src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  28 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  29 import jalview.util.BrowserLauncher;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.util.Platform;
  32 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.io.File;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.List;
  44 import java.util.Vector;
  45
  46 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  47 import javax.swing.JInternalFrame;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JSplitPane;
  50 import javax.swing.SwingUtilities;
  51 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  52 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  53
  54 public class AppJmol extends StructureViewerBase
  55 {
  56   // ms to wait for Jmol to load files
  57   private static final int JMOL_LOAD_TIMEOUT = 20000;
  58
  59   private static final String SPACE = " ";
  60
  61   private static final String BACKSLASH = "\"";
  62
  63   AppJmolBinding jmb;
  64
  65   JPanel scriptWindow;
  66
  67   JSplitPane splitPane;
  68
  69   RenderPanel renderPanel;
  70
  71   /**
  72    *
  73    * @param files
  74    * @param ids
  75    * @param seqs
  76    * @param ap
  77    * @param usetoColour
  78    *          - add the alignment panel to the list used for colouring these
  79    *          structures
  80    * @param useToAlign
  81    *          - add the alignment panel to the list used for aligning these
  82    *          structures
  83    * @param leaveColouringToJmol
  84    *          - do not update the colours from any other source. Jmol is
  85    *          handling them
  86    * @param loadStatus
  87    * @param bounds
  88    * @param viewid
  89    */
  90   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
  91           AlignmentPanel ap, boolean usetoColour, boolean useToAlign,
  92           boolean leaveColouringToJmol, String loadStatus,
  93           Rectangle bounds, String viewid)
  94   {
  95     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
  96     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
  97     {
  98       // PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(files[i], ids[i]);
  99       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(ids[i], null, PDBEntry.Type.PDB,
 100               files[i]);
 101       pdbentrys[i] = pdbentry;
 102     }
 103     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 104     // autodiscovered.
 105     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 106             pdbentrys, seqs, null);
 107
 108     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 109     addAlignmentPanel(ap);
 110     if (useToAlign)
 111     {
 112       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 113     }
 114     initMenus();
 115     if (leaveColouringToJmol || !usetoColour)
 116     {
 117       jmb.setColourBySequence(false);
 118       seqColour.setSelected(false);
 119       viewerColour.setSelected(true);
 120     }
 121     else if (usetoColour)
 122     {
 123       useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 124       jmb.setColourBySequence(true);
 125       seqColour.setSelected(true);
 126       viewerColour.setSelected(false);
 127     }
 128     this.setBounds(bounds);
 129     setViewId(viewid);
 130     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 131     // bounds.width,bounds.height);
 132
 133     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 134     {
 135       @Override
 136       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 137       {
 138         closeViewer(false);
 139       }
 140     });
 141     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 142   }
 143
 144   @Override
 145   protected void initMenus()
 146   {
 147     super.initMenus();
 148
 149     viewerActionMenu.setText(MessageManager.getString("label.jmol"));
 150
 151     viewerColour
 152             .setText(MessageManager.getString("label.colour_with_jmol"));
 153     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
 154             .getString("label.let_jmol_manage_structure_colours"));
 155   }
 156
 157   IProgressIndicator progressBar = null;
 158
 159   /**
 160    * add a single PDB structure to a new or existing Jmol view
 161    *
 162    * @param pdbentry
 163    * @param seq
 164    * @param chains
 165    * @param ap
 166    */
 167   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 168           final AlignmentPanel ap)
 169   {
 170     progressBar = ap.alignFrame;
 171     String pdbId = pdbentry.getId();
 172
 173     /*
 174      * If the PDB file is already loaded, the user may just choose to add to an
 175      * existing viewer (or cancel)
 176      */
 177     if (addAlreadyLoadedFile(seq, chains, ap, pdbId))
 178     {
 179       return;
 180     }
 181
 182     /*
 183      * Check if there are other Jmol views involving this alignment and prompt
 184      * user about adding this molecule to one of them
 185      */
 186     if (addToExistingViewer(pdbentry, seq, chains, ap, pdbId))
 187     {
 188       return;
 189     }
 190
 191     /*
 192      * If the options above are declined or do not apply, open a new viewer
 193      */
 194     openNewJmol(ap, new PDBEntry[] { pdbentry }, new SequenceI[][] { seq });
 195   }
 196
 197   private void openNewJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 198           SequenceI[][] seqs)
 199   {
 200     progressBar = ap.alignFrame;
 201     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 202             pdbentrys, seqs, null);
 203     addAlignmentPanel(ap);
 204     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 205
 206     if (pdbentrys.length > 1)
 207     {
 208       alignAddedStructures = true;
 209       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 210     }
 211     jmb.setColourBySequence(true);
 212     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 213     initMenus();
 214     addingStructures = false;
 215     worker = new Thread(this);
 216     worker.start();
 217
 218     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 219     {
 220       @Override
 221       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 222       {
 223         closeViewer(false);
 224       }
 225     });
 226
 227   }
 228
 229   /**
 230    * create a new Jmol containing several structures superimposed using the
 231    * given alignPanel.
 232    *
 233    * @param ap
 234    * @param pe
 235    * @param seqs
 236    */
 237   public AppJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe, SequenceI[][] seqs)
 238   {
 239     openNewJmol(ap, pe, seqs);
 240   }
 241
 242   /**
 243    * Returns a list of any Jmol viewers. The list is restricted to those linked
 244    * to the given alignment panel if it is not null.
 245    */
 246   @Override
 247   protected List<StructureViewerBase> getViewersFor(AlignmentPanel apanel)
 248   {
 249     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<StructureViewerBase>();
 250     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 251
 252     for (JInternalFrame frame : frames)
 253     {
 254       if (frame instanceof AppJmol)
 255       {
 256         if (apanel == null
 257                 || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
 258         {
 259           result.add((StructureViewerBase) frame);
 260         }
 261       }
 262     }
 263     return result;
 264   }
 265
 266   void initJmol(String command)
 267   {
 268     jmb.setFinishedInit(false);
 269     renderPanel = new RenderPanel();
 270     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 271     // displaying
 272     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 273     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 274             getBounds().width, getBounds().height);
 275     if (scriptWindow == null)
 276     {
 277       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 278       bl.setHgap(0);
 279       bl.setVgap(0);
 280       scriptWindow = new JPanel(bl);
 281       scriptWindow.setVisible(false);
 282     }
 283
 284     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "",
 285             scriptWindow, null);
 286     // jmb.newJmolPopup("Jmol");
 287     if (command == null)
 288     {
 289       command = "";
 290     }
 291     jmb.evalStateCommand(command);
 292     jmb.evalStateCommand("set hoverDelay=0.1");
 293     jmb.setFinishedInit(true);
 294   }
 295
 296
 297
 298   boolean allChainsSelected = false;
 299
 300   @Override
 301   void showSelectedChains()
 302   {
 303     Vector<String> toshow = new Vector<String>();
 304     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 305     {
 306       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 307       {
 308         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 309         if (item.isSelected())
 310         {
 311           toshow.addElement(item.getText());
 312         }
 313       }
 314     }
 315     jmb.centerViewer(toshow);
 316   }
 317
 318   @Override
 319   public void closeViewer(boolean closeExternalViewer)
 320   {
 321     // Jmol does not use an external viewer
 322     if (jmb != null)
 323     {
 324       jmb.closeViewer();
 325     }
 326     setAlignmentPanel(null);
 327     _aps.clear();
 328     _alignwith.clear();
 329     _colourwith.clear();
 330     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 331     // holds a reference to the window
 332     jmb = null;
 333   }
 334
 335   @Override
 336   public void run()
 337   {
 338     _started = true;
 339     try
 340     {
 341       List<String> files = fetchPdbFiles();
 342       if (files.size() > 0)
 343       {
 344         showFilesInViewer(files);
 345       }
 346     } finally
 347     {
 348       _started = false;
 349       worker = null;
 350     }
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Either adds the given files to a structure viewer or opens a new viewer to
 355    * show them
 356    *
 357    * @param files
 358    *          list of absolute paths to structure files
 359    */
 360   void showFilesInViewer(List<String> files)
 361   {
 362     long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 363     StringBuilder fileList = new StringBuilder();
 364     for (String s : files)
 365     {
 366       fileList.append(SPACE).append(BACKSLASH)
 367               .append(Platform.escapeString(s)).append(BACKSLASH);
 368     }
 369     String filesString = fileList.toString();
 370
 371     if (!addingStructures)
 372     {
 373       try
 374       {
 375         initJmol("load FILES " + filesString);
 376       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 377       {
 378         new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 379         Cache.log.debug("File locations are " + filesString);
 380       } catch (Exception ex)
 381       {
 382         Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 383       }
 384     }
 385     else
 386     {
 387       StringBuilder cmd = new StringBuilder();
 388       cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 389       cmd.append(filesString);
 390       cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 391       final String command = cmd.toString();
 392       lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 393
 394       try
 395       {
 396         jmb.evalStateCommand(command);
 397       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 398       {
 399         new OOMWarning("When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 400                 oomerror);
 401         Cache.log.debug("File locations are " + filesString);
 402       } catch (Exception ex)
 403       {
 404         Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 405       }
 406     }
 407
 408     // need to wait around until script has finished
 409     int waitMax = JMOL_LOAD_TIMEOUT;
 410     int waitFor = 35;
 411     int waitTotal = 0;
 412     while (addingStructures ? lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled()
 413             : !(jmb.isFinishedInit() && jmb.getStructureFiles() != null && jmb
 414                     .getStructureFiles().length == files.size()))
 415     {
 416       try
 417       {
 418         Cache.log.debug("Waiting around for jmb notify.");
 419         Thread.sleep(waitFor);
 420         waitTotal += waitFor;
 421       } catch (Exception e)
 422       {
 423       }
 424       if (waitTotal > waitMax)
 425       {
 426         System.err
 427                 .println("Timed out waiting for Jmol to load files after "
 428                         + waitTotal + "ms");
 429 //        System.err.println("finished: " + jmb.isFinishedInit()
 430 //                + "; loaded: " + Arrays.toString(jmb.getPdbFile())
 431 //                + "; files: " + files.toString());
 432         jmb.getStructureFiles();
 433         break;
 434       }
 435     }
 436
 437     // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 438     for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 439     {
 440       jmb.updateColours(ap);
 441     }
 442     // do superposition if asked to
 443     if (Cache.getDefault("AUTOSUPERIMPOSE", true) && alignAddedStructures)
 444     {
 445       alignAddedStructures();
 446     }
 447     addingStructures = false;
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Queues a thread to align structures with Jalview alignments
 452    */
 453   void alignAddedStructures()
 454   {
 455     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 456     {
 457       @Override
 458       public void run()
 459       {
 460         if (jmb.viewer.isScriptExecuting())
 461         {
 462           SwingUtilities.invokeLater(this);
 463           try
 464           {
 465             Thread.sleep(5);
 466           } catch (InterruptedException q)
 467           {
 468           }
 469           return;
 470         }
 471         else
 472         {
 473           alignStructs_withAllAlignPanels();
 474         }
 475       }
 476     });
 477     alignAddedStructures = false;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Retrieves and saves as file any modelled PDB entries for which we do not
 482    * already have a file saved. Returns a list of absolute paths to structure
 483    * files which were either retrieved, or already stored but not modelled in
 484    * the structure viewer (i.e. files to add to the viewer display).
 485    *
 486    * @return
 487    */
 488   List<String> fetchPdbFiles()
 489   {
 490     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 491     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder();
 492
 493     List<String> files = new ArrayList<String>();
 494     String pdbid = "";
 495     try
 496     {
 497       String[] filesInViewer = jmb.getStructureFiles();
 498       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 499       // as a DBRef?)
 500       Pdb pdbclient = new Pdb();
 501       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 502       {
 503         String file = jmb.getPdbEntry(pi).getFile();
 504         if (file == null)
 505         {
 506           // retrieve the pdb and store it locally
 507           AlignmentI pdbseq = null;
 508           pdbid = jmb.getPdbEntry(pi).getId();
 509           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 510           if (progressBar != null)
 511           {
 512             progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 513                     "status.fetching_pdb", new String[] { pdbid }), hdl);
 514           }
 515           try
 516           {
 517             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 518           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 519           {
 520             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 521           } catch (Exception ex)
 522           {
 523             ex.printStackTrace();
 524             errormsgs.append("'").append(pdbid).append("'");
 525           } finally
 526           {
 527             if (progressBar != null)
 528             {
 529               progressBar.setProgressBar(
 530                       MessageManager.getString("label.state_completed"),
 531                       hdl);
 532             }
 533           }
 534           if (pdbseq != null)
 535           {
 536             // just transfer the file name from the first sequence's first
 537             // PDBEntry
 538             file = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 539                     .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 540             jmb.getPdbEntry(pi).setFile(file);
 541             files.add(file);
 542           }
 543           else
 544           {
 545             errormsgs.append("'").append(pdbid).append("' ");
 546           }
 547         }
 548         else
 549         {
 550           if (filesInViewer != null && filesInViewer.length > 0)
 551           {
 552             addingStructures = true; // already files loaded.
 553             for (int c = 0; c < filesInViewer.length; c++)
 554             {
 555               if (filesInViewer[c].equals(file))
 556               {
 557                 file = null;
 558                 break;
 559               }
 560             }
 561           }
 562           if (file != null)
 563           {
 564             files.add(file);
 565           }
 566         }
 567       }
 568     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 569     {
 570       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 571     } catch (Exception ex)
 572     {
 573       ex.printStackTrace();
 574       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '")
 575               .append(pdbid).append("'");
 576     }
 577     if (errormsgs.length() > 0)
 578     {
 579       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 580               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 581                       new String[] { errormsgs.toString() }),
 582               MessageManager.getString("label.couldnt_load_file"),
 583               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 584     }
 585     return files;
 586   }
 587
 588   @Override
 589   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 590   {
 591     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 592   }
 593
 594   @Override
 595   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 596   {
 597     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 598   }
 599
 600   void makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 601   {
 602     int width = getWidth();
 603     int height = getHeight();
 604
 605     jalview.util.ImageMaker im;
 606
 607     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 608     {
 609       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 610               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from view",
 611               width, height, null, null, null, 0, false);
 612     }
 613     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 614     {
 615       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 616               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from view",
 617               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 618     }
 619     else
 620     {
 621
 622       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 623               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 624               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 625     }
 626
 627     if (im.getGraphics() != null)
 628     {
 629       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), width, height);
 630       im.writeImage();
 631     }
 632   }
 633
 634   @Override
 635   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 636   {
 637     try
 638     {
 639       BrowserLauncher
 640               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 641     } catch (Exception ex)
 642     {
 643     }
 644   }
 645
 646   public void showConsole(boolean showConsole)
 647   {
 648
 649     if (showConsole)
 650     {
 651       if (splitPane == null)
 652       {
 653         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 654         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 655         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 656         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 657         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 658         scriptWindow.setVisible(true);
 659         scriptWindow.validate();
 660         splitPane.validate();
 661       }
 662
 663     }
 664     else
 665     {
 666       if (splitPane != null)
 667       {
 668         splitPane.setVisible(false);
 669       }
 670
 671       splitPane = null;
 672
 673       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 674     }
 675
 676     validate();
 677   }
 678
 679   class RenderPanel extends JPanel
 680   {
 681     final Dimension currentSize = new Dimension();
 682
 683     @Override
 684     public void paintComponent(Graphics g)
 685     {
 686       getSize(currentSize);
 687
 688       if (jmb != null && jmb.hasFileLoadingError())
 689       {
 690         g.setColor(Color.black);
 691         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 692         g.setColor(Color.white);
 693         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 694         g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_file")
 695                 + "...", 20, currentSize.height / 2);
 696         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 697         int lines = 0;
 698         for (int e = 0; e < jmb.getPdbCount(); e++)
 699         {
 700           sb.append(jmb.getPdbEntry(e).getId());
 701           if (e < jmb.getPdbCount() - 1)
 702           {
 703             sb.append(",");
 704           }
 705
 706           if (e == jmb.getPdbCount() - 1 || sb.length() > 20)
 707           {
 708             lines++;
 709             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 710                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 711           }
 712         }
 713       }
 714       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 715       {
 716         g.setColor(Color.black);
 717         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 718         g.setColor(Color.white);
 719         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 720         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
 721                 20, currentSize.height / 2);
 722       }
 723       else
 724       {
 725         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
 726                 currentSize.height);
 727       }
 728     }
 729   }
 730
 731   @Override
 732   public AAStructureBindingModel getBinding()
 733   {
 734     return this.jmb;
 735   }
 736
 737   @Override
 738   public String getStateInfo()
 739   {
 740     return jmb == null ? null : jmb.viewer.getStateInfo();
 741   }
 742
 743   @Override
 744   public ViewerType getViewerType()
 745   {
 746     return ViewerType.JMOL;
 747   }
 748
 749   @Override
 750   protected String getViewerName()
 751   {
 752     return "Jmol";
 753   }
 754 }