src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.awt.event.ComponentEvent;
  22 import java.awt.event.ComponentListener;
  23 import java.awt.event.ContainerEvent;
  24 import java.awt.event.ContainerListener;
  25 import java.util.BitSet;
  26
  27 import javax.swing.JPanel;
  28
  29 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35
  36 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  37 import org.jmol.api.JmolViewer;
  38 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  39 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  40
  41 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  42 {
  43
  44   /**
  45    *
  46    */
  47   private AppJmol appJmolWindow;
  48
  49   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  50           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  51   {
  52     super(sSm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  53     appJmolWindow = appJmol;
  54   }
  55
  56   FeatureRenderer fr = null;
  57
  58   @Override
  59   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  60   {
  61     AlignmentPanel ap = (alignment==null) ? appJmolWindow.ap : (AlignmentPanel) alignment;
  62     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  63     {
  64       if (fr == null)
  65       {
  66         fr = new FeatureRenderer(ap);
  67       }
  68
  69       fr.transferSettings(ap.
  70               seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
  71     }
  72
  73     return fr;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  78   {
  79     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel)alignment).av);
  80   }
  81
  82   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  83   {
  84     if (console != null)
  85     {
  86       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  87     }
  88   }
  89
  90   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  91   {
  92     if (console != null && strStatus != null)
  93     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  94     // should we squash the script completed string ?
  95     {
  96       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  97     }
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public void showUrl(String url, String target)
 102   {
 103     try
 104     {
 105       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 106     } catch (Exception e)
 107     {
 108       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
 109       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
 110     }
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public void refreshGUI()
 115   {
 116     // appJmolWindow.repaint();
 117     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 118     {
 119       public void run()
 120       {
 121         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
 122         appJmolWindow.revalidate();
 123       }
 124     });
 125   }
 126
 127   public void updateColours(Object source)
 128   {
 129     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source,topap;
 130     // ignore events from panels not used to colour this view
 131     if (!appJmolWindow.isUsedforcolourby(ap))
 132       return;
 133     if (!isLoadingFromArchive()) {
 134       colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 135     }
 136   }
 137
 138   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 139   {
 140     // todo - script termination doesn't happen ?
 141     // if (console != null)
 142     // console.notifyScriptTermination(strStatus,
 143     // msWalltime);
 144   }
 145
 146   public void showUrl(String url)
 147   {
 148     showUrl(url, "jmol");
 149   }
 150
 151   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 152           boolean asPopup)
 153   {
 154
 155     jmolpopup = new JmolPopup();
 156     jmolpopup.initialize(viewer, translateLocale, menuName,
 157             asPopup);
 158   }
 159
 160   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 161   {
 162     // TODO Auto-generated method stub
 163
 164   }
 165
 166   public void refreshPdbEntries()
 167   {
 168     // TODO Auto-generated method stub
 169
 170   }
 171
 172   public void showConsole(boolean b)
 173   {
 174     appJmolWindow.showConsole(b);
 175   }
 176
 177   /**
 178    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 179    *
 180    * @param pdbFile
 181    *          - pdbFile identifier
 182    * @param seq
 183    *          - set of sequences it can be mapped to
 184    */
 185   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 186   {
 187     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 188     {
 189       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 190       {
 191         addSequence(pe, seq);
 192       }
 193     }
 194   }
 195
 196   @Override
 197   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 198           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 199   {
 200     return new AppConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
 201   }
 202
 203   @Override
 204   protected void releaseUIResources()
 205   {
 206     appJmolWindow = null;
 207     if (console != null)
 208     {
 209       try
 210       {
 211         console.setVisible(false);
 212       } catch (Error e)
 213       {
 214       } catch (Exception x)
 215       {
 216       }
 217       ;
 218       console = null;
 219     }
 220
 221   }
 222
 223   @Override
 224   public void releaseReferences(Object svl)
 225   {
 226     if (svl instanceof SeqPanel) {
 227       appJmolWindow.removeAlignmentPanel(((SeqPanel) svl).ap);
 228
 229     };
 230   }
 231 }