src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.regex.*;
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.io.*;
  28
  29 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  37
  38 import org.jmol.api.*;
  39 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  40 import org.jmol.popup.*;
  41
  42 public class AppJmol extends GStructureViewer implements StructureListener,
  43         JmolStatusListener, Runnable
  44
  45 {
  46   JmolViewer viewer;
  47
  48   JmolPopup jmolpopup;
  49
  50   ScriptWindow scriptWindow;
  51
  52   PDBEntry pdbentry;
  53
  54   SequenceI[] sequence;
  55
  56   String[] chains;
  57
  58   StructureSelectionManager ssm;
  59
  60   JSplitPane splitPane;
  61
  62   RenderPanel renderPanel;
  63
  64   AlignmentPanel ap;
  65
  66   String fileLoadingError;
  67
  68   boolean colourBySequence = true;
  69
  70   boolean loadingFromArchive = false;
  71
  72   Vector atomsPicked = new Vector();
  73
  74   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  75           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  76   {
  77     loadingFromArchive = true;
  78     pdbentry = new PDBEntry();
  79     pdbentry.setFile(file);
  80     pdbentry.setId(id);
  81     this.chains = chains;
  82     this.sequence = seq;
  83     this.ap = ap;
  84     this.setBounds(bounds);
  85     colourBySequence = false;
  86     seqColour.setSelected(false);
  87
  88     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  89     // bounds.width,bounds.height);
  90
  91     initJmol(loadStatus);
  92
  93     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  94     {
  95       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
  96       {
  97         closeViewer();
  98       }
  99     });
 100   }
 101
 102   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 103   {
 104     Vector v = new Vector();
 105     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 106       v.addElement(sequence[i]);
 107
 108     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 109       if (!v.contains(seq[i]))
 110         v.addElement(seq[i]);
 111
 112     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 113     v.copyInto(tmp);
 114     sequence = tmp;
 115   }
 116
 117   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 118           AlignmentPanel ap)
 119   {
 120     // ////////////////////////////////
 121     // Is the pdb file already loaded?
 122     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 123             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 124                     pdbentry.getId());
 125
 126     if (alreadyMapped != null)
 127     {
 128       int option = JOptionPane
 129               .showInternalConfirmDialog(
 130                       Desktop.desktop,
 131                       pdbentry.getId()
 132                               + " is already displayed."
 133                               + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",
 134                       "Map Sequences to Visible Window: "
 135                               + pdbentry.getId(), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 136
 137       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 138       {
 139         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 140                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 141                         AppletFormatAdapter.FILE);
 142         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 143         {
 144           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 145           ap.paintAlignment(true);
 146         }
 147
 148         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 149         // the exisiting array
 150         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 151
 152         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 153         {
 154           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 155           {
 156             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 157             if (topJmol.pdbentry.getFile().equals(alreadyMapped))
 158             {
 159               topJmol.addSequence(seq);
 160               break;
 161             }
 162           }
 163         }
 164
 165         return;
 166       }
 167     }
 168     // /////////////////////////////////
 169
 170     this.ap = ap;
 171     this.pdbentry = pdbentry;
 172     this.sequence = seq;
 173     this.setSize(400, 400);
 174     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Jmol
 175     // View"+(pdbentry.getId()!=null ? "for "+pdbentry.getId()
 176     // : ""), 400, 400);
 177
 178     if (pdbentry.getFile() != null)
 179     {
 180       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 181     }
 182     else
 183     {
 184       Thread worker = new Thread(this);
 185       worker.start();
 186     }
 187
 188     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 189     {
 190       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 191       {
 192         closeViewer();
 193       }
 194     });
 195   }
 196
 197   void initJmol(String command)
 198   {
 199     renderPanel = new RenderPanel();
 200
 201     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 202
 203     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 204             + pdbentry.getId());
 205
 206     if (pdbentry.getProperty() != null)
 207     {
 208       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 209       {
 210         title.append(" Method: ");
 211         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 212       }
 213       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 214       {
 215         title.append(" Chain:");
 216         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 217       }
 218     }
 219
 220     this.setTitle(title.toString());
 221     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, title.toString(),
 222             getBounds().width, getBounds().height);
 223
 224     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 225             new SmarterJmolAdapter());
 226
 227     viewer.setAppletContext("", null, null, "");
 228
 229     viewer.setJmolStatusListener(this);
 230
 231     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 232
 233     viewer.evalStringQuiet(command);
 234   }
 235
 236   void setChainMenuItems(Vector chains)
 237   {
 238     chainMenu.removeAll();
 239
 240     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 241     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 242     {
 243       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 244       {
 245         allChainsSelected = true;
 246         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 247         {
 248           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 249             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 250         }
 251         centerViewer();
 252         allChainsSelected = false;
 253       }
 254     });
 255
 256     chainMenu.add(menuItem);
 257
 258     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 259     {
 260       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 261       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 262       {
 263         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 264         {
 265           if (!allChainsSelected)
 266             centerViewer();
 267         }
 268       });
 269
 270       chainMenu.add(menuItem);
 271     }
 272   }
 273
 274   boolean allChainsSelected = false;
 275
 276   void centerViewer()
 277   {
 278     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 279     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 280     {
 281       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 282       {
 283         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 284         if (item.isSelected())
 285           cmd.append(":" + item.getText() + " or ");
 286       }
 287     }
 288
 289     if (cmd.length() > 0)
 290       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 291
 292     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 293             + cmd);
 294   }
 295
 296   void closeViewer()
 297   {
 298     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 299     viewer.evalStringQuiet("zap");
 300     viewer.setJmolStatusListener(null);
 301     viewer = null;
 302
 303     // We'll need to find out what other
 304     // listeners need to be shut down in Jmol
 305     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 306             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());
 307   }
 308
 309   public void run()
 310   {
 311     try
 312     {
 313       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 314       String query = "pdb:" + pdbentry.getId();
 315       pdbentry.setFile(ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw")
 316               .getAbsolutePath());
 317       initJmol("load " + pdbentry.getFile());
 318     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 319     {
 320       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbentry.getId() + " from MSD",
 321               oomerror);
 322     } catch (Exception ex)
 323     {
 324       ex.printStackTrace();
 325     }
 326   }
 327
 328   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 329   {
 330     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 331             .getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 332
 333     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 334     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 335     chooser.setToolTipText("Save");
 336
 337     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 338
 339     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 340     {
 341       try
 342       {
 343         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry
 344                 .getFile()));
 345         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 346
 347         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 348         String data;
 349         while ((data = in.readLine()) != null)
 350         {
 351           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 352           {
 353             out.println(data);
 354           }
 355         }
 356         out.close();
 357       } catch (Exception ex)
 358       {
 359         ex.printStackTrace();
 360       }
 361     }
 362   }
 363
 364   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 365   {
 366     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 367     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 368             550, 600);
 369     cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 370             .printMapping(pdbentry.getFile()));
 371   }
 372
 373   /**
 374    * DOCUMENT ME!
 375    *
 376    * @param e
 377    *                DOCUMENT ME!
 378    */
 379   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 380   {
 381     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 382   }
 383
 384   /**
 385    * DOCUMENT ME!
 386    *
 387    * @param e
 388    *                DOCUMENT ME!
 389    */
 390   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 391   {
 392     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 393   }
 394
 395   void makePDBImage(int type)
 396   {
 397     int width = getWidth();
 398     int height = getHeight();
 399
 400     jalview.util.ImageMaker im;
 401
 402     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 403     {
 404       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 405               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 406     }
 407     else
 408     {
 409       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 410               "Make EPS file from view", width, height, null, this
 411                       .getTitle());
 412     }
 413
 414     if (im.getGraphics() != null)
 415     {
 416       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 417       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 418       im.writeImage();
 419     }
 420   }
 421
 422   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 423   {
 424     lastCommand = null;
 425     colourBySequence = seqColour.isSelected();
 426     colourBySequence(ap.alignFrame.alignPanel);
 427   }
 428
 429   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 430   {
 431     colourBySequence = false;
 432     seqColour.setSelected(false);
 433     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 434   }
 435
 436   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 437   {
 438     colourBySequence = false;
 439     seqColour.setSelected(false);
 440     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 441             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 442   }
 443
 444   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 445   {
 446     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 447   }
 448
 449   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 450   {
 451     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 452   }
 453
 454   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 455   {
 456     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 457   }
 458
 459   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 460   {
 461     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 462   }
 463
 464   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 465   {
 466     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 467   }
 468
 469   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 470   {
 471     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 472   }
 473
 474   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 475   {
 476     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 477   }
 478
 479   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 480   {
 481     colourBySequence = false;
 482     seqColour.setSelected(false);
 483
 484     if (cs == null)
 485       return;
 486
 487     String res;
 488     int index;
 489     Color col;
 490
 491     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 492     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 493     while (en.hasMoreElements())
 494     {
 495       res = en.nextElement().toString();
 496       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 497       if (index > 20)
 498         continue;
 499
 500       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 501
 502       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 503               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 504     }
 505
 506     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 507   }
 508
 509   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 510   {
 511     new UserDefinedColours(this, null);
 512   }
 513
 514   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 515   {
 516     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 517             "Select Background Colour", null);
 518
 519     if (col != null)
 520     {
 521       viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
 522               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 523     }
 524   }
 525
 526   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 527   {
 528     try
 529     {
 530       jalview.util.BrowserLauncher
 531               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 532     } catch (Exception ex)
 533     {
 534     }
 535   }
 536
 537   // ////////////////////////////////
 538   // /StructureListener
 539   public String getPdbFile()
 540   {
 541     return pdbentry.getFile();
 542   }
 543
 544   Pattern pattern = Pattern
 545           .compile("\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?");
 546
 547   String lastMessage;
 548
 549   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 550   {
 551     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 552     matcher.find();
 553     matcher.group(1);
 554     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));
 555     String chainId = matcher.group(3);
 556
 557     if (chainId != null)
 558       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());
 559     else
 560     {
 561       chainId = " ";
 562     }
 563
 564     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 565     {
 566       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 567     }
 568     lastMessage = strInfo;
 569   }
 570
 571   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 572
 573   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 574
 575   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 576           String pdbfile)
 577   {
 578     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 579       return;
 580
 581     if (resetLastRes.length() > 0)
 582     {
 583       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 584     }
 585
 586     eval.setLength(0);
 587     eval.append("select " + pdbResNum);
 588
 589     resetLastRes.setLength(0);
 590     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 591
 592     if (!chain.equals(" "))
 593     {
 594       eval.append(":" + chain);
 595       resetLastRes.append(":" + chain);
 596     }
 597
 598     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + ".CA;");
 599
 600     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 601             + ".CA;spacefill 0;");
 602
 603     eval.append("spacefill 200;select none");
 604
 605     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 606   }
 607
 608   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 609           String pdbfile)
 610   {
 611     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 612       return null;
 613
 614     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 615   }
 616
 617   public void updateColours(Object source)
 618   {
 619     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 620   }
 621
 622   // End StructureListener
 623   // //////////////////////////
 624
 625   String lastCommand;
 626
 627   FeatureRenderer fr = null;
 628
 629   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 630   {
 631     this.ap = sourceap;
 632
 633     if (!colourBySequence || ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 634       return;
 635
 636     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 637
 638     if (mapping.length < 1)
 639       return;
 640
 641     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 642
 643     boolean showFeatures = false;
 644
 645     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 646     {
 647       showFeatures = true;
 648       if (fr == null)
 649       {
 650         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap);
 651       }
 652
 653       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 654     }
 655
 656     StringBuffer command = new StringBuffer();
 657
 658     int lastPos = -1;
 659     for (int sp, s = 0; s < sequence.length; s++)
 660     {
 661       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 662       {
 663         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 664                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 665         {
 666           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 667           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 668           {
 669             // No mapping to gaps in sequence.
 670             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 671             {
 672               continue;
 673             }
 674             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 675
 676             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 677               continue;
 678
 679             lastPos = pos;
 680
 681             Color col = sr.getResidueBoxColour(asp, r);
 682
 683             if (showFeatures)
 684               col = fr.findFeatureColour(col, asp, r);
 685
 686             if (command.toString().endsWith(
 687                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 688                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 689                             + "]"))
 690             {
 691               command = condenseCommand(command, pos);
 692               continue;
 693             }
 694
 695             command.append(";select " + pos);
 696
 697             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 698             {
 699               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 700             }
 701
 702             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 703                     + "," + col.getBlue() + "]");
 704
 705           }
 706           break;
 707         }
 708       }
 709     }
 710
 711     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 712     {
 713       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 714     }
 715     lastCommand = command.toString();
 716   }
 717
 718   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)
 719   {
 720     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 721             .lastIndexOf("select") + 7));
 722
 723     command.delete(0, sb.length());
 724
 725     String start;
 726
 727     if (command.indexOf("-") > -1)
 728     {
 729       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 730     }
 731     else
 732     {
 733       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 734     }
 735
 736     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 737
 738     return sb;
 739   }
 740
 741   // ///////////////////////////////
 742   // JmolStatusListener
 743
 744   public String eval(String strEval)
 745   {
 746     // System.out.println(strEval);
 747     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 748     return null;
 749   }
 750
 751   public void createImage(String file, String type, int quality)
 752   {
 753     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 754   }
 755
 756   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 757           String callbackFunction)
 758   {
 759   }
 760
 761   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 762           String modelName, Object clientFile, String errorMsg)
 763   {
 764     if (errorMsg != null)
 765     {
 766       fileLoadingError = errorMsg;
 767       repaint();
 768       return;
 769     }
 770
 771     fileLoadingError = null;
 772
 773     if (fileName != null)
 774     {
 775
 776       // FILE LOADED OK
 777       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 778       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry
 779               .getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);
 780       ssm.addStructureViewerListener(this);
 781       Vector chains = new Vector();
 782       for (int i = 0; i < pdbFile.chains.size(); i++)
 783       {
 784         chains
 785                 .addElement(((MCview.PDBChain) pdbFile.chains.elementAt(i)).id);
 786       }
 787       setChainMenuItems(chains);
 788
 789       jmolpopup.updateComputedMenus();
 790
 791       if (!loadingFromArchive)
 792       {
 793         viewer
 794                 .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 795
 796         colourBySequence(ap);
 797       }
 798       if (fr != null)
 799         fr.featuresAdded();
 800
 801       loadingFromArchive = false;
 802     }
 803     else
 804       return;
 805   }
 806
 807   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 808   {
 809     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 810   }
 811
 812   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 813   {
 814   }
 815
 816   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 817   {
 818     if (scriptWindow != null)
 819       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 820   }
 821
 822   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 823   {
 824     if (scriptWindow != null)
 825       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 826   }
 827
 828   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 829   {
 830     if (scriptWindow != null)
 831       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 832   }
 833
 834   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 835   {
 836     jmolpopup.show(x, y);
 837   }
 838
 839   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 840   {
 841     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 842   }
 843
 844   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 845   {
 846   }
 847
 848   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 849   {
 850     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 851     matcher.find();
 852
 853     matcher.group(1);
 854     String resnum = new String(matcher.group(2));
 855     String chainId = matcher.group(3);
 856
 857     String picked = resnum;
 858
 859     if (chainId != null)
 860       picked += (":" + chainId.substring(1, chainId.length()));
 861
 862     picked += ".CA";
 863
 864     if (!atomsPicked.contains(picked))
 865     {
 866       if (chainId != null)
 867         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 868       else
 869         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r");
 870       atomsPicked.addElement(picked);
 871     }
 872     else
 873     {
 874       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 875       atomsPicked.removeElement(picked);
 876     }
 877
 878     if (scriptWindow != null)
 879     {
 880       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 881       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 882     }
 883   }
 884
 885   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 886   {
 887     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 888   }
 889
 890   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 891   {
 892   }
 893
 894   public void showUrl(String url)
 895   {
 896   }
 897
 898   public void showConsole(boolean showConsole)
 899   {
 900     if (scriptWindow == null)
 901       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 902
 903     if (showConsole)
 904     {
 905       if (splitPane == null)
 906       {
 907         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 908         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 909         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 910         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 911       }
 912
 913       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 914       splitPane.validate();
 915     }
 916     else
 917     {
 918       if (splitPane != null)
 919         splitPane.setVisible(false);
 920
 921       splitPane = null;
 922
 923       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 924     }
 925
 926     validate();
 927   }
 928
 929   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 930   {
 931     return 0;
 932   }
 933
 934   // /End JmolStatusListener
 935   // /////////////////////////////
 936
 937   class RenderPanel extends JPanel
 938   {
 939     final Dimension currentSize = new Dimension();
 940
 941     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 942
 943     public void paintComponent(Graphics g)
 944     {
 945       getSize(currentSize);
 946       g.getClipBounds(rectClip);
 947
 948       if (viewer == null)
 949       {
 950         g.setColor(Color.black);
 951         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 952         g.setColor(Color.white);
 953         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 954         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 955       }
 956       else if (fileLoadingError != null)
 957       {
 958         g.setColor(Color.black);
 959         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 960         g.setColor(Color.white);
 961         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 962         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,
 963                 currentSize.height / 2);
 964       }
 965       else
 966       {
 967         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 968       }
 969     }
 970   }
 971
 972 }