r
 477              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 478              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 479              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 480                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 481              break;\r
 482            case 'C':\r
 483              break;\r
 484            default :\r
 485              g.setColor(Color.gray);\r
 486              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 487              break;\r
 488          }\r
 489 \r
 490          if(validRes)\r
 491            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 492           else\r
 493             lastSS[i] = ' ';\r
 494          lastSSX[i] = x;\r
 495        }\r
 496 \r
 497        if (validRes && row.isGraph)\r
 498        {\r
 499          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 500          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*50);\r
 501 \r
 502          if(row.windowLength>1)\r
 503          {\r
 504            int total =0;\r
 505            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 506            {\r
 507              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 508                continue;\r
 509 \r
 510              total += row.annotations[i2].value;\r
 511            }\r
 512 \r
 513            total/=row.windowLength;\r
 514            height = (int)( (total / row.graphMax) *50);\r
 515 \r
 516          }\r
 517 \r
 518          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 519        }\r
 520 \r
 521 \r
 522       }\r
 523 \r
 524       x+=av.charWidth;\r
 525 \r
 526       if(row.hasIcons)\r
 527       switch (lastSS[i])\r
 528       {\r
 529         case 'H':\r
 530           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 531           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 532           break;\r
 533         case 'E':\r
 534           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 535           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 536           g.fillPolygon(new int[]\r
 537                         {x - 4, x - 4, x}\r
 538                         , new int[]\r
 539                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 540                         , 3);\r
 541           break;\r
 542         case 'C':\r
 543           break;\r
 544         default:\r
 545           g.setColor(Color.gray);\r
 546           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 547           break;\r
 548 \r
 549       }\r
 550 \r
 551        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 552          y+=av.charHeight;\r
 553        if(!row.isGraph)\r
 554           y+=aa[i].height;\r
 555     }\r
 556   }\r
 557 \r
 558   // used by overview window\r
 559   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 560   {\r
 561     g.setColor(Color.white);\r
 562     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 563     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 564     int x = 0;\r
 565     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 566     {\r
 567       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 568       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * 50);\r
 569       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 570       x+=av.charWidth;\r
 571     }\r
 572   }\r
 573 }\r