src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.image.*;\r
  10 \r
  11 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   int activeRow =-1;\r
  16 \r
  17   ArrayList activeRes;\r
  18   static String HELIX ="Helix";\r
  19   static String SHEET ="Sheet";\r
  20   static String LABEL ="Label";\r
  21   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  22   static String COLOUR="Colour";\r
  23   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  24   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  25 \r
  26 \r
  27   BufferedImage image;\r
  28   Graphics2D gg;\r
  29   FontMetrics fm;\r
  30   int imgWidth=0;\r
  31 \r
  32   boolean fastPaint = false;\r
  33 \r
  34   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  35 \r
  36 \r
  37 \r
  38   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  39   {\r
  40     this.ap = ap;\r
  41     av = ap.av;\r
  42     this.setLayout(null);\r
  43     addMouseListener(this);\r
  44     addMouseMotionListener(this);\r
  45     adjustPanelHeight();\r
  46 \r
  47 \r
  48     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener( this );\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  52   {\r
  53     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void adjustPanelHeight()\r
  57   {\r
  58     // setHeight of panels\r
  59     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  60     int height = 0;\r
  61     if(aa!=null)\r
  62     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  63     {\r
  64       if(!aa[i].visible)\r
  65         continue;\r
  66 \r
  67       aa[i].height = 0;\r
  68 \r
  69       if(aa[i].hasText)\r
  70         aa[i].height += av.charHeight;\r
  71       if (aa[i].hasIcons)\r
  72         aa[i].height += 16;\r
  73 \r
  74       if (aa[i].isGraph)\r
  75         aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
  76 \r
  77       if(aa[i].height==0)\r
  78         aa[i].height = 20;\r
  79       height += aa[i].height;\r
  80     }\r
  81   else height=20;\r
  82     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
  83 \r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void addEditableColumn(int i)\r
  87   {\r
  88     if(activeRow==-1)\r
  89     {\r
  90       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  91       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  92         if(aa[j].editable)\r
  93         {\r
  94           activeRow = j;\r
  95           break;\r
  96         }\r
  97     }\r
  98 \r
  99     if(activeRes==null)\r
 100     {\r
 101       activeRes = new ArrayList();\r
 102       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 103       return;\r
 104     }\r
 105 \r
 106     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 107 \r
 108   }\r
 109 \r
 110 \r
 111   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 112   {\r
 113 \r
 114     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 115     Annotation [] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 116 \r
 117     if(evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 118     {\r
 119       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 120       {\r
 121         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 122         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 123       }\r
 124     }\r
 125     else if(evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 126     {\r
 127       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ", "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );\r
 128       if(label==null)\r
 129         label = "";\r
 130 \r
 131       if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 132        aa[activeRow].hasText = true;\r
 133 \r
 134       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 135       {\r
 136         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 137         if(anot[index]==null)\r
 138           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ',0);\r
 139         anot[index].displayCharacter = label;\r
 140       }\r
 141     }\r
 142     else if(evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 143     {\r
 144      Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Choose foreground colour", Color.black);\r
 145      for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 146      {\r
 147        int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 148        if (anot[index] == null)\r
 149          anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 150        anot[index].colour = col;\r
 151      }\r
 152     }\r
 153     else // HELIX OR SHEET\r
 154     {\r
 155     char type = 0;\r
 156     String symbol = "\u03B1";\r
 157     if(evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 158        type = 'H';\r
 159     else if(evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 160     {\r
 161       type = 'E';\r
 162       symbol = "\u03B2";\r
 163     }\r
 164 \r
 165     if(!aa[activeRow].hasIcons)\r
 166       aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 167 \r
 168 \r
 169     String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?", symbol );\r
 170     if(label==null)\r
 171        label="";\r
 172 \r
 173     if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 174        aa[activeRow].hasText = true;\r
 175 \r
 176     for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 177     {\r
 178       int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 179       if (anot[index] == null)\r
 180       {\r
 181         anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 182       }\r
 183 \r
 184         anot[ index ].secondaryStructure = type;\r
 185         anot[ index ].displayCharacter = label;\r
 186     }\r
 187     }\r
 188 \r
 189     adjustPanelHeight();\r
 190     activeRes = null;\r
 191     repaint();\r
 192     return;\r
 193 \r
 194 \r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 198   {\r
 199     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 200     {\r
 201       if(activeRes==null)\r
 202         return;\r
 203 \r
 204       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 205       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 206       item.addActionListener(this);\r
 207       pop.add(item);\r
 208       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 209       item.addActionListener(this);\r
 210       pop.add(item);\r
 211       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 212       item.addActionListener(this);\r
 213       pop.add(item);\r
 214       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 215       item.addActionListener(this);\r
 216       pop.add(item);\r
 217       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 218       item.addActionListener(this);\r
 219       pop.add(item);\r
 220       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 221       return;\r
 222     }\r
 223 \r
 224 \r
 225     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 226     if(aa==null)\r
 227       return;\r
 228 \r
 229     int height = 0;\r
 230     activeRow = -1;\r
 231     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 232     {\r
 233       height+= aa[i].height;\r
 234 \r
 235       if(evt.getY()<height)\r
 236       {\r
 237         if(!aa[i].editable)\r
 238         {\r
 239           activeRes = null;\r
 240           continue;\r
 241         }\r
 242 \r
 243         activeRow = i;\r
 244         break;\r
 245       }\r
 246     }\r
 247 \r
 248 \r
 249     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 250 \r
 251     if(evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 252       addEditableColumn(res);\r
 253 \r
 254     else if(evt.isShiftDown())\r
 255     {\r
 256 \r
 257       if(activeRes==null)\r
 258         activeRes=new ArrayList();\r
 259       else\r
 260       {\r
 261           int start =  Integer.parseInt( activeRes.get( activeRes.size()-1 ).toString() );\r
 262           int end = res;\r
 263           if(end<start)\r
 264           {\r
 265             int temp = end;\r
 266             end = start;\r
 267             start = temp;\r
 268           }\r
 269           for(int n=start; n<=end; n++)\r
 270             addEditableColumn(n);\r
 271 \r
 272       }\r
 273     }\r
 274     else\r
 275     {\r
 276         activeRes = new ArrayList();\r
 277         activeRes.add( String.valueOf(res) );\r
 278     }\r
 279 \r
 280     repaint();\r
 281 \r
 282   }\r
 283   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 284   {  }\r
 285   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 286   {  }\r
 287   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 288   {  }\r
 289   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 290   {  }\r
 291   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 292   {\r
 293     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 294     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 295     if(aa==null)\r
 296       return;\r
 297 \r
 298     int row = -1;\r
 299     int height=0;\r
 300     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 301     {\r
 302 \r
 303       if( aa[i].visible )\r
 304         height += aa[i].height;\r
 305 \r
 306       if(evt.getY()<height)\r
 307       {\r
 308         row = i;\r
 309         break;\r
 310       }\r
 311     }\r
 312 \r
 313     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 314     if(row>-1 && res<aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res]!=null)\r
 315       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 316 \r
 317   }\r
 318   public void mouseClicked(MouseEvent evt) {}\r
 319 \r
 320 \r
 321   public void paintComponent(Graphics g)\r
 322   {\r
 323     g.setColor(Color.white);\r
 324     g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 325 \r
 326     if(fastPaint)\r
 327     {\r
 328       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 329       fastPaint = false;\r
 330       return;\r
 331     }\r
 332 \r
 333     imgWidth = (av.endRes-av.startRes) *av.charWidth;\r
 334 \r
 335     image = new BufferedImage(imgWidth,\r
 336                                 ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 337                                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 338       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 339       gg.setColor(Color.white);\r
 340       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, getHeight());\r
 341       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 342                           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 343       fm = gg.getFontMetrics();\r
 344       gg.setFont(av.getFont());\r
 345 \r
 346 \r
 347     drawComponent( gg, av.startRes, av.endRes);\r
 348     g.drawImage( image, 0, 0, this);\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void fastPaint(int horizontal)\r
 352 {\r
 353   if(      horizontal ==0\r
 354      || av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null\r
 355      || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1\r
 356     )\r
 357   {\r
 358     repaint();\r
 359     return;\r
 360   }\r
 361 \r
 362   gg.copyArea( 0,0, imgWidth, getHeight(), -horizontal*av.charWidth, 0 );\r
 363   int sr=av.startRes, er=av.endRes, transX=0;\r
 364 \r
 365   if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 366   {\r
 367     transX =  (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
 368     sr = er - horizontal ;\r
 369   }\r
 370   else if(horizontal<0)\r
 371   {\r
 372     er = sr-horizontal;\r
 373   }\r
 374 \r
 375 \r
 376   gg.translate(transX, 0);\r
 377 \r
 378   drawComponent(gg, sr, er);\r
 379 \r
 380   gg.translate( -transX, 0 );\r
 381 \r
 382   fastPaint = true;\r
 383   repaint();\r
 384 }\r
 385 \r
 386 \r
 387   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 388   {\r
 389     g.setColor(Color.white);\r
 390     g.fillRect(0,0,(endRes-startRes) *av.charWidth, getHeight());\r
 391     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 392     {\r
 393       g.setColor(Color.white);\r
 394       g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 395       g.setColor(Color.black);\r
 396       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 397       return;\r
 398     }\r
 399 \r
 400     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 401 \r
 402     int j, x=0, y=0;\r
 403     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 404     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 405     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 406     boolean validRes = false;\r
 407     //\u03B2 \u03B1\r
 408     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 409     {\r
 410       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 411       if(!row.visible)\r
 412         continue;\r
 413 \r
 414       if(row.isGraph)\r
 415       {\r
 416         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 417         y += row.height;\r
 418         if(row.hasText)\r
 419           y -= av.charHeight;\r
 420       }\r
 421       if(row.hasText)\r
 422         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 423       else\r
 424         iconOffset = 0;\r
 425 \r
 426       for(j=startRes; j<endRes; j++)\r
 427       {\r
 428         validRes = row.annotations[j]==null?false:true;\r
 429 \r
 430        x = (j-startRes)*av.charWidth;\r
 431 \r
 432 \r
 433        if(activeRow==i)\r
 434        {\r
 435 \r
 436          g.setColor(Color.red);\r
 437 \r
 438          if(activeRes!=null)\r
 439            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 440            {\r
 441              int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString()) ;\r
 442              if (v == j)\r
 443                g.fillRect( (j-startRes) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 444            }\r
 445        }\r
 446 \r
 447 \r
 448 \r
 449        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 450        {\r
 451          int charOffset = (av.charWidth -\r
 452                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 453                                          charAt(0))) / 2;\r
 454          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 455           if(j==0)\r
 456           {\r
 457             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 458                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 459               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 460                            y + iconOffset + 2);\r
 461           }\r
 462          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 463                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 464                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 465                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 466 \r
 467         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 468 \r
 469         if(!row.hasIcons)\r
 470             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 471                          y + iconOffset + 2);\r
 472        }\r
 473 \r
 474        if(row.hasIcons)\r
 475        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 476        {\r
 477          switch (lastSS[i])\r
 478          {\r
 479            case 'H':\r
 480              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 481              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 482              break;\r
 483            case 'E':\r
 484              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 485              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 486              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 487                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 488              break;\r
 489            case 'C':\r
 490              break;\r
 491            default :\r
 492              g.setColor(Color.gray);\r
 493              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 494              break;\r
 495          }\r
 496 \r
 497          if(validRes)\r
 498            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 499           else\r
 500             lastSS[i] = ' ';\r
 501          lastSSX[i] = x;\r
 502        }\r
 503 \r
 504        if (validRes && row.isGraph)\r
 505        {\r
 506          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 507          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*GRAPH_HEIGHT);\r
 508 \r
 509          if(row.windowLength>1)\r
 510          {\r
 511            int total =0;\r
 512            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 513            {\r
 514              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 515                continue;\r
 516 \r
 517              total += row.annotations[i2].value;\r
 518            }\r
 519 \r
 520            total/=row.windowLength;\r
 521            height = (int)( (total / row.graphMax) *GRAPH_HEIGHT);\r
 522 \r
 523          }\r
 524          g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 525          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 526        }\r
 527 \r
 528 \r
 529       }\r
 530 \r
 531       x+=av.charWidth;\r
 532 \r
 533       if(row.hasIcons)\r
 534       switch (lastSS[i])\r
 535       {\r
 536         case 'H':\r
 537           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 538           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 539           break;\r
 540         case 'E':\r
 541           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 542           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 543           g.fillPolygon(new int[]\r
 544                         {x - 4, x - 4, x}\r
 545                         , new int[]\r
 546                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 547                         , 3);\r
 548           break;\r
 549         case 'C':\r
 550           break;\r
 551         default:\r
 552           g.setColor(Color.gray);\r
 553           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 554           break;\r
 555 \r
 556       }\r
 557 \r
 558        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 559          y+=av.charHeight;\r
 560        if(!row.isGraph)\r
 561           y+=aa[i].height;\r
 562     }\r
 563   }\r
 564 \r
 565   // used by overview window\r
 566   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 567   {\r
 568     g.setColor(Color.white);\r
 569     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 570     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 571     int x = 0;\r
 572     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 573     {\r
 574       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 575       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT );\r
 576       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 577       x+=av.charWidth;\r
 578     }\r
 579   }\r
 580 }\r