src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36 public class AppVarna extends JInternalFrame // implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  37
  38 {
  39   AppVarnaBinding vab;
  40
  41   JPanel varnaPanel;
  42
  43   String name;
  44
  45   //JSplitPane splitPane;
  46
  47   //RenderPanel renderPanel;
  48
  49   //AlignmentPanel ap;
  50
  51   //Vector atomsPicked = new Vector();
  52
  53   public AppVarna(){
  54           vab = new AppVarnaBinding();
  55           initVarna();
  56   }
  57
  58   public AppVarna(String seq,String struc,String name){
  59           vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  60           name=this.name;
  61           initVarna();
  62   }
  63
  64   public void initVarna(){
  65           //TODO: Why is it not possible to include varnaPanel in the AppVarna-Jframe?
  66           //vab.setFinishedInit(false);
  67           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  68           //varnaPanel.setVisible(true);
  69           //getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  70           //getContentPane().add(varnaPanel, BorderLayout.CENTER);
  71           //setVisible(true);
  72           //jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,name,getBounds().width, getBounds().height);
  73           showPanel(true);
  74   }
  75
  76   public void showPanel(boolean show){
  77           vab.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  78           vab.pack();
  79           vab.setVisible(show);
  80
  81           //varnaPanel.setVisible(show);
  82   }
  83
  84   private boolean _started = false;
  85
  86   public void run(){
  87           _started = true;
  88
  89           try
  90       {
  91         initVarna();
  92       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
  93       {
  94         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
  95       } catch (Exception ex)
  96       {
  97         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
  98       }
  99   }
 100
 101
 102 }