src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.regex.*;
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.io.*;
  28
  29 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  37
  38 import org.jmol.api.*;
  39 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  40 import org.jmol.popup.*;
  41
  42 public class AppJmol extends GStructureViewer implements StructureListener,
  43         JmolStatusListener, Runnable
  44
  45 {
  46   JmolViewer viewer;
  47
  48   JmolPopup jmolpopup;
  49
  50   ScriptWindow scriptWindow;
  51
  52   PDBEntry pdbentry;
  53
  54   SequenceI[] sequence;
  55
  56   String[] chains;
  57
  58   StructureSelectionManager ssm;
  59
  60   JSplitPane splitPane;
  61
  62   RenderPanel renderPanel;
  63
  64   AlignmentPanel ap;
  65
  66   String fileLoadingError;
  67
  68   boolean colourBySequence = true;
  69
  70   boolean loadingFromArchive = false;
  71
  72   Vector atomsPicked = new Vector();
  73
  74   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  75           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  76   {
  77     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  78   }
  79   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  80             AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds, String viewid)
  81   {
  82     loadingFromArchive = true;
  83     pdbentry = new PDBEntry();
  84     pdbentry.setFile(file);
  85     pdbentry.setId(id);
  86     this.chains = chains;
  87     this.sequence = seq;
  88     this.ap = ap;
  89     this.setBounds(bounds);
  90     colourBySequence = false;
  91     seqColour.setSelected(false);
  92     viewId = viewid;
  93     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  94     // bounds.width,bounds.height);
  95
  96     initJmol(loadStatus);
  97
  98     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  99     {
 100       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 101       {
 102         closeViewer();
 103       }
 104     });
 105   }
 106
 107   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 108   {
 109     Vector v = new Vector();
 110     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 111       v.addElement(sequence[i]);
 112
 113     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 114       if (!v.contains(seq[i]))
 115         v.addElement(seq[i]);
 116
 117     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 118     v.copyInto(tmp);
 119     sequence = tmp;
 120   }
 121
 122   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 123           AlignmentPanel ap)
 124   {
 125     // ////////////////////////////////
 126     // Is the pdb file already loaded?
 127     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 128             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 129                     pdbentry.getId());
 130
 131     if (alreadyMapped != null)
 132     {
 133       int option = JOptionPane
 134               .showInternalConfirmDialog(
 135                       Desktop.desktop,
 136                       pdbentry.getId()
 137                               + " is already displayed."
 138                               + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",
 139                       "Map Sequences to Visible Window: "
 140                               + pdbentry.getId(), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 141
 142       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 143       {
 144         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 145                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 146                         AppletFormatAdapter.FILE);
 147         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 148         {
 149           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 150           ap.paintAlignment(true);
 151         }
 152
 153         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 154         // the exisiting array
 155         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 156
 157         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 158         {
 159           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 160           {
 161             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 162             if (topJmol.pdbentry.getFile().equals(alreadyMapped))
 163             {
 164               topJmol.addSequence(seq);
 165               break;
 166             }
 167           }
 168         }
 169
 170         return;
 171       }
 172     }
 173     // /////////////////////////////////
 174
 175     this.ap = ap;
 176     this.pdbentry = pdbentry;
 177     this.sequence = seq;
 178     this.setSize(400, 400);
 179     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Jmol
 180     // View"+(pdbentry.getId()!=null ? "for "+pdbentry.getId()
 181     // : ""), 400, 400);
 182
 183     if (pdbentry.getFile() != null)
 184     {
 185       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 186     }
 187     else
 188     {
 189       Thread worker = new Thread(this);
 190       worker.start();
 191     }
 192
 193     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 194     {
 195       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 196       {
 197         closeViewer();
 198       }
 199     });
 200   }
 201
 202   void initJmol(String command)
 203   {
 204     renderPanel = new RenderPanel();
 205
 206     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 207
 208     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 209             + pdbentry.getId());
 210
 211     if (pdbentry.getProperty() != null)
 212     {
 213       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 214       {
 215         title.append(" Method: ");
 216         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 217       }
 218       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 219       {
 220         title.append(" Chain:");
 221         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 222       }
 223     }
 224
 225     this.setTitle(title.toString());
 226     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, title.toString(),
 227             getBounds().width, getBounds().height);
 228
 229     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 230             new SmarterJmolAdapter());
 231
 232     viewer.setAppletContext("", null, null, "");
 233
 234     viewer.setJmolStatusListener(this);
 235
 236     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 237
 238     viewer.evalStringQuiet(command);
 239   }
 240
 241   void setChainMenuItems(Vector chains)
 242   {
 243     chainMenu.removeAll();
 244
 245     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 246     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 247     {
 248       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 249       {
 250         allChainsSelected = true;
 251         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 252         {
 253           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 254             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 255         }
 256         centerViewer();
 257         allChainsSelected = false;
 258       }
 259     });
 260
 261     chainMenu.add(menuItem);
 262
 263     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 264     {
 265       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 266       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 267       {
 268         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 269         {
 270           if (!allChainsSelected)
 271             centerViewer();
 272         }
 273       });
 274
 275       chainMenu.add(menuItem);
 276     }
 277   }
 278
 279   boolean allChainsSelected = false;
 280
 281   void centerViewer()
 282   {
 283     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 284     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 285     {
 286       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 287       {
 288         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 289         if (item.isSelected())
 290           cmd.append(":" + item.getText() + " or ");
 291       }
 292     }
 293
 294     if (cmd.length() > 0)
 295       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 296
 297     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 298             + cmd);
 299   }
 300
 301   void closeViewer()
 302   {
 303     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 304     viewer.evalStringQuiet("zap");
 305     viewer.setJmolStatusListener(null);
 306     viewer = null;
 307
 308     // We'll need to find out what other
 309     // listeners need to be shut down in Jmol
 310     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 311             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());
 312   }
 313
 314   public void run()
 315   {
 316     try
 317     {
 318       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 319       String query = "pdb:" + pdbentry.getId();
 320       pdbentry.setFile(ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw")
 321               .getAbsolutePath());
 322       initJmol("load " + pdbentry.getFile());
 323     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 324     {
 325       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbentry.getId() + " from MSD",
 326               oomerror);
 327     } catch (Exception ex)
 328     {
 329       ex.printStackTrace();
 330     }
 331   }
 332
 333   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 334   {
 335     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 336             .getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 337
 338     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 339     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 340     chooser.setToolTipText("Save");
 341
 342     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 343
 344     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 345     {
 346       try
 347       {
 348         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry
 349                 .getFile()));
 350         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 351
 352         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 353         String data;
 354         while ((data = in.readLine()) != null)
 355         {
 356           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 357           {
 358             out.println(data);
 359           }
 360         }
 361         out.close();
 362       } catch (Exception ex)
 363       {
 364         ex.printStackTrace();
 365       }
 366     }
 367   }
 368
 369   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 370   {
 371     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 372     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 373             550, 600);
 374     cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 375             .printMapping(pdbentry.getFile()));
 376   }
 377
 378   /**
 379    * DOCUMENT ME!
 380    *
 381    * @param e
 382    *                DOCUMENT ME!
 383    */
 384   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 385   {
 386     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 387   }
 388
 389   /**
 390    * DOCUMENT ME!
 391    *
 392    * @param e
 393    *                DOCUMENT ME!
 394    */
 395   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 396   {
 397     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 398   }
 399
 400   void makePDBImage(int type)
 401   {
 402     int width = getWidth();
 403     int height = getHeight();
 404
 405     jalview.util.ImageMaker im;
 406
 407     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 408     {
 409       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 410               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 411     }
 412     else
 413     {
 414       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 415               "Make EPS file from view", width, height, null, this
 416                       .getTitle());
 417     }
 418
 419     if (im.getGraphics() != null)
 420     {
 421       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 422       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 423       im.writeImage();
 424     }
 425   }
 426
 427   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 428   {
 429     lastCommand = null;
 430     colourBySequence = seqColour.isSelected();
 431     colourBySequence(ap.alignFrame.alignPanel);
 432   }
 433
 434   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 435   {
 436     colourBySequence = false;
 437     seqColour.setSelected(false);
 438     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 439   }
 440
 441   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 442   {
 443     colourBySequence = false;
 444     seqColour.setSelected(false);
 445     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 446             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 447   }
 448
 449   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 450   {
 451     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 452   }
 453
 454   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 455   {
 456     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 457   }
 458
 459   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 460   {
 461     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 462   }
 463
 464   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 465   {
 466     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 467   }
 468
 469   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 470   {
 471     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 472   }
 473
 474   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 475   {
 476     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 477   }
 478
 479   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 480   {
 481     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 482   }
 483
 484   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 485   {
 486     colourBySequence = false;
 487     seqColour.setSelected(false);
 488
 489     if (cs == null)
 490       return;
 491
 492     String res;
 493     int index;
 494     Color col;
 495
 496     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 497     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 498     while (en.hasMoreElements())
 499     {
 500       res = en.nextElement().toString();
 501       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 502       if (index > 20)
 503         continue;
 504
 505       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 506
 507       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 508               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 509     }
 510
 511     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 512   }
 513
 514   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 515   {
 516     new UserDefinedColours(this, null);
 517   }
 518
 519   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 520   {
 521     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 522             "Select Background Colour", null);
 523
 524     if (col != null)
 525     {
 526       viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
 527               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 528     }
 529   }
 530
 531   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 532   {
 533     try
 534     {
 535       jalview.util.BrowserLauncher
 536               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 537     } catch (Exception ex)
 538     {
 539     }
 540   }
 541
 542   // ////////////////////////////////
 543   // /StructureListener
 544   public String getPdbFile()
 545   {
 546     return pdbentry.getFile();
 547   }
 548
 549   Pattern pattern = Pattern
 550           .compile("\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?");
 551
 552   String lastMessage;
 553
 554   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 555   {
 556     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 557     matcher.find();
 558     matcher.group(1);
 559     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));
 560     String chainId = matcher.group(3);
 561
 562     if (chainId != null)
 563       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());
 564     else
 565     {
 566       chainId = " ";
 567     }
 568
 569     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 570     {
 571       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 572     }
 573     lastMessage = strInfo;
 574   }
 575
 576   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 577
 578   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 579
 580   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 581           String pdbfile)
 582   {
 583     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 584       return;
 585
 586     if (resetLastRes.length() > 0)
 587     {
 588       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 589     }
 590
 591     eval.setLength(0);
 592     eval.append("select " + pdbResNum);
 593
 594     resetLastRes.setLength(0);
 595     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 596
 597     if (!chain.equals(" "))
 598     {
 599       eval.append(":" + chain);
 600       resetLastRes.append(":" + chain);
 601     }
 602
 603     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + ".CA;");
 604
 605     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 606             + ".CA;spacefill 0;");
 607
 608     eval.append("spacefill 200;select none");
 609
 610     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 611   }
 612
 613   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 614           String pdbfile)
 615   {
 616     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 617       return null;
 618
 619     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 620   }
 621
 622   public void updateColours(Object source)
 623   {
 624     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 625   }
 626
 627   // End StructureListener
 628   // //////////////////////////
 629
 630   String lastCommand;
 631
 632   FeatureRenderer fr = null;
 633
 634   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 635   {
 636     this.ap = sourceap;
 637
 638     if (!colourBySequence || ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 639       return;
 640
 641     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 642
 643     if (mapping.length < 1)
 644       return;
 645
 646     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 647
 648     boolean showFeatures = false;
 649
 650     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 651     {
 652       showFeatures = true;
 653       if (fr == null)
 654       {
 655         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap);
 656       }
 657
 658       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 659     }
 660
 661     StringBuffer command = new StringBuffer();
 662
 663     int lastPos = -1;
 664     for (int sp, s = 0; s < sequence.length; s++)
 665     {
 666       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 667       {
 668         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 669                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 670         {
 671           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 672           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 673           {
 674             // No mapping to gaps in sequence.
 675             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 676             {
 677               continue;
 678             }
 679             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 680
 681             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 682               continue;
 683
 684             lastPos = pos;
 685
 686             Color col = sr.getResidueBoxColour(asp, r);
 687
 688             if (showFeatures)
 689               col = fr.findFeatureColour(col, asp, r);
 690
 691             if (command.toString().endsWith(
 692                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 693                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 694                             + "]"))
 695             {
 696               command = condenseCommand(command, pos);
 697               continue;
 698             }
 699
 700             command.append(";select " + pos);
 701
 702             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 703             {
 704               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 705             }
 706
 707             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 708                     + "," + col.getBlue() + "]");
 709
 710           }
 711           break;
 712         }
 713       }
 714     }
 715
 716     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 717     {
 718       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 719     }
 720     lastCommand = command.toString();
 721   }
 722
 723   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)
 724   {
 725     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 726             .lastIndexOf("select") + 7));
 727
 728     command.delete(0, sb.length());
 729
 730     String start;
 731
 732     if (command.indexOf("-") > -1)
 733     {
 734       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 735     }
 736     else
 737     {
 738       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 739     }
 740
 741     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 742
 743     return sb;
 744   }
 745
 746   // ///////////////////////////////
 747   // JmolStatusListener
 748
 749   public String eval(String strEval)
 750   {
 751     // System.out.println(strEval);
 752     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 753     return null;
 754   }
 755
 756   public void createImage(String file, String type, int quality)
 757   {
 758     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 759   }
 760
 761   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 762           String callbackFunction)
 763   {
 764   }
 765
 766   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 767           String modelName, Object clientFile, String errorMsg)
 768   {
 769     if (errorMsg != null)
 770     {
 771       fileLoadingError = errorMsg;
 772       repaint();
 773       return;
 774     }
 775
 776     fileLoadingError = null;
 777
 778     if (fileName != null)
 779     {
 780
 781       // FILE LOADED OK
 782       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 783       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry
 784               .getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);
 785       ssm.addStructureViewerListener(this);
 786       Vector chains = new Vector();
 787       for (int i = 0; i < pdbFile.chains.size(); i++)
 788       {
 789         chains
 790                 .addElement(((MCview.PDBChain) pdbFile.chains.elementAt(i)).id);
 791       }
 792       setChainMenuItems(chains);
 793
 794       jmolpopup.updateComputedMenus();
 795
 796       if (!loadingFromArchive)
 797       {
 798         viewer
 799                 .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 800
 801         colourBySequence(ap);
 802       }
 803       if (fr != null)
 804         fr.featuresAdded();
 805
 806       loadingFromArchive = false;
 807     }
 808     else
 809       return;
 810   }
 811
 812   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 813   {
 814     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 815   }
 816
 817   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 818   {
 819   }
 820
 821   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 822   {
 823     if (scriptWindow != null)
 824       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 825   }
 826
 827   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 828   {
 829     if (scriptWindow != null)
 830       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 831   }
 832
 833   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 834   {
 835     if (scriptWindow != null)
 836       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 837   }
 838
 839   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 840   {
 841     jmolpopup.show(x, y);
 842   }
 843
 844   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 845   {
 846     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 847   }
 848
 849   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 850   {
 851   }
 852
 853   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 854   {
 855     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 856     matcher.find();
 857
 858     matcher.group(1);
 859     String resnum = new String(matcher.group(2));
 860     String chainId = matcher.group(3);
 861
 862     String picked = resnum;
 863
 864     if (chainId != null)
 865       picked += (":" + chainId.substring(1, chainId.length()));
 866
 867     picked += ".CA";
 868
 869     if (!atomsPicked.contains(picked))
 870     {
 871       if (chainId != null)
 872         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 873       else
 874         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r");
 875       atomsPicked.addElement(picked);
 876     }
 877     else
 878     {
 879       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 880       atomsPicked.removeElement(picked);
 881     }
 882
 883     if (scriptWindow != null)
 884     {
 885       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 886       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 887     }
 888   }
 889
 890   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 891   {
 892     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 893   }
 894
 895   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 896   {
 897   }
 898
 899   public void showUrl(String url)
 900   {
 901   }
 902
 903   public void showConsole(boolean showConsole)
 904   {
 905     if (scriptWindow == null)
 906       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 907
 908     if (showConsole)
 909     {
 910       if (splitPane == null)
 911       {
 912         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 913         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 914         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 915         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 916       }
 917
 918       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 919       splitPane.validate();
 920     }
 921     else
 922     {
 923       if (splitPane != null)
 924         splitPane.setVisible(false);
 925
 926       splitPane = null;
 927
 928       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 929     }
 930
 931     validate();
 932   }
 933
 934   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 935   {
 936     return 0;
 937   }
 938
 939   // /End JmolStatusListener
 940   // /////////////////////////////
 941
 942   class RenderPanel extends JPanel
 943   {
 944     final Dimension currentSize = new Dimension();
 945
 946     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 947
 948     public void paintComponent(Graphics g)
 949     {
 950       getSize(currentSize);
 951       g.getClipBounds(rectClip);
 952
 953       if (viewer == null)
 954       {
 955         g.setColor(Color.black);
 956         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 957         g.setColor(Color.white);
 958         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 959         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 960       }
 961       else if (fileLoadingError != null)
 962       {
 963         g.setColor(Color.black);
 964         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 965         g.setColor(Color.white);
 966         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 967         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,
 968                 currentSize.height / 2);
 969       }
 970       else
 971       {
 972         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 973       }
 974     }
 975   }
 976   String viewId=null;
 977   public String getViewId()
 978   {
 979     if (viewId==null)
 980     {
 981       viewId=System.currentTimeMillis()+"."+this.hashCode();
 982     }
 983     return viewId;
 984   }
 985
 986 }